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예규·해석사전답변양도소득세

조합원입주권 양도시 장기보유특별공제 적용기간

사전-2025-법규재산-0347문서일자 2025.05.29

AI 분석

참고자료 · 전문가 검토 전

핵심 요약

조합원입주권의 양도차익에서 장기보유특별공제를 계산할 때, 보유기간별 공제율은 기존 건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분인가일까지의 기간에 대해 적용된다. 조합원입주권 양도시 장기보유특별공제 적용 여부에 대한 질의가 있었으며, 관리처분계획인가일 이후 기존주택이 멸실되지 않고 임차인이 거주한 경우에도 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지에 대한 판단이 필요하다.

사실관계 및 질의 요지

‘19.02.08. A주택을 취득하였고, ’21.04.29. 관리처분계획 인가를 받았다. ’21.08.18. 입주자가 퇴거하였으며, A주택의 멸실일은 ’22.02.08 이후로 예정되어 있다. ’25.04.23. A조합원입주권 양도 계약이 체결되었고, 잔금일은 ’25.8.29.로 예정되어 있다.

주요 쟁점

  • 조합원입주권 양도시 장기보유특별공제 적용 여부
  • 관리처분계획인가일 이후 멸실되지 않은 경우 장기보유특별공제 적용 여부
  • 기존주택이 멸실되지 않고 임차인이 거주한 경우 장기보유특별공제 적용 여부

회신 요지

  • 조합원입주권 양도시 장기보유특별공제는 보유기간에 따라 적용된다.
  • 관리처분계획인가일 이후 멸실되지 않은 경우에도 장기보유특별공제를 적용할 수 있다.
  • 기존주택이 멸실되지 않고 임차인이 거주한 경우에도 장기보유특별공제 적용이 가능하다.

판단 근거

조합원입주권의 양도차익에서 장기보유특별공제를 계산할 때, 보유기간별 공제율을 적용하는 것이 타당하다. 관리처분계획인가일 이후 기존주택이 멸실되지 않고 임차인이 거주한 경우에도 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지에 대한 법적 해석이 필요하다.

본 요약은 AI를 활용하여 생성된 참고자료입니다. 정확한 법적 판단을 위해서는 원문과 관련 법령을 확인해야 합니다.

원문

원문 전문 보기2,758자
요지 조합원입주권 양도시 장기보유특별공제는 조합원입주권으로 전환되기 전 보유기간 및 거주기간으로 산정 답변내용 「소득세법」제95조 제2항에 따른 조합원입주권의 양도차익에서 장기보유특별공제액을 계산할 때 보유기간별 공제율은 기존 건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분인가일까지의 기간에 대하여 적용하는 것입니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1. 사실관계  ○ ‘19.02.08. A주택 취득  ○ ’21.04.29. 관리처분계획 인가  ○ ’21.08.18. 입주자 퇴거*    * A주택의 멸실일이 ’22.02.08 이후임을 전제  ○ ’25.04.23. A조합원입주권 양도 계약 (잔금일: ’25.8.29.)     2. 질의요지  ○ 조합원입주권 양도시 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획인가일 이후 기존주택이 멸실되지 않고 임차인이 거주한 경우, 관리처분계획인가일 이후 멸실되기 전 기간을 통산하여 장기보유특별공제 적용 여부를 판정할 수 있는지 여부   3. 관련법령 □ 소득세법 제88조 【정의】   7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.   9. "조합원입주권"이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. □ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】  ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.   1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득   2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득    가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)    나. 지상권    다. 전세권과 등기된 부동산임차권   □ 소득세법 제95조【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】  ① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다  ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.  ③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.  ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. □ 소득세법 시행령 제159조의4 【장기보유특별공제】 법 제95조제2항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 각각 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다) 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

출처: 국세법령정보시스템 원문

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