정부연구과제 집행액 중 민간부담금의 지급대상을 선택하여 R&D 세액공제 가능 여부

요지 기존 해석사례 “서면-2019-법인-0284, 2020.7.10.”, “법인세과-797, 2011.10.26.” 참고 회신 귀 질의의 경우 기존 해석사례 “서면-2019-법인-0284, 2020.7.10.”, “법인세과-797, 2011.10.26.”를 참고하시기 바랍니다. ○ 서면-2019-법인-0284, 2020.7.10. 연구인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어, 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용이 있는 경우에는 「조세특례제한법」제10조에 따른 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것이나, 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 등으로부터 연구개발 또는 인력개발을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액은 제외하는 것이고, 그 외 민간부담금 등의 비용이 연구인력개발비 세액공제 적용이 가능한지는 해당 법인의 연구개발활동, 연구원 전담 여부 등을 감안하여 실질내용에 따라 사실판단할 사항입니다. ○ 법인세과-797, 2011.10.26. (질의2-3) 연구개발 과정에서 정부출연금과 자체부담금이 혼합되어 지출되더라도 자체부담금에 상당하는 금액이 세액공제 적용 대상 비용의 지출에 해당하는 경우에는 동 세액공제를 적용하는 것임. 다만, 세액공제 대상 비용은 연구과제 이행계약에 따른 정부출연금 집행 조건, 지출 비용의 성격 등 제반 사항을 종합적으로 고려하여 합리적인 방법으로 산출하는 것임 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1. 사실관계  ○ 甲은 의약품 및 의외약품 연구개발을 목적으로 ’○○. ○. ○. 설립된 법인으로   - ’○○. ○. ○. 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소를 최초 인정받음  ○ 정부연구과제를 수행하고 있으며 과제 집행액은 건수가 많아 정부출연금과 민간부담금 비율에 따라 안분하지 않고,   - 편의상 정부출연금을 먼저 모두 집행한 후 민간부담금을 소진하는 것으로 처리하고 있음   2. 질의내용  ○ 정부연구과제 집행액 중 R&D 세액공제 신청 시, 민간부담금의 지급대상을 선택하여 세액공제 적용 가능 여부   3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제10조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제】   ① 내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구·인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2024년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용하며, 제1호 및 제2호를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만을 적용한다.  ○ 조세특례제한법 제2조 【정의】   ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.    11. “연구개발”이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다.  ○ 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】   ① 법 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외하다.    1. 법 제10조의2제1항에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액    2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액  ○ 조세특례제한법 시행령 [별표6]   연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조제1항 관련)    1. 연구개발     가. 자체연구개발      1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.       가) 「소득세법」제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액       나) 「소득세법」제29조 및 「법인세법」제33조에 따른 퇴직급여충당금       다) 「법인세법 시행령」제44조의2제2항에 따른 퇴직연금등의 부담금 및 「소득세법 시행령」제40조의2제1항제2호에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금      2) 1)에 해당하는 직원 및 전담요원이 가입한 제30조의4제4항제1호부터 제4호까지의 사회보험에 대해 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액      3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)·서체·음원·이미지의 대여·구입비      4) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구·시험용시설(제25조의3제3항제2호가목에 따른 시설을 말한다)의 임차 또는 나목1)에 따른 기관의 연구·시험용 시설의 이용에 필요한 비용     나. 위탁 및 공동연구개발      1) 다음의 기관에 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영·관리·지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용       가) 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학       나) 국공립연구기관       다) 정부출연연구기관       라) 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)       마) 「산업기술혁신 촉진법」제42조에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관       바) 전담부서등(전담부서등에서 직접 수행한 부분으로 한정한다) 또는 국외기업에 부설된 연구기관       사) 영리를 목적으로 「연구산업진흥법」제2조제1호가목 또는 나목의 산업을 영위하는 기업 또는 영리목적으로 연구·개발을 독립적으로 수행하거나 위탁받아 수행하고 있는 국외 소재 기업       아) 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단       자) 한국표준산업분류표상 기술시험·검사 및 분석업을 영위하는 기업       차) 「산업디자인진흥법」제4조제2항 각 호에 해당하는 기관       카) 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합     다. 해당 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에 대한 직무발명 보상금 지급으로 발생한 금액     라. 기술정보비(기술자문비를 포함한다) 또는 도입기술의 소화개량비로서 기획재정부령으로 정하는 비용     마. 중소기업이 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 한국생산기술연구원과 「산업기술혁신 촉진법」에 따라 설립된 전문생산기술연구소의 기술지도 또는 「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 기술지도를 받음에 따라 발생한 비용     바. 중소기업에 대한 공업 및 상품디자인 개발지도를 위하여 발생한 비용     사. 중소기업이 「산업재산 정보의 관리 및 활용 촉진에 관한 법률」제17조제1항에 따라 지정된 산업재산진단기관의 특허 조사·분석을 받음에 따라 발생한 비용    2. 인력개발     가. 위탁훈련비(전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원으로 한정한다)      1) 국내외의 전문연구기관 또는 대학에의 위탁교육훈련비      2) 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따른 직업훈련기관에 위탁훈련비      3) 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따라 고용노동부장관의 승인을 받아 위탁훈련하는 경우의 위탁훈련비      4) 중소기업이 「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 기술연수를 받기 위하여 발생한 비용      5) 그 밖에 자체기술능력향상을 목적으로 한 국내외 위탁훈련비로서 기획재정부령으로 정하는 것     나. 「국민 평생 직업능력 개발법」또는 「고용보험법」에 따른 사내직업능력개발훈련 실시 및 직업능력개발훈련 관련사업 실시에 소요되는 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것     다. 중소기업에 대한 인력개발 및 기술지도를 위하여 발생하는 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것     라. 생산성 향상을 위한 인력개발비로서 기획재정부령으로 정하는 비용     마. 기획재정부령으로 정하는 사내기술대학(대학원을 포함한다) 및 사내대학의 운영에 필요한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것     바. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령」제2조제1항제3호 및 제4호에 따른 학교 또는 산업수요 맞춤형 고등학교 등과의 계약을 통해 설치·운영되는 직업교육훈련과정 또는 학과 등의 운영비로 발생한 비용     사. 산업수요 맞춤형 고등학교 등과 기획재정부령으로 정하는 사전 취업계약 등을 체결한 후, 직업교육훈련을 받는 해당 산업수요 맞춤형 고등학교의 재학생에게 해당 훈련기간 중 지급한 훈련수당, 식비, 교재비 또는 실습재료비(생산 또는 제조하는 물품의 제조원가 중 직접 재료비를 구성하지 않는 것만 해당한다)     아. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」제11조의3에 따라 현장실습산업체가 교육부장관이 정하는 표준화된 운영기준을 준수하는 현장실습을 실시하는 산업교육기관 등과 기획재정부령으로 정하는 사전 취업약정 등을 체결하고 해당 현장실습 종료 후 현장실습을 이수한 대학생을 채용한 경우 현장실습 기간 중 해당 대학생에게 같은 조 제3항에 따라 지급한 현장실습 지원비(생산 또는 제조하는 물품의 제조원가 중 직접 재료비를 구성하지 않는 것만 해당한다)     자. 「산업교육진흥 및 산합연협력촉진에 관한 법률」제2조제2호다목에 따른 대학과의 계약을 통해 설치·운영되는 같은 법 제8조제2항에 따른 계약학과등의 운영비로 발생한 비용