쟁점거래를 가공거래로 본 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

요지 거래대상 재화의 존재가 확인되지 않고 자금의 흐름이 일반적인 상거래의 자금흐름에 해당하지 않는바 쟁점거래를 가공거래로 부인한 처분은 정당함 결정내용 붙임과 같음 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 이 유 1. 사실관계 및 처분내용 가. A은 2023. 7. 31. 개업한 B 소재 과학기자재 및 시약 도소매업체(개인사업자)이고, C(이하 ‘청구인’이라 한다)은 A의 대표자이다. 나. 주식회사 D{前 대표자 E(’76년생, 남)*, 이하 ‘D’이라 한다}은 최초에 컴퓨터 주변기기 도매업을 주업으로 하여 2003년 개업한 법인으로, 이후 주요 사업을 대학교 약학대학 등에 의료연구장비, 시약 등을 납품하는 것으로 변경하였으며, 2019. 6. 사업장을 B에서 F으로 이전하였다가 2026. 2. 다시 사업장을 B으로 이전한 바 있다. * 세무조사 종결 이후인 2026. 2. 27. 대표자가 E에서 현재 대표자인 G(’72년생, 남)로 변경되었음 다. H지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2025. 9. 24. ∼ 2026. 1. 15. 기간 동안 주 조사자 D 및 D 관련업체(이하 ‘관련업체’라 한다)의 2020. 1기 ∼ 2024. 2기 과세기간 대상 세무조사를 실시하여 D은 실제 의학‧약학용 연구장비 등의 매출 없이 관련업체에게 세금계산서를 발행하였고, 관련업체로부터 실제 연구장비 등의 매입 없이 세금계산서 및 신용카드매출전표를 수취한 것으로 확인하고, 조사대상기간 내의 D과 관련업체 간의 거래를 가공거래로 보아 부인하였다. <표 삽입을 위한 여백> 조사청이 세무조사 실시한 D과 그 외 관련업체 명세 상호 대표자 개(폐)업일 업종 소재지                                                                                                                 라. A은 조사청이 확인한 관련업체 중 하나로, 거래의 외관상 2023. 2기 ∼ 2024. 1기 과세기간 동안 관련업체 I, ㈜J, ㈜K, ㈜L, M, N 및 연구장비의 최종사용자인 대학교수들(이하 ‘관련교수’라 한다)이 대표로 등록된 AB, AC, AD, AE, AF, AG, AH, AI로부터 연구장비 등을 매입하여(이하 14개 업체를 ‘쟁점매입처’라 하고, 청구인(A)과 쟁점매입처와의 거래를 ‘쟁점매입거래’라 한다) 매입한 연구장비 등을 D, 관련업체 ㈜O, ㈜P, N, ㈜S, M 및 O(㈜O 대표 Q의 개인사업자)에게 매출(이하 7개 업체를 ‘쟁점매출처’라 하고, 청구인(A)과 쟁점매출처와의 거래를 ‘쟁점매출거래’라 한다)한 업체이다(이하 쟁점매출처와 쟁점매입처를 통틀어 ‘쟁점거래처’라 하고, 쟁점매입거래와 쟁점매출거래를 통틀어 ‘쟁점거래’라 한다). 마. 조사청은 청구인에 대한 2023. 2기 ∼ 2024. 2기 과세기간 대상 부가가치세 조사를 실시하여, 2023. 2기 및 2024. 1기 기간에 걸쳐 이루어진 쟁점매입거래 및 쟁점매출거래를 가공거래로 확정하고, 쟁점매출거래 관련 공급가액 총 10,212,218,486원 및 쟁점매입거래 관련 공급가액 총 10,341,026,256원을 부인하여 청구법인의 부가가치세를 경정할 것을 R세무서장(이하 ‘처분청’이라 한다)에게 통지하였고, 2026. 3. 25. 청구인을 조세범처벌법 위반(세금계산서 수수의무 위반) 혐의로 수사기관에 고발하였다. 바. 처분청은 조사청의 조사 결과에 따라 2026. 2. 3. 청구법인에게 2023. 2기 ∼ 2024. 1기 과세기간 부가가치세 총 637,085,830원을 부과하였다(송달일 2026. 3. 17.) 사. 청구인은 이에 불복하여 2026. 6. 15. 이 건 이의신청을 청구하였다. 2. 청구인 주장 가. 처분개요 1) 청구인은 군복무를 마친 후 연구장비 유통업에 종사하면서 관련 업무를 배우고, 이후 2023. 7. 31. A이라는 개인사업자를 설립하여 연구장비 및 연구용 소모품을 유통하는 사업자를 영위하고 있다. 2) 청구인은 쟁점매입처로부터 연구장비 등을 매입하여 쟁점매출처에 판매하였으며, 모든 쟁점거래에 대하여 세금계산서를 적법하게 발급 및 수취하고 부가가치세 및 종합소득세를 성실히 신고납부하였다. 3) 그러나 조사청은 청구인의 사업장이 쟁점매입처 중 I와 동일한 주소에 있다는 점 등을 근거로 쟁점거래를 허위거래로 판단하여 부가가치세를 부과하였다. 4) 이 건 처분은 거래의 실질을 충분히 확인하지 아니한 채 이루어진 사실오인에 기초한 처분으로, 취소되어야 한다. 나. 청구이유 1) 청구인은 독립된 사업자로서 실제 연구장비 유통업을 수행하였음 가) 청구인은 A 개업일 이후 현재까지 세법상 의무가 있는 부가가치세, 종합소득세 신고 등 모든 의무를 성실히 이행하였으며, 관련 세금도 모두 납부하였다. 나) 청구인은 군 전역 후 연구장비 분야에서 근무하여 실무를 익힌 뒤, 독립하여 A을 설립하고 연구장비 유통업을 시작하였다. 다) 청구인은 연구장비를 실제로 매입하여 거래처에 공급하였으며 거래명세서 작성, 세금계산서 발급 및 수취, 거래대금 결제, 납품 및 거래처 관리 등 사업 운영에 필요한 거래 전 과정을 직접 수행하였다. 라) 연구장비 유통업은 장비에 대한 전문성과 거래처와의 신뢰가 중요한 분야로, 창업 초기부터 다수의 직원을 채용하기보다는 대표자가 직접 사업을 수행하면서 점진적으로 사업을 확대해 나가는 것이 일반적인 운영 방식이다. 마) 특히 연구장비 유통업은 일반 도소매업과 달리 높은 전문성과 신뢰가 중요한 분야로서 대학, 연구기관, 병원 및 제약‧바이오기업 등 거래처를 방문하는 등 초기 거래에 많은 노력과 시간이 소요된다. 이러한 업종특성 상 창업 초기부터 전문인력을 다수 확보하는 것은 현실적으로 쉽지 않으며, 대표자가 직접 사업을 수행하는 것이 일반적인 운영 방식이다. 2) 조사청의 처분은 연구장비 유통업의 특성을 고려하지 않았음 가) 청구인의 사업은 연구장비를 직접 제조하는 제조업이 아니라 기존 연구장비를 매입하여 공급하는 유통업이다. 따라서 제조업과 같이 다수의 생산인력이 필요한 구조가 아니며, 장비확인, 거래협의, 계약, 운송, 납품 및 검수 등을 중심으로 사업이 이루어진다. 나) 연구장비는 크기와 중량이 매우 다양하여 일부 장비는 전문 운송장비와 여러 명의 작업자가 필요한 경우도 있다. 청구인은 직접 운반이 가능한 장비는 직접 운송하였고, 혼자 운반하기 어려운 장비는 거래처 또는 전문 운송업체의 도움을 받아 운송하였다. 다) 위 내용은 세무조사 당시에도 동일하게 진술한 사실이 있으며, 실제 거래가 있었음을 전제로 하는 정상적인 사업 수행 방식이다. 3) 청구인의 진술은 세무조사 초기부터 현재까지 일관됨 가) 청구인은 세무조사 당시부터 현재까지 아래 내용을 일관되게 주장(진술)하고 있다. ① 실제 연구장비를 매입하고 판매하였다는 점 ② 거래명세서, 계약서, 세금계산서를 작성 교부하였다는 점 ③ 직접 운송가능한 장비는 직접 운송하였고, 혼자 운반하기 어려운 장비는 거래처 또는 전문 운송업체의 도움을 받아 운송하였으며 운송대금을 지불하였다는 점 나) 특히 청구인은 청구인에게 불리하게 해석될 수도 있는 운송 과정의 협업 사실까지 숨기지 않고 진술하였다. 다) 이는 허위의 사실을 꾸며낸 것이 아니라 실제 사업과정을 있는 그대로 설명한 것으로 볼 수 있다. 4) 제출된 객관적 자료는 실제 거래가 있었음을 입증함 가) 청구인은 세무조사 과정에서 거래명세서 및 세금계산서, 계좌거래내역 및 입금증, 운송관련 증빙 및 하이패스 이용내역 등 객관적인 자료를 제출한 바 있다. 상기 자료는 실제 거래대상 재화의 이동과 대금 지급 및 거래의 실질을 보여주는 것이다. 나) 그러나 조사청은 제출된 자료를 종합적으로 검토하여 거래별로 허위여부를 판단하기보다 A의 사업장 주소가 I와 동일하다는 사정 등을 근거로 하여 쟁점거래를 일괄적으로 가공거래라고 판단하였다. 다) 실제 재화의 공급과 대금의 지급이 확인되는 거래에 대하여 단순한 추정만으로 거래의 실질을 부인하는 것은 부당하며, 신중한 재검토가 필요하다. 5) 사업장의 주소가 동일하다는 이유만으로 A을 위장사업장으로 볼 수는 없음 가) A은 I와 동일한 주소에 위치하였으나 이는 사업 초기 비용을 절감하기 위한 것이었다. I와 동일한 주소를 사용하였다는 사실만으로 독립된 사업자성을 부인할 수는 없다. 나) 사업의 실질은 실제 재화의 이동, 대금의 지급, 거래의 이행, 세금계산서 발급 및 수취 등 객관적인 사실관계를 종합하여 판단하여야 한다. 6) 조사청은 쟁점거래 거래별 가공 사유를 구체적으로 제시하지 않았으며, A의 매입과 매출을 가공으로 부인할 근거는 없음 가) 조사청은 쟁점거래를 가공거래로 판단하였으나 ① 쟁점거래 중 어떤 거래가 가공인지, ② 어떠한 객관적인 근거로 거래를 가공거래로 판단하였는지, ③ 청구인이 제출한 증빙자료를 왜 인정하지 않았는지에 대해 구체적으로 설명하지 않았다. 나) 청구인은 세무조사 과정에서 사실상 한 차례의 진술만을 하였으며, 청구인이 제출한 자료에 대한 확인 결과나 보완 요구도 받지 못하였다. 다) 이와 같이 거래별 사실관계와 증빙을 충분히 검토하지 않은 채 이루어진 이 건 처분은 신중한 재검토가 필요하다. 또한 조사청은 고지 전 과세전적부심사청구 절차도 생략한 듯 보인다. 다. 결론 1) 청구인은 실제 연구장비 유통업을 수행한 독립된 사업자이며, 거래의 실질을 입증할 다양하고 객관적인 자료(거래명세서, 세금계산서, 입출금내역, 하이패스 이용내역 등)를 제출하였고, 세무조사 초기부터 현재까지 거래의 실질에 관한 진술을 일관되게 유지하고 있다. 2) 반면 조사청은 사업장 주소가 동일하다는 형식적인 사정 등을 주된 근거로 쟁점거래를 가공거래로 판단하였으나, 개별 거래건에 대한 구체적인 가공 사유와 객관적인 입증은 충분히 제시하지 못하였다. 3) 따라서 이 건 부가가치세 부과처분은 거래의 실질과 제출된 객관적인 증빙으로 충분히 반영하지 못한 위법‧부당한 처분으로 판단되므로, 취소하여 주기를 요청한다. 3. 조사청 의견 가. 절차의 적법성에 대한 판단 1) ‘국세기본법’ 제81조의15제3항제1호 조항은 ‘조세범처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’는 과세전적부심사청구의 대상에서 제외한다고 규정하고 있다. 청구인에 대한 세무조사는 당초 세목별(부가가치세) 조사라 착수되었지만, 조사 과정에서 조세범처벌법 위반행위인 세금계산서 수수의무 위반 혐의가 확인되어 범칙조사로 전환하였으며, 조사 결과 청구인이 D의 당시 대표자이자 실행위자 E과 공모하여 대규모의 가공거래를 실시(가공세금계산서 수수)한 사실이 확인되어 조사 종결 후 조세범처벌절차법 등에 따라 적법하게 고발한 사안으로, 이는 과세전적부심사청구 제외 대상에 해당하는바 절차적 하자가 있었다는 청구주장은 관련 법령을 오해한 것으로서 이유 없다. 