매입임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 전환하지 않고 양도하는 경우 조특법§97의3 적용 여부

요지 주택을 취득하면서 체결한 임대차계약이 전 소유자와 임차인간 체결한 임대차계약과 같은 내용으로 체결한 경우가 아니면 직전임대차계약에 해당함 회신 귀 질의의 경우, 기존 해석(서면-2020-부동산-3267, 2022.08.23.)을 참조하시기 바랍니다. ○ 서면-2020-부동산-3267, 2022.08.23. 귀 질의의 경우 거주자가 소유주택을 (구)｢임대주택법｣에 따른 매입임대주택으로 등록하여 임대차계약에 따라 임대하다 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경 등록하지 아니한 경우에는 ｢조세특례제한법｣제97조의3에 따른 과세특례는 적용되지 아니하는 것입니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1.사실관계  -’02. 6.20. 세무서 임대사업자 등록  -’04.10.21. A아파트 분양계약 체결  -’04.12. 5 A아파트 구「임대주택법」에 따라 매입임대주택으로 등록  -’07. 2.27. A주택 완공 및 소유권보존등기 후 임대시작  -’20. 8.18. 폐지유형의 임대주택에 해당하여 자동말소  -예 정 A주택 양도 2. 질의내용   - 구「임대주택법」에 따라 매입임대주택으로 등록한 주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 장기일반민간임대주택등으로 전환하지 않고 양도하는 경우 조특법§97의3 적용 가능한지 3. 관련법령 및 해석사례 ○소득세법 제95조【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】 ① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.   ○조세특례제한법 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다. 1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우  2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우 ② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다. ③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다. ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○조세특례제한법 시행령 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 「소득세법」제1조의2제1항제1호에 따른 거주자를 말한다. ② 법 제97조의3제1항제1호에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 10년 이상 계속하여 등록되어 있고, 그 등록 기간 동안 통산하여 10년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업ㆍ재건축 사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택 정비사업 또는 「주택법」에 따른 리모델링의 시행으로 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일 (소규모주택정비 사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다. ③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.  1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대 주택에 관한 특별법」 제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.  2. 「주택법」 제2조제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것  3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 10년 이상 임대할 것  4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것 ④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조 제5항 제1호 ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 「민간임대 주택에 관한 특별법」 제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우 에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다. ⑤ 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항에 따라 100분의 70의 공제율을 적용하는 경우에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 다음 계산식에 따라 산정한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 제1항에 따른 임대기간의 마지막 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용하여 계산한다.   ⑥ 법 제97조의3제2항에 따라 과세특례 적용의 신청을 하려는 자는 해당 장기일반민간임대주택등의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 재정경제부령으로 정하는 과세특례적용 신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조제3항ㆍ제4항 및 제6항을 준용한다. <「민간임대주택에 관한 특별법」 및 (구)「임대주택법*」>  *2015.8.28. 법률 제13499호로 전문개정 되면서「민간임대주택에 관한 특별법」으로 제명 변경됨 (2015.12.29.부터 시행) ○민간임대주택에 관한 특별법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다. 2. "민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.  가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택  나. 「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택 3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 4. "공공지원민간임대주택"이란 임대사업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 이 법에 따른 임대료 및 임차인의 자격 제한 등을 받아 임대하는 민간임대주택을 말한다.  가. 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금(이하 "주택도시기금"이라 한다)의 출자를 받아 건설 또는 매입하는 민간임대주택  나. 「주택법」제2조제24호에 따른 공공택지 또는 이 법 제18조제2항에 따라 수의계약 등으로 공급되는 토지 및 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」제2조제6호에 따른 종전부동산(이하 "종전부동산"이라 한다)을 매입 또는 임차하여 건설하는 민간임대주택  다. 제21조제2호에 따라 용적률을 완화 받거나 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제30조에 따라 용도지역 변경을 통하여 용적률을 완화 받아 건설하는 민간임대주택  라. 제22조에 따라 지정되는 공공지원민간임대주택 공급촉진지구에서 건설하는 민간임대주택  마. 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 공공지원을 받아 건설 또는 매입하는 민간임대주택 5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다. 6. 삭제 <2020.8.18> 6의2. "단기민간임대주택"이란 임대사업자가 6년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)는 제외한다]을 말한다. 7. "임대사업자"란 「공공주택 특별법」제4조제1항에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. ○민간임대주택에 관한 특별법 제5조【임대사업자의 등록】 ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서 「출입국관리법」제10조의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다. ② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.  1. 삭제 <2018.1.16>  2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택  3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택 ③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다. ○민간임대주택에 관한 특별법 제43조【임대의무기간 및 양도 등】 ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조제4호ㆍ제5호 또는 제6호의2에 따른 기간(이하 "임대의무기간"이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다. ○민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제34조【민간임대주택의 임대의무기간 등】 ① 법 제43조제1항에서 "임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점"이란 다음 각 호의 구분에 따른 시점을 말한다.  1. 민간건설임대주택: 입주지정기간 개시일. 이 경우 입주지정기간을 정하지 아니한 경우에는 법 제5조에 따른 임대사업자 등록 이후 최초로 체결된 임대차계약서상의 실제 임대개시일을 말한다.  2. 민간매입임대주택: 임대사업자 등록일. 다만, 임대사업자 등록 이후 임대가 개시되는 주택은 임대차계약서상의 실제 임대개시일로 한다.  3. 법 제5조제3항 본문에 따라 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 시점   가. 단기민간임대주택의 임대의무기간 종료 전에 변경신고한 경우: 해당 단기민간임대주택의 제1호 또는 제2호에 따른 시점   나. 단기민간임대주택의 임대의무기간이 종료된 이후 변경신고한 경우: 변경신고의 수리일부터 해당 단기민간임대주택의 임대의무기간을 역산한 날    ○ 사전-2025-법규재산-0814, 2025. 11. 26.  거주자가 소유주택을 (구)｢임대주택법｣에 따른 건설임대주택으로 등록하여 임대차계약에 따라 임대하다 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣에 따른 장기일반민간임대주택등으로 변경 등록하지 아니하고 양도한 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 제97조의3에 따른 과세특례는 적용되지 아니하는 것입니다.  ○ 사전-2025-법규재산-0881, 2025. 11. 26.  귀 사전답변 신청의 경우, 국세청 기존 해석(서면-2020-부동산-3267, 2022.08.23.)을 참조하시기 바랍니다.  ○ 서면-2020-부동산-3267, 2022.08.23.  귀 질의의 경우 거주자가 소유주택을 (구)｢임대주택법｣에 따른 매입임대주택으로 등록하여 임대차계약에 따라 임대하다 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경 등록하지 아니한 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 제97조의3에 따른 과세특례는 적용되지 아니하는 것입니다.