직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는지 여부

요지 외부전문가 자문 수수료는 직접 공익목적사업 사용에 해당하지 않으나, 비상장주식 평가 수수료･기본재산 증액에 따른 등록면허세 등･변경등기 법무사 수수료는 직접 공익목적사업 사용에 해당 답변내용 장학사업 등을 영위하는 공익법인이 목적사업의 재원 마련 방안 및 세법 적용 방법에 대해 자문을 의뢰하고 지출한 자문수수료는 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제38조 제2항에 따른 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보지 않는 것이나 기본재산으로 보유 중인 비상장주식의 평가를 진행함에 따라 지출하는 평가용역 수수료와 기본재산을 증액함에 따라 납부하는 등록면허세(지방교육세 포함) 및 자본총액을 변경등기함에 따라 지출하는 법무사수수료는 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것임 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1. 사실관계  ○질의법인은 19**.*.*. 설립되어 장학사업을 주요사업으로 영위하고 있는 공익법인으로 별도의 수익사업은 영위하고 있지 않음  ○질의법인은 출연받은 ㈜**** 계열사의 비상장주식이 지분율 5%를 초과함에 따라 출연재산의 1%를 직접 공익목적사업에 사용하는 의무를 이행하고 있으며   -최근 직접 공익목적사업에 사용할 재원 마련 방안 및 상증세법 적용 방법에 대한 외부 전문가의 자문을 받음에 따라 자문용역 수수료를 지출하였고   -재원 마련을 위한 세부 절차로 기본재산으로 보유 중인 비상장주식에 대한 평가를 진행함에 따라 회계법인에 평가용역 수수료를 지출하였으며   -기본재산을 증액시킴에 따라 지방세법상 등록면허세 및 지방교육세를 지출하였고   -법인등기부상 자본총액 변경(기본재산 증액) 등기를 진행함에 따라 법무사 수수료를 지출함 2. 질의요지  ○질의법인이 외부전문가 자문 수수료, 비상장주식 평가 수수료, 등록면허세 및 지방교육세, 법무사 수수료를 지출한 경우   -동 지출액을 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부   3. 관련 법령 ○상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】 ①공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 제16조제2항제2호에 따른 비율을 초과하는 경우(제16조제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다.    (중략) ② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다    (중략)  7.다음 각 목의 공익법인등이 대통령령으로 정하는 출연재산가액에 100분의1(제16조제2항제2호가목에 해당하는 공익법인등이 발행주식총수등의 100분의 10을 초과하여 보유하고 있는 경우에는 100분의 3)을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 금액(이하 제78조제9항제3호에서 "기준금액"이라 한다)에 미달하여 직접 공익목적사업(「소득세법」에 따라 소득세 과세대상이 되거나 「법인세법」에 따라 법인세 과세대상이 되는 사업은 제외한다)에 사용한 경우   가. 다음의 요건을 모두 갖춘 공익법인등으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등    1) 내국법인의 주식등을 출연받은 공익법인등일 것    2) 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 주식등의 보유비율이 그 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과할 것   나. 가목 외의 공익법인등(자산 규모, 사업의 특성 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인등은 제외한다) ○상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】    (중략) ②법 제48조제2항제1호ㆍ제7호, 같은 조 제11항제1호 및 제2호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다.  1.「법인세법 시행령」 제56조제11항에 따라 고유목적에 지출한 것으로 보지 아니하는 금액  2.해당 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 직접 사용하는 시설에 소요되는 수선비, 전기료 및 전화사용료 등의 관리비를 제외한 관리비    (중략) ⑱법 제48조제2항제7호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 출연재산가액"이란 직접 공익목적사업에 사용해야 할 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다. 다만, 공익법인등이 제41조의2제6항에 따른 공익법인등에 해당하거나 제43조제3항에 따른 공익법인등에 해당하지 않는 경우로서 재무상태표상 자산가액이 법 제4장에 따라 평가한 가액의 100분의 70 이하인 경우에는 같은 장에 따라 평가한 가액을 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 재산(직접 공익목적사업용재산은 제외한다)의 [총자산가액-(부채가액+당기순이익)] * 총자산가액 중 해당 공익법인등이 3년 이상 5년 미만 보유한 유가증권시장 또는 코스닥시장에 상장된 주권상장법인의 주식의 가액은 직전 3개 과세기간 또는 사업연도종료일 현재 각 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 한 가액의 평균액으로 하고, 해당 공익법인등이 5년 이상 보유한 유가증권시장 또는 코스닥시장에 상장된 주권상장법인의 주식의 가액은 직전 5개 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 각 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 한 가액의 평균액으로 한다 ⑲법 제48조제2항제7호 각 목 외의 부분에 따른 직접 공익목적사업에 사용한 실적은 직접 공익목적사업에 사용해야 할 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입한 금액을 포함하며, 직접 공익목적사업에 사용한 실적을 계산할 때 공익법인등이 해당 공익목적사업 개시 후 5년이 지난 경우에는 직접 공익목적사업에 사용해야 할 과세기간 또는 사업연도와 그 과세기간 또는 사업연도 직전 4개 과세기간 또는 사업연도의 5년간 평균금액을 기준으로 계산할 수 있다. <신설 2024.2.29> ⑳법 제48조제2항제7호가목1) 및 2) 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"이란 법 제48조제11항 각 호의 요건을 모두 충족하여 법 제16조제2항, 제48조제1항, 같은 조 제2항제2호, 같은 조 제9항 및 제49조제1항에 따른 주식등의 출연ㆍ취득 및 보유에 대한 증여세 및 가산세 등의 부과대상에서 제외되는 공익법인등으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등을 말한다. <신설 2024.2.29>  1. 