나. 가공거래의 실질 및 입증에 대한 판단 1) 청구인을 포함하여 D과 관련업체 간 이루어진 이 건 거래의 개괄적인 구조는 다음과 같다. 가) (새 연구장비의 렌탈판매) 먼저 조사대상기간(2020년 ∼ 2024년)의 제조법인 D의 연구장비 제조 및 판매 거래구조를 살펴보면, D이 대리점(협력점)인 ㈜S, ㈜L, ㈜K에 연구장비를 공급하고 연구장비를 공급받은 대리점들은 공급받은 연구장비로 캐피탈사로부터 연구장비 가액에 상당하는 금융대출을 실행하여 이를 D에 연구장비 매입대금으로 지급한다. 대리점은 D으로부터 공급받은 연구장비를 대학 교수들에게 약 2 ∼ 5년에 걸쳐 렌탈하며 월 렌탈료를 수취하는 연구장비 렌탈 판매구조를 취하고 있다. 나) (관련인 간 중고연구장비 거래) 다음으로 동 기간 D의 연구장비 원재료매입 거래의 구조를 살펴보면, 조사대상기간 D의 주 매입처는 관련업체 ㈜O 및 ㈜P로서 이들은 D의 대리점으로부터 렌탈이 종료된 중고연구장비를 매입하여 다시 D에 판매하는 역할을 하고 있다. 이러한 거래구조에서 청구인은 ㈜S 등 대리점이 중고연구장비를 ㈜O 및 ㈜P에 판매하는 과정에 끼어들어 쟁점거래를 수행한 업체로, 청구인은 I와 ㈜J 등으로부터 렌탈기간(계약)이 종료된 중고연구장비를 매입하여 ㈜O 및 ㈜P에 판매하는 구조를 가장하고 있다. 다) 청구인의 주 매입처는 D 관련업체 I, ㈜J 등과 대학교수들이 설립한 교수사업자들로, 이들을 제외한 제3자로부터의 매입액은 약 9백만 원으로 전체 매입액 103억 원의 0.1%도 되지 않는 금액이며, 매입내용 또한 렌트료, 세무기장료 등으로 상품매입과는 관련이 없는바 조사대상기간 동안 청구인의 상품매입은 모두 D 관련인들로부터 이루어지는 것으로 확인된다. 라) 또한 동 기간 청구인의 매출세금계산서 발급가액 총액은 약 104억 원으로 이 중 약 101억 원이 ㈜O 등 D 관련업체와의 거래인 것으로 확인된다. 즉, 청구인은 관련업체 I 등에서 매입한 상품을 다시 관련업체 ㈜O 등에게 판매하는 것으로, 사업의 대부분이 D 관련업체를 상대로 하여 이루어지는 것을 알 수 있다. 2) 조사청은 청구인과 관련업체 간 이루어진 거래는 실제 재화의 공급 없이 또는 가치가 없는 자산을 판매하는 것처럼 가장하여 그 규모를 부풀리고, 부가가치세 신고 시 세금계산서 등 관련 자료를 만들기 위해 세금계산서만 수수한 것으로 보고 관련업체들 간 이루어진 거래를 전액 가공거래로 보아 부인하는 결정을 하였다. 조사청이 가공거래로 본 근거는 다음과 같다. 가) A이 수행한 모든 거래가 대표자인 청구인이 아닌 D E에 의해 결정되며, 더 나아가 A의 매출처인 ㈜O 및 ㈜P가 D에 최종 매출하는 과정까지 모두 E에 의해 결정된다는 점이다(I 등 → A → O 등 → D으로 이어지는 관련업체간 자전거래로, 모든 거래에 E이 관여하고 있음). 조사대상기간 청구인의 주 매입처인 I와 ㈜J의 대표자는 E의 아내 T로, I의 세무조사 및 ㈜J의 세무조사 결과 두 사업자 모두 실질 운영자는 E로 확인되었다. 청구인의 진술에 따르면 조사대상기간 중 A은 I 등이 소유한 렌탈종료된 중고연구장비를 매입하고 판매하는 과정이 모두 이 건 관련업체 간 가공거래를 주도한 D E에 의해 결정되는 것이 확인된다. 매입할 장비의 종류와 매입가액, 매출처 및 매출가액까지 E의 주도하에 이루어지는 것으로, 청구인이 아무리 중간유통업체에 해당한다고 하더라도 거래에 대한 아무런 통제‧결정권이 없는 것은 독립적인 사업자라 할 수 없으며, 이 사건 거래가 모두 한 사람(E)에 의해 결정되는바, 결코 정상적인 거래라 할 수 없다. 나) 청구인은 세무조사 중 조사청과의 심문에서 A은 2020년 이전의 렌탈 종료된 중고연구장비를 거래한 것이라 진술하였으나, 관련업체 간 거래내역을 보면 해당 규모의 중고연구자산 거래는 불가능하다. 협력업체 간 연구장비 거래의 제조원은 D으로, 2020년 이전 D의 연구장비 대리점은 I와 ㈜S로 확인된다. 이 건 중고연구장비 거래가 정상적인 거래라면 그 거래의 대상은 D이 2020년 이전에 판매한 연구장비일 것이고, 2014년 ∼ 2019년의 D 감사보고서에서 확인되는 D의 ‘제품’매출액 합계액은 약 477억 원(감사보고서상 D의 매출은 제품매출, 소모품 등 상품매출, 유지보수 용역매출로 구분되며, 이 중 연구장비인 ‘제품’매출만을 합한 금액임)이므로 렌탈 종료된 중고연구장비의 가격은 이에 훨씬 못미치는 금액이어야 할 것이다. 하지만 같은 기간 I와 ㈜S 등 대리점은 청구인을 포함한 중고연구장비 협력업체들에게 약 560억 원의 매출을 발생시킨 사실이 확인된다. 다) 다시 말하면, 과거 2014년 ∼ 2019년 연구장비 제조법인 D이 당시 대리점인 I 등에 477억 원의 연구장비를 판매하였고, I 등 대리점은 이후 5년여가 지난 중고연구장비를 ㈜O 및 ㈜P에 직‧간접적으로 560억 원에 판매한 것인데, 이는 결코 정상적인 거래라 할 수 없다. 거래의 이후 흐름을 보면 ㈜O 및 ㈜P는 이를 다시 D과 그 관련업체에 약 580억 원에 판매하는바, 결국 관련인 간 순환 자전거래를 반복하며 거래의 규모를 부풀린 것에 불과한 것임을 알 수 있다. 라) 이 건 연구장비 거래 규모의 실물자산의 존재가 확인되지 않는다. (1) 쟁점거래는 D이 대리점을 통해 연구장비를 렌탈판매하는 과정에서 시리얼넘버 위조 및 택갈이를 악용하여 사기대출을 실행한 것에서 그 문제가 드러난 것으로, 경찰수사 과정에서 현장확인 등을 통해 연구장비 실물 존재여부을 확인한 바 있다. 쟁점거래가 모두 정상적인 실질 거래라면 16명의 협력교수실에는 ① 조사대상기간 중 D이 새로 제조 및 판매하여 렌탈 중인 연구장비(D의 판매가는 총 762억 원), ② 청구인을 끼워넣어 ㈜O 등을 통해 D이 재매입하여 회계상 ‘타처 보관’ 중인 원재료(=이 건 중고연구장비, 2023년 기준 총 104억 원), ③ D이 ㈜O 등으로부터 타 사업자카드를 이용하여 매입한 회계상으로는 확인되지 않는 중고장비(카드거래금액 차이 총 230억 원), 이상 3가지 종류의 연구장비가 존재하여야 할 것이다. (2) 하지만, 경찰의 현장조사과정에서 확인한 연구장비는 미상환 대출 중인 자산(즉, 조사대상기간 새로 렌탈판매한 자산)의 약 11%에 불과할 뿐, 청구인을 거쳐 ㈜O 등이 매출한 중고연구장비의 실물은 확인되지 않는다. 또한 조사청이 협력교수들에게 요청한 거래사실확인 결과 D 측과 동일한 주장을 하는 건양대학교 교수 2인을 제외하고는 중복자산임을 시인하고 있으며, 대출실행 시 연구실 설치사진을 제출하는 점, 이를 위한 시리얼넘버 위조 사실, 직원들의 무의미한 연구장비 반복 반출 시인 사실을 볼 때 셀전텍을 중심으로 한 연구장비거래는 실제 사용 및 판매를 위한 것이 아니라 이전부터 존재하던 소수의 연구장비를 마치 각 거래단계에서 새로 판매하는 것처럼 꾸며 교수실 간 이동을 반복한 것으로 보는 것이 합리적일 것이다. 이를 바탕으로 청구인, D 등 관련업체들은 서로 세금계산서 및 신용카드 거래를 반복하며 그 규모를 부풀린 것이다. 마) 청구인은 쟁점거래 관련 거레명세서 및 세금계산서를 작성하고 교부하였다고 주장하나, 이는 관련업체 간 형식적인 외형을 취한 것에 불과하다. (1) 실제로 청구인의 관련업체를 제외한 제3의 거래처로부터의 매입은 극히 적으며, 각 관련업체별 부가가치세 신고를 위해 매입과 매출을 반대로 끼워맞춘 것에 불과하다. 조사청의 심문 당시 청구인은 A이 판매한 연구장비는 ① 2020년 이전 대학교수실의 연구장비이며, ② 전부 대학교수실에서 매입하여, ③ ㈜O 및 ㈜P의 사무실로 이동한다고 진술한 바 있다. 조사청이 연구장비에 대해 묻자 청구인은 “PCR제품, 11, 12, 현미경 정도로 기억한다.”라고 진술하였으며, 11 제품의 상태를 어떻게 체크하였는지에 대해 진술하였다. 하지만 D의 자체제조장비인 11, 12는 2020년 이후 개발된 장비로 청구인이 주장하는 2020년 이전에는 판매된 적이 없는바, 이 자체로 청구인의 진술이 모순됨이 스스로 증명되는 것이다. 이는 조사청이 청구인을 비롯한 관련업체의 세무조사를 진행하며 D의 매입처인 ㈜O 및 ㈜P, 이 두 사업자의 궁극적인 매입처인 I와 ㈜S에 그 규모에 상응하는 매입이 없는 사실을 지적하자, 관련업체 간 공모를 통해 사후적으로 중고연구장비를 거래하였다고 진술을 끼워맞춘 것에 불과하다. (2) 덧붙여, 이 건 관련업체인 ㈜O는 실제 거래를 주장하며 청구인 등으로부터 매입하였다는 중고연구장비의 사진을 제출한 바 있다. 사진 내역에는 정상적인 거래라면 시점상 존재할 수 없는 11, 12 등의 사진이 다수 확인되는바, 이는 관련업체가 조사청의 세무조사 결과에 불복하여 이의신청을 하는 과정에서까지 거짓된 증빙들로 조사청, 더 나아가 국세청을 기망하고 있는 것이다. 바) 조사대상기간 중 청구인의 관련업체거래를 제외한 제3자와의 거래는 극히 적다. I와 함께 청구인의 주된 매입처인 ㈜J의 실질 운영자는 E로, 동 기간 ㈜J의 주 매출처는 청구인과 ㈜O 등 관련업체이며, ㈜J의 주 매입처 또한 ㈜O 및 ㈜P 등인 것으로 확인된다. 매입세금계산서내역으로 확인되는 ㈜J의 관련업체 제외 매입액은 약 2억 원에 불과하며, 청구인을 비롯하여 D 관련업체 전체의 매출‧매입내역을 보면 대부분 관련업체 간 거래로, 결국 ㈜J 등 → 청구인 → ㈜O 등으로 이어지는 쟁점거래는 관련업체 간 순환‧자전거래로, 그 규모만을 부풀리고 있음을 알 수 있다. 사) 쟁점거래 관련 비정상적인 자금 흐름이 확인된다. (1) 청구인은 2023. 8. 11. ㈜P에 ‘deep freezer’라는 품목명으로 45백만 원의 연구장비를 공급하고 최초로 매출세금계산서를 발행하였으나, 같은 날 I로부터 ‘675nm shorpass fliter’라는 품목명으로 22백만 원의 매입세금계산서를 수취하여 매출품목과 매입품목이 상이한 사실이 확인된다. (2) 이와 관련한 자금의 흐름을 보면 ㈜P에게 매출세금계산서 45백만 원을 발행한 당일 매출대금을 수령하고, 수령한 즉시 45백만 원을 ㈜S 대표 U에게 이체한 후 바로 되돌려받아 V에게 다시 45백만 원을 송금한 사실이 확인되는데, 이는 자금의 흐름을 복잡하게 하여 추적을 어렵게 할 의도로 판단된다. 이처럼 청구인은 2023. 8. 11.부터 2024. 12. 11.까지 약 114억 원 상당의 매출대금(부가가치세 포함)을 ㈜O 및 ㈜P에게 매출세금계산서를 발행한 당일 계좌를 통해 수령하고, 수령한 즉시 매출과 관련되는 매입대금과 상관 없이 U, V, T 등에게 지급한 것이 청구인에 대한 금융거래 현장확인을 통해 확인되었다. (3) 특히 청구인은 조사청의 심문 시 U, V과의 금융거래는 개인적인 대차거래라고 진술하였으나, 대여금 관련 잔액이 기재된 장부는 차용증 등은 전혀 제시하지 못하였는바 진술의 신빙성이 없으며, 수취한 매입세금계산서 가액과 지급한 매입대금이 다른 이유에 대해서도 매입세금계산서를 덜 받았거나 대차거래라고만 진술하였을 뿐, 조사 당시나 현 불복청구 단계에서도 명확하게 소명하지 못하고 있다. (4) 한편 ㈜S U과의 금융거래를 살펴보면, U이 청구인에게 입금한 금액은 약 3억 9천만 원이고 청구인이 U에게 지급한 금액은 약 20억 3천만 원인 것으로 확인되는데, 청구인이 실제로 세금계산서 등을 수수하며 A을 영위한 기간은 2023. 