부가가치세부과처분취소

요지 이 사건 처분 중 위장수취세금계산서 부분을 제외한 나머지 부분에 대해서는 10년의 장기부과제척기간이 적용되지 아니함 판결내용 판결 내용은 붙임과 같습니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 사 건 대법원 2026두30772 부가가치세처분취소 원 고 김○○ 외1 피 고 ○○세무서장 변 론 종 결   판 결 선 고 2026. 9. 2.   주 문   원심판결 중 원고들 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 부산고등법원에 환송한다.   이 유    상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 서면의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.  1. 이 사건 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부  원심은 판시와 같은 이유로, ○○주식회사가 이 사건 도급계약에 따라 원고들에게 실질적인 용역을 제공하였다고 볼 수 없고, 원고들이 위 회사 명의로 된 이 사건 매입세금계산서가 명의위장된 것임을 몰랐다고 인정할 사정도 없으므로, 이 사건 매입세금계산서는 부가가치세법 제32조 제1항 제1호의 사항이 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하고, 원고들이 각 하수급인으로부터 건설용역을 제공받고 그 대가를 직접 지불하기로 하였다고 하여 달리 볼 수 없다는 취지로 판단하였다. 원심판결 이유를 관련 규정 및 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 판단누락, 부가가치세법의 공급자 및 세금계산서에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다. 이 부분 상고이유에서 들고 있는 대법원판결들은 이 사건과 사안을 달리하여 원용하기에 적절하지 않다.  2. 이 사건 각 처분 중 가산세 부분의 부과제척기간 도과 여부(직권판단)  가. 관련 규정 및 법리  1) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은 제3호에서 상속세ㆍ증여세 이외의 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간으로 규정하면서도, 제1호에서 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 ‘부정행위’라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 규정하고 있고, 제47조 제2항 본문은 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 하도록 규정하고 있다.  위 규정들의 문언과 체계, 입법 취지 및 본세와 가산세의 관계 등에 비추어 보면, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 10년의 부과제척기간이 적용되는 ‘국세’에는 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 무신고ㆍ과소신고ㆍ납부불성실가산세 등도 포함된다(대법원 2025. 3. 13. 선고 2024두54935 판결 등 참조). 나아가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세자가 부정행위를 하였더라도 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받지 아니하는 경우에는 원칙으로 돌아가 본세를 비롯하여 위와 같은 가산세 역시 그 부과제척기간은 5년이 되고, 신고납세방식의 국세에서 해당 국세의 포탈이나 부정환급ㆍ부정공제가 있었는지는 가산세를 제외한 본세액을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2025. 2. 27. 선고 2024두57262 판결 등 참조). 그리고 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않을 것을 요건으로 하는 무신고ㆍ과소신고ㆍ납부불성실 가산세 등은 가산세 부과의 근거가 되는 법률 규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 하는 것으로서, 신고ㆍ납부할 본세의 납세의무가 인정되지 아니할 경우에는 이를 따로 부과할 수 없고, 따라서 본세가 소송 등에 의하여 취소되었다면 이러한 유형의 가산세 역시 처분의 기초를 상실하여 위법하게 된다고 보아야 한다(대법원 2025. 8. 14. 선고 2025두33285 판결 등 참조).  2) 한편 2010. 10. 27. 법률 제10405호로 개정되어 신설된 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2는, 제1호의 규정과는 별도로 가산세에 대한 장기부과제척기간에 대해 정하면서 부정행위로 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 것만을 요건으로 정하고 있을 뿐, 본세에 대한 조세포탈을 위 장기부과제척기간의 적용 요건으로 정하고 있지 아니하다. 그 개정이유는 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 부가가치세법에 따른 세금계산서교부불성실가산세 등이 부과될 경우 본세액의 포탈이 없더라도 10년의 국세부과제척기간이 적용되도록 한다.’라는 것이다. 이러한 규정의 문언과 입법 취지, 관련 규정의 체계 등을 종합하면, 납세자가 부정행위로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2 각 목에 따른 가산세 부과대상이 될 경우에는, 본세 자체에 조세포탈이 존재하거나 이에 대한 납세자의 인식이 있었는지 여부와 무관하게 위 제1호의2에 규정된 바에 따라 그 가산세에 대하여 10년의 장기부과제척기간이 적용된다(대법원 2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결 참조).  나. 판단  과세처분의 부과제척기간 경과 여부는 직권조사사항이므로 이를 살피건대, 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면 이 사건 각 처분에 의해 부과된 각 가산세 합계 1,041,540,159원에는 세금계산서위장수취가산세뿐만 아니라 다른 유형의 가산세들도 포함되어 있음을 알 수 있다. 그런데도 원심은 이 사건 각 처분 중 가산세 부분이 모두 세금계산서위장수취가산세에 해당한다고 보아, 위 가산세 부분에 대해서는 본세 부분의 부과제척기간 5년의 도과 여부와 무관하게 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2에 따라 10년의 부과제척기간이 적용되고, 이에 따라 이 사건 각 처분 당시 가산세 부분에 관하여는 부과제척기간이 도과하지 아니하였다고 판단하였다. 앞서 본 규정 및 법리에 비추어 보면, 이러한 원심의 판단에는 필요한 심리를 다하지 아니하였거나 가산세의 부과제척기간 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 원심으로서는 이 사건 각 처분 중 가산세 부분이 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 하는 유형과 그렇지 아니한 유형 중 어느 것에 속하는지를 구분하여, 각각의 유형별로 부과제척기간 도과 여부를 살펴야 할 뿐만 아니라, 만일 전자의 유형에 속할 경우 본세가 본 소송과정에서 취소됨으로써 해당 유형의 가산세 역시 처분의 기초를 상실하여 위법하게 되었는지를 심리ㆍ판단하여야 할 것임을 지적해 둔다. 3. 결론  그러므로 나머지 상고이유 주장에 대한 판단을 생략한 채 원심판결 중 원고들 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.