국가전략기술사업화시설에 대한 추가공제 계산방법

요지 국가전략기술사업화시설에 대한 추가공제금액 계산시 “해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자금액”에는 2021.7.1. 이후 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설에 대한 투자분만 포함됨 회신 ｢조세특례제한법｣ 제24조제1항제2호나목의 국가전략기술사업화시설에 대한 추가공제 금액을 계산할 때 “해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자금액”에는 같은 법 시행규칙 [별표6의2]에서 규정하는 시설로서 2021.7.1. 이후 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설에 대한 투자분만 포함되는 것임 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1. 사실관계 ○ 질의법인은 첨단소재 등 제조업을 영위하는 법인으로,   - ’21년 개정된 「조세특례제한법｣ 제24조*에 따라 이차전지 소재 시설에 대해 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 국가전략기술사업화시설로 인정받았음    * ’21년 국가전략기술사업화시설에 대한 투자세액공제 신설(’21.12.28. 법률 제18634호)      (부칙) ’21.7.1. 이후 국가전략기술사업화시설에 투자하는 경우부터 적용  ○ 질의법인은 국가전략기술사업화시설로 인정받은 시설과 동일한 성격의 이차전지 소재 시설에 대해 2021년 이전부터 지속적으로 투자를 해왔음 2. 질의내용  ○ 국가전략기술사업화시설로 인정받은 시설과 동일한 성격의 시설에 대한 개정 전의 투자금액이 직전 3년간 연평균 투자금액에 포함되는지 여부 3. 관련법령  ○ 조세특례제한법 제24조【통합투자세액공제】(2021.12.28. 제18634호로 개정된 것)   ①대통령령으로 정하는 내국인이 제1호가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.   1. 공제대상 자산    가.기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.    나.가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산   2. 공제금액    가. 기본공제 금액 : 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 3 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다.     1) 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "신성장사업화시설"이라 한다)에 투자하는 경우: 100분의 3(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액     2) 국가전략기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "국가전략기술사업화시설"이라 한다)에 2024년 12월 31일까지 투자하는 경우: 100분의 6(중소기업은 100분의 8, 중소기업은 100분의 16)에 상당하는 금액    나. 추가공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 3(국가전략기술사업화시설의 경우에는 100분의 4)에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.  ② 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용한다.  ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 투자금액의 계산방법, 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자금액의 계산방법, 신성장사업화시설 및 국가전략기술사업화시설의 판정방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제21조【통합투자세액공제】(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것)  ④ 법 제24조제1항제2호가목1) 및 2)에서 "대통령령으로 정하는 시설"이란 다음 각 호의 시설을 말한다.   1. 법 제24조제1항제2호가목1)의 시설: 다음 각 목의 시설    가. 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 신성장ㆍ원천기술을 사업화하는 시설(신성장ㆍ원천기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설을 포함한다)로서 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설(이하 "신성장사업화시설"이라 한다)    나. 별표 7 제6호가목1) 및 2)의 기술이 적용된 5세대 이동통신 기지국(이와 연동된 교환시설을 포함한다)을 운용하기 위해 필요한 설비로서 「전기통신사업 회계정리 및 보고에 관한 규정」 제8조에 따른 전기통신설비 중 같은 조 제1호, 제2호 및 제6호에 따른 교환설비, 전송설비 및 전원설비   2. 법 제24조제1항제2호가목2)의 시설: 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 국가전략기술을 사업화하는 시설(국가전략기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설을 포함한다)로서 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설(이하 "국가전략기술사업화시설"이라 한다)  ⑦ 법 제24조제1항및 제2항에 따른 투자금액은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액으로 한다.   1. 총투자금액에 ｢법인세법 시행령｣ 제69조제1항에 따른 작업진행률에 의하여 계산한 금액과 해당 과세연도까지 실제로 지출한 금액 중 큰 금액   2. 다음 각 목의 금액을 더한 금액    가. 해당 과세연도 전에 법 제24조를 적용받은 투자금액    나. 해당 과세연도 전의 투자분으로서 가목의 금액을 제외한 투자분에 대하여 제1호를 준용하여 계산한 금액  ⑧ 법 제24조제1항제2호나목 및 같은 항 제3호나목에 따른 3년간 연평균 투자금액의 계산은 다음 계산식에 따른다. 이 경우 내국인의 투자금액이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 세액공제를 받으려는 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 36개월 미만인 경우에는 그 기간에 투자한 금액의 합계액을 36개월로 환산한 금액을 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 합계액으로 보며, 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 “합병법인등”이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 현물출자를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인, 또는 현물출자자가 투자한 금액은 합병법인등이 투자한 것으로 본다.  ⑨ 법 제24조제1항제2호나목 및 같은 항 제3호나목을 적용할 때 제8항에 따라 계산한 3년간 투자한 연평균 투자금액이 없는 경우에는 추가공제 금액이 없는 것으로 한다.  ⑫ 제1항부터 제11항까지의 규정을 적용할 때 투자의 개시시기에 관하여는 제23조제14항을 준용한다.  ⑬ 법 제24조제1항에 따른 세액공제를 적용받으려는 자는 해당 과세연도의 과세표준신고서와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다. 이 경우 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설의 인정을 받을 것을 조건으로 그 인정을 받기 전에 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 세액공제를 신청할 수 있다. ○ 조세특례제한법 시행규칙 제12조의2 【신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설의 범위 등】  ② 영 제21조제4항제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 바에 따라 국가전략기술을 사업화하는 시설"이란 별표 6의2에 따른 시설을 말한다. ○ 조세특례제한법 부칙 제7조 【통합투자세액공제에 관한 적용례 등】 (2021.12.28.-제18634호)  제24조의 개정규정 중 국가전략기술사업화시설에 관한 부분은 2021년 7월 1일 이후 국가전략기술사업화시설에 투자하는 경우부터 적용한다.