2기부터 2024. 1기로 약 1년에 미치지 못하며 동 기간 총 매출액이 부가가치세 신고서 기준 약 115억 원(부가가치세 포함) 가량으로서, 신고된 전체 매출액의 약 20%에 달하는 거액이 U에게 지급되었으나 이에 대한 차용증, 대차거래장부 등을 전혀 제출하지 못하고 있고, 실제 대차거래가 맞다면 현재까지 미상환된 금액에 대한 청구권을 행사하여야 함이 상식이나, 현재까지 압류나 고소 등의 청구권 행사가 전혀 없는바 이는 정상적인 대차거래라고 할 수 없다. U은 위 자금거래에 대해 “보증금(대출금) 상환에 쓰라고 E이 준 돈이다.”라고 진술한 바 있으며, 실제 ㈜S 명의의 계좌거래내역에서 ‘보증금반환’이라는 명목으로 출금된 사실이 확인된다. (5) 결국 이 건 쟁점거래는 대출금상환 목적의 자금 융통을 위한 것일 뿐, 실제 가치를 가진 연구장비의 정상적인 매출매입 거래라 할 수 없는 것이다. 다. 결어 1) 조사청은 청구인뿐 아니라 이 건 거래의 중심인 ㈜D을 주조사자로 관련업체 전체에 대하여 동시에 세무조사를 실시하였으며, 방대한 양의 경찰 수사자료와 세금계산서 흐름 분석, 조사대상자들로부터 심문조서 징취하여 관련업체 간 순환‧자전거래를 통해 가치 없는 연구장비를 무의미하게 이동하여 관련업체 간 세금계산서 수수 및 신용카드거래를 통해 그 규모를 부풀리고 신용카드대금을 유용하였으며, 사기대출을 실행한 사실을 확인하였다. 2) 조사청은 단순히 청구인이 관련업체 I와 사업장 소재지가 동일하다는 이유만으로 가공거래 부인한 것이 아니라, 거래처간 매출‧매입내역을 분석하여 해당 규모의 거래대상 자산이 실제 존재하지 않으며 모든 거래대금의 원천이 대출금이라는 비정상적인 사업구조를 문제삼고 있으나, 청구인은 이에 대한 어떠한 반증도 제시하지 못한 채 사후적으로 꾸며낸 거래명세서 및 세금계산서 등 형식적인 자료만 제출하여 쟁점거래를 정상거래라고 주장할 뿐이다. 3) 청구인은 A이라는 개인사업자를 운영하게 된 계기가 D E의 권유라고 진술한 바 있으나, 세무조사 결과 청구인의 매입처와 매출처 모두 E의 지시에 따라 정해졌고, 청구인은 거래한 연구장비에 대한 지식이 전무하며, 거래가액에 대한 결정 근거 역시 전혀 모른 채 E이 정하는 대로 거래하였으며, 수수한 매출대금 역시 E과 관련자들에게 아무 이유도 없이 이체하는 등 청구인 자신의 책임하에 A을 운영한 것이 아닌, 그저 E의 사기 행각에 적극 가담한 자인 것으로 확인된다. 특히 가공의 자산을 거래한 것으로 가장하여 세금계산서를 수수하여, 매출대금으로 수령한 금원을 수령 즉시 매입처와는 전혀 상관없는 자에게 지급하는 것은 통상적인 거래로 볼 수 없으며, 이러한 거래를 소명하며 대차거래 또는 매입세금계산서 미수취라는 등의 비상식적인 변명으로 대응할 뿐 관련된 자료는 전혀 제출하지 못하고 있다. 4) 금융거래 현장확인을 통해 청구인은 D, ㈜S, I, ㈜O, ㈜P 등과 공모하여 속칭 자금세탁을 담당하는 자금책임이 확실하게 밝혀진바, 청구인이 사후적으로 조작 가능한 거래명세표와 하이패스 이용내역만으로 실제 거래가 있었다고 주장하는 것은 납득하기 어려운 것이며, 통상적인 실제 유통거래는 대개 매출이 발생하기 전 재고자산을 확보하여 정상적인 영업활동을 통해 매출대금과 매입대금이 정확한 거래처에 입‧출금되기 마련임에도, 청구인은 그와는 전혀 상관 없이 임의로 자금을 출금한 사실이 확인되는바 이는 결코 정상적인 거래라 볼 수 없다. 5) 이와 같이 청구인은 가치를 지닌 자산의 실물거래 없이 단순히 이 건 거래에 가운데 끼어들어 장비가격을 부풀리고 거래대금을 은닉‧융통하는 역할을 한 자로서, 실거래였음을 주장하나 그 근거가 전혀 없고 자금의 흐름이 매우 비정상적이므로, 이 건 부가가치세 부과처분은 정당한바 청구인의 청구를 기각하여 주기 바란다. (조사청 의견에 대한 청구인 항변) 가. 절차의 적법성 관련 1) 조사청은 ‘국세기본법’ 제81조의15제3항제2호에 따라 조세범 처벌법 위반으로 고발되는 경우 과세전적부심사청구 대상에서 제외된다는 이유로 절차적 하자가 없었음을 주장한다. 그러나 청구인이 문제삼는 절차적 하자는 과세전적부심사 생략 그 자체가 아니라, 이전 단계인 세무조사 과정에서 청구인에게 실질적인 소명 및 방어의 기회가 충분히 부여되었는지의 여부이다. ‘국세기본법’ 제81조의15제3항제2호는 과세전적부심사라는 특정 사후 절차의 적용 배제요건만을 규정할 뿐, 조사 과정 자체에서의 적법절차 준수 의무까지 면제하는 것은 아니다. 2) 청구인에 대한 조세범칙혐의자 심문은 2025. 12. 5. 09:35 ∼ 12:10 단 1회만 진행되었다. 그런데 동 심문조서 말미에서 조사청이 “이상의 진술에 대해 이의나 의견이 있습니까.”라고 묻자 청구인은 “없습니다. 다만 추후에 확인 후 다시 말씀드리고 싶습니다.”라고 명시적으로 답변하였다. 이는 청구인이 심문 당시 즉답하지 못한 사항에 대하여 추후 확인을 거쳐 보완진술 및 소명자료를 제출할 의사를 명확히 밝힌 것이다. 3) 실제로 청구인은 심문 과정에서 “계좌는 추후 제출하겠습니다.”, “거래명세서 사본을 추후 제출하겠습니다.”, “대여금을 관리한 파일이 있습니다. 추후 제출하겠습니다.”, “정리한 파일이 있습니다. 추후 제출하겠습니다.”, “확인 후 제출하겠습니다.” 등 다수의 자료 제출을 약속하였고, “2025. 12. 12.까지 최대한 준비하여 1차 제출하겠습니다. 부족한 부분은 보완하여 준비되는 대로 제출하겠습니다.”라고까지 진술하였다. 4) 그럼에도 조사청은 청구인이 위와 같이 추가 소명 및 자료제출 의사를 명확히 표시하였음에도 불구하고, 그 이후 추가 심문이나 소명 기회를 부여하지 아니한 체 조사를 종결하고, 2026. 2. 3. 이 건 처분에 이르렀다. 이는 ‘국세기본법’ 제81조의4(세무조사권 남용 금지) 및 같은 법 제81조의5(세무조사 시 조력을 받을 권리)의 취지와 적법절차 원칙에 비추어 청구인의 방어권을 실질적으로 제한한 것으로서, 세무조사의 절차적 정당성에 의문이 있다 할 것이다. 5) ‘국세기본법’ 제81조의12는 세무조사 결과통지 시 결정‧경정할 과세표준, 세액 및 산출근거를 포함하여야 한다고 규정하고 있다. 그런데 청구인이 조사청으로부터 수령한 경정 세부내역서 등 자료는 거래처별 세금계산서 발급‧수취 합계금액만을 기재하고 있을 뿐, 거래(세금계산서) 건별로 어떠한 사유로 가공거래로 판단하였는지에 대한 구체적인 산출근거를 전혀 기재하고 있지 않다. 6) 이에 청구인은 2026. 6. 13. 조사청 담당자에게 “귀 청에서 앞서 보내준 자료는 합산금액으로 세부 경정내역을 요청드립니다.”하는 취지로 경정 세부내역을 재차 요청하였으나, 조사청으로부터 회신받은 자료 역시 거래처별‧연도별 합계액과 ‘가공확정’ 여부만을 나열한 것에 불과하고, 각 세금계산서 건별 부인사유는 여전히 확인할 수 없었다. 이는 ‘국세기본법’ 제81조의12가 규정한 통지의무의 취지에 부합하지 않는 것으로, 청구인의 방어권 행사를 근본적으로 제약하는 것이다. 나. 가공거래 여부 및 입증의 책임 1) 입증책임의 소재 및 정도    조사청이 인용한 대법원 판례(대법원 2002두6392)의 법리에 의하더라도, 과세요건사실에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있고, 다만 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사정이 밝혀진 경우에 한하여 그 추정을 번복할 입증책임이 납세자에게 전환되는 것이다. 그런데 조사청에 제시한 자료만으로는 쟁점거래 개별 건별로 ‘경험칙상 추정’에 이를 정도의 구체적인 사실관계가 소명되었다고 보기는 어렵다. 처분청 의견서 및 경정 세부내역서에는 거래규모, 관계자 간 거래 비중, 자금흐름의 정황 등 간접적인 사실을 나열하고 있을 뿐, 청구인이 수수한 세금계산서 중 구체적으로 어느 거래가, 어떠한 사유로 실물 공급 없이 세금계산서가 수수된 건인지에 대한 입증에는 이르지 못하였다. 2) 세부 부인내역의 부존재    조사청이 청구인에게 송부한 경정 세부내역서 등에는 거래처별 발급액‧수취액의 합계와 그 합계액에 대한 ‘가공확정’ 표시만 있을 뿐, 각 세금계산서 건(작성일자, 품목, 공급가액 등)별로 왜 가공으로 판단하였는지에 대한 개별적‧구체적 사유가 전혀 기재되어 있지 않다. 이는 조사청이 D 및 관련업체 전체에 대한 공통된 조사 결과만을 근거로 청구인의 쟁점거래 전액을 일괄적으로 가공거래로 의제한 것으로 의심되며, 쟁점거래 건건의 실질을 건별로 조사한 결과라고 보기 어렵다. 3) 청구인이 제시하는 실거래 입증자료    청구인은 아래의 자료를 제시하여, 이를 통해 조사대상기간 중 실제로 물품의 이동 및 대금의 수수가 있었음을 소명하였다. 가) (하이패스 이용내역) 청구인 명의 차량의 통행내역으로, 쟁점매입처와 쟁점매출처 사이의 실제 이동 경로 및 시점이 세금계산서 수수시점과 부합하는지 확인할 수 있는 객관적인 정황증거이다. 하이패스 이용내역은 제3자인 한국도로공사 시스템을 통해 생성‧관리되는 기록으로서, 거래명세서‧세금계산서와 달리 사후 조작 가능성이 낮은 객관적인 자료이다. 조사청은 경찰수사과정에서 확인한 쟁점거래 실물자산이 전체 거래규모의 일부(약 11%)에 불과하다고 주장하나 이는 특정 시점의 현장조사 결과에 불과할 뿐이고, 조사대상기간 전체에 걸친 물류 이동사실을 부정하는 근거가 될 수는 없다. 하이패스 통행내역과 같은 시계열자료가 실제 물류의 이동 사실에 대한 보다 직접적이고 객관적인 증거라 할 것이다. 나) (계좌 입출금 내역) 매입대금 지급 및 매출대금 수령의 실제 자금흐름을 확인할 수 있는 자료이다. 다) (거래명세서) 개별 거래의 품목, 수량, 금액 등을 기재한 서류이다. 4) 청구인이 조사 중 제출한 매입-매출 대사자료 및 후속거래를 통한 실물 확인 가) 청구인은 이 건 세무조사 과정에서 매입내역과 매출내역을 개별 품목, 거래처, 금액 단위로 대사한 정리자료(매입-매출 증빙 대사표, ㈜O/㈜P 관련)를 이미 조사청에 제출하였다. 동 자료에는 청구인이 I, ㈜J, 나노파마 등 쟁점매입처로부터 매입한 개별 품목이 세금계산서 발급일‧품목명‧매입금액별로, 이를 ㈜O, ㈜P에 판매한 개벌 품목이 판매일자‧품목명‧판매금액‧입금일자별로 각각 대사되어 있다. 즉, 조사청이 주장하는 것과 달리 청구인은 거래처별 거래금액 총액 수준을 넘어 이미 건별 매입-매출 대응관계를 정리한 소명자료를 마련하여 제출한 사실이 확인된다. 