부가가치세 과세표준에 포함된 그로스업(법인원천세) 위법 여부

요지 이 사건 분담금 중 발급사 분담금은 국내원천소득에 해당되므로 발급사 분담금에 원천세율을 그로스업한 금액은 대리납부 과세표준에 포함되어야 하며 이 사건 분담금 중 발급사 일일분담금은 사업소득에 해당되므로 대한민국과 싱가포르 간 조세조약에 따라 국내원천소득에 해당되지 아니하므로 발급사 일일분담금에 원천세율을 그로스업한 금액은 대리납부 과세표준에 포함될 수 없음 판결내용 판결 내용은 붙임과 같습니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 사 건 2025누8251 부가가치세 경정거부처분 취소청구 원 고 주식회사 AA 피 고 ○○세무서장 변 론 종 결 2026. 7. 10. 판 결 선 고 2026. 10. 2.     주 문 1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.   가. 피고 oo세무서장이 원고 주식회사 oo은행에 한, 피고 ooo세무서장이 원고 oo카드 주식회사, 원고 주식회사 oo은행에 한, 피고 oo세무서장이 원고 주식회사 oo뱅크에 한 별지 [표] 기재 부가가치세 경정거부처분 중 각 ‘청구 인용(발급사일일분담금 세액)’란 기재 부분을 각 취소한다.   나. 원고들의 각 나머지 청구를 각 기각한다. 2. 소송 총비용은 각자 부담한다.   청구취지 및 항소취지 1. 청구취지   별지 [표]의 ‘순번’란 기재 각 해당 순번의 ‘피고’란 기재 각 피고가 각 해당 순번의 ‘원고’란 기재 각 원고에게 한 같은 표의 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 각 해당 부가가치세 경정거부처분을 각 취소한다. 2. 항소취지   제1심판결 중 각 피고 패소 부분을 취소하고, 각 그 취소 부분에 해당하는 각 원고의 청구를 각 기각한다.   이 유 1. 이 법원의 심판범위   가. 제1심에서 별지 [표]의 ‘순번’란 기재 각 해당 순번의 ‘원고’란 기재 각 원고(이하 ‘원고들’)는 각 해당 순번의 ‘피고’란 기재 각 피고(이하 ‘피고들’)에 대하여 같은 표의 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 각 해당 부가가치세 경정거부처분의 각 취소를 구하였다.   나. 제1심법원은 같은 표의 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 각 해당 부가가치세 경정거부처분 중 ‘그로스업 관련 세액(A)’란 기재 각 부분에 해당하는 같은 표의 ‘제1심인용(그로스업 관련 세액)’란 기재 각 부분을 각 취소하고, 원고들의 각 나머지 청구를 각 기각하였다.   다. 이에 대하여 피고들이 피고들 각 패소 부분에 대해 불복하여 항소하였으므로, 이 법원의 심판범위는 같은 표의 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 각 해당 부가가치세 경정거부처분 중 ‘그로스업 관련 세액(A)’란 기재 각 부분에 한정된다.   2. 처분의 경위 및 관계 법령    이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심판결 이유 중 원고들에 대한 해당 부분 기재(제1심법원 별지 [1] 표 해당 부분 포함)와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다(이하 인용 법률조항 생략).   3. 이 사건 분담금에 관한 부가가치세 과세표준의 산정의 위법 여부   가. 관련 규정 및 관련 법리   1) 이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 아래 2)항 기재 법리를 추가하는 이외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로 이를 그대로 인용한다.   2) 신고납부방식의 조세에 대하여 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사·확인할 의무가 있다. 