세금계산서를 실제 용역의 거래 없이 수수하였는지 여부

요지 과세관청은 청구법인의 거래가 가공거래라는 것을 상당한 정도로 입증하였으나, 청구법인은 실질적으로 용역을 공급받은 것에 대하여 입증하지 못하였으므로 해당 세금계산서는 가공세금계산서라고 보아야 함. 해당 거래가 가공거래라고 보는 이상 납세의무자가 선의의 거래당사자라는 주장은 받아들일 수 없음. 결정내용 결정 내용은 붙임과 같습니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1.처분개요  가. 청구법인은 대표 A가 2020.5.1. 개업하여 건설공사업을 영위하다가 2023.5.31. 폐업한 법인이다.  나.청구법인은 주*** ****(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 2020년 2기에 공급가액 합계 000,000,000원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였다.  다. 남부천세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.3.25.부터 2024.7.15.까지 쟁점거래처에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 쟁점거래처가 청구법인과 실제 거래를 하지 않고 가공세금계산서를 발급한 것으로 보아 처분청에 과세자료를 파생하였다.  라.처분청은 청구법인이 실제 공사 용역의 거래 없이 쟁점거래처로부터 세금계산서를 수취하였다는 이유로 2026.3.6. 2020년 제2기 귀속 부가가치세 00,000,000원 및 2020 사업연도 법인세 000,000,000원을 경정·고지하였다.  마.청구법인은 이에 불복하여 2026.6.5. 이 건 심사청구를 제기하였다. 2.청구인 주장  가.청구법인은 쟁점거래처와 실제 공사 용역을 거래하였다.    청구법인은 호텔 내부인테리어 공사 계약을 이행하는 과정에서 창호 및 금속공사에 대하여 쟁점거래처와 하도급계약을 체결하였고, 쟁점거래처는 해당 계약대로 실제 공사 용역을 제공하였다. 위 거래와 관련하여 호텔 내부 인테리어 공사를 의뢰한 B과 청구법인, 청구법인과 쟁점거래처 간에 대금을 거래하고 세금계산서를 수수한 내역은 아래와 같다. <B과 청구법인, 쟁점거래처 간 세금계산서 및 대금 거래내역> (단위: 천원) B 쟁점거래처 세금계산서 발급 대금 결제 세금계산서 수취 대금 결제 발행일 금액 입금일 금액 발행일 금액 송금일 금액 20.8.28. 220,000 20.8.28. 220,000 20.9.24. 58,300 20.9.25. 58,300 20.9.25. 330,000 20.9.25. 220,000 20.10.28. 104,500 20.10.29. 104,500     20.10.04. 110,000 20.11.25. 88,000 20.11.25. 88,000 20.10.21. 220,000 20.10.23. 220,000 20.12.21. 88,000 20.12.21. 88,000 20.10.28. 220,000 20.10.28. 220,000         20.11.24. 220,000 20.11.24. 200,000             20.11.27. 130,000         20.12.16. 110,000             20.12.21. 330,000 20.12.21. 330,000         합 계 1,650,000   1,650,000 합계 338,800   338,800    청구법인이 이후 사업 실패로 사무실 이전 및 사무용품을 처분하여 공사현장사진 외의 추가적인 공사 증빙을 확보할 수 없으나, 청구법인이 B과 계약하여 공사한 호텔 내부인테리어가 정상적으로 완료되어 공사 대금을 모두 수령하였으며 해당 건물이 현재까지 ***호텔(주소: 서울시 서대문* ***** ***-**)로 영업하고 있다는 것이 쟁점거래처와의 거래가 가공거래가 아니라는 확실한 증거이다.  나.