사실과 다른세금계산서에 해당하는지 여부

요지 ․이 사건 분양계약은 계약금 외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날의 다음날부터 이 사건 상가의 인도일까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 ‘중간지급조건부 공급’에 해당한다고 봄이 타당하다. 결국 이 사건 세금계산서가 일부 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 이와 배치되는 원고의 주장은 이유 없다. -원고는, 원분양자가 이 사건 분양계약 체결 당일에 그 지급조건을 변경하는 형태의 이 사건 확인서를 작성하였다고 주장하나, 이 사건 확인서는 현재 그 원본이 확인되지 않을 뿐만 아니라, 원고 주장의 합의 내용에 대해 그 당시 매도인인 수탁자 CC신탁이 이를 동의하였다는 내용은 확인할 수도 없다. 더욱이 위와 같은 일부 수분양자에 대한 특혜성 조치는 이 사건 분양계약서 표제부 하단에서 금지하는 형태의 계약에 해당한다고 보이므로 원고 주장에 부합하는 듯한 각종 확인서의 기재 내용은 이를 그대로 믿기 어렵다 판결내용 상세내용과 같습니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 주 문   1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다.   청 구 취 지   피고가 2023. 8. 25. 원고에게 한 2023년 제1기 부가가치세 26,518,057원의 환급거부처분을 취소한다.   이 유 1. 처분의 경위  가. 원고의 지위 원고는 2010년 10월경 ‘AA플러스’라는 상호로 사업자등록을 마치고, 철물 및 잡 화 도·소매업을 영위하던 자이다.  나. 원고가 체결한 계약의 내용 등   1) 이BB은 2020. 10. 7. CC신탁 주식회사(위탁사: 주식회사 DD홀딩스, 이하 주식회사의 경우 모두 ‘주식회사’ 기재를 생략한다)와 사이에, 이BB이 ○○시 ○○동 ○○ 대 13824.9㎡ 지상에 위치한 ‘○○ 지식산업센터 건물’의 625호, 626호(이하 합하여 ‘이 사건 상가’라 한다)를 총 공급금액(부가가치세 포함) 625,777,000원(= 625호 부분 311,284,000원 + 626호 부분 314,493,000원)에 분양받기로 하는 내용의 계약(이하 합하여 ‘이 사건 분양계약’이라 하고, 각 계약서를 합하여 ‘이 사건 분양계약서’라 한다)을 체결하였다. 이 사건 분양계약서상의 분양대금 및 납부방법 등은 아래와 같다   2) 이BB은 위 계약체결 당일에 이 사건 상가 관련 계약금 총 62,577,700원(= 625호 부분 31,128,400원 + 626호 부분 31,449,300원)을 납부하였다.   3) 원고는 2022. 10. 29. 이BB과 사이에, 원고가 이 사건 상가에 대한 분양권매수하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 하고, 해당 계약서를 ‘이 사건 매매계약서’라 한다)을 체결하였으며, 그 당일에 이BB에게 계약금으로 위 2)항과 동일한 금액인 총 62,577,700원을 지급하였다.   4) 이후 이 사건 상가의 입주 지정일은 ‘2022. 12. 15.’로 정해졌고, 원고는 2023. 1. 30. EE자산신탁 명의 계좌로 이 사건 상가 관련 중도금 및 잔금 합계액에 해당하는 총 563,199,300원(= 625호 부분 280,155,600원 + 626호 부분 283,043,700원)을 송금하는 방식으로 이 사건 분양계약상의 분양대금을 납부하였다.    다. 원고의 부가가치세 예정신고 및 피고의 처분 내용 등   1) 원고는 2023. 1. 30. 위탁사인 DD홀딩스로부터 위 잔금 등 지급 부분과 관련하여 그 작성일자를 ‘2023. 1. 30.’로, 품목을 ‘625호, 626호 중도금 1~5차, 잔금 건물분’으로 하여 총 공급가액을 367,173,000원(= 625호 건물가격 부분 182,646,000원 + 626호 건물가격 부분 184,527,000원, 부가가치세 합산 전)으로 한 전자세금계산서 2매(이하 합하여 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 발급받은 뒤, 피고에게 2023년 제1기 부가가치세 44,461,807원을 환급받는 것으로 부가가치세 예정신고를 하였고, 이에 피고는 2023. 5. 12.부터 2023. 5. 18.까지 위 신고 관련 현장 확인을 실시하였다(이하 ‘이 사건 현장조사’라 한다).   2) 이후 피고는 2023. 8. 25. 