자동말소일 이후의 양도차익에 대하여 조특법§97의4를 적용할 수 있는지 여부

요지 추가공제율 산정시에는 세무서 사업자등록․지자체 임대사업자등록이 되어 있는 상태에서 임대한 기간에 따른 공제율로 산정하되 산정된 추가공제율 적용시에는 임대기간과 무관하게 전체 양도차익에 보유기간에 따른 장기보유특별공제율을 적용할 때 추가공제율을 더한 공제율을 적용하는 것임 답변내용 ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3제1항제2호가목 및 다목에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택)이 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소(자동말소)된 경우로서 해당 자동말소된 장기임대주택을 양도하는 경우, ｢조세특례제한법｣ 제97조의4에 따른 추가공제율 산정 시 임대기간은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제97조의4제2항에 따른 임대개시일부터 자동말소일까지의 기간에 따라 산정하는 것이며, 산정된 추가공제율은 해당 장기임대주택을 양도함으로써 발생하는 전체 양도차익에 ｢소득세법｣ 제95조제2항에 따른 보유기간별 공제율을 적용할 때 추가공제율을 더한 공제율로 적용하는 것입니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ?                                                                       [문서번호] 사전-2025-법규재산-0557(2025.07.30.) [세목] 양도 [납세자회신번호]   [제 목] 자동말소일 이후의 양도차익에 대하여 조특법§97의4를 적용할 수 있는지 여부 [요 지] 추가공제율 산정시에는 세무서 사업자등록․지자체 임대사업자등록이 되어 있는 상태에서 임대한 기간에 따른 공제율로 산정하되 산정된 추가공제율 적용시에는 임대기간과 무관하게 전체 양도차익에 보유기간에 따른 장기보유특별공제율을 적용할 때 추가공제율을 더한 공제율을 적용하는 것임 [답변내용] ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3제1항제2호가목 및 다목에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택)이 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소(자동말소)된 경우로서 해당 자동말소된 장기임대주택을 양도하는 경우, ｢조세특례제한법｣ 제97조의4에 따른 추가공제율 산정 시 임대기간은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제97조의4제2항에 따른 임대개시일부터 자동말소일까지의 기간에 따라 산정하는 것이며, 산정된 추가공제율은 해당 장기임대주택을 양도함으로써 발생하는 전체 양도차익에 ｢소득세법｣ 제95조제2항에 따른 보유기간별 공제율을 적용할 때 추가공제율을 더한 공제율로 적용하는 것입니다. [관련법령] 조세특례제한법 제97조의4【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】                                                                           1. 사실관계 ’06.06.18. ’06.06.27. ’06.07.07. ’06.07.21. ’20.08.18. ’25.09.12.     ▴------------------▴---------------▴-----------------▴---------------▴----------------▴ A주택 매매계약 A주택 지자체 임대등록 세무서 사업자등록 A주택 취득 A주택 지자체 임대등록 자동말소 A주택 양도예정  ○ ’06.06.18. A주택에 대한 매매계약 체결  ○ ’06.06.27. A주택 매입임대주택 등록  ○ ’06.07.07. 신청인 세무서 사업자 등록  ○ ’06.07.21. A주택 취득  ○ ’20.08.18. A주택 임대등록 자동 말소  ○ ’25.09.12. A주택 양도 예정 2. 질의내용 ○ 2006년 구 임대주택법에 따라 매입임대주택으로 등록한 후 2020.8.18. 자동말소일까지 10년 이상 임대(2019.2.12. 이후 계약분은 5% 이내 증액)하였으나 자동말소일 이후 임대료 증액 제한을 유지하지 않고 임대한 후 양도한 경우  - 자동말소일 이후 발생한 양도차익에 대하여 「조세특례제한법」제97조의4를 적용할 수 있는지 여부 3. 관련법령 및 관련사례 〔1〕 「조세특례제한법」 □ 조세특례제한법 제97조의4 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자 또는 비거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택, 같은 법 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택, 「공공주택 특별법」 제2조제1호의2에 따른 공공건설임대주택 또는 같은 법 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다. 다만, 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.       임대기간 추가공제율 6년 이상 7년 미만 100분의 2 7년 이상 8년 미만 100분의 4 8년 이상 9년 미만 100분의 6 9년 이상 10년 미만 100분의 8 10년 이상 100분의 10   ② 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례의 적용신청을 하여야 한다. ③ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. □ 조세특례제한법 시행령 제97조의4 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 법 제97조의4제1항에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호가목 및 다목에 따른 장기임대주택(「소득세법」 제1조의2제1항제2호에 따른 비거주자가 소유한 주택을 포함하며, 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)을 말한다. ② 법 제97조의4제1항을 적용할 때 장기임대주택의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하거나, 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자로 지정되어 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다. ③ 법 제97조의4제2항에 따라 과세특례의 적용신청을 하려는 자는 해당 장기임대주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조제3항, 제4항 및 제6항을 준용한다. □ 조세특례제한법 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다. □ 조세특례제한법 제97조의5 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 감면】 ① 거주자가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생한 양도소득에 대한 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.    (각 호 생략) 〔2〕 「소득세법」 □ 소득세법 제95조 【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】 ① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. <개정 2023.12.31> ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. □ 소득세법 제168조 【사업자등록 및 고유번호의 부여】 ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. ② 「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다. ③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 「부가가치세법」 제8조를 준용한다. □ 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】 ① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호 또는 제12호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.  2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.   가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.   다. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(같은 법에 따라 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 않고 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택에 한정한다. 〔3〕 「민간임대주택에 관한 특별법」 □ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.  1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.  2. "민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다. 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택 나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택  3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.  7. "임대사업자"란 「공공주택 특별법」 제4조제1항에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. □ 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 【임대사업자의 등록】 ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서 「출입국관리법」 제10조의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다. ② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.  1. 삭제  2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택  3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택 〔4〕 「공공주택 특별법」 □ 공공주택 특별법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.  1. "공공주택"이란 제4조제1항 각 호에 규정된 자 또는 제4조제2항에 따른 공공주택사업자가 국가 또는 지방자치단체의 재정이나 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금(이하 "주택도시기금"이라 한다)을 지원받아 이 법 또는 다른 법률에 따라 건설, 매입 또는 임차하여 공급하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.   가. 임대 또는 임대한 후 분양전환을 할 목적으로 공급하는 「주택법」 제2조제1호에 따른 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택(이하 "공공임대주택"이라 한다)   나. 분양을 목적으로 공급하는 주택으로서 「주택법」 제2조제5호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(이하 "공공분양주택"이라 한다)  1의2. "공공건설임대주택"이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하여 공급하는 공공임대주택을 말한다.  1의3. "공공매입임대주택"이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하지 아니하고 매매 등으로 취득하여 공급하는 공공임대주택을 말한다. □ 공공주택 특별법 제4조 【공공주택 사업자】 ① 국토교통부장관은 다음 각 호의 자 중에서 공공주택사업자를 지정한다.  1. 국가 또는 지방자치단체  2. 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사  3. 「지방공기업법」 제49조에 따라 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사  4. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제5조에 따른 공공기관 중 대통령령으로 정하는 기관  5. 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자가 총지분의 100분의 50을 초과하여 출자ㆍ설립한 법인 6. 주택도시기금 또는 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자가 총지분의 전부(도심 공공주택 복합사업의 경우에는 100분의 50을 초과한 경우를 포함한다)를 출자(공동으로 출자한 경우를 포함한다)하여 「부동산투자회사법」에 따라 설립한 부동산투자회사