쟁점거래처가 자료상으로 밝혀졌다 하더라도 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당하며 위장거래가 이루어졌다는 사실을 알지 못하였다.    1)청구법인은 쟁점거래처와 창호 및 금속공사에 대한 계약을 체결하는 과정에서 쟁점거래처가 공사를 실질적으로 수행할 수 있는지 확인하기 위하여 사업자등록증 사본, 은행계좌 사본, 법인등기부등본 등을 제출받아 확인하였고, 거래의 투명성을 담보하기 위하여 모든 자금결제는 계좌이체로 하는 등 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다.    2)청구법인과 쟁점거래처의 계약 당시 쟁점거래처의 등기부상 대표자는 C였으며, 청구법인은 쟁점거래처의 실행위자가 별도로 존재하였는지 알지 못하였다.     가)처분청은 쟁점거래처와의 거래가 가공거래에 해당한다고 주장하면서 그 근거로 조사청에서 조사한 쟁점거래처의 전 대표자 D의 진술내용과 실사업자 E의 자금거래내역을 들고 있다.     그러나, 청구법인이 계약을 체결한 2020년 당시 쟁점 거래처의 대표이사는 C(2021.1.4. 대표이사에서 사임)였고, 조사서에 나오는 D나 E에 대하여는 전혀 알지 못하였다. 또한 추후 처분청에 쟁점거래처와의 거래 내용에 대해 소명하기 위하여 C와 연락을 취하였으나 기입력된 전화번호는 해지되어 연락할 수 없었다.     청구법인과의 거래 당시 대표이사였던 C가 아닌 그 이후에 대표이사로 등재된 D의 진술에 근거하여 당시 청구법인과 쟁점거래처 간의 거래를 가공거래라고 확정하는 것은 부당하다.     나)C는 계약 당시 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있었을 뿐만 아니라 실제 현장에서 하청공사의 진행도 C의 책임 하에 이루어졌기 때문에 청구법인은 C를 쟁점거래처의 실사업자로 인식할 수밖에 없었다.     다)조사청에서 쟁점거래처를 자료상이라고 판단하게 된 사실관계는 ① 쟁점거래처와 그 매입처인 F의 e-mail 주소 및 랜카드, CPU 고유번호가 동일하다는 점 ② 청구법인이 이체한 공사 대금이 최종적으로 실행위자인 E에게 입금되었다는 점인데, 청구법인은 쟁점거래처와 그 매입처의 관계 및 쟁점거래처의 자금 흐름에 대하여 알 수 없는 지위에 있다. 따라서 사업자등록증 등 서류상 이상한 점이 없고 공사현장에서 공사가 정상적으로 진행되고 있으면 청구법인은 쟁점거래처를 정상 사업자로 인식할 수밖에 없다. 3.처분청 의견  가.청구법인과 쟁점거래처와의 거래는 가공거래에 해당한다.    1)조사청의 조사과정에서 쟁점거래처의 실행위자로 밝혀진 D는 공사 용역 제공에 관여하지 않았으며, 쟁점거래처의 실사업자인 E과 함께 가공세금계산서를 발급하는데 쟁점거래처를 활용하였다.    조사청의 쟁점거래처 조사과정에서 전대표자 D는 개업 시점인 2020년부터 쟁점거래처의 세금계산서 발급 업무를 하였다고 진술하였으나, 어떤 업체와 계약을 맺고 공사 용역을 제공했는지에 대한 증빙을 제출하지 못하였다. 또한, D는 쟁점거래처의 실사업자가 개업시기부터 E이었다고 진술하였으며 D와 E은 쟁점거래처 외에도 제***, 성*** 등의 업체를 운영하며 재화 또는 용역을 공급하지 않고 거짓세금계산서를 발급해온 혐의가 있다.    청구법인은 원 공사인 호텔 내부인테리어 공사가 실제로 완공되었다는 점을 들어 쟁점거래처도 청구법인과의 계약대로 창호공사 용역을 제공하였다고 주장하지만, 쟁점거래처의 실행위자인 D의 진술 내용으로 볼 때 청구법인의 주장은 신빙성이 없다.    2)쟁점거래처가 그 매입처들과 예외없이 정상적인 거래를 하지 않았다는 점에서 쟁점거래처 역시 청구법인에게 실질적인 용역을 제공하지 않았다고 보는 것이 합리적하다.    쟁점거래처의 청구법인 관련 매출에 대응하는 매입처로 성***, 제***이 확인되는데, 쟁점거래처가 발급한 전자세금계산서의 랜카드, CPU 고유번호가 해당 기업들과 동일한바, 쟁점거래처가 매입처들과 실제 거래 없이 세금계산서를 주고받은 정황이 확인된다.    쟁점거래처의 주요 매입처인 제***의 매출･매입 내역을 자세히 살펴보면, 쟁점거래처에 대한 매출 320백만원에 상응하는 매입은 다***으로부터 470백만원, 진***으로부터 100백만원으로 신고되었다. 그러나, 다***의 업종은 부동산 임대업이고 진***은 의류도소매업으로 건설업을 영위하는 제***과 업종관련성이 낮으므로 쟁점거래처와 제*** 간의 거래 역시 가공으로 의심된다. 이처럼 쟁점거래처에 정상적인 매입 내역이 존재하지 않기 때문에 실제 공사를 수행하였다고 보기 어렵다.    3)청구법인이 쟁점거래처로부터 실제 용역을 공급받았다는 것에 대한 증빙이 부족하다.    