이 사건 현장조사 결과에 따라 ‘이 사건 세금계산서의 공급가액 중 203,985,000원(= 625호 건물분 중도금 합계 101,470,000원 + 626호 건물분 중도금 합계 102,515,000원, 부가가치세 합산 전)이 중간지급조건부 계약에 따라 각각의 대금을 받기로 한때 발급되어야 하는데, 이와 달리 잔금일을 공급시기로 하여 발급되었으므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다’는 이유로, 위 203,985,000원에 대한 매입세액 20,398,500원을 불공제하고, 가산세 6,119,550원을 가산하여 원고에게 2023년 제1기 부가가치세 17,943,750원의 환급을 통지하였다[이하 원고가 환급받지 못한 부분 합계 26,518,057원(= 위 환급신청 금액 44,461,807원 – 환급액 17,943,750원)에 부분에 대한 환급거부 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다].   3) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2024. 3. 6. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2024. 10. 16. 이를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 8 내지 15호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지.   3. 이 사건 처분의 적법 여부  가. 원고의 주장 요지   수분양자인 이BB은 당초 2020. 10. 7. CC신탁 측과 이 사건 분양계약을 체결하면서, 계약금, 중도금 및 잔금을 나누어 지급하기로 하였으나, 같은 날 다시 위탁사인 DD홀딩스와 이 사건 상가를 인도받은 때에 중도금 전액을 잔금과 일괄하여 지급하는 것으로 그 계약조건을 변경하였다. 이후 원고는 이BB과 이러한 계약조건을 그대로 승계하는 형태로 이 사건 매매계약을 체결하였고, 위와 같이 변경된 계약조건에 따라 원고는 2023. 1. 30. 이 사건 분양계약상의 중도금 및 잔금에 해당하는 분양대금을 모두 납부하였다. 따라서 이 사건 상가의 공급은 중간지급조건부 공급에 해당하지 않으므로, 이와 다른 전제 선 이 사건 처분은 실질과세의 원칙을 위반한 위법한 처분에 해당하여 취소되어야 한다. 나. 인정사실   아래 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 앞서 든 증거들 및 갑 제6, 7호의 각 기재 또는 영상과 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다   1) 각종 서류들의 기재 내용    가) 이 사건 분양계약서 표제부 하단에는 ‘본 계약서 외의 타 방법(타 계약서 및 약정서, 기타 등)에 의한 일체의 계약행위는 무효입니다’라는 내용이 기재되어 있다.    나) 원고와 이BB이 2022. 10. 29. 작성한 이 사건 매매계약서의 주요 내용은 아래와 같다.    다) 한편, 그 작성일시가 이 사건 분양계약 체결일과 동일한 ‘2020. 10. 7.’로 된 ‘중도금 약정일자 변경 확인서’(이하 ‘이 사건 확인서’라 한다)의 스캔본이 별지2 기재와 같은 형태로 있고, 이 사건 확인서에는 위탁사인 DD홀딩스와 수분양자인 이BB 명의 도장이 날인되어 있으나, 원본은 존재하지 않는다.   2) 이 사건 확인서의 제출 경위 등   가) 원고는 이 사건 현장조사 당시 이 사건 확인서를 피고 측에 제출하지 않았고, 이 사건 처분 후인 2023. 8. 28. ‘부가가치세 환급 부인에 대한 소명서’와 함께 이를 제출하였다.   나) 피고는 2023년 11월경 원고에게 ‘이 사건 확인서는 사후에 작성된 허위의 문서로 문서 감정의 대상이 될 수 있다’는 취지의 안내를 하였고, 원고는 DD홀딩스가 작성한 확인서를 제출하였는데, 해당 확인서에는 ‘이 사건 분양계약서상의 중도금 약정 일자를 그 계약 당일 “입주 지정일”로 변경하였다’는 내용과 함께 ‘DD홀딩스는 현재 이사로 인하여 원본을 보유하고 있지 않다’는 취지의 내용 역시 기재되어 있다.   다) 이BB 명의로 작성된 2024. 3. 5.자 확인서에는 ‘이 사건 확인서의 작성 경위’가 아래와 같이 기재되어 있는데, 이BB 또한 이 사건 확인서의 원본은 보유하고 있지 않다.    나. 판단     1) 관련 규정 및 법리    가) 부가가치세법 제15조 제2항의 위임에 따라 재화의 공급시기에 관하여 정하 고 있는 구 부가가치세법 시행령(2025. 12. 30. 대통령령 제35947호로 개정되기 전의 것) 제28조 제3항 본문 및 제3호에 따르면, 기획재정경제부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 재화의 공급시기에 해당하고, 이와 관련하여 구 부가가치세법 시행규칙(2026. 