법 제16조제2항 및 제48조제1항에 따라 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연받은 공익법인등. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.   가. 다음의 어느 하나에 해당하는 공익법인등으로서 법 제16조제3항제1호에 해당하는 경우 1) 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 2) 제42조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등   나. 법 제16조제3항제3호에 해당하는 경우  2. 법 제48조제2항제2호에 따라 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 취득한 공익법인등. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.   가.공익법인등(다음의 어느 하나에 해당하는 공익법인등이 제13조제6항에 해당하는 경우로 한정한다)이 제13조제7항에 따른 내국법인의 주식등을 취득하는 경우로서 주무관청이 공익법인등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우 1) 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 2) 제42조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등   나. 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식등을 취득하는 경우   다. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제25조에 따른 산학협력단이 주식등을 취득하는 경우로서 제37조제6항 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우  3. 법 제48조제9항에 따른 가산세가 부과되지 않는 공익법인등이 제38조제13항에 따른 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 보유하는 경우로서 같은 조 제14항에 따른 가액이 0보다 큰 공익법인등. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 공익법인등은 제외한다.   가. 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등   나. 제42조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등  4. 법 제49조제1항에 따라 1996년 12월 31일 현재 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 의결권 있는 주식등을 보유하고 있는 공익법인등으로서 해당 주식등을 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 계속하여 보유하고 있는 공익법인등. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 공익법인등은 제외한다.   가. 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등   나. 제42조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등 ○법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】    (중략) ⑪ 해당 사업연도에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 임원 및 직원이 지급받는 「소득세법」 제20조제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(이하 "총급여액"이라 하며, 해당 사업연도의 근로기간이 1년 미만인 경우에는 총급여액을 근로기간의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 개월 수는 태양력에 따라 계산하되, 1개월 미만의 일수는 1개월로 한다)이 8천만원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 제6항제1호에 따른 인건비로 보지 아니한다. 다만, 해당 법인이 해당 사업연도의 법 제60조에 따른 과세표준을 신고하기 전에 해당 임원 및 종업원의 인건비 지급규정에 대하여 주무관청으로부터 승인받은 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2012.2.2, 2019.2.12>  1. 법 제29조제1항제2호에 따라 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인  2. 「조세특례제한법」 제74조제1항제2호 및 제8호에 해당하여 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인 ○ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】(2000.12.29. 대통령령 제17039호로 개정된 것)    (중략) ②법 제48조제2항제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용(재정경제부령이 정하는 관리비로 사용하는 경우를 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 당해 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다.    (이하 생략) ○ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제10조의6【직접 고유목적사업에의 사용 등】(2001.4.3. 기획재정부령 제195호로 개정된 것) ①영 제38조제2항 본문에서 "재정경제부령이 정하는 관리비"라 함은 당해 공익법인등의 정관상의 고유목적사업에 직접 사용하는 시설에 소요되는 수선비·전기료·전화사용료 등의 관리비를 제외한 관리비를 말한다.    (이하 생략) ○ 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】    (중략) ③제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.    (중략)  5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다    (이하 생략) ○ 지방세법 제28조 【세율】 ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다.    (중략)  6. 법인 등기    (중략)   나. 비영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인    1) 설립과 납입: 납입한 출자총액 또는 재산가액의 1천분의 2    2) 출자총액 또는 재산총액의 증가: 납입한 출자 또는 재산가액의 1천분의 2   다. 자산재평가적립금에 의한 자본 또는 출자금액의 증가 및 출자총액 또는 자산총액의 증가(「자산재평가법」에 따른 자본전입의 경우는 제외한다) : 증가한 금액의 1천분의 1    (이하생략) ○ 지방세법 제151조 【과세표준과 세율】 ① 지방교육세는 다음 각 호에 따라 산출한 금액을 그 세액으로 한다.    (중략)  2. 이 법 및 지방세감면법령에 따라 납부하여야 할 등록에 대한 등록면허세액의 100분의 20    (이하생략)