청구법인은 쟁점거래처가 하청용역을 수행하는 것을 현장에 나가 감시하는 형태로 확인하였다고 주장하지만, 현장에서 감시한 것에 대한 증빙은 제출하지 못하고 있다. 공사에 사용한 자재의 매입내역 및 재고상황, 하청공사의 기성 보고, 공사에 대한 합의나 의견교환내역 등 공사가 실제로 진행되었다면 있을법한 공사 관련 증빙 역시 거래사실확인 과정에서 제시하지 못하였으며 심사청구 과정에서도 기존에 제출하였던 자료만을 증빙으로 제시하고 있다. 또한 공사에 대한 계약서가 보존되어 있음에도 계약서 상에 쟁점거래처가 청구법인에게 제출하기로 약정된 검수완료를 증빙하는 설치완료검수증, 기성지급에 대한 기성청구서, 노무비 수령확인서 등의 서류가 하나도 남아있지 않았다는 점에서 실제 공사가 진행되었는지 여부에 대한 증빙이 부족하다.    4)청구법인이 쟁점거래처에 지급한 자금이 쟁점거래처의 실사업자이자 타업체에서 가공세금계산서를 발급해온 것으로 밝혀진 E에게 이동하였다.    청구법인은 공사 대금을 계좌이체를 통해 투명하게 지급하였다는 점에서 실제 공사가 진행되었다고 말하고 있으나 쟁점거래처에 대한 조사청의 조사내용에 따르면, 청구법인에서 쟁점거래처로 이체된 대금은 최종적으로 쟁점거래처의 실사업자라고 언급된 E에게 입금되었다.    E은 본인이 대표로 있는 성***, 제***에 대한 부천세무서 조사과정에서 거래처를 통해 들어온 돈의 대부분을 사업상 아무 관련이 없는 제3자에게 이체하거나 현금출금한 것으로 밝혀졌고, 그 이체 사유를 제대로 밝히지 못해서 가공세금계산서 발급 혐의로 고발조치된 상태이다. 청구법인과 쟁점거래처 간의 거래 자금 흐름과 E이 타 업체를 영위하며 가공세금계산서를 발급하고 해당 자금 세탁 및 회전에 관여한 것을 고려하면 청구법인과 쟁점거래처의 거래 역시 가공으로 판단된다.  나.청구법인은 선의의 거래당사자에 해당하지 않는다.    1)청구법인은 쟁점거래처와 그 매입처인 성***, 제***간의 관계를 확인할 수 없는 상황에서 사업자등록증 사본, 법인등기부등본 사본 등을 제공받아 정상 사업자임을 확인할 수 있는 최선의 조치를 하였기 때문에 선의의 거래당사자에 해당한다고 주장한다.    그러나, 판례에 따르면 선의의 거래당사자에 대한 매입세액 공제는 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 위장거래에 적용되는 것으로 거래상대방과의 사이에 매입세액 공제의 요건이 되는 실제 거래가 있음을 전제로 한다(대법원 2026.6.5. 선고 2026두30489 판결 참조). 조사청의 조사 결과 쟁점거래처가 자료상으로 확정되고 쟁점거래처와 청구법인 간의 거래가 가공거래에 해당한다고 보는 이상, 청구법인이 선의의 거래당사자라는 논리는 성립하지 않는다.    2)청구법인은 쟁점거래처와 그 매입처인 성*** 간의 관계를 몰랐기 때문에 청구법인이 쟁점거래처에 지급한 공사 대금이 쟁점거래처의 실사업자이자 성*** 대표인 E에게 이체된 것에 대하여 알 수 없었다고 주장한다. 하지만, 성***에 대한 자료상 조사 결과 청구법인이 성***과 진행한 거래에서 이체한 대금도 전혀 관련이 없는 제3자에게 출금된 것이 확인되어 가공혐의가 확정되었다. 따라서 E의 가공세금계산서 발급행위가 청구법인과 무관하다고 보기 어렵다.    3)또한 조사청의 조사결과 2020년 제2기 쟁점거래처가 세금계산서를 수수한 금액 중 약 98%의 가공 혐의가 확정된 상황에서 청구법인만이 가공세금계산서와 관련 없이 성실하게 사업을 수행하며 실질 용역을 주고받았다는 것은 신빙성이 없다. 4.심리 및 판단  가.쟁점    청구법인이 쟁점거래처로부터 실제 용역을 제공받았으며 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다는 청구주장의 당부  나.관련법령 가)    1)부가가치세법 제32조【세금계산서 등】(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정된 것)     ①사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.       1.공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭       2.