나) 나아가 청구인이 ㈜O, ㈜P에 판매한 연구장비의 후속 유통 경로, 즉 ㈜O, ㈜P가 연구장비를 다시 D에 공급하고, D이 이를 재차 제3의 업체에 매각하는 흐름의 실재성은 아래와 같은 공적‧객관적 자료를 통해 구체적으로 확인된다. (1) (법원 경매기록) W지방법원의 유체동산호가경매조서에 의하면, 압류‧경매된 물건 목록에 ‘생산제품(11)’ 17개(평가액 170,000,000원), ‘생산재품(12)’ 2개(평가액 40,000,000원), ‘생산제품()‘ 4개, ’생산제품()’ 6개 등이 포함되어 있다. 이는 D이 실제로 상당한 수량의 11, 12 등 생산제품을 보유하고 있었다는 사실을 법원의 공적 기록을 통해 확인시켜 주는 것으로서, 조사청이 쟁점거래 관련 실물자산의 존재를 부정하는 것과 배치된다. (2) (㈜BA와의 거래) ㈜BA가 청구인 측에 회신한 이메일 및 첨부자료에 의하면, D은 2024. 6. 10.(고성능 액체크로마토그라피, 2024. 6. 17.(질량분석기(HPLC 외), 2024. 8. 5.(마이크로플레이트리더 외 45건) 총 3건에 걸쳐 불용기기를 ㈜BA에 매각하였고, 이에 대한 세금계산서 및 입금 확인증이 각각 발급‧수취되었다. (3) (BB와의 거래) BB가 D 앞으로 발행한 매입견적서에는 현미경, 인큐베이터, 클린벤치, 초순수제조기 등 품목이 기재되어 있고, 이와 관련하여 BC이 2024. 8. 21. 13,805,000원을 당시 D 대표이사 BD 명의의 계좌로 송금한 내역이 확인된다. (4) (BE와의 거래) D이 BE에 발행한 2024. 9. 25.자(8,800,000원), 2024. 11. 13.자(7,700,000원), 2025. 7. 8.자(891,000원) 견적서(클린벤치, 인큐베이터, 형광현미경, iBright 이미징기계, Automated cell counter 등)에 대응하여, 은행 계좌로 각 2024. 10. 11., 2024. 12. 12., 2025. 7. 23.에 동일한 금액이 실제로 입금된 거래내역확인증‧거래명세서가 확인된다. 다) 위 (2) ∼ (4) 거래에서 매각된 품목(현미경, 인큐베이터, 클린벤치, 형광현미경, 세포계수기, 크로마토그라피 분석기기 등)은 청구인이 취급한 연구장비와 동일한 카테고리에 속하는 것으로서, D이 관련업체로부터 회수한 중고‧불용 연구장비를 제3자에게 실제로 매각하는 사업을 지속적으로 영위하였다는 사실을 뒷받침한다. 이는 청구인(A)으로부터 ㈜O, ㈜P를 거쳐 D에 이르는 장비 유통경로가 서류상으로만 존재하는 가공의 구조가 아니라 실물의 이동을 수반한 현실의 유통망이었다는 청구인의 주장과 정합한다. 라) 이처럼 청구인으로부터 매출된 장비의 후속 유통 경로가 법원 기록 및 제3자와의 실제 거래를 통해 구체적으로 확인됨에도 불구하고, 조사청은 이에 대한 조사나 확인절차를 전혀 거치지 아니한 채 쟁점거래 전액을 일괄하여 가공거래로 부인하였다. 과세요건사실에 대한 입증책임을 부담하는 조사청으로서는 최소한 이와 같이 확인 가능한 후속거래에 대하여 조사할 의무가 있었다고 할 것이며, 이를 전혀 확인하지 아니한 채 일괄 부인한 것은 입증책임을 다하지 못한 것이다. 다. 조사청의 개별 주장에 대한 반박 1) “모든 거래가 E에 의해 결정되었다.”라는 주장 관련    청구인이 매입가격 결정, 매출처 알선 등에 있어 D E 대표의 조언과 소개를 받은 사실은 있으나, 이는 해당 업계 경험이 부족한 신규사업자가 선행사업자의 조언을 받아 거래를 진행한 것에 불과하며, 이러한 사정만으로 청구인의 사업자성 자체가 부정된다고 볼 수는 없다. 청구인은 스스로 계약을 체결하고, 세금계산서를 수수하였으며, 대금을 본인 명의 계좌로 직접 수수하는 등 거래의 당사자로서 역할을 수행하였다. 2) “2020년 이전 D 제품매출액 대비 대리점의 재판매액이 과다하다.”라는 주장 관련    처분청이 제시한 수치(D 제품매출 477억 원 / 대리점 재판매액 560억 원)는 D의 감사보고서상 ‘제품’ 매출항목만을 추출‧합산한 것으로, I, ㈜S 등 D 관련업체(대리점)이 보유한 재고자산의 회전, 감가상각률 산정방식, 대리점 자체 매입 등 다양한 변수를 반영하지 않은 단순 비교에 불과하다. 청구인은 조사청에 대하여 위 금액 산정의 구체적 근거자료(재고수불부, 감정평가자료 등) 공개를 요청한다. 3) “실물자산이 확인되지 않는다.”라는 주장 관련    위에서 언급한 하이패스 내역 등을 통해 청구인이 실제로 물품을 운송한 정황이 확인되는바, 경찰의 부분적 현장조사 결과만으로 전체 거래의 가공성을 단정할 수는 없다. 4) 심문조서상 특정 제품(11, 12) 관련 진술 관련 가) 조사청은 청구인이 매입한 연구장비를 2020년 이전 장비로 기억한다고 진술한 부분에 대하여, D의 11, 12 제품은 2020년 이후 자체 개발된 장비이므로 진술 자체가 모순된다고 주장한다. 그러나 D이 조사청에 제출한 소명자료(11, 12 제조 및 교체 경위에 관한 소명서)에 의하면, 오히려 11의 초기모델과 12의 초기모델은 모두 2020년에 최초 출시되었고, 그 후 초기모델의 문제점을 개선한 후속모델(112는 2021. 7. 출시, 122는 2021년 출시)이 나오면서, D이 기존에 공급하였던 구형 장비(111, 12 초기모델)를 회수하여 신형 장비로 교체 공급하였다는 사실이 확인된다. 나) 즉 11, 12의 초기모델은 조사청의 주장과 달리 2020년에 이미 출시되어 실제로 유통되고 있었던 장비이다. 청구인이 심문 당시 ‘2020년 이전’이라고 진술한 것은 정확한 출시연도를 특정하여 답변한 것이 아니라, 이미 신형(112, 122)으로 교체되어 시중에서 구형으로 취급되던 장비를 기억에 의존하여 ‘오래된 모델’이라는 취지로 개략적으로 표현한 것으로 봄이 합리적이다. 이와 같은 대략적인 시기표현 상의 오차만으로 청구인의 진술 전체의 신빙성이 부정된다고 볼 수는 없으며, 오히려 청구인이 매입 및 판매한 장비의 실체(111, 12 초기모델)은 소명자료를 통해 객관적으로 확인된다. 다) 나아가 위 D의 소명자료에는 ‘D과 ㈜S, I 등은 실제로 장비를 공급하였고, 렌탈이 종료되면 장비를 회수하였으며, A이 I 등에서 인수하거나 일부는 대학교를 직접 방문하여 인수하였다. 이는 하이패스 기록이나, 대학교에 렌탈 교수들을 통해 분명 확인이 된다.’라는 취지의 내용이 기재되어 있다. 이는 D 스스로도 청구인이 회수 장비의 인수‧유통 과정에 실제로 관여하였음을 인정하고 있는 것으로서, 청구인이 제출한 하이패스 내역과 함께, 청구인의 거래가 서류상으로만 존재하는 가공거래가 아니라 실물 장비의 이동을 수반한 실제 거래였음을 뒷받침하는 유력한 자료이다. 라) 또한 W지방법원의 유체동산호가경매조서에는 압류물건 목록에 생산제품(11) 17개, 생산제품(12) 2개가 실제로 등재되어 있어, D이 상당한 수량의 11, 12 실물을 보유하고 있었다는 사실이 법원의 공적 기록을 통해서도 확인된다. 이는 조사청이 지적하는 진술상의 시기 표현의 문제를 넘어 11, 12가 서류상으로만 존재하는 가공의 자산이 아니라 실재하는 물건이었음을 뒷받침하는 객관적인 증거이다. 5) “매입처가 D 관련업체에 편중되어 있다.”라는 주장 관련    중고 연구장비 유통업의 특성상 공급망이 소수의 관계업체에 집중되는 것은 해당 업종의 일반적인 거래 구조일 수 있으며, 이는 거래상대방 선정의 편의성 문제일 뿐 거래 자체의 가공성을 뒷받침하는 직접증거가 될 수 없다. 6) 자금 이체 관련 – U에 대한 대여금 관계의 소명 가) 매출대금을 수령한 즉시 매입대금 등으로 이체한 사정은, 선지급을 통해 매입자금을 조달하는 거래구조상 결제조건에 따른 정산으로 볼 여지가 있다. 나) 한편 조사청은 청구인과 ㈜S U 사이에 자금이체에 대하여 차용증 등 개인 간 대차거래 관련 자료가 없다는 점을 지적하고 있다. 그러나 청구인과 U은 D 재직 당시부터 알고 지내던 사이로, 서로에 대한 신뢰를 바탕으로 금전을 주고받으며 별도의 차용증을 작성하지 않은 것일 뿐이며, 이는 개인 간 소액/수시 대여관계에서 통상 있을 수 있는 일이다. 청구인은 심문 당시에도 U과의 자금이체거래를 대차거래(대여금)라고 진술하였고, U 또한 청구인으로부터 금원을 차용하였다는 취지로 진술한 바 있다. 다) 나아가 청구인의 은행 계좌(659) 거래내역을 정산한 결과, 조사대상기간 중 청구인이 U에게 송금한 금액과 U으로부터 반환받은 금액은 아래와 같이 정확히 대사된다. 이는 청구인이 심문 당시 “대여금을 관리한 파일이 있으며 추후 제출하겠다.”라고 진술한 자료이다. 특히 청구인이 보관하고 있던 위 계좌거래내역 자료에는 별도의 계산 없이도 하단에 ‘빌려준 금액 343,237,900원, ’돌려받은 금액 134,000,000원‘, ’차액 209,237,900원‘이라는 청구인 자체의 정산내역이 함께 기재되어 있으며, 이는 각 개별 거래를 일일이 대조‧합산한 결과와 정확히 일치한다. 이러한 정산 내역의 존재 자체가 청구인이 U과의 자금거래를 실제 대여‧반환거래로 인식하고 지속적으로 관리하여 왔음을 뒷받침하는 정황이다. <그림 삽입을 위한 여백>     라) 이처럼 계좌 거래내역상 대여와 반환이 개별적으로 특정‧대사되는 이상, 청구인과 U 사이의 자금이체는 매출대금을 사적으로 은닉하거나 자금세탁을 위한 것이 아니라 실제 개인 간 대차관계에 따른 것이라고 봄이 합리적이다. 조사청이 인용한 U의 ’보증금(대출금) 상환에 쓰라고 E 대표가 준 돈‘이라는 진술은 자금의 최초 출처에 관한 U 개인의 인식을 언급한 것에 불과할 뿐, 청구인과 U 사이에 대여‧반환 관계가 존재한다는 사실 자체를 부정하는 것은 아니다. 미회수 대여금 209,237,900원에 대하여는 관련 상황이 정리되는 대로 청구권을 행사할 예정이다. 7) 자금 이체 관련 – V에 대한 자금이체에 대하여    조사청은 청구인이 매출대금 수령 즉시 V에게 이체한 내역에 대하여도 대여 관련 자료 미비를 지적하고 있으나, 이 부분 역시 아래와 같은 이유로 가공거래를 뒷받침하는 근거가 될 수 없다. 가) V은 청구인의 매입처‧매출처 등 쟁점거래와 관련된 사업자가 아니라 청구인이 개인적으로 알고 지내던 지인이다. 청구인과 V 사이의 자금이체는 사업상 거래대금이 아니라 순수한 개인 간 금전 차용관계에 해당하며, U의 경우와 마찬가지로 서로에 대한 신뢰를 바탕으로 이루어진 것이어서 별도의 차용증을 작성하지 아니한 것이다. 나) 설령 청구인이 매출대금 중 일부를 인출하여 V에게 개인적으로 대여하였다고 하더라도, 이러한 사정은 이 건 처분의 당부와는 무관하다. 청구인은 법인이 아닌 개인사업자로서 개인사업자의 사업소득은 법인의 소득과 달리 사업주 개인의 재산과 법적으로 구분되지 아니하고 당연히 사업주 개인에게 귀속된다. 따라서 청구인이 매출대금(이미 정당하게 신고납부된 사업소득)을 인출하여 개인적으로 소비하거나 지인에게 대여하는 행위는 사업자의 자유로운 재산 처분행위에 해당할 뿐이며, 이를 근거로 해당 매출 자체가 가공거래라고 추단할 수는 없다. 즉, 매출대금 수령 이후 그 자금을 사업주가 어떻게 사용하였는지의 문제와, 애당초 그 매출의 기초가 된 거래가 실재하였는지의 문제는 별개의 쟁점이다. 