가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

요지 「부가가치세법」 제48조에 따르면 예정신고분은 4.1부터 4.25.까지 예정신고가 가능하고, 제75조 결제대행업체 등이 관련 명세를 매분기 말의 다음 날 15일(4.15.)까지 제출하도록 규정하고 있는바, 청구인이 예정신고를 할 당시 쟁점금액이 청구법인의 매출자료로 조회되지 않았을 것으로 보기 어려움 결정내용 결정 내용은 붙임과 같습니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? [주 문] 심판청구를 기각한다.   [이 유] 1. 처분개요   가.청구법인은 2016.12.8.부터 서울특별시 OOO에서 음식점업(중식)을 영위하여 온 법인으로, 2024.4.23. 공급가액 합계 OOO원(1∼3월분)을 과세표준으로 하여 2024년 제1기 부가가치세 예정신고를 하였다.    나.처분청은 청구법인이 결제대행업체인 주식회사 A에서 발생한 매출금액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 신고누락한 것을 확인한 후 청구법인에게 수정신고할 것을 안내하였고, 청구법인은 2025.11.26. 쟁점금액을 과세표준에 포함하여 2024년 제1기(예정) 부가가치세 OOO원를 수정신고․납부하였다.    다.처분청은 청구법인이 쟁점금액을 신고누락하고 납부하여야 할 세액보다 적게 납부하였음에도 불구하고 관련 가산세를 포함하지 않고 수정신고하였다고 보아, 「국세기본법」 제47조의3 제1항 제2호(과소신고가산세) 및 같은 법 제47조의4 제1항 제1호(납부지연가산세)에 따라 2026.3.6. 청구법인에게 2024년 제1기 부가가치세 과소신고가산세 OOO원 및 납부지연가산세 OOO원 합계 OOO원을 경정․고지하였다.    라.청구법인은 이에 불복하여 2026.3.6. 심판청구를 제기하였다.     2. 청구인 주장 및 처분청 의견    가. 청구인 주장    (1)국세청에서 운영하는 ‘국세정보통신망을 이용한 세무서비스’(이하 “홈택스”라 한다)에서 조회되는 신용카드 매출자료에 따라 부가가치세 예정신고를 한 것일 뿐, 매출누락에 청구법인의 귀책사유는 없으므로 이 건 가산세 부과처분은 부당하다.     청구법인은 2024년 제1기 부가가치세 예정신고(신고일 2024.4.23.)에 임박하여 홈택스 상에서 청구인의 신용카드 매출자료를 조회하였고, 당시 조회자료에는 쟁점금액이 청구법인의 매출자료로 조회되지 아니하였다.      (2)처분청은 홈택스 자료가 참고용일 뿐이므로 부가가치세 과세표준을 확인하여 적정하게 신고할 책임은 납세자인 청구법인에게 있다는 의견이나 이는 법적 근거가 없는 주장이다.     「공공데이터의 제공 및 이용 활성화에 관한 법률」 제22조에 따라 국세청장은 홈택스에 생성․취득하여 관리하는 공공데이터(신용카드 매출자료 등)에 대하여 ‘안정적 품질관리’ 및 ‘적정한 품질수준 확보’를 위한 필요한 조치를 취해야 할 법적의무가 있다.     국세청이 제공하는 데이터와 시스템인 홈택스는 국가가 보증하는 정보로서 납세자는 이를 신뢰하고 그에 따라 세금을 신고하며, 국세청은 이를 기반으로 과세한다. 만약 이러한 데이터가 부정확하다면 이는 ‘국가행정의 신뢰’ 자체를 훼손하는 것이고, 국세청은 이를 방지할 기술적․관리적 조치를 다해야 할 의무가 있다.     또한 ‘홈택스 이용에 관한 규정’(국세청 고시) 제27조에서 홈택스 사용자를 제출의무자, 세무대리인 등으로 엄격히 제한하고 전자제출을 의무화했다는 것은 국세청이 지정한 시스템(홈택스)을 통해서만 자료가 들어오게 한 것으로서 데이터의 통제권과 관리권도 전적으로 국세청에 있음을 의미한다. 