부동산 개발업자가 사업부지와 사업관련 권리‧의무 일체를 양수하고 부가가치세 대리납부시 매입세액공제 가능여부

요지 양수인이 양수대가를 양도인에게 지급하는 때에 그 대가에 따른 부가가치세를 관할세무서장에게 신고･납부하는 경우에는 양수인이 자기의 과세사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 부담한 매입세액(토지에 대한 자본적 지출 관련 매입세액 차감 후의 세액)은 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것임 답변내용 부동산개발업을 영위하는 사업자(이하 “양도인”)가 업무시설 개발사업이 진행 중인 사업부지와 사업관련 권리･의무 일체를 프로젝트금융투자회사(이하 “양수인”)에게 양도하는 계약을 체결한 경우로서, 양수인이 ｢부가가치세법｣ 제52조제4항 및 같은 법 시행령 제95조제5항에 따라 그 양수에 따른 대가를 양도인에게 지급하는 때에 그 대가에 따른 부가가치세를 관할세무서장에게 신고･납부하는 경우에는 양수인이 자기의 과세사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 부담한 매입세액(토지에 대한 자본적 지출 관련 매입세액 차감 후의 세액)은 같은 법 제38조제1항제1호에 따라 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것임 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1. 사실관계  ○양도인은 ’24.OO.OO. 도시정비형 재개발구역으로 지정된 OO시 OO구 OO동 OO-OO번지 일원(이하 “본건 사업부지”)에서   -업무시설을 건축하는 사업(이하 “본건 사업”)을 추진하고 있으며, 양도인은 ’24.OO.OO. 본건 사업을 추진하는 과정에서 OO동 도시정비형 재개발사업 정비계획(변경) 신청서를 접수함  ○양도인은 ’24.00.00. AA피에프브이 주식회사(이하 “신청법인” 또는 “양수인”)에 본건 사업부지와 본건 사업 관련 일체 권리와 의무(이하 “양수도목적물”)를   - 신청법인에게 포괄적으로 양수도하는 계약(이하 “본건 사업양수도”)을 체결하면서 사업부지 대금 중 일부인 OO억원을 계약금으로 지급함   ○신청법인은 본건 사업양수도에 따라 ’24.0.0. 사업부지 대금 0,000백만원과 사업양수도 대금 000억원 중 000억원을 지급하고, 양도인으로부터 본건 사업과 관련된 권리 및 의무 일체를 이전받았으며,   -사업양수도 대금 000억원 중 부가가치세 00억원을 ｢부가가치세법｣ 제52조제4항에 따라 양도인으로부터 징수하여 ‘24년 10월 대리납부 신고‧납부를 완료함  ○신청법인은 부동산개발 완료 후 과세사업인 부동산임대업을 영위할 예정임 2. 질의요지  ○부동산개발업자(“양수자”)가 사업부지와 함께 사업관련 권리·의무 일체를 양도인으로부터 양수하고 양수자가 과세사업을 영위하는 경우 동 부가가치세의 매입세액 공제가 가능한지 여부 3. 관련 법령  ○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】   ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. ○ 부가가치세법 제10조【재화공급의 특례】   ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.    2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다. ○ 부가가치세법 제31조 【거래징수】   사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제29조제1항에 따른 공급가액에 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 징수하여야 한다. ○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】   ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.    1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) ○ 부가가치세법 제52조【대리납부】   ④ 제10조제9항제2호 본문에 따른 사업의 양도(이에 해당하는지 여부가 분명하지 아니한 경우를 포함한다)에 따라 그 사업을 양수받는 자는 그 대가를 지급하는 때에 같은 호 본문 및 제31조에도 불구하고 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 그 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 25일까지 제49조제2항을 준용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장에게 납부할 수 있다. ○ 부가가치세법 시행령 제23조【재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도】   법 제10조제9항제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(｢상법｣에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(｢법인세법｣ 제46조제2항 또는 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.    1. 미수금에 관한 것    2. 미지급금에 관한 것    3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지‧건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것 ○ 부가가치세법 시행령 제95조【대리납부】   ⑤ 법 제52조제4항에 따라 사업을 양수받는 자가 그 대가를 받은 자로부터 징수한 부가가치세는 다음 각 호의 사항을 적은 부가가치세 대리납부신고서와 함께 사업장 관할 세무서장에게 납부하거나 ｢국세징수법｣에 따른 납부서를 작성하여 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. (각호생략)