다) 따라서 V에 대한 이체 내역을 쟁점거래 전체의 가공성을 뒷받침하는 정황증거로 삼는 것은 개인사업자의 법적 성격을 오해한 것으로, 부당하다. 라. 결론 1) 이상 살펴본 바와 같이 조사청은 청구인의 개별 거래에 대한 구체적‧건별 부인 근거를 제시하지 못하고 있는 반면, 청구인은 이 건 이의신청을 통해 실제 물류의 이동 및 대금 수수 사실을 뒷받침하는 객관적인 자료를 제출하였다. 나아가 청구인이 이미 제출한 매입-매출 대사자료 및 후속 거래 관련 법원‧제3자 기록에 비추어 볼 때, 조사청은 확인 가능한 자료조차 조사하지 아니한 채 쟁점거래 전액을 일괄 부인한 것으로 보인다. 조사청이 주장하는 정황들은 관련업체 전체에 대한 조사결과에 기초한 간접적이고 포괄적인 판단에 불과할 뿐, 청구인이 수수한 개별 세금계산서 각각이 실물공급 없는 가공거래임을 개별적으로 입증하였다고 보기는 어렵다. 2) 이에 청구인은 조사청에 대하여 거래처별‧건별 구체적 가공 판단 근거(산출근거)의 재공개를 요청하며, 청구인이 제출한 실물거래를 뒷받침하는 자료를 종합적으로 재심리하여 이 건 처분을 취소하여 주기를 바란다. (청구인 항변에 대한 조사청 추가의견) 가. 조사·심문 절차의 적접성에 관한 처분청 의견 1) 과세전적부심사 생략 관련 가) 청구인은 과세전적부심사 제외 그 자체를 문제 삼는 것이 아니라 조사 과정에서의 소명·방어 기회 보장 여부라고 주장을 변경하였으며, 이에 대하여는 아래 ‘2) 소명·자료제출 기회 부여’를 통해 답변하려고 한다. 나) 다만 ‘국세기본법’ 제81조의15제3항제2호에 따라 조세범 처벌법 위반으로 고발하는 경우 과세전적부심사 대상에서 제외되는바, 청구인에 대하여 ‘조세범처벌법’ 제10조제3항 및 ‘특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률’ 제8조의2 위반으로 H지방검찰청에 고발하였으므로 이 부분에 절차적 하자가 없음은 청구인도 다투지 않았다. 2) 소명·자료제출 기회 부여 관련 가) 청구인에게는 충분한 소명 및 자료제출 기회가 부여되었으며, 자료를 제출하지 아니한 것은 청구인의 선택에 따른 것이다. 청구인은 심문(2025. 12. 5.) 당시 “2025년 12월 12일까지 최대한 준비하여 1차 제출하겠습니다. 부족한 부분은 보완하여 준비되는대로 제출하겠습니다.”라고 진술하였음을 스스로 인용하고 있다. 나) 그런데 청구인이 스스로 정한 제출기한(2025. 12. 12.) 이후 조사 종결을 2주 정도 남겨둔 상황에서 우체국 소포(2025. 12. 29.)를 통해 거래사실 입증서류라며 계약서 및 거래명세서 하이패스 기록 등을 발송하였다. 다) 해당 자료에 대해 조사청은 조사 종결 전까지 확인하였고 청구인 외 다른 관련 업체들에서도 비슷한 내용의 자료는 제출하였지만, 거래사실을 실제 입증하지 못한다고 판단하였습니다. 이와 같이 판단한 사유에 대해서는 후술하겠다. 라) 또한 청구인은 우체국 소포를 발송한 것 이외에 항변서를 통해 제출한 자료(첨부3 U 대여금 정산표)를 보유하고 있음에도 조사기간 동안 제출하지 않았다. 마) ‘국세기본법’ 제81조의4 및 제81조의5는 조사권 남용을 금지하고 조력을 받을 권리를 규정한 것이지, 납세자가 제출한 약속한 자료를 제출할 때까지 조사를 무기한 계속할 의무를 처분청에 부과한 것이 아니다. 조사기간은 ‘국세기본법’ 제81조의8에 따라 제한되며, 청구인은 조사기간 중은 물론 조사종결 후 처분 전까지도 자료를 제출할 수 있었다. 3) 결정근거 통지 관련 가) 조사청은 세무조사 결과를 통지하면서 통지서에 과세기간별 결정·경정 대상금액, 결정·경정 사유(가공매출‧가공매입), 근거법령, 가산세의 종류‧대상금액 세율‧세액을 명시하였고, 청구인의 요청에 따라 2026. 6. 12. 거래처별·연도별 경정세부내역서를 추가로 제공하였다. 나) 청구인은 ‘개별 세금계산서 건별로 어떠한 사유로 가공거래로 판단하였는지’를 기재하지 아니한 것이 통지의무 위반이라고 주장하나. ‘국세기본법’ 제81조의12가 요구하는 것은 ‘결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거’이지 개별 세금계산서 1매 마다의 판단사유서가 아니다. 다) 나아가 이 건 처분 사유는 개별 세금계산서 각각에 흠결이 있다는 것이 아니라, 청구인의 사업 자체가 실체를 갖추지 못한 자금융통 창구였다는 것이다. 이러한 유형에서 부인의 근거는 거래 건별 흠결이 아니라 다음과 같은 사업 전체의 비실재성으로 구성되며, 이는 세무조사 결과통지 및 이의신청에 대한 조사청 의견서에 이미 구체적으로 기재하였다. (1) (사업장 부존재) A의 사업장은 I와 동일한 장소이고, 임차료·공과금 지급내역이 전혀 없으며, 세금계산서 발행 IP가 I·㈜J와 일치한다. (2) (거래처의 완전한 폐쇄성) 매입 103억 원 중 제3자 매입은 약 9백만 원(0.09%)에 불과하고, 그 내용도 렌트료·기장료 등 상품매입과 무관하며, 매출 104억 원 중 98%가 관련업체 상대이다. (3) (장부의 부존재) 청구인은 심문에서 재고자산 관리명세·입출고기록·매입매출장 보유 여부를 묻자 “개인사업자라 그렇게까지 할 필요는 없는 것으로 알고 있습니다.”라고 답변하였고 기초적인 장부조차 기록·관리하고 있지 않았다. (4) (의사결정권의 부존재) 매입 장비의 종류·위치·가격, 매출처, 매출가격이 모두 E에 의하여 결정되었으며, 심문 당시 청구인은 “중고가 책정은 제가 하는 것은 아니었습니다.”라고 진술하였다. (5) (매출대금의 즉시 유출) 2023. 8. 11.부터 약 114억 원의 매출에 대해 세금계산서를 발행하고 매출대금 역시 매출 당일 수령하였으며, 매출대금 입금 즉시 매입처와 무관한 U·V·T에게 전액 이체되었다. (6) (매입·매출 품목 불일치) 최초 매출(2023. 8. 11. Deep Freezer 45백만 원)에 대응하는 매입은 I의 675m shorpass filter로 약 22백만 원으로 품목·금액 모두 불일치한다. 나. 청구인 제출자료에 관한 처분청 의견 1) 청구주장에 대한 반증(법원 경매조서) 가) 청구인이 제출한 경매조서는 오히려 이 건 연구장비의 가격이 실제 가치의 수십 배로 부풀려져 있음을 입증하는 자료이다. 청구인은 W지방법원유체동산호가경매 조서(2024본1671)에 ‘생산제품(11)’ 17개 등이 등재되어 있으므로 실물이 존재한다고 주장한다. 나) 그러나 동 조서에 기재된 감정평가액은 다음과 같다. 품목 수량 평가액(원) 1개당 평가액(원)                                 다) 한편, ㈜D의 원가매칭 자료에 의하면 11 제품에 대하여 발급된 매출 세금계산서의 공급가액은 1건당 114,208,000원 및 196,295,000원으로 확인하였다. 즉 법원의 감정평가액은 1대당 10,000,000원인 제품이 매출세금계산서상으로는 그 11배 내지 20배의 가격으로 공급된 것으로 기재된 것이다. 라) 나아가 위 경매의 실제 매각대금 총액은 34,860,000원에 불과하며, 경매목록에는 위 생산제품 외에 드론·쇼파·컴퓨터·공기청정기·책상의자·회의탁자·TV·전자렌지 등 일반 사무집기가 다수 포함되어 있으며, 평가액 266,000,000원 상당의 생산제품을 포함한 압류물건 전체가 34,860,000원에 매각된 것으로 이는 해당 자산의 실질가치가 장부·세금계산서 상 금액과 현저히 괴리가 있음을 보여주고 있다. 마) 무엇보다 위 경매목록의 ‘생산제품’은 D이 보유하던 자체제작 완제품 재고로서, 청구인이 I 등으로부터 매입하여 ㈜O와 ㈜P에 공급하였다고 주장하는 렌탈 종료 중고 연구장비와는 전혀 다른 자산이다. 청구인은 서로 다른 자산을 혼동하여 원용하고 있는 것으로, 경매조서는 청구인의 쟁점거래가 실재하였음을 뒷받침하는 자료가 될 수 없다. 바) 또한 위 경매는 2025. 9. 8.에 실시된 것으로, 이건 조사대상 과세기간(2023년 제2기 ∼ 2024년 제1기) 이후의 사정이다. 2) BD 개인계좌 입금사실(제3자 매각거래) 가) 청구인이 제출한 3건의 거래는 모두 대금이 ㈜D 법인계좌가 아닌 BD 개인계좌로 입금된 것으로, ㈜D이 별도로 횡령·배임 고발한 무단매각 거래에 해당하며 청구인의 쟁점거래와 무관하다. 나) 청구인은 D이 ㈜BA·BB·BE에 불용기기를 매각한 사실을 들어, 관련업체를 거쳐 D에 이르는 유통망이 실재하였다고 주장하고 있다. 그러나 청구인이 제출한 거래내역확인증에 의하면 대금 수취인은 다음과 같다. 거래상대방 거래일 금액 수취인(적요)                                 다) 이는 D이 이 건과 별도로 진행 중인 이의신청에서 “전 대표이사 BD가 청구법인이 ㈜O 또는 ㈜P에서 매입해 보관 중인 연구장비를 시가의 10% 이하 가격으로 임의 매각하고 자신의 개인계좌로 송금받았다.”라고 주장하며 ’26. 3. H경찰청에 고발한 바로 그 거래에 해당합니다. 라) 따라서 위 거래는 D의 정상적인 영업활동이 아니라 전 대표자 개인의 무단처분 행위로서 D 스스로 그 위법성을 다투고 있는 거래이며, 이를 근거로 청구인의 쟁점거래가 실재하였다고 볼 수 없다. 마) 나아가 위 거래는 모두 2024년 6월 이후, 즉 이 건 조사대상 과세기간 종료 이후에 발생한 것으로 쟁점거래와 시기적으로도 무관하며, 오히려 청구인이 실물의 존재를 주장하며 제출한 자료가 D이 위법한 처분행위였다고 주장하는 거래라는 점은 청구인과 D 측이 이 사건 불복에서 서로 모순되는 주장을 하고 있음을 보여주는 것이다. 3) 3분 만의 순환거래(U 대여금 정산표) 가) 청구인이 제출한 계좌거래내역은 대차관계를 입증하는 것이 아니라, 청구인의 계좌가 자금의 통과 경로에 불과하였음을 입증하는 자료이다. 청구인은 U에 대한 송금이 개인 간 대여이며 반환도 이루어졌다고 주장하나, 청구인이 제출한 하나은행 계좌 거래내역에 따르면 2023. 10. 24. 13:37 송금한 28,000,000원이 3분 후인 13:40에 동일한 금액으로 되돌아왔고, 2023. 10. 26. 11:38 송금한 23,000,000원 역시 3분 후인 11:41분에 동일한 금액으로 반환되었다. 3분 만에 반환되는 금전소비대차는 사회통념상 존재하지 아니하며, 이는 대여·반환이 아니라 계좌 간 자금을 순환시켜 거래의 외관을 만든 것으로 보는 것이 합리적이다. 나) 또한 청구인이 ‘반환’으로 분류한 3건 중 2023. 10. 27. 83,000,000원은 이에 대응하는 대여 송금 자체가 존재하지 아니하는바, 청구인이 작성한 정산표는 대차 관계를 확인해 주는 자료가 되지 못한다. 다) 나아가 위 거래내역에 나타난 거래 후 잔액을 보면, 2023. 8. 11. U에게 45,000,000원을 송금한 직후 잔액이 29,950원이고, 2023. 11. 1. 15,000,000원을 송금한 직후 잔액은 0원이다. 