다주택자인 청구인이 양도한 주택에 대하여 특례규정에 따라 기본세율이 적용되는 경우 해당 주택의 부수토지에 대하여도 기본세율이 적용되는지 여부

요지 구「소득세법」부칙에서 기본세율 적용 대상을 규정하고, 같은 법 제104조 제1항 제4호 괄호 부분에서 “이에 딸린 토지를 포함한다”고 하여, 기본세율 적용대상에 주택만 포함되고 그 부수토지는 제외된다는 처분청 의견은 타당하지 않은 것으로 보이는 점, 청구인이 쟁점주택을취득하여 그 부수토지인 쟁점부수토지와 함께 양도한 사실이 확인되어 쟁점부수토지도 쟁점규정 적용 대상에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점부수토지를 중과세율 적용 대상으로 보아 경정청구를 일부 거부한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단됨 결정내용 결정 내용은 붙임과 같습니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? [주 문]  oo세무서장이 2024.6.22. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.   [이 유]   1. 처분개요    가. 청구인은 1981.9.22. 서울특별시 송파구 OOO, 309㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2011.5.26. 쟁점토지에 지상 5층 지하 4층 규모의 다세대주택을 신축한 후 2021.9.13. 위 다세대주택 중 502호(이하 “쟁점주택”이라 하고, 쟁점주택의 부수토지를 “쟁점부수토지”라 한다)를 OOO원에 양도하였고, 2021.11.24. 3주택자 중과규정(70%)을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.    나. 이후 청구인은 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 구「소득세법」부칙(2008.12.26. 법률 제9270호) 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) 제1항은 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지(이하 “쟁점기간”이라 한다) 취득한 자산을 양도함에 따라 발생하는 소득에 대하여는 기본세율을 적용한다고 규정(이하 “쟁점규정”이라 한다)하여 이에 따라 2011.5.26. 취득한 쟁점주택과 그 부수토지인 쟁점부수토지의 양도에 중과세율이 아닌 기본세율을 적용하여야 한다는 취지로 2024.4.25. 경정청구를 하였다.     * 구 「소득세법」(법률 제9270호, 2008.12.26.) 부칙 제14조 : 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지(이하 “쟁점기간”이라 한다) 취득한 자산을 양도함에 따라 발생하는 소득에 대하여는 기본세율을 적용함    다. 처분청은 청구인의 경정청구를 검토한 결과 쟁점주택은 쟁점기간 중에 취득하였으므로 기본세율(15%)을 적용하여야 하나, 쟁점토지의 취득시기는 2009.3.16. 이전이기 때문에 청구인이 다주택자인 점을 감안하여 쟁점부수토지에는 중과세율(70%)을 적용하여야 한다고 보아 2024.6.22. 경정청구에 대하여 일부거부처분을 하였다.    라. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.13. 심판청구를 제기하였다.     2. 청구인 주장 및 처분청 의견    가. 청구인 주장     쟁점부수토지에 대하여 중과세율을 적용하는 것은 아래와 같은 이유로 부당하다.     (1) 양도소득은「소득세법」제94조 제1항 제1호에 따라 토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득으로 규정되고, 주택과 그 부수토지에 대한 양도소득은 구분하여 계산하도록 되어 있다. 다만, 1세대1주택 비과세 규정과 다주택자 중과세율 등 세율적용의 경우 주택에 딸린 토지를 포함하는 것으로 규정되어 있다.     (2) 청구인과 같이 3주택 이상을 보유한 경우 「소득세법」제104조 제7항에 의하여 누진세율에 30%를 더한 세율을 적용하도록 규정하면서 ‘주택에 딸린 토지는 포함한다’고 명시하고 있다. 이는 토지에 대하여 별도로 판단하는 것이 아니라 주택이 비과세 또는 중과세율 등이 적용되면 자동으로 그 부수토지도 동일하게 비과세 또는 중과세율 등이 적용된다는 의미이다.     (3) 양도소득세 집행기준(89-154-4)에서도 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 주택의 부수토지를 먼저 양도하는 경우 과세되지만 부수토지와 별도로 주택만 먼저 양도하는 경우 비과세되는 것으로 해석하고 있는 점을 볼 때 「소득세법」제104조 제7항은 ‘주택부수토지만을 별도로 해당규정을 적용할 수 없다’라는 의미로 해석된다.     (4) 처분청이 쟁점주택에 대하여는 기본세율을 적용하고, 쟁점부수토지에 대하여는 중과세율을 적용하는 것은 「소득세법」에서 규정하여야만 가능한 것이고, 「소득세법」제104조 제7항에서 주택의 범위에 이에 딸린 토지를 포함하고 있으므로 주택과 부수토지에 각각 중과세율 적용여부를 판단하는 것은 잘못이다.     (5) 또한 단기양도자산의 경우 주택의 보유기간을 기준으로 세율을 결정하고 있으며 그에 부수되는 토지의 보유기간은 상관없이 주택에 적용되는 세율을 적용(사전법규재산 2023-389, 2023.6.27.)하고 있으므로 쟁점부수토지에 중과세율을 적용하여 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.     (6) 1세대1주택에 대한 비과세규정에서도 주택에 주택부수토지를 포함하여 규정하고 있으며 양도시점에 주택의 비과세요건을 갖추어 비과세가 적용되는 경우 주택부수토지의 취득시점과 상관없이 비과세를 적용하고 있다.    나. 처분청 의견     (1) 쟁점규정은 쟁점기간에 취득한 자산을 양도하는 경우 발생하는 소득에 대하여 기본세율을 적용한다고 규정하고 있으므로, 자산별로 취득일이 쟁점기간 중에 있는지에 따라 기본세율 적용여부를 판단하여야 한다.     (2) 취득시기가 다른 부동산을 일괄양도하는 경우 양도차익을 산정함에 있어 취득 및 양도가액은 자산별로 구분하여 별개의 자산으로 보아 양도차익을 산정하도록 되어 있고(서면인터넷방문상담4팀-619, 2005.4.22.), 이 건에서도 쟁점토지와 쟁점주택의 취득시기가 다르므로 자산별로 그 취득시기에 따라 쟁점규정 적용여부를 판단하여야 한다.     (3) 특히, 쟁점규정과 같이 납세자에게 혜택을 주는 특례규정의 경우 법적안정성과 조세법률주의가 요구하는 엄격해석원칙에 따라 유추해석 및 확장해석을 하여서는 아니된다.     3. 심리 및 판단    가. 쟁점      다주택자인 청구인이 양도한 주택에 대하여 특례규정에 따라 기본세율이 적용되는 경우 해당 주택의 부수토지에 대하여도 기본세율이 적용되는지 여부    나. 관련 법령     (1) 소득세법      제55조(세율) ① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “종합소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. (표 생략)    제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.  