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구 거부처분 취소소송에서도 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이고, 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 따라 판단되는 것이므로, 감액경정청구 거부처분 취소소송에서도 처분사유 등 거부처분의 적법성에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다. 다만 과세관청에 의하여 경정거부처분의 적법성에 대하여 합리적으로 수긍할 수 있는 일응의 증명이 있는 경우에는 증명의 곤란, 공평의 관념 등에 비추어, 그와 상반되는 예외적인 특별한 사정에 관한 증명의 필요는 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2026. 5. 29. 선고 2022두34425 판결).   나. 이 사건 분담금 부분(원고들의 주위적 주장)   1) 원고들 주장   피고들은 ㅇㅇ의 이 사건 분담금 관련 원천징수 법인세(이하 ‘원천세’)를 원고들이 각 부담한다고 보아 원고들에게 각 부가가치세 대리납부 과세표준을 각 “(실제 지급액)/(1-15%)”로 그로스업(gross-up)하여 과세하였고, 원고들은 같은 방식으로 대리납부 과세표준을 계산하여 신고하였는데, 실제로는 ㅇㅇ가 원천세를 부담하므로 대리납부 과세표준이 과다하게 산정되어 위법하다.   2) 판단   가) 원고들이 이 사건 분담금에 대한 부가가치세 대리납부 신고 당시 이 사건 분담금에 원천세율을 ‘그로스업’한 금액을 과세표준으로 하여 신고한 사실, ㅇㅇ는 1982. 9. 1. 원고들을 포함한 국내 회원 카드사들(이하 ‘국내회원사들’)을 대표하여 ㅇㅇ와 ‘ㅇㅇ의 마크 및 상표 사용에 관한 기본적인 사항’ 등을 담은 라이선스 계약(이하 ‘이 사건 라이선스 계약’)을 체결한 사실, 이 사건 라이선스 계약 제15조는 아래 기재(을 제6호증 제16면)와 같이 규정하고 있는 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없다.   나) 따라서 원고들과 ㅇㅇ 사이에서는 원고들이 이 사건 라이선스 계약에 따라 이 사건 분담금에 대한 원천세를 포함한 모든 세금을 부담하고, 이에 따라 원천세 상당액은 ㅇㅇ가 제공한 용역의 대가에 포함된다고 할 것인데, 이 사건 라이선스 계약 제15조와 달리 ㅇㅇ가 원천세를 부담한다는 원고들의 주장에 대한 증명책임은 원고들에게 있다고 보아야 한다.   다) 그런데, 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들 및 갑 제5호증 내지 갑 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들에 비추어 보면, 원고들이 제출한 증거만으로는 이 사건 분담금에 대한 원천세의 실질적 부담 주체가 ㅇㅇ라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 자료가 없으므로 원고들의 주위적 주장은 이유 없다.   (1) 아래 기재와 같은 이 사건 라이선스 계약 제17조에 의하면 ㅇㅇ의 적극적인 조치에 의하여 이 사건 라이선스 계약 제15조의 개정이나 해지는 서면으로 수행될 때만 효력을 갖는다.   (2) 원고들과 ㅇㅇ 사이에 대한민국에서 부과되는 세금 중 법인세 및 원천세에 관하여 부담 주체를 ㅇㅇ로 변경하기로 하는 계약이 새로 체결되었다거나 그러한 내용의 서면 합의가 성립한 사실을 인정할 자료가 없다.   (3) 한편 ㅇㅇ의 2008년 1월 및 2008년 3월 공문 등(갑 제9호증, 갑 제10호증, 이하 ‘공문’)은 ㅇㅇ가 ‘2002년 7월부터 2007년 6월까지 및 그 이후 기간에 대하여 국내회원사들이 납부한 원천세 상당액을 배상(reimburse)할 예정’이라는 의사를 밝히며 그 배상절차를 안내하는 내용이나, 이 사건 분담금에 대한 원천세의 종국적인 부담 주체를 ㅇㅇ로 변경하고자 이 사건 라이선스 계약 제15조의 규정을 개정하는 취지의 서면 합의에 해당한다고 볼 수 없다.    (4) 이에 대하여 원고들은, ㅇㅇ가 공문에 기재된 절차에 따라 원고들에게 이 사건 분담금에 대한 원천세 상당액 전액을 환급해왔으므로 실질적으로 마스터카드사가 원천세를 부담하기로 하는 합의가 존재하는 것이라고 주장하나(2025. 12. 29. 자 항소이유에 대한 답변서), 갑 제5호증 내지 갑 제7호증, 갑 제12호증 내지 갑 제14호증, 갑 제27호증 내지 갑 제30호증 등 원고들이 제출한 자료만으로는 ㅇㅇ가 공문에 기재된 절차에 따라 원고들에게 이 사건 분담금에 대한 원천세 상당액 전액을 환급해왔다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 자료가 없으므로 원고들의 주장은 받아들이지 아니한다.   다. 이 사건 분담금 중 발급사일일분담금 부분(원고들의 예비적 주장)   1) ㅇㅇ는 ㅇㅇ의 국제결제 네트워크 시스템(이하 ‘이 사건 시스템’)을 통해 국내회원사들이 발급한 마스터카드의 소지자가 이를 국외에서 사용할 수 있도록 관련 서비스를 제공한다. 발급사일일분담금은 이 사건 시스템을 이용한 마스터카드의 국외 거래금액을 기준으로 산정되고 ㅇㅇ가 이 사건 시스템을 통해 제공하는 포괄적 역무와 관련하여 발생한 것이므로 ㅇㅇ가 국내회원사들에 제공한 포괄적 역무의 대가로 볼 수 있어(대법원 2022. 7. 28. 선고 2019두52706 판결), 발급사일일분담금은 ㅇㅇ의 사업소득에 해당하여 발급사일일분담금이 당연히 마스터카드사의 국내원천소득에 해당한다고 단정하기 어렵다. 따라서 발급사일일분담금이 ㅇㅇ의 국내원천소득임을 전제로 그 원천세 상당액을 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제13조 제1항의 공급가액에 일률적으로 포함시키는 방식으로 부가가치세의 과세표준을 산정할 수는 없다고 봄이 타당하다(대법원 2026. 3. 12. 선고 2024두33914 판결).   2) 이 사건에 적용되는 「대한민국 정부와 싱가포르 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지를 위한 협약」 제7조 제1항1)에 따르면 사업소득은 국내에 고정사업장이 없는 한 법인세 과세대상에 해당하지 않고, 이에 따라 법인세 및 지방소득세 법인세분 원천징수대상에도 원칙적으로 해당하지 않는다. ㅇㅇ가 국내에 고정사업장을 두지 아니한 사실에 대하여는 당사자들 사이에 다툼이 없으므로, 원고들이 ㅇㅇ에 지급한 이 사건 분담금 중 발급사일일분담금은 국내에 고정사업장을 두지 아니한 법인의 사업소득으로서 법인세 과세대상이 아니다.    3) 그런데도 원고들은 이 사건 과세기간에 대하여 발급사일일분담금 부분에 관하여 원천세율을 그로스업 하여 계산한 금액을 부가가치세 과세표준으로 신고하였으므로, 이는 과세표준이 과다하게 산정된 것으로서 이를 전제로 하여 이루어진 이 사건 거부처분 중 발급사일일분담금 부분은 위법하고, 따라서 발급사일일분담금 부분이 법인세 과세대상이 아니라는 원고들의 예비적 주장은 이유 있다.   라. 소결론   그러므로 이 사건 거부처분 중 별지 [표]의 ‘청구 인용(발급사일일분담금 세액)’란 기재 각 금액에 해당하는 부분은 위법하여 각 취소되어야 한다.   4. 결론   그렇다면 원고들의 이 사건 각 청구의 이 사건 거부처분 중 별지 [표]의 각 ‘청구 인용(발급사일일분담금 세액)’란 기재 부가가치세 경정거부처분 부분은 이유 있어 이를 각 인용하고, 각 나머지 청구는 이유 없어 이를 각 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 피고들의 각 항소를 각 일부 받아들여 제1심판결을 주문과 같이 변경하다.