조사대상기간 중 부가가치세 신고 기준 약 115억 원의 매출을 발생시키는 사업자의 계좌 잔액이 3만 원 미만 또는 0원이라는 것은 해당 계좌가 사업의 운전자금을 보유·운용하는 계좌가 아니라 자금이 통과하기만하는 경로였음을 의미한다. 라) 청구인은 U·V과의 개인적인 신뢰 관계를 이유로 차용증을 작성하지 아니하였다고 주장하나, 조사대상기간 약 1년 동안 U에게 지급한 금액은 약 20억 3천만 원으로 이는 같은 기간의 총 매출액(115억 원)의 약 20%에 해당하는 고액이다. 개인 간의 신뢰만으로 20억 원을 무담보·무증서로 대여하고 미회수 상태가 2년 이상 지속됨에도 아무런 청구권 행사를 하지 아니한다는 것은 경험칙에 반하는 것이다. 마) U은 ㈜S 세무조사 중 위 자금에 대하여 ‘보증금(대출금) 상환에 쓰라고 E 대표가 준 돈’이라고 진술하였고, 실제로 ‘보증금반환’ 명목으로 지출된 사실이 확인되었다. 청구인은 이를 ‘자금의 최초 출처에 관한 U 개인의 인식’에 불과하다고 하나, U은 자금을 수령한 당사자로서 그 성격을 가장 잘 아는 자이며, 그 진술은 자금흐름 기록과도 부합한다. 4) 개인사업자 법리의 오해(V에 대한 이체) 가) 청구인은 개인사업자의 사업소득은 사업주 개인에게 귀속되므로 매출대금을 인출하여 지인에게 대여하는 것은 자유로운 재산 처분행위이고, 이를 근거로 매출 자체를 가공이라고 추단할 수 없다고 주장하고 있다. 나) 그러나 조사청이 문제 삼는 것은 청구인이 매출대금을 ‘어떻게 사용하였는지’가 아니라, 매출세금계산서 발행 당일 대금이 입금되고 그 즉시 매입처와 무관한 자에게 전액이 이체되는 패턴이 반복되었다는 점, 그리고 그 결과 청구인에게 사업의 성과로서 귀속된 이익이 존재하지 아니한다는 점이다. 다) 실제로 2023. 8. 11. 거래를 보면, ㈜P로부터 45백만 원을 수령한 즉시 U에게 45백만 원을 이체하고, U으로부터 이를 되돌려받아 다시 V에게 45백만 원을 송금하였다. 이는 사업주가 사업의 성과를 처분한 것이 아니라 자금의 이동 경로를 복잡하게 만든 것으로 볼 수밖에 없다. 라) 정상적인 유통업이라면 매출대금 중 매입대금을 매입처에 지급하고 그 차액인 마진이 사업주에게 남기기 마련인데 청구인의 경우 매출대금이 매입처가 아닌 제3자에게 전액 이체되고, 매입대금은 세금계산서상 금액과 전혀 일치하지 아니하며, 계좌 잔액은 0원에 수렴한다. 이는 사업소득의 처분 문제가 아니라 사업의 실체 자체에 관한 문제이다. 5) 하이패스 통행 내역 가) 하이패스 통행내역은 차량이 특정 시강에 특정 영업소를 통과한 사실을 기록한 것일 뿐, 그 차량이 ‘어떤 물건을’, ‘얼마만큼’ 운송하였는지를 증명하지 못한다. 나) 특히 이 건과 같이 동일한 장비를 여러 단계에 걸쳐 반복 이동시키면서 각 단계마다 세금계산서를 발급한 것으로 확인된 사안에서는, 차량의 이동 사실 자체가 곧 각 세금계산서에 대응하는 재화의 공급을 의미하지 아니한다. 다) 나아가 청구인은 조사청과의 심문에서 “보통 매입일 당일이나 다음날 판매가 완료되었습니다.’”라고 진술하였는바, 매입 당일 또는 익일 판매가 완료된다는 것은 청구인이 별도로 재고나 재고를 보관할 창고를 보유할 필요가 없고 실제로도 보유하지 아니하였음을 증명하는 것이다. 6) D의 11, 12 관련 진술 가) 청구인은 D이 조사청에 제출한 소명서를 원용하여 11, 12의 초기모델이 2020년 출시되었고 후속모델 출시에 따라 구형을 회수·교체하였으므로 자신이 ‘2020년 이전 장비’ 진술이 대략적인 표현에 불과하다고 주장하고 있다. 나) 그러나 D이 이 사건 가공거래 구조의 중심에 있는 법인으로서, 대표자였던 E은 청구인의 매입처·매출처·가격을 모두 결정한 것으로 확인된 자이다. 그러한 자가 자신의 세무조사 과정에서 방어를 위하여 제출한 소명서는 청구인과 이해관계를 같이하는 자의 진술에 불과하며, 객관적 증거로 인정할 수 없다. 다) 더욱이, 청구인의 주장을 그대로 받아들이더라도 모순은 해소되지 아니하며, 청구인은 심문에서 매입한 중고장비를 ‘렌탈 종료된 기간으로 보면 2020년 이전 장비’라고 진술하였는데, 청구인이 원용하는 소명서에 의하면 11·12 초기모델은 2020년에 최초 출시되었다는 것이므로, 2020년에 최초 출시된 제품이 2020년 이전에 렌탈 종료될 수는 없는 것이다. 라) 나아가 청구인은 조사청과의 심문에서 매입한 장비에 관하여 “명확히 기억나진 않습니다.”, “대략적인 장비는 어느 정도 구분할 수 있습니다.”라고 진술하였고, 재고자산 관리명세·입출고 기록·매입매출장을 보유하지 아니한다고 답변하였다. 취급 물품을 특정할 수 있는 기록을 전혀 보유하지 아니한 상태에서 사후에 제출된 소명서에 맞추어 진술의 취지를 재구성하는 것은 신빙성을 인정할 수 없다. 다. 쟁점거래의 가공거래 입증에 대한 조사청 의견 1) 주요매입처(관련교수 명의 개인사업자) 가) 청구인의 매입처 중 대학교수 명의로 등록된 개인사업자가 차지하는 비중 약 80% 정도이며 각 업체별 거래금액은 다음과 같다. <그림 삽입을 위한 여백> 매입처 대표자(교수) 공급가액(원) 거래건수                                                                       다) 청구인은 I·㈜J 등으로부터 ‘렌탈이 종료된 중고 연구장비’를 매입하였다고 주장하나, 위와 같이 총 8개 협력교수 명의 개인사업자로부터 약 29.7억 원을 매입한 것으로 신고하였습니다. 이들 사업자는 연구장비 유통업을 영위하는 자가 아니라 최종사용자인 교수로 실제 사업자로 보기 어렵다. ≪ 교수 피의자 신문조서 발췌 ≫   라) 조사 결과 위 8개 사업자로부터 매입한 품목을 ㈜O·㈜P 등에 매출한 이력이 확인되지 아니하고, 대금 지급 내역도 세금계산서 수취 건과 전혀 일치하지 않는다. 마) 또한 위 교수들은 조사청이 확인한 D 연구장비의 최종사용자 16인에 포함되는 자들로서, ‘D → 대리점 → 교수(렌탈)’로 공급된 장비가 다시 ‘교수 명의사업자 → 청구인 → ㈜O·㈜P → D’으로 순환하는 구조가 확인됩니다. 이는 동일한 자산을 관련인 사이에서 반복 이동시키며 각 단계마다 세금계산서를 발급한 자전거래의 전형이다. 2) 청구인과 동일 거래구조인 관련업체 대표자의 진술 가) 청구인과 동일한 위치에서 자금융통 역할을 수행한 것으로 확인된 M의 대표자 BF은 2024. 10. X경찰청에 출석하여 다음과 같이 진술하였다. ≪ BF 진술조서 발췌 ≫     나) M 역시 대표자 BF은 I의 전 직원이고 E의 권유로 개업하였으며, 매출대금을 T(E의 배우자)에게 즉시 전액 이체하였고 협력교수 명의 사업자로부터 매입한 것으로 신고한 점에서 청구인과 거래구조가 동일하다. 조사청은 M에 대하여도 관련업체와의 거래 전액을 가공거래로 확정하고 즉시 고발하였다. 다) 청구인은 “E의 조언과 소개를 받은 사실은 있으나 이는 신규 사업자가 선행 사업자의 조언을 받은 것에 불과하다.”라고 주장하나, 동일한 구조에 놓인 다른 사업자가 그 실체를 스스로 인정하고 있는 점에 비추어 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다. 3) D의 내부자료를 통해 확인되는 사실 가) 조사청은 D으로부터 예치한 2020년~2023년 원가매칭 자료는 D E이 원재료를 매칭하여 수기로 작성한 것을 회계부서가 정리한 내부자료로서, ‘① 1대의 장비 매입원가를 6회로 분할하여 3개 이상의 계약에 배부하는 등 분할매입이 2020년 4건에서 2022년 82건, 2023년 95건으로 증가, ② 매출세금계산서 품목은 연구장비이나 원재료의 실체는 쿠팡·롯데ON·네이버·위메프 등에서 구매한 휴대폰·스마트워치·무선이어폰·모니터 등 일반 가전기기로 확인, ③ 계약일보다 4개월 뒤에 매입한 물품을 해당 계약의 원가로 소급 계상, ④ 계약일 원가율이 9%에서 102%까지 편차를 보이고, 2023년에는 원가가 매출을 초과하는 계약도 확인, ⑤ ㈜D의 매입처 명의가 ㈜S·I → ㈜O·Y·Z → ㈜P·M로 연도별 순차 교체되었음에도 거래구조는 전 기간 동일’한 사실이 확인된다. 나) 특히 상기 ⑤의 교체 흐름에서 청구인은 2023. 7. 31. 개업하여 ㈜P가 주 매입처로 부상한 시기와 정확히 일치하는바, 청구인의 개업은 독립적인 창업이 아니라 기존 순환구조에 새로운 명의를 투입한 것으로 보는 것이 합리적이다. 4) 청구인이 조사청과의 심문에서 자인한 사항 가) 청구인이 심문 중 진술한 주요 내용은 다음과 같다. 항목 심문조서 진술 내용                             나) 위 진술을 종합하면 청구인은 거래개시, 매입처와 매출처 선정, 매입가격과 매출가격의 결정, 초기 운전자금의 조달에 이르기까지 사업의 본질적 요소 전부를 E에게 의존하였고, 사업의 기록(장부·재고관리)을 전혀 보유하지 아니하였으며, 취급 물품조차 특정하지 못하고 있다. 라. 가공거래 입증책임에 대한 조사청 의견 1) 청구인은 대법원 2000두6392 판결을 원용하며 개별 거래별로 경험칙상 추정에 이를 정도로 구체적 사실관계가 소명되지 않았다고 주장하고 있다. 2) 그러나 위 판결은 “구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제가 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다.”라는 것으로, 경험칙상 추정이 반드시 ‘개별 거래 별로’ 이루어져야 한다고 판시한 것이 아니다. 3) 나아가 대법원은 납세의무자가 신고한 특정 재화나 용역의 거래에 관한 세금계산서가 재화 등의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지는 경우에는 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 편리한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 판시하고 있다. 4) 이 건에서 조사청은 사업장의 부존재, 거래처의 완전한 폐쇄성, 매출대금의 입금 즉시 전액 유출, 매입·매출 품목 및 일자의 불일치, 대표자의 의사결정권 부존재, 관련교수 명의 사업자로부터의 매입, 동일 구조 관련업체 대표자의 가공거래 시인 등을 통하여 청구인의 사업 자체가 실체를 갖추지 못하였음을 상당한 정도로 증명하였다. 5) 반면 청구인은 실물거래의 존재를 증명할 수 있는 가장 기본적인 자료인 재고자산 명세·입출고기록, 매입매출장을 보유하지 않았으며, 자료를 제시하기가 편리한 위치에 있으면서도 그 기록 자체를 만들지 아니한 사정을 조사청의 입증 부족으로 돌릴 수는 없다. 6) 한편 청구인은 ’건별 매입·매출 대사표‘를 이미 제출하였다고 주장하나, 동 자료는 세금계산서에 기재된 품목명, 일자, 금액을 서로 배열한 문서에 불과하며, 그 배열의 기초가 되는 실물의 입고·보관·출고 기록이 존재하지 아니하는 이상 세금계산서를 다시 옮겨 적은 것 이상의 증명력을 갖는다고 보기 어렵다. 마. 