납세자에게 홈택스를 통해 과세자료를 제출하도록 제한하고 있는 이상, 홈택스를 통해 제공된 자료는 국세청이 그 정확성을 보장하는 정보라는 신뢰가 형성된 것이고, 이를 단순 ‘참고용’으로 치부하는 것은 국세청 스스로 자신이 구축한 시스템의 권위를 부정하는 모순이다.     (3)처분청은 홈택스 자료의 완결성 여부를 납세자인 청구법인이 검증했어야 한다는 의견이나, 이는 세무행정의 현실과 조세법 기본원리를 도외시한 처사이다.     홈택스상의 신용카드 매출자료가 카드사 및 B사로부터 정상적으로 전송되었는지, 전송과정에서 서버오류가 발생하지 않았는지 확인하는 것은 오직 시스템 운영자인 국세청만이 가능한 영역이고, 납세자는 데이터 처리 프로세스를 전혀 알 수 없는 위치에 있다. 납세자는 국세청이 제공하는 결과값인 ‘홈택스 조회화면’만을 유일한 신뢰의 근거로 삼을 수밖에 없는 것이고, 데이터 전송여부, 완결성을 확인하는 것은 시스템 운영자인 국세청의 업무이지 납세자의 업무가 아니다.     홈택스상에 신용카드 매출자료가 현출된 것은 국세청이 해당 자료를 ‘과세근거로서 유효하다’고 공표한 것과 다름없다. 납세자가 홈택스를 신뢰하여 그 자료를 바탕으로 성실하게 신고한 행위를 두고, ‘데이터 무결성을 납세자가 검증하지 않았으므로 납세자의 과실이다’고 주장하는 것은 행정기관의 공신력을 스스로 부정하는 것이다.     국세청의 관리부실이 납세자에 대한 가산세 부과근거가 될 수 없다. 이 건 처분은 국가기관의 관리 부실(홈택스 시스템 오류)을 납세자의 불이익(가산세)로 전환하는 심각한 논리적 모순을 내포하고 있다. 국가기관의 과실로 인해 야기된 결과를 납세자에게 귀책사유가 있는 것처럼 취급하여 가산세를 부과하는 것은 조세 정의에 반하며, 데이터의 무결성을 국세청이 유지하지 못해 납세자에 잘못된 데이터를 제공한 데 대하여 납세자에게 불이익을 전가하는 것은 조세평등주의에도 반한다.     (4)처분청은 관내 음식점업을 영위하는 사업장 중 유일하게 청구법인만 신용카드 매출누락이 발생하였고, 다른 업체들은 정상적으로 신고가 들어 왔음을 근거로 청구법인의 과실이라는 의견이나, 이는 오히려 청구법인의 개별적 태만이 아닌 홈택스 상의 특정 데이터 처리 오류임을 방증한다. 타 업체들이 정상이었다면 역설적으로 홈택스 시스템이 청구법인의 데이터만을 처리하는 과정에서 기술적 결함 등을 일으킨 증거라고 보아야 한다.     홈택스 운영자는 외부(B사)로부터 들어오는 자료가 실시간으로 정확히 반영되는지 검증하고, 오류 발생 시 납세자에게 알릴 시스템적 의무가 있으나, 청구법인이 매출자료를 조회할 때는 어떠한 알림창도 없었고 그러한 알림창 등을 염두에 두고 자료를 조회하지 않았다. 국세청은 기술적으로 자료의 완결성을 알릴 수 있는 수단이 있음에도 불구하고 이를 방치한 채 납세자인 청구법인에게 책임을 전가하고 있다.     (5)법령 및 판례 등에서도 가산세는 ‘정당한 이유없이’ 의무를 위반한 경우에 부과한다고 하고 있다. 그러나 이 건과 같이 국가 시스템의 관리자조차 자료전송 지연이라는 과실을 인정한 상황에서 납세자에게 지연된 자료까지 스스로 찾아내어 신고하라고 요구하는 것은 사회통념상 ‘의무이행을 기대할 수 없는 경우’에 해당한다. 과세권 행사를 용이하게 하기 위한 가산세가 거꾸로 과세관청의 관리 소홀로 인한 오류를 납세자에게 전가하는 수단으로 변질되어서는 안 된다.     조세심판원 선결정례에서도 홈택스 서버장애 등으로 인한 경우 가산세 감면을 인정한 사례가 있다. 조심 2011중4794(2011.12.13.)의 경우 양도소득세 자동계산 프로그램의 산출세액 산정과정에서 잘못된 질문을 선택하도록 하여 과소신고할 의도가 없었음에도 신고불성실가산세를 과세한 처분은 부당한 것으로 인정하였다.     또한 조심 2012서2764(2013.2.12.)