양도자가 양수자 명의의 농지보전부담금을 부담한 경우 양도소득의 필요경비 해당 여부

요지 농지보전부담금은 토지의 자본적지출로 보아 필요경비에 해당함. 다만, 자산의 양도차익을 계산할 때 법적 지급의무 없이 대신 지급한 비용은 필요경비로 공제할 수 없는 것이며, 법적 지급의무가 있는지 여부는 사실판단할 사항임 답변내용 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 「소득세법」제97조 및 같은 법 시행령 제163조에 열거된 항목에 한하는 것으로서, 「농지법」제38조에 따른 농지보전부담금은 당해 토지의 자본적 지출에 해당하나, 양수자가 농지의 전용을 허가받아 양수자의 명의로 부과된 농지보전보담금은 양수자가 부담하여야 할 비용이므로 양도자가 법적 지급의무 없이 대신 지급한 비용은 양도자산의 필요경비에 해당하지 않는 것입니다. 다만, 법적 지급의무가 있는지 여부는 임대차계약서 등 구체적 사실관계를 종합하여 사실판단할 사항입니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ?                                                                       [문서번호] 사전-2024-법규재산-0192(2024.06.24.) [세목] 양도 [납세자회신번호] 법규과-1603(2024.06.25.) [제 목] 양도자가 양수자 명의의 농지보전부담금을 부담한 경우 양도소득의 필요경비 해당 여부 [요 지] 농지보전부담금은 토지의 자본적지출로 보아 필요경비에 해당함. 다만, 자산의 양도차익을 계산할 때 법적 지급의무 없이 대신 지급한 비용은 필요경비로 공제할 수 없는 것이며, 법적 지급의무가 있는지 여부는 사실판단할 사항임 [답변내용] 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 「소득세법」제97조 및 같은 법 시행령 제163조에 열거된 항목에 한하는 것으로서, 「농지법」제38조에 따른 농지보전부담금은 당해 토지의 자본적 지출에 해당하나, 양수자가 농지의 전용을 허가받아 양수자의 명의로 부과된 농지보전보담금은 양수자가 부담하여야 할 비용이므로 양도자가 법적 지급의무 없이 대신 지급한 비용은 양도자산의 필요경비에 해당하지 않는 것입니다. 다만, 법적 지급의무가 있는지 여부는 임대차계약서 등 구체적 사실관계를 종합하여 사실판단할 사항입니다. [관련법령] 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】                                                                         1. 사실관계    ○ 당초 양도자는 “농지→사무실”로 허가·개발하여 양도하였고 이에 대하여 농지전용부담금이 부과되어 납부함   - 양수자가 이를 “판매시설”을 전용 목적으로 하여 양수자 명의로 다시 허가받고 이에 부과된 양수자 명의의 농지전용부담금이 부과됨 2. 질의내용  ○ 당초 양도자는 “농지→사무실”로 허가·개발하여 양도하였고 이에 대하여 농지전용부담금이 부과되어 납부함   - 양수자가 이를 “판매시설”을 전용 목적으로 하여 양수자 명의로 다시 허가받고 이에 부과된 양수자 명의의 농지전용부담금을 양도자가 납부한 경우 양도소득의 필요경비로 볼 수 있는지 3. 관련법령 □ 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】  ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.   1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.    가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액    나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액   2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것   3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 □ 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】  ① 법 제97조제1항제1호가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.   1. 제89조제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조제2항제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」제10조제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)   2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액   3. ~ 5. (생략)  ③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.   1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액   2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액   2의2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.   3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)   3의2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)   3의3. 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)   4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것  ⑤ 법 제97조제1항제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.   1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용    가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세    나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용    다. 공증비용, 인지대 및 소개비    라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용    마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용 □ 소득세법 시행규칙 제79조【양도자산의 필요경비 계산등】  ① 영 제163조제3항제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.   1. 「하천법」ㆍ「댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률」 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용   2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용   3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비   4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액   5. 