공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정한느 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호       3.공급가액과 부가가치세액       4.작성 연월일       5.그 밖에 대통령령으로 정하는 사항    2)부가가치세법 제39조【세금계산서 등】(2022.12.31. 법률 제19194호로 일부개정되기 이전 것)     ①제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.       1.제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.       2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.       3.삭제 <2014.1.1>       4.사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액       5.「개별소비세법」제1조제2항제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액       6.접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액       7.면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액       8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.     ② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.    3)법인세법 제19조【손금의 범위】(2010.12.30. 법률 제10423호로 일부개정된 것)     ①손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.     ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.     ③ 「조세특례제한법」제100조의18제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.     ④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.  다.사실관계    1)청구법인 기본사항     가)국세청 전산시스템(NTIS)에서 확인되는 청구법인의 기본사항은 다음과 같다. <청구법인 기본사항> 상 호 주*** ****** 대표자 A 개업일 2020.5.13. 폐업일 2023.5.31. 주업태 건설업 주종목 공사업 사업장소재지 인천 제물포*     나)청구법인의 부가가치세 및 법인세 신고 내역은 아래와 같다. 청구법인은 2020년 2기 부가가치세 예정신고, 확정신고분과 2020 사업연도 법인세 정기신고분을 납부하였다. 청구법인은 2022.10.11. 화*** ****, 영*** 조사 결과 가짜세금계산서판매상 거래 확정자료로 과세자료가 파생되자 2020년 제2기 부가가치세와 2020 사업연도 법인세를 수정(기한후)신고한 사실이 확인된다. 수정신고한 금액은 납부하지 않은 상태이다. <청구법인 부가가치세 신고 내역> (표 생략) <청구법인 법인세 신고 내역> (표 생략)      2)쟁점거래처 기본사항     가)국세청 전산시스템(NTIS)에서 확인되는 쟁점거래처의 기본사항은 아래와 같다. <쟁점거래처 기본사항> 상 호 주*** **** 대표자 J 개업일 2020.9.1. 폐업일 2024.2.29. 주업태 건설업 주종목 창호, 철물구조, 일반건축, 일반토목, 건물보수, 인테리어 사업장소재지 경기 부천시 원**     나)쟁점거래처의 대표자 변경 이력은 아래와 같다.       조사청의 쟁점거래처에 대한 조사종결보고서에 따르면 조사 착수 당시 대표자인 J는 쟁점거래처의 사업 및 운영에 대하여 모른다고 진술하였다. 조사청이 사업자등록정정신고서에 기재된 세무대리인에게 문의한 결과, J 직전 대표자였던 D가 J의 신분증 사본을 보내주며 대표자 변경을 요청한 사실이 확인된다. <대표자 변경 이력> 기간 대표자 비고 2020.9.1. ~ 2021.1.17. C 조사청의 출석요구에 응답하지 않음, 연락 불가 2021.1.18. ~ 2022.2.2 K 조사청의 출석요구에 응답하지 않음, 연락 불가 2022.2.3. ~ 2023.3.21. D - 2023.3.22. ~ 2024.2.29. J -     다)쟁점거래처의 부가가치세 신고 내역은 아래와 같다. 