에서는 홈택스의 전산장애로 인해 근로소득지급명세서와 중도퇴사자의 지급명세서의 중복신고에 의한 가산세 부과는 부당하다고 하고 있다.     (6)처분청이 제시한 청구법인의 계좌거래내역은 2025.12.1.자 대표자 상여처분 건에 대하여 이의신청 과정에서 소득처분의 사내유보 입증을 위해 청구법인 스스로 제출했던 통장 내역이다. 이후 처분청이 관련 오류를 인정하고 이의신청 취하를 요청함에 따라 청구법인이 이에 응하여 취하서를 제출한 바 있다.    나. 처분청 의견    (1)청구법인은 쟁점금액이 홈택스상 신용카드 매출자료로 조회되지 않았다고 주장하나, 청구법인이 부가가치세 예정신고서를 제출한 시점은 2024.4.23.로서, 그 당시에는 쟁점금액이 홈택스상 신용카드 매출자료로 조회됐을 것으로 판단된다.     국세청 전산망 조회자료에 따르면 주식회사 C의 신용카드 판매(결제)대행 자료 제출일은 2024.4.15.로 확인되고, 2024.4.17. 이후 홈택스 상으로 해당 매출자료가 조회가능하였다. 신용카드 매출자료의 제공시기 전에 홈택스 상에서 매출자료를 조회한다면 일부 판매(결제)대행 매출자료가 포함되지 않을 수 있다.     그러나 청구법인의 부가가치세 예정신고일은 2024.4.23.로 확인되고, 2024.4.17.부터는 홈택스에서 매출자료가 조회되었으므로 청구법인이 신고서를 제출할 당시에는 쟁점금액이 매출자료로 조회됐을 것으로 판단된다.     (2)청구법인은 2025년 11월경 처분청 담당자로부터 해당 매출자료가 홈택스 서버로 일괄 늦게 전송되었다고 유선상 안내받았다고 주장하나, 해당 내용은 사실과 다르다.     2025년 9월경 서울지방국세청에서 통보된 2024년 귀속 신용카드매출등 과소신고자료에 따르면 처분청 관내에서 음식점업을 영위하는 사업장 중 유일하게 청구법인만 신용카드매출등 과소신고자료가 생성되었다. 이는 청구법인 외에 다른 사업장들은 주식회사 C이 제출한 판매(결제)대행 매출자료를 포함한 신용카드등 매출을 정상적으로 신고했다는 방증이다. 설령 담당자가 잘못된 안내를 했다 하더라도 이는 법적 구속력이 있는 공적 견해표명이 아니고, 납세의무 성립자체에 영향을 주지 않는다.     (3)홈택스에서 제공하는 신용카드 매출자료는 부가가치세 신고를 위해 제공되는 참고자료이다.     홈택스의 자료제공은 단순한 행정서비스, 정보의 안내일 뿐, 개별 납세자에 대한 확정적인 공적 견해표명이 아니고, 홈택스에서 제공하는 신용카드 매출자료는 부가가치세 신고를 위해 제공되는 참고자료이다.     또한 홈택스상 신용카드 매출자료 조회화면에 따르면 제공하는 신용카드 매출자료 조회하면은 참고자료로서 매출액 등에 차이가 있을 수 있으므로, 참고자료로만 이용하라고 안내하고 있다.     (4)청구법인 명의의 계좌거래내역(2024.1.1.∼2024.3.31.)에 따르면 주식회사 A의 매출금액이 입금된 사실이 확인된다.     이와 같이 실제 매출 발생사실은 청구법인이 가장 잘 알고 있었을 것이므로, 홈택스 제공자료와 실제 장부, 카드단말기 매출자료 등을 대조하여 성실히 신고할 의무는 전적으로 청구법인에게 있는 것이며, 홈택스 제공자료와 청구법인이 자체 보유한 매출전표, 법인 계좌거래내역 등과 대조하였다면 충분히 쟁점금액의 누락을 확인할 수 있었을 것이므로 이 건 가산세 부과처분은 정당하다고 보아야 한다.     3. 심리 및 판단    가. 쟁 점     청구법인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부    나. 관련 법령 : <별지> 기재    다. 사실관계 및 판단     (1)국세청 전산망 조회자료에 따르면, 청구법인은 2024.4.23. 