사방사업에 소요된 비용   6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용 □ 소득세법 시행령 제67조 【즉시상각의의제】 ② 제1항에서 "자본적 지출"이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호에 해당하는 지출을 포함하는 것으로 한다. <신설 1998.12.31, 2020.2.11>  1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조  2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치  3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치  4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구  5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 □ 농지법 제34조【농지의 전용허가·협의】  ① 농지를 전용하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관의 허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 포함한다. 이하 같다)를 받아야 한다. 허가받은 농지의 면적 또는 경계 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.   1. 삭제 <2023.8.16>   2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역 또는 계획관리지역에 있는 농지로서 제2항에 따른 협의를 거친 농지나 제2항제1호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 전용하는 경우   3. 제35조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하는 경우   4.「산지관리법」 제14조에 따른 산지전용허가를 받지 아니하거나 같은 법 제15조에 따른 산지전용신고를 하지 아니하고 불법으로 개간한 농지를 산림으로 복구하는 경우   5. 삭제 <2024.1.2>  ② 주무부장관이나 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관과 미리 농지전용에 관한 협의를 하여야 한다.   1.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역에 주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역을 지정하거나 같은 법에 따른 도시지역에 도시ㆍ군계획시설을 결정할 때에 해당 지역 예정지 또는 시설 예정지에 농지가 포함되어 있는 경우. 다만, 이미 지정된 주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역을 다른 지역으로 변경하거나 이미 지정된 주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역에 도시ㆍ군계획시설을 결정하는 경우는 제외한다.   1의2.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 계획관리지역에 지구단위계획구역을 지정할 때에 해당 구역 예정지에 농지가 포함되어 있는 경우   2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역의 녹지지역 및 개발제한구역의 농지에 대하여 같은 법 제56조에 따라 개발행위를 허가하거나 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」 제12조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지의 형질변경허가를 하는 경우 □ 농지법 제35조【농지전용신고】  ① 농지를 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설의 부지로 전용하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장에게 신고하여야 한다. 신고한 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.   1. 농업인 주택, 어업인 주택, 농축산업용 시설(제2조제1호나목에 따른 개량시설과 농축산물 생산시설은 제외한다), 농수산물 유통ㆍ가공 시설   2. 어린이놀이터ㆍ마을회관 등 농업인의 공동생활 편의 시설   3. 농수산 관련 연구 시설과 양어장ㆍ양식장 등 어업용 시설  ② 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장은 제1항에 따른 신고를 받은 경우 그 내용을 검토하여 이 법에 적합하면 신고를 수리하여야 한다.  ③ 제1항에 따른 신고 대상 시설의 범위와 규모, 농업진흥지역에서의 설치 제한, 설치자의 범위 등에 관한 사항은 대통령령으로 정한다. □ 농지법 제38조【농지보전부담금】  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농지의 보전ㆍ관리 및 조성을 위한 부담금(이하 "농지보전부담금"이라 한다)을 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자에게 내야 한다.   1. 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받는 자   2. 제34조제2항제1호에 따라 농지전용협의를 거친 지역 예정지 또는 시설 예정지에 있는 농지(같은 호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 포함한다)를 전용하려는 자   2의2. 제34조제2항제1호의2에 따라 농지전용에 관한 협의를 거친 구역 예정지에 있는 농지를 전용하려는 자   3. 제34조제2항제2호에 따라 농지전용협의를 거친 농지를 전용하려는 자   4. 삭제 <2023.8.16>   5. 제35조나 제43조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하려는 자  ④ 농지를 전용하려는 자는 제1항 또는 제2항에 따른 농지보전부담금의 전부 또는 일부를 농지전용허가ㆍ농지전용신고(다른 법률에 따라 농지전용허가 또는 농지전용신고가 의제되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다) 전까지 납부하여야 한다.  ⑮ 농지보전부담금의 납부기한, 납부 절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. □ 농지법 시행령 제49조【농지보전부담금의 납부통지 등】  ① 한국농어촌공사는 농림축산식품부장관으로부터 제48조제2항에 따른 통보를 받으면 그 통보받은 내용에 따라 농지보전부담금을 내야 하는 자(이하 “납입의무자”라 한다)에게 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금의 납입을 통지하여야 한다.  ② 한국농어촌공사가 제1항에 따라 농지보전부담금의 납입을 통지하는 때에는 납입금액 및 그 산출근거, 납입기한과 납입장소를 구체적으로 밝혀야 한다.