1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득      제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.  1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 　 제55조 제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.  1. 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택  2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.  3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택  4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.   (2) 구 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 일부개정 된 것)      제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.  1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산    제55조 제1항에 따른 세율  2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것    양도소득 과세표준의 100분의 40  3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것    양도소득 과세표준의 100분의 50  4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)    양도소득 과세표준의 100분의 60  5. 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)    양도소득 과세표준의 100분의 60  6. 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택    양도소득 과세표준의 100분의 50  7. 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)    양도소득 과세표준의 100분의 50  8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지    양도소득 과세표준의 100분의 60  9. 제94조 제1항 제4호 다목에 따른 자산 중 제104조의3에 따른 비사업용 토지의 보유 현황을 고려하여 대통령령으로 정하는 자산    양도소득 과세표준의 100분의 60   부칙(2008.12.26. 법률 제9270호)     제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.    다. 사실관계 및 판단     (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.      (가) 등기사항전부증명서와 건축물대장 등을 보면 청구인은 1981.9.22. 쟁점토지를 취득하였고, 2011.5.26. 쟁점주택을 신축한 것으로 나타나며, 2021.9.13. 쟁점주택과 쟁점부수토지를 OOO원에 양도한 사실이 확인된다.      (나) 청구인의 당초 신고와 경정청구 및 경정내역은 아래 <표1>과 같고, 청구인이 3주택 이상 다주택자에 해당한다는 사실에 대하여는 다툼이 없다.   <표1> 당초 신고 및 경정내역 등      (다) 쟁점규정의 신설(2008.12.26.) 및 개정(2010.12.27., 일몰연장)과 관련한 기획재정부 간추린 개정세법의 주요 내용은 아래 <표2>, <표3>과 같다.   <표2> 2008년 간추린 개정세법 중 일부  1. 다주택자 중과 한시적 완화(소득세법§104, 부칙§14)    (1) 개정내용 종전 개정 □ 다주택자 양도세 중과    ㅇ 1세대 2주택 : 50%    ㅇ 1세대 3주택 이상 : 60%    ※ 다주택자는 장기보유특별공제 적용배제 □ 2년간(’09.1.1~’10.12.31.) 양도하거나 취득한 주택에 대해 다주택 중과완화    ㅇ 1세대 2주택 : 일반세율    ㅇ 1세대 3주택 이상 : 45%    ※ 장기보유특별공제는 현행과 같이 적용배제    (2) 개정이유    ㅇ 거래동결효과(Lock-in Effect) 해소    (3) 적용시기 및 적용례    ㅇ 2009.1.1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용   <표3> 2010년 간추린 개정세법 중 일부    1. 양도세 중과완화의 일몰연장    (소득법 §104④⑥ 및 법률 제9270호 소득세법 일부개정법률 부칙§14)    (1) 개정내용 종전 개정 □ 다주택  ㅇ 기본세율(6~35%)적용   - 장특공제 적용배제   - 3주택 이상 보유자의 투기지역에 있는 주택에 한정하여 10% 추가 과세 적용  ※ 일몰시한 : ’10년 말까지 취득·양도분   □ 비사업용 토지  ㅇ 기본세율(6~35%)적용   - 장특공제 배제   - 투기지역에 있는 비사업용토지에 한정하여 10% 추가과세 적용  ※ 일몰시한 : ’10년 말까지 취득·양도분 □ ‘12년말까지 일몰연장  ㅇ (좌 동)             □ ‘12년말까지 일몰연장  ㅇ (좌 동)            (2) 개정이유    ㅇ 양도세제의 정상화 필요성, 부동산시장 여건 등을 감안하여 양도세 중과완화의 일몰시한을 2년간 연장    (3) 적용시기 및 적용례    ㅇ 2011.1.1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용     (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 구「소득세법」제104조 제1항 제4호에서 중과세율 적용 대상인 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 이에 부수되는 토지를 포함하고 있고 같은 법 부칙 제14조 제1항에 따라 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(기본세율)을 적용한다고 규정하고 있는바,      2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 구「소득세법」 부칙(2008.12.26. 법률 제9270) 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) 제1항의 적용대상에 주택만 포함되고 그 부수토지는 포함되지 않는다는 처분청 의견은 타당하지 않은 것으로 보이는 점, 청구인이 쟁점주택을 2011.5.26. 취득하여 그 부수토지인 쟁점부수토지와 함께 양도한 사실이 확인되어 쟁점부수토지도 쟁점규정 적용 대상에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점부수토지를 중과세율 적용 대상으로 보아 경정청구를 일부거부한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.     4. 결론      이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.