쟁점금액을 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하고 2024년 제1기 부가가치세를 예정신고하였다가, 2025.11.26. 다시 쟁점금액을 포함하여 아래 <표1>과 같이 추가납부세액 OOO원(가산세 미포함)을 수정신고한 것으로 확인된다.   <표1>수정신고 내역 OOO     (2)청구법인은 2024.4.23. 2024년 제1기 부가가치세 예정신고 당시, 홈택스 상 조회되었다는 신용카드 판매(결제)대행 자료 조회화면을 아래 <표2>와 같이 제출한바, 쟁점금액은 ‘판매(결제)대행 자료 매출액 합계 금액(OOO원)’에 포함되지 않았고, 조회화면 상 조회일시는 확인되지 아니한다.   <표2>예정신고 당시 매출자료 조회화면(청구인 제시) OOO     (3)홈택스 상 ‘자주 묻는 상담사례’의 질문․답변내용에 따르면, 「부가가치세법」 제75조에 따라 결제대행업체 등이 ‘매 분기 말일의 다음 달 15일까지’ 제출하도록 규정하고 있는 신용카드 판매(결제)대행 매출자료의 조회가능시기에 대하여, 아래 <표3>과 같이 ‘1∼3월 매출자료의 경우 판매(결제)대행업체에서 4.15.까지 자료를 제출하면 4.17.경 제공된다’고 답변하고 있는 것으로 확인된다.   <표3>홈택스 상 ‘자주 묻는 상담사례’ 내용(발췌) OOO     (4)처분청이 제출한 홈택스 상 ‘신용카드 판매(결제)대행 매출자료 조회화면’에 따르면, 아래 <표4>와 같이 ‘신용카드 자료 및 판매(결제)대행 자료는 카드사․판매(결제)대행업체가 제출한 자료를 사용자의 세무처리 등에 도움을 주기 위하여 제공하는 것으로 매출액 등에 차이가 있을 수 있으므로 참고자료로만 사용하시기 바랍니다.’고 기재되어 있는 것으로 확인된다.   <표4>신용카드 판매(결제)대행 매출자료 조회 화면(처분청 제시) OOO     (5)처분청은 청구법인이 제출한 법인계좌의 거래내역을 아래 <표5>와 같이 제출한바, 법인계좌로 주식회사 A의 매출금액이 입금된 사실을 청구법인이 알고 있음에도 홈택스 조회자료만으로 과세표준을 신고한 것은 청구법인이 주의의무를 다하지 않은 것이라는 의견이다.   <표5>청구법인 계좌거래내역(발췌) OOO     (6)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금액이 신고누락된 것은 홈택스를 운영․관리하는 과세관청의 책임으로서 홈택스 조회자료를 신뢰하여 예정신고를 한 청구법인에게는 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 주장하나,     부가가치세는 납세자가 스스로 과세표준과 세액을 계산하여 신고․납부하여야 하는 세목으로서, 「부가가치세법」 제48조에 따르면 1∼3월분 과세표준 및 납부세액에 대하여는 4.1.부터 4.25.까지 예정신고가 가능하고, 같은 법 제75조에서는 결제대행업체 등이 관련 명세를 매 분기 말일의 다음 달 15일(1분기의 경우 4.15.)까지 국세청장에게 제출하도록 규정하고 있는바, 이와 같은 부가가치세의 신고납부세목으로서의 성격과 예정신고기간에 대한 부가가치세 신고기간(4.1.∼4.25.) 및 결제대행자료 제출기한(4.15.) 등을 감안할 때 청구법인이 결제대행업체 등의 최종 제출자료를 그대로 반영하여 과세표준을 신고하였다고 보기는 어렵고, 단지 신고 편의를 위하여 홈택스 조회자료를 참고하더라도 실제 매출액과의 차이 등을 확인할 책임은 납세자에게 있다고 보는 것이 타당한 점, 홈택스 신용카드 매출자료 조회화면 상으로도 결제대행업체 등의 제출자료는 참고자료로만 사용하라는 취지의 안내가 기재되어 있는 점, 청구법인이 조회하였다는 결제대행자료 매출액 대비 신고누락된 쟁점금액이 오히려 과다한 사실에서, 청구법인이 보유하고 있었을 매출 관련 자료를 통해 쟁점금액 누락사실을 확인하는 등의 조치를 취했어야 했을 것으로 보이는 점 등에 비추어, 여기에 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기는 어려우므로, 위 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.     