쟁점거래처는 2020년 2기 신고한 부가가치세를 전액 납부하였다.   <쟁점거래처 부가가치세 신고 내역> (표 생략)      3)쟁점세금계산서 및 처분청의 부가가치세, 법인세 경정 내역     가)청구법인은 쟁점거래처로부터 2020년 2기 4매의 매입세금계산서를 수취하였으며, 총 공급가액은 000,000,000원이다. <쟁점세금계산서 목록> (단위 : 원) 발급연원일 공급자 공급받는자 품목 공급가액 2020.9.24. 쟁점거래처 청구법인 창호공사대금 53,000,000 2020.10.28. 쟁점거래처 청구법인 창호금속공사 95,000,000 2020.11.25. 쟁점거래처 청구법인 창호금속공사 80,000,000 2020.12.21. 쟁점거래처 청구법인 창호, 잡철공사대금 80,000,000     나)처분청은 조사청의 쟁점거래처에 대한 부가가치세 조사 결과로 파생된 과세자료에 기반하여 청구법인이 쟁점거래처로부터 실질 용역의 거래 없이 매입세금계산서를 수취했다고 보아 2020년 제2기 부가가치세 00,000,000원 및 2020 사업연도 법인세 000,000,000원을 경정･고지하였다.    4)청구법인 제출 증빙자료 검토     가)청구법인은 B과 체결한 호텔 내부 인테리어 공사 계약서와 창호 및 금속 공사에 대하여 쟁점거래처와 체결한 하도급 계약서를 제출하였다.     나)청구법인과 쟁점거래처 간의 계약서 내용에 따르면 쟁점거래처는 하도급계약을 이행하는 과정에서 일일노무명세표, 잡자재 입고현황, 설치완료검수증 등을 청구인에게 제출하기로 약정하였다.   <청구법인과 쟁점거래처의 건설공사 약정서 중> (그림 생략)        다)청구법인이 제출한 거래내역에 따르면 청구법인의 계좌에서 쟁점거래처의 계좌로 네차례에 걸쳐 총 000,000,000원이 출금되었다.     라)청구법인은 쟁점거래처가 정상 사업자임을 확인하기 위하여 사업자등록증, 은행계좌, 법인등기부등본, 견적서를 제공받았다. 거래 당시 제공받은 사업자등록증 및 법인 등기사항전부증명서에 따르면 당시 쟁점거래처의 대표자는 C로 확인된다. C는 현재 청구법인과 조사청 모두 연락이 불가한 상태이다.       마)조사청이 쟁점거래처에 대한 부가가치세 조사를 실시할 때, 청구법인은 호텔 공사 현장에서 지인의 소개로 쟁점거래처에 대해 알게 되어 창호, 금속공사 계약을 하였다는 거래사실 확인서를 제출하였다.    5)쟁점거래처에 대한 조사종결보고서     가)D(2022.2.3.~2023.3.22. 쟁점거래처 대표자)가 쟁점거래처의 개업시점인 2020년부터 2023년 상반기까지 쟁점거래처 사업자번호를 이용하여 세금계산서를 발급하였다고 진술한 것이 확인된다. <조사청의 쟁점거래처에 대한 조사종결보고서 중> 다. 실사업자 확인  ◌ 현대표자 J는 명의상 대표이고, 실행위자는 D임  ◌ D가 조사법인 대표를 맡은 것은 2022년 2월 3일까지로 되어 있으나, 실질은 조사법인 개업시점부터 2023년 상반기부터 조사법인 사업자번호를 이용하여 세금계산서를 발급해왔다고 진술하였음     나)D의 진술에 따르면 실사업자는 E으로, D는 E의 지시에 따라 세금계산서 발급 업무만 수행한 것으로 확인된다. 한편, E은 세금계산서 발급의무 위반으로 여러 건이 고발되어 수사 중이다.     다)조사청의 전자세금계산서 발급 IP 내역 조회 결과, 쟁점거래처 및 그 매입처의 전자세금계산서는 동일한 컴퓨터로 발급된 것으로 확인된다. 쟁점거래처와 그 매입처인 성***, 제***, 동***의 랜카드･CPU 고유번호 및 발급 이메일은 아래와 같다. <쟁점거래처 및 그 매입처의 전자세금계산서 발급 IP 내역> 랜카드 고유번호 80-FA-5B-49-3F-A4 CPU 고유번호 6BD38471-2578FCB1-3F5B1E50-19A3366F 상호 발급기간 발급 e-mail 비고 쟁점거래처 ‘20.01.01.~’21.12.31. y5***@*******.*** 쟁점거래처 성*** ‘20.01.01.~’21.12.31. y5***@*******.*** 쟁점거래처의 매입처 제*** ‘20.01.01.~’21.12.31. y5***@*******.