결어 1) 청구인은 이번 이의신청 과정에서 실물거래를 뒷받침한다며 다수의 자료를 제출하였으나, 그 자료들은 위에서 언급한 것과 같이 처분청의 판단을 확인해 주는 것이다. 2) 반면 청구인은 조사 당시부터 현재에 이르기까지 ① 재고자산 관리기록, ② 매입대금 지급과 세금계산서 금액의 일치, ③ 매출대금 중 청구인에게 귀속된 이익의 존재, ④ 관련교수 명의 사업자로부터 매입한 품목의 후속 매출 이력 중 어느 하나도 제시하지 못하고 있다. 3) 청구인은 약 205억 원의 거짓 세금계산서를 수수하고, 이를 기반으로 ㈜D 및 관련업체의 사기대출에 자신의 사업자 명의를 제공하였으며, 그 행위의 반복성·조직성·치밀함에 비추어 고의가 충분히 인정된다. 4) 조사청은 객관적 증거에 기초하여 적법한 절차에 따라 이 건 부가가치세 부과처분을 한 것이며, 청구인의 추가의견은 모두 이유 없으므로 청구인의 이의신청을 기각하여 줄 것을 간곡히 요청한다. 4. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 세무조사가 적법하게 진행되지 않았다는 청구주장의 당부 ② 쟁점거래를 가공거래로 본 처분은 부당하다는 청구주장의 당부 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. (이하 생략) 2) 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다. 1. 역무를 제공하는 것 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 (이하 생략) 3) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. (이하 생략) 4) 구 부가가치세법{법률 제21218호(2025. 12. 23.)로 개정되기 이전의 것} 제60조 【가산세】 ① ∼ ② (생략) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서 등에 적힌 공급가액의 3퍼센트 2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서 등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트 (이하 생략) 5) 국세기본법 제81조의4 【세무조사권 남용 금지】 ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. (단서 생략) ③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다. ④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다. 6) 국세기본법 제81조의5 【세무조사 시 조력을 받을 권리】 납세자는 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다)를 받는 경우에 변호사, 공인회계사, 세무사로 하여금 조사에 참여하게 하거나 의견을 진술하게 할 수 있다. 7) 국세기본법 제81조의12 【세무조사의 결과 통지】 ① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 세무조사 내용 2. 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거 3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 (이하 생략) 8) 국세기본법 시행령 제63조의13 【세무조사의 결과 통지 및 예외】 ① 법 제81조의12제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 사항을 말한다. 1. 세무조사 대상 세목 및 과세기간 2. 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우 그 사유(근거 법령 및 조항, 과세표준 및 세액 계산의 기초가 되는 구체적 사실관계 등을 포함한다) 2의2. 가산세의 종류, 금액 및 그 산출근거 3. 관할세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 법 제45조에 따른 수정신고가 가능하다는 사실 4. 법 제81조의15에 따른 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실 (이하 생략) 9) 국세기본법 제81조의15 【과세전적부심사】 ① (생략) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다. 1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지 2. (생략) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다. 1. (생략) 2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다. (이하 생략) 10) 조세범 처벌법 제10조【세금계산서의 발급의무 위반 등】 ① ∼ ② (생략) ③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 1. 「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위 (이하 생략) 다. 조사내용 1) 세무조사 절차가 적법하게 진행되지 않았다는 청구주장(추가 소명기회 미부여, 세부 산출근거 통지의무 위반) 관련 내용은 다음과 같다. 가) 세무조사 기간(2025. 9. 24. ∼ 2026. 1. 15.) 중 청구인에 대한 심문은 1회(2025. 12. 5.) 진행되었다. 나) 청구인은 2025. 12. 5. 심문 중 조사 관련 소명자료를 정리하여 1차로 2025. 12. 12.까지 제출하고, 추가로 확인되는 자료가 있으면 추후 제출하겠다고 진술하였다. 청구인은 진술 후 2025. 12. 29. 1차 소명자료를 우편으로 조사청에 제출하였고, 이후 2026. 1. 15. 조사 종료 시까지 약 2주의 기간 동안 추가 소명자료를 제출한 사실은 없다. 청구인 조세범칙행위자 심문조서(2025. 12. 5.) 일부 발췌     다) 조사청은 조사 종결 후 청구인에게 국세기본법이 규정한 서식인 세무조사 결과통지서를 송부하였다, 조사청은 결과통지일은 2026. 1. 29.라고 언급하였다. 세무조사 결과통지서(총 6매 중 1매) 및 청구인 수령 확인서       라) 조사청은 세무조사 중 청구인에게 세무조사 개시통지, 조세범칙조사 전환통지 및 납세자권리헌장을 교부‧낭독하였다는 내용과 청구인이 이에 서명한 수령증 및 낭독확인서를 제시하였다. 세무조사 착수 시점 조세범칙조사 전환 시점     2) 2023. 2기 ∼ 2024. 1기 과세기간 A의 부가가치세 신고내역과 조사청의 경정내역은 다음과 같다. (단위: 원) 구분 2023. 2기 2024. 1기 신고 경정 증감 신고 경정 증감 매출공급가액             매입공급가액             매출세액             매입세액             차가감계             경감공제세액             기납부세액             가산세             차감고지세액             가) 조사청은 A의 쟁점거래를 부인하고, 과소신소가산세(40%, 부당), 납부지연가산세, 세금계산서불성실가산세(불성실 공급가액의 3%, 가공세금계산서)를 부과하였다. 나) A의 부가가치세 신고내역을 확인한바 D 관련업체 등과의 거래가 없는 2024. 2기 과세기간부터 현재까지 신고된 매출은 없다. 다) 조사청이 부인한 쟁점거래(매출, 매입)는 전부 D, 관련업체, 관련교수 상대 거래이고(매출 총 169건/금액비중 97%, 매입 총 286건/금액비중 99%), 쟁점거래 이외의 거래는 D 관련업체나 관련교수가 아닌 제3자 상대 매출거래이거나 세무기장료, 차량렌트비, 통신요금 등 매입거래이다. <표 삽입을 위한 여백> 조사청이 거래 부인한 D 관련업체, 교수사업자 명세 및 부인금액 과세기간 매출처(대표자) - 금액 매입처(대표자) - 금액               3) 청구인은 세무조사 기간 중 조사청에게 사업자통장 거래내역, 하이패스 운행기록, 거래 건별 계약서 및 거래명세서 등 자료를 제출하였다. 가) 청구인은 쟁점거래 관련 계약서 및 거래명세서 전체를 제출하였다. 거래명세서 등은 쟁점매출, 매입거래 매 건 별로 작성되었다. 청구인이 제출한 쟁점매출거래 계약서 중 1부 – 거래처 ㈜O     청구인이 제출한 쟁점매출거래 계약서 중 1부 – 거래처 ㈜P       청구인이 제출한 쟁점매입거래 거래명세서 중 1부 – 거래처 I     청구인이 제출한 쟁점매입거래 거래명세서 중 1부 – 거래처 ㈜J     나) 청구인은 2023. 9. 23.부터 2024. 7. 22.까지 하이패스 이용내역을 제출하였다. 청구인은 하이패스 이용내역이 쟁점거래 관련 연구장비 등의 운송에 관한 기록이라고 주장한다. 하이패스 이용내역에는 관련업체 및 관련교수의 사업장 소재지 톨게이트 영업소에서의 지불내역이 다수 포함되어 있다. 청구인이 제출한 하이패스 이용내역(총 109건) 일부 발췌   다) 청구인은 2023. 7. 1. ∼ 2024. 7. 5. 기간 동안의 사업자통장 거래내역(은행 659 및 뱅크 0478)을 제시하였다. 확인되는 계좌거래의 큰 흐름은 ㈜O 및 ㈜P에서 대금이 입금되면 입금 후 쟁점매입처에게 출금되거나, ㈜S U, I/㈜J T, D 직원(이사) V 등에게 출금되는 형태이다. 청구인이 제출한 사업자통장(659) 거래내역 일부 발췌   4) 청구인은 이 건 이의신청 중 처분청 의견서에 대한 반박의견서(항변)와 함께 아래 자료를 추가로 제시하였다. 가) 청구인은 청구인의 계좌(659) 중 U 관련 거래 관련 대여‧반환 정산표를 제시하였다. 청구인이 제출한 U 대여금 관련 입출금내역 및 대여‧반환 정산표   나) 청구인은 W지방법원의 유체동산호가경매조서{채무자 D}를 제시하였다(경매목록 포함 총 7부). 조서의 내용은 채무자 D의 채무액 변제를 위해 D 소유의 압류물건을 2025. 9. 8. 13:00 매수인이 일괄매각대금 34,860,000원을 지급하여 매각물을 인도하였다는 것으로, 경매목록 상 압류물건은 D의 생산장비인 11, 등과 기타 연구장비, 사무용품 등 총 65건이고 평가액은 합계 339,190,000원이다. 청구인이 제출한 W지방법원 유체동산호가경매조서(총 7부) 중 일부 발췌     다) 청구인은 ㈜BA와 D 간 불용기기 매입 거래내역(2024. 8. 1.자 견적서 총 4부, 거래대상품목 총 50건)을 제시하였다. 청구인이 제출한 D-(주)BA 견적서(총 4부) 중 일부 발췌   라) 청구인은 BB와 D 간 거래견적서(2024. 8. 14.자 견적서 1부) 및 BB가 2024. 8. 21. D의 당시 대표 BD에게 대금을 입금한 내역 1부를 제시하였다. 청구인이 제출한 D-BB 견적서 및 대금 이체내역     마) 청구인은 BE 주식회사와 D 간 거래견적서(2024. 9. 25.자, 2024. 11. 13.자 및 2025. 6. 25.