4. 결 론       이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.     <별지>관련 법령 등     (1)부가가치세법   제48조(예정신고와 납부)①사업자는 각 과세기간 중 다음 표에 따른 기간(이하 “예정신고기간”이라 한다)이 끝난 후 25일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하거나 시작하려는 자에 대한 최초의 예정신고기간은 사업 개시일(제8조 제1항 단서에 따라 사업 개시일 이전에 사업자등록을 신청한 경우에는 그 신청일을 말한다)부터 그 날이 속하는 예정신고기간의 종료일까지로 한다. ②사업자는 제1항에 따른 신고(이하 “예정신고”라 한다)를 할 때 그 예정신고기간의 납부세액(해당 예정신고기간에 대하여 제57조의2에 따라 수시부과한 세액은 공제한다)을 부가가치세 예정신고서와 함께 각 납세지 관할 세무서장(제51조의 경우에는 주된 사업장의 관할 세무서장을 말한다)에게 납부하거나 「국세징수법」에 따른 납부서를 작성하여 한국은행(그 대리점을 포함한다) 또는 체신관서(이하 “한국은행등”이라 한다)에 납부하여야 한다.   제75조(자료제출)①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 재화 또는 용역의 공급(국외사업자가 공급하는 경우는 제외한다)과 관련하여 판매 또는 결제를 대행하거나 중개하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 관련 명세를 매 분기 말일의 다음 달 15일까지 국세청장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.  1.「전기통신사업법」에 따른 부가통신사업자로서 「전자상거래 등에서의 소비자보호에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 통신판매업자의 판매를 대행 또는 중개하는 자  2.「여신전문금융업법」 제2조 제5호 나목에 따른 결제대행업체  3.「전자금융거래법」 제2조 제4호에 따른 전자금융업자  4.「외국환거래법」 제8조 제4항에 따른 전문외국환업무취급업자  5.그 밖에 제1호부터 제4호까지의 사업자와 유사한 사업을 수행하는 자로서 대통령령으로 정하는 자  6.제1호부터 제5호까지의 사업자와 유사한 사업을 수행하는 비거주자 또는 외국법인     (2)부가가치세법 시행령   제90조(예정신고와 납부)② 법 제48조 제1항 및 제4항에 따른 부가가치세의 예정신고를 할 때에는 재정경제부령으로 정하는 다음 각 호의 사항을 적은 부가가치세 예정신고서를 각 납세지 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 다만, 제107조 제4항에 따른 신고를 할 때 이미 신고한 내용은 예정신고 대상에서 제외한다.  1.사업자의 인적사항  2.납부세액 및 그 계산 근거  3.공제세액 및 그 계산 근거  4.법 제54조 제1항에 따른 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표(이하 “매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표”라 한다)의 제출 내용  5.그 밖의 참고 사항 ③제2항에 따라 부가가치세 예정신고서를 제출할 때에는 재정경제부령으로 정하는 다음 표의 구분에 따른 서류를 함께 제출하여야 한다.