*** 쟁점거래처의 매입처 동*** ‘20.01.01.~’21.12.31. y5***@*******.***       라)조사청이 금융거래 현장확인한 결과 청구법인이 쟁점법인에게 입금한 금액이 L(성*** 대표자), M(제*** 대표자)에게 입금 후 최종적으로 E(쟁점거래처의 실사업자)에게 재입금된 사실을 확인하였다.     마)조사청은 쟁점거래처의 청구법인 관련 매출에 대응하는 매입내역을 볼 때, 매입처의 세금계산서가 쟁점거래처와 동일한 IP에서 발급되었다는 사실을 확인하고 쟁점거래처가 청구법인에게 발급한 매출세금계산서 전액을 가공으로 확정하였다.     바)조사청의 쟁점거래처에 대한 조사종결 보고서에 따르면, 2020년 제2기 쟁점거래처가 수수한 세금계산서 금액 893백만원 중 878백만원에 해당하는 세금계산서가 가공세금계산서로 밝혀졌다.     사)국세청 전산시스템(NTIS)에서 쟁점거래처가 조사청의 조사 결과에 대해 불복을 제기한 내역은 확인되지 않는다.    6)청구법인에 대하여 파생된 기타 과세자료 검토     가)국세청 전산시스템(NTIS)에 따르면 쟁점거래처 이외에도 청구법인의 매입처 중 화*** ****, 영***, 남***, 성***과의 거래가 가공으로 확정되어 자료가 파생된 것이 확인된다. <청구법인에 대한 과세자료 파생내역> 세목 자료종류 과세기간 자료금액 처리결과 등록사유 부가 가치세 가짜세금계산서판매상 거래 확정자료 ‘20년 2기 00,000,000 수정신고 화*** 조사 부가 가치세 가짜세금계산서판매상 거래 확정자료 ‘20년 2기 00,000,000 수정신고 영*** 조사 부가 가치세 가짜세금계산서판매상 거래 확정자료 ‘20년 2기 000,000,000 결정경정 쟁점거래처 조사 부가 가치세 위장가공자료(부가) ‘20년 2기 00,000,000 결정경정 남*** 조사 부가 가치세 위장가공자료(부가) ‘20년 2기 00,000,000 결정경정 성*** 조사     국세청 전산시스템(NTIS) 조회 결과에 따르면 화*** ****, 영***, 성***은 조사결과에 대하여 불복을 제기하지 않았고, 남***는 2021.12.21. 이의신청이 기각된 이후 불복하지 않았다.     나)화*** ****에 대한 중부지방국세청청 조사2국의 조사종결보고서에서 청구법인과 화*** 간의 거래를 가공거래로 확정지은 근거는 아래와 같다. <중부청 조사2국의 화*** ****에 대한 조사종결보고서 중> ◌ 주*** ******은 ‘20.5.1. 개업한 건설공사 업체로 사업장은 인천시 동구 **로**번길 23, 10동 332호로 계속사업중임 ◌ ’21.3.10. 거래사실확인서 송달되었고, 세금계산서, 대금지급내역, 자제적재사진 등을 첨부하여 정상거래를 주장하고 있음 ◌ 거래경위에 대해 와*****의 전무 소개로 처음 거래를 시작하게 되었다고 소명하였으나, 화*** ****와 어떤 거래관계나 연관이 없는 와***** 쪽에서 거래처를 소개해주는 것이 부자연스럽고, 제출한 자료만으로 거래물건의 출입고 장소, 검수 등 물량 흐름을 전혀 확인할 수 없음 ◌ 금융거래내역 확인한 바, 주*** ******에서 입금되는 즉시 현금으로 출금되며,  - 사실상 매입이 없는 화*** ****에서 주*** ******로 발행한 세금계산서를 정상거래로 볼 수 없으므로 전액 가공거래로 확정함  라.판단    1)관련 법리     가)｢부가가치세법｣ 제39조제1항제2호에 따르면 발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다.     이때 특정 거래가 실질적인 용역의 제공이 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009.6.23. 선고 2008두13446 판결, 대법원 2012.11.15. 선고 2010두8263 판결 등 참조). 다만 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다(수원지방법원 2026.5.7. 선고 2015구합61055 판결 참조). 나)     나)한편 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 명의위장거래에 있어서 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두26695 판결 참조). 