자 견적서 각 1부) 및 BE 주식회사가 2024. 10. 11., 2024. 12. 12. 및 2025. 7. 23. D의 당시 대표 BD에게 대금을 입금한 내역 각 1부를 제시하였다. 청구인이 제출한 D-BE㈜ 견적서 및 대금 이체내역(3건 중 1건)     바) 청구인은 세무조사 중 조사청에 제출하였다는 ‘매입-매출 대사자료’ 관련하여, 동 자료는 A의 매출‧매입장을 거래건별로 정리한 자료라고 설명하며 2023년, 2024년의 매출장 및 매입장 전산파일(총 5개)을 제시하였다. 5) 청구인은 2021. 3. ∼ 2021. 6. 기간 동안 D에서, 2023. 6. ∼ 2023. 9. 기간 동안 ㈜J에서 근무하였음이 국세통합전산망을 통해 조회한 근로소득지급명세서 내역에서 확인된다. 6) 이 건 처분 관련 조사청이 주 조사자 D 및 청구법인을 조사한 내용은 다음과 같다. 가) D 관련 (1) 매출거래의 구조상 주 조사자 D은 연구장비 제조 및 판매업체로, 조사청이 확인한 표면화된 거래 형태는 연구장비를 대리점(㈜S, ㈜K, ㈜L 등)을 통해 최종사용자인 관련교수에게 납품하거나, D이 직접 관련교수에게 납품하는 형식이다. D이 대리점에 연구장비를 공급하고, 관련교수는 대리점으로부터 연구장비를 일시불로 납품받는 것이 아닌 2년 ∼ 5년에 걸친 리스(렌탈)의 형태로 제공받으며(대리점은 월 렌탈료를 수취함), 이 과정에서 캐피탈 대출이 실행된다(대리점이 대출을 실행하여 D에 연구장비 매입대금으로 지급함). <제조법인>   <대리점>   <엔드유저> D 연구장비 매출계약 L 연구장비 리스계약 교수 16人 K 세금계산서 수수 세금계산서 수수 S (2) 조사청은 D 대표 E 등의 대출사기 관련 경찰조사 결과 등을 근거로 하여 D이 연구장비의 시리얼넘버를 위조‧중복하는 방식으로 가공의 매출을 발생시켜 이를 바탕으로 코스닥 상장 등 목적을 위해 D의 외형을 부풀리고, 거액의 대출을 실행한 것으로 판단하여 D의 ㈜S 등 대리점 및 교수들 상대 연구장비 매출을 부인한 바 있다. <그림 삽입을 위한 여백> D 세무조사종결보고서 일부 발췌     (3) D에 대한 조사청의 세무조사 착수 전 시점 E은 고가 연구장비의 시리얼넘버를 위조하거나 동일 장비를 중복 담보로 활용하는 방식으로 약학대 교수들과 공모해 사기대출을 일으킨 혐의 및 법인자금 횡령, 배임 혐의로 경찰수사를 받는 중이었고, 경찰은 2025. 5. 수사 결과에 따라 E을 함께 연루된 교수, 대출중개인 등과 함께 검찰에 송치한 바 있다(경찰은 횡령, 배임 혐의에 대한 수사는 무혐의 종결하였고 사기대출 혐의에 대하여 검찰에 송치하였으며, 현재 검찰 수사가 진행 중임). (4) 조사청은 D과 D의 관련인(청구인 포함) 간의 매출‧매입 거래는 실질적으로 E이 지휘한 것으로 판단하였다. 나) 청구인 관련 (1) 조사청이 파악한 D 및 관련업체 간의 전체 거래구조에서 청구인은 렌탈이 종료된 중고연구장비를 I, ㈜J 등 D의 대리점 및 교수사업자(관련교수)로부터 매입하여 이를 ㈜O 및 ㈜P에게 매출하는 개인사업자에 해당한다(㈜O 및 ㈜P는 청구인으로부터 매입한 중고연구장비를 다시 D에게 매출함). <최초제조> ~2019년 <대리점> 2020년~       D 477억원 I S 렌탈종료 중고 연구장비 ㈜O ㈜P 신용카드 D   561억원 583억원 A * A이 개업하기 이전인 2023. 1기 과세기간까지는 ㈜S, I 등 D 대리점이 중고연구장비를 직접 ㈜O 및 ㈜P에게 공급하고 ㈜O 및 ㈜P는 이를 D에 공급하는 구조였음 (2) 조사청은 A의 사업장 소재지와 I의 사업장 소재지가 동일한 사실을 확인하였다(B 272). 현재 A과 사업장 소재지가 동일한 D 관련업체 내역은 다음과 같다. 상호 개업일 비고                         (3) 조사청은 A과 I, ㈜J가 발급한 전자세금계산서의 발급 IP, 랜카드 고유번호가 동일한 것을 확인하였다. 청구인은 조사청과의 심문 중 IP 관련 조사청의 질문에 아래와 같이 답변하였다. 청구인 조세범칙행위자 심문조서(2025. 12. 5.) 일부 발췌   (4) 조사청은 세무조사 중 쟁점거래 관련 자금의 흐름 파악을 위해 청구인에 대한 금융거래 현장확인을 실시하였다. (가) 금융거래 현장확인 결과 조사청은 2023. 2기 ∼ 2024. 1기 과세기간 동안 청구인이 쟁점매출처로부터 수취한 매출대금이 입금되면, 즉시 수수료 차감 후 쟁점매입거래와는 무관하게 D 관련자(U, T 등)들에게 이체되는 것으로 확인하였다. <그림 삽입을 위한 여백> 청구인 세무조사 종결보고서 일부 발췌 – 금융거래 내역 조사   (나) 조사청은 이 건 이의신청 중 청구인, ㈜S 및 U 명의의 계좌의 2023. 9. 21.자 거래내역을 제시하였다. 제시된 거래내역을 보면 「① ㈜O가 A이 ㈜O에게 발급한 2023. 9. 21.자 매출세금계산서 공급대가 101,457,830원을 청구인의 계좌로 이체 → ② 청구인은 ㈜O로부터 이체받은 금액 중 100,000,000원을 U의 계좌로 이체 → ③ U은 100,000,000원을 ㈜S의 계좌로 이체 → ④ ㈜S 계좌에서 ’보증금반환‘ 적요로 캐피탈 대출상환계좌로 이체」의 자금흐름이 확인된다. 이러한 자금흐름은 1시간이 안 되는 시간 동안 이루어졌으며, 2023. 2기 및 2024. 1기 과세기간에 청구인(A)이 ㈜S 상대 매입거래(세금계산서 등 수수)는 없다. 조사청이 제시한 2023. 9. 21.자 계좌거래내역   (다) ㈜S U은 ㈜S에 대한 조사청의 세무조사 중 있었던 조세범칙행위자 심문에서 청구인에게서 입금받은 자금에 대해, D의 대리점으로서 관련교수들에게 받았어야 할 렌탈료를 D E이 준 것이고, 자신은 자금을 캐피탈대출 상환에 사용하였으며, 자금의 원천은 잘 모르겠다는 취지로 진술한 바 있다. U 조세범칙행위자 심문조서(2025. 12. 26.) 일부 발췌   (라) 청구인은 세무조사 중 있었던 조사청과의 심문에서 U 등에게 자금을 이체한 것은 사업과는 무관한 E의 권유로 인한 개인적인 대차거래라고 진술하였다. 청구인 조세범칙행위자 심문조서(2025. 12. 5.) 일부 발췌     (5) 청구인에 대한 세무조사 중 있었던 조세범칙혐의자 심문 시 청구인은 E의 도움으로 I 등으로부터 렌탈기간이 종료된 중고연구장비를 매입하여 ㈜O 등에 매출한 것이고, 거래시점이나 거래가격은 E의 조언 등을 바탕으로 조율하였으며, 관련교수들과의 거래는 중고연구장비가 아닌 인삼농축액, 시약 등 소모품이었으며 관련교수와의 거래는 E의 도움 없이 이루어졌다고 진술한 바 있다. 청구인 조세범칙행위자 심문조서(2025. 12. 5.) 일부 발췌     청구인 조세범칙행위자 심문조서(2025. 12. 5.) 일부 발췌         청구인 조세범칙행위자 심문조서(2025. 12. 5.) 일부 발췌   (6) 조사청은 세무조사 결과 청구인과 D 관련업체 및 관련교수 간 쟁점매출‧매입거래는 실물거래 없이 세금계산서 등만을 수수한 것으로 확정하였다. 청구인 세무조사 종결보고서 일부 발췌 – 사업장 조사     청구인 세무조사 종결보고서 일부 발췌 – 거래형태 조사     라. 판단   먼저 청구인에 대한 세무조사가 적법하게 진행되지 않았다는 주장에 대하여 살펴본다.    청구인은 세무조사 중 충분한 소명의 기회를 얻지 못했고, 조사 종결 후 경정에 대한 구체적인 산출근거를 통지받지 못하였는 등 세무조사 절차가 적법하게 진행되지 않았다고 주장하나,     청구인은 조사청과의 심문 중 관련 자료를 준비하여 2025. 12. 12.까지 제출하겠다고 진술하였고, 조사청은 청구인의 진술에 따라 청구인에게 자료를 제출할 수 있는 기회를 부여하였으나 실제 청구인은 자신이 언급한 기한을 초과한 2025. 12. 29. 한 차례 소명자료를 제출한 후 조사 종결 시까지 스스로 추가 자료를 제출하지 않은바, 이러한 사실관계를 조사청이 청구인의 방어권을 실질적으로 제한한 것으로 보기는 어려운 것으로 판단된다.    또한 조사청은 2026. 1. 15. 세무조사가 종결된 후 국세기본법이 규정한 세무조사 결과통지 서식에 맞추어 경정할 과세표준, 산출세액, 예상 고지세액의 산출명세, 가산세의 산출명세 등을 명시하여 청구인에게 세무조사 결과통지를 하였고 청구인은 이를 조사 종결 후 20일 이내인 2026. 1. 29. 수령하였는바, 조사청이 국세기본법이 규정한 세무조사 결과통지 의무를 준수하지 않았다고 보기는 어려운 것으로 판단된다.    이상의 사실관계를 종합할 때, 조사청이 세무조사 과정에서 적법절차를 위반한 사실은 확인되지 않는 것으로 판단된다.    이어서 쟁점거래를 가공거래로 본 처분은 부당하다는 주장에 대하여 살펴본다.    청구인은 쟁점거래는 청구인이 D 관련업체로부터 연구장비를 매입하여 이를 D 관련업체 및 관련교수에게 매출한 정상거래로서 이를 가공거래로 본 이 건 부가가치세 부과처분은 부당하다고 주장하나,    2023. 2기 ∼ 2024. 1기 과세기간 동안 청구인의 매출액 중 D 관련업체 상대 매출액(쟁점매출거래)의 비중은 97.18%에 달하고 청구인의 매입액 중 D 관련업체 및 관련교수 상대 매입액(쟁점매입거래)의 비중은 99.66%에 달하는바 A은 쟁점거래 없이 스스로 고액의 매출을 발생시킬 역량은 없는 업체로 보이고, 청구인은 D 및 관련업체에서 근무한 이력 외 동종업계에 종사한 이력이 없는 점, 청구인의 사업장 소재지 및 전자세금계산서 발급 IP주소가 D E의 배우자인 T가 대표자인 I 등 관련업체의 사업장 소재지 등과 동일한 점, 청구인과 관련업체 간의 거래 과정에서 D E의 영향력이 컷던 것으로 보이는 점 등의 사실관계를 볼 때 쟁점거래는 청구인이 아닌 E의 주도로 이루어진 것이라는 조사청의 주장은 이유가 있어 보인다.     또한 청구인은 쟁점거래의 대상이 되는 연구장비의 실물이 존재하며 청구법인이 직접 실물을 확인하고 장비를 D 관련업체로 운송‧납품하였다고 주장하나 청구법인이 제시한 계약서 및 거래명세서, 하이패스 이용내역, D과 제3자간 거래견적서 등 자료만으로는 쟁점거래 규모만큼의 연구장비가 실제 존재하였고 실제 공급이 이루어졌는지 여부가 명확하게 확인되지는 않는 것으로 보이고,    조사청이 금융거래현장확인 한 청구인의 계좌거래내역을 통해 쟁점매출처로부터 쟁점매출거래 대금이 입금되면 단시간 내에 쟁점매입거래 등 청구인의 매입거래와는 무관한 D의 관련인들에게 출금되는 자금흐름이 확인되는바 이는 정상적인 매출‧매입거래의 자금 흐름에 해당하지 않는 것으로, 청구인은 쟁점거래처와 거래를 가장하여 D 등의 대출금 상환 목적을 위한 자금흐름을 발생시킨 것일 뿐이라는 조사청의 주장은 이유가 있어 보인다.     이상의 관련 사실관계를 종합할 때, 청구인과 D 관련업체, 및 관련교수 간의 쟁점거래를 실거래 없는 가공거래로 본 부가가치세 부과처분은 정당한 것으로 판단된다. 5. 결론     이 건 이의신청은 ‘국세기본법’ 제65조제1항제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.