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예규·해석질의회신부가가치세

보세구역 내 재화의 국내사업자 간 공급에 대한 세금계산서 발급 및 과세표준 산정방법

서면-2025-부가-5173문서일자 2026.11.05

AI 분석

참고자료 · 전문가 검토 전

핵심 요약

신청인은 보세구역 내 재화를 공급하는 거래에 대한 세금계산서 발급 의무에 대해 질의하였으며, 관련 법령에 따라 세금계산서 발급 의무가 없음을 확인하였다.

사실관계 및 질의 요지

신청인은 국외 특수관계법인과 유통계약을 체결하고, 국내 고객의 주문을 받아 부품을 공급하는 사업을 영위하고 있다. 신청인은 국내 고객으로부터 주문을 접수하고, 국외 공급자에게 발주하며, 주문정보 제공 및 수입 관련 업무를 수행한다.

주요 쟁점

  • 신청인이 보세구역에 보관된 부품을 국내 고객에게 판매하는 거래가 부가가치세법상 세금계산서 발급대상인지 여부
  • 세금계산서 발급대상인 경우, 세관장이 국내 고객에게 발급한 수입세금계산서상의 과세표준을 신청인의 공급가액에서 공제할 수 있는지 여부
  • 신청인이 보세구역에서 재화를 공급하는 경우 세금계산서 발급의무가 발생하는지 여부

회신 요지

  • 신청인은 국외 공급자에게 부품을 발주하고, 해당 부품은 보세구역에 보관됨.
  • 국내 고객이 소유권을 취득한 후 수입통관을 진행하며, 이때 세금계산서를 발급받음.
  • 부가가치세법 시행령 제61조에 따라 세관장이 발급한 수입세금계산서상의 공급가액을 공제할 수 없음.

판단 근거

부가가치세법 시행령 제61조에 따라 세관장이 발급한 수입세금계산서상의 공급가액을 공제할 수 없으며, 잔액이 없는 경우 세금계산서 발급 의무가 없다.

본 요약은 AI를 활용하여 생성된 참고자료입니다. 정확한 법적 판단을 위해서는 원문과 관련 법령을 확인해야 합니다.

원문

원문 전문 보기1,895자
요지 사업자가 보세구역 내에 보관된 재화를 다른 사업자에게 공급하고 공급받는 사업자가 해당 재화를 수입하는 경우, 재화의 공급가액에서 세관장이 부가가치세를 징수하고 발급한 수입세금계산서상 공급가액을 뺀 금액을 공급가액으로 하며, 그 잔액이 없는 경우(음의 수 포함)에는 세금계산서 발급의무가 없는 것입니다 회신 사업자가 보세구역 내에 보관된 재화를 다른 사업자에게 공급하고 그 재화를 공급받은 사업자가 보세구역으로부터 반입하는 경우에는 「부가가치세법 시행령」 제61조제2항제5호에 따라 해당 재화의 공급가액에서 세관장이 부가가치세를 징수하고 발급한 수입세금계산서에 적힌 공급가액을 뺀 금액을 공급가액으로 하는 것이며, 잔액이 없는 경우(음의 수 포함)에는 세금계산서 발급의무가 없는 것입니다 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1. 사실관계 □신청인의 사업 현황 ○신청인은 국외 특수관계법인과 국내 판매권을 보장하는 유통계약을 체결하고, 국내 고객의 주문을 받아 부품을 공급하는 사업을 영위함 ○신청인은 국내 고객으로부터 주문을 접수하고, 국외 공급자에게 발주하며, 주문정보 제공 및 수입 관련 업무를 수행함 □거래구조 ○신청인은 국내 고객의 주문에 따라 국외 공급자에게 부품을 발주하고, 국외 공급자는 해당 부품을 국내 고객 소유의 보세구역 창고로 발송함 ○해당 부품은 신청인 소유로 보관되다가 국내 고객이 수입신고를 위해 반출하고자 하는 시점에 신청인으로부터 국내 고객에게 소유권이 이전됨 ○국내 고객은 소유권을 취득한 후 자기 명의로 수입통관하고 수입세금계산서를 발급받음 2. 질의내용 ○(질의 1)신청인이 보세구역에 보관된 부품을 국내 고객에게 판매하는 거래가 부가가치세법상 세금계산서 발급대상인지 여부 ○(질의 2)세금계산서 발급대상인 경우, 세관장이 국내 고객에게 발급한 수입세금계산서상의 과세표준을 신청인의 공급가액에서 공제할 수 있는지 여부 3. 관련법령 ○부가가치세법 제9조【재화의 공급】 ①재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. ○부가가치세법 제29조【과세표준】 ①재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. ③제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 6.외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는 거래 등 그 밖의 방법으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우: 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액 ○부가가치세법 제32조【세금계산서 등】 ①사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. ○부가가치세법 시행령 제61조【외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산】 ②법 제29조제3항제6호에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다. 5.사업자가 보세구역 내에 보관된 재화를 다른 사업자에게 공급하고, 그 재화를 공급받은 자가 그 재화를 보세구역으로부터 반입하는 경우:그 재화의 공급가액에서 세관장이 법 제58조제2항에 따라 부가가치세를 징수하고 발급한 수입세금계산서에 적힌 공급가액을 뺀 금액. 다만, 세관장이 법 제58조제2항에 따라 부가가치세를 징수하기 전에 같은 재화에 대한 선하증권이 양도되는 경우에는 선하증권의 양수인으로부터 받은 대가를 공급가액으로 할 수 있다.

출처: 국세법령정보시스템 원문

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