이러한 선의의 거래자에 대한 매입세액 공제는 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 이른바 ‘명의위장’ 거래에 적용되는 것으로, 거래상대방과의 사이에 매입세액 공제의 요건이 되는 실제 거래가 있음을 전제로 한다(대법원 2026.6.5. 선고 2026두30489 판결 참조). 다)    2)청구법인이 쟁점거래처로부터 실제 용역을 제공받았으며 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였는지에 대한 판단 라)     가)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 청구법인이 쟁점거래처로부터 실제 용역을 제공받았으며 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하여 매입세액공제를 받아야 한다고 보기 어렵다.       (1)조사청의 쟁점거래처에 대한 조사 결과, 쟁점거래처의 개업 시점부터 실행위자로 업무를 수행하였다고 진술한 D가 공사 용역에 대한 증빙을 제출하지 못한 점, D에게 쟁점거래처의 세금계산서 발급 업무를 구체적으로 지시한 E은 타 업체에서 가공세금계산서를 발급한 혐의로 고발되어 있는 점, 쟁점거래처와 쟁점거래처의 매입처들이 동일한 IP 주소로 세금계산서를 발급한 것으로 보아 쟁점거래처는 실질적으로 공사 용역을 제공하기 위한 매입 거래를 하지 않은 것으로 보이는 점, 쟁점거래처가 2020년 제2기 세금계산서를 수수한 금액 중 청구법인과의 거래를 포함하여 약 98%의 가공 혐의가 확정된 점 등에 비추어볼 때 쟁점거래처는 가공세금계산서를 발급하기 위한 목적에서 설립된 자료상 업체에 해당하는 것으로 보인다.       (2)또한 청구법인이 쟁점거래처와 계약할 당시 발급받은 쟁점거래처의 사업자등록증에 기재된 전자세금계산서 전용 전자우편주소가 쟁점거래처와 그 매입처들의 세금계산서 발급에 공동으로 사용된 점, 청구법인이 쟁점거래처에 입금한 거래 대금이 쟁점거래처의 실사업자인 E의 계좌로 최종적으로 이동한 점, 청구법인이 2020년 제2기 거래한 매입처 중 쟁점거래처 외에도 4개의 업체가 조사 결과 자료상으로 확정되어 과세자료가 파생되었고 그 중 화*** **** 및 영***과의 거래에 대해서 청구법인이 직접 수정신고를 한 점 등을 고려하면 청구법인이 쟁점거래처와 한 거래도 가공거래라고 보는 것이 합리적이다.       즉, 처분청은 쟁점거래처의 매입처들의 특성, 자금이 최종적으로 이동한 경로, 쟁점거래처의 실행위자의 진술 등 쟁점거래처가 실제 용역을 공급하기 어려운 사정을 충분히 제시하여 청구법인과 쟁점거래처 간에 실제 용역의 거래 없이 가공세금계산서를 수수했다는 것을 상당한 정도로 입증한 것으로 보인다.       (3)반면, 청구법인은 공사 계약서 및 대금거래내역 외에 계약서 상에 쟁점거래처가 청구법인에게 제출하기로 약정한 일일노무명세표, 잡자재 입고현황, 설치완료검수증 등 공사가 실제로 진행되었다면 존재하여야 하는 증빙을 제출하지 못하여, 쟁점거래처로부터 실질적인 용역을 공급받았다는 점을 입증하지 못했다.       (4)또한 청구법인은 청구법인이 쟁점거래처와 계약을 진행하면서 사업자등록증, 법인등기부등본, 견적서 등을 확인하여 거래상대방이 정상사업자임을 알기 위한 노력을 하였기 때문에 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 주장한다. 그러나, 선의의 거래당사자에 대한 매입세액 공제는 거래상대방과 실제 거래가 있었음을 전제로 하는 명의위장 거래에서 논할 수 있는 것으로, 청구법인과 쟁점거래처 간 거래를 가공거래라고 보는 이상 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당한다고 볼 수 없다.     나)따라서, 청구법인이 실질적으로 공사 용역을 제공받지 않았음에도 쟁점거래처를 공급자로 하여 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다고 보아 부가가치세 및 법인세를 경정한 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 5. 결론  이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.