1. 2. 재정경제부령 제1호로 개정되기 전의 것) 제18조 제1호에서는 ‘기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우’를 ‘계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 재화를 인도하는 날 또는 재화를 이용가능하게 하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받은 경우’로 정하고 있다.    나) 한편, 부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 ‘발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.’고 규정하고, 같은 법 제32조 제1항 제1호부터 제4호는 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연원일’을 세금계산서의 필요적 기재사항으로 규정하고 있다. 여기서 ‘사실과 다르다’는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).   2) 구체적인 판단  위 관련 규정 및 법리에 비추어, 앞서 인정한 사실들에다가 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래 ① 내지 ⑤ 기재 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 분양계약은 계약금 외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날의 다음날부터 이 사건 상가의 인도일까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 ‘중간지급조건부 공급’에 해당한다고 봄이 타당하다. 결국 이 사건 세금계산서가 일부 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 이와 배치되는 원고의 주장은 이유 없다. ① 앞서 본 바와 같이, 이 사건 분양계약서에는 그 분양대금 납부방법이 분양대금의 10%를 계약금으로, 50%를 중도금으로(10%씩 5회 지금), 40%를 잔금으로 지급하는 것으로 기재되어 있고, 이 사건 상가의 입주 지정일은 계약금 지급 시점부터 6개월을 초과한 ‘2022. 12. 15.’이었으며, 이 사건 분양계약서상의 5차 중도금 납부일 역시 ‘2022. 3. 30.’이었다. 이처럼 이 사건 분양계약서에는 이 사건 상가의 공급을 ‘중간지급조건부’로 한다는 것이 명확하게 기재되어 있다. ② 이에 대해 원고는, 이BB이 이 사건 분양계약 체결 당일에 그 지급조건을 변경하는 형태의 이 사건 확인서를 작성하였다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이, 이 사건 확인서는 현재 그 원본이 확인되지 않을 뿐만 아니라, 원고 주장의 합의 내용에 대해 그 당시 매도인인 수탁자 CC신탁이 이를 동의하였다는 내용은 확인할 수도 없다. 더욱이 위와 같은 일부 수분양자에 대한 특혜성 조치는 이 사건 분양계약서 표제부 하단에서 금지하는 형태의 계약에 해당한다고 보인다. 그런데 이BB에 대한중도금 대출 가능 여부가 아직 검토되지도 않은 상황에서 위탁사인 DD홀딩스와 이BB이 장래를 대비하여 이 사건 확인서와 같은 형태로 그 중도금 지급 시점을 조건부로 합의하였다고 보는 것은 일반 상거래 관행에 비추어 보더라도 극히 이례적이다. 결국 위와 같은 사정들에다가 이 사건 확인서가 제출된 시점 등을 고려하면, 원고 주장에 부합하는 듯한 각종 확인서의 기재 내용은 이를 그대로 믿기 어렵다. ③ 이BB이 이 사건 분양계약에 따른 중도금을 각 정해진 일시까지 지급하지 않았고, 이와 관련된 대출 절차도 제대로 진행되지 않은 것으로 보이기는 한다. 원고는 이러한 사정을 근거로 위탁사인 DD홀딩스와 이BB 사이에 중도금 지급 시점에 대한 별도 합의가 이루어졌다고도 주장하나, 이러한 사정은 단지 DD홀딩스 측이 이BB의 위와 같은 지급 지체에도 불구하고, 이 사건 분양계약을 해제하지 않은 채 이BB이 제3의 수분양자를 확보할 때까지 해당 계약관계를 유지하고자 한 정황에 해당한다고 보일 뿐이다. 따라서 이러한 사정을 근거로 원고 주장과 같은 분양대금 납부방법에 대한 변경합의가 이루어졌다고 볼 수는 없다. ④ 이 사건 매매계약서 기재 내용에 비추어 보더라도, 원고 역시 이BB의 위와 같은 중도금 지체를 인지한 상태에서 그와 같은 납부 의무를 승계하는 형태로 이 사건 매매계약을 체결한 것으로 보이고, 위 매매계약서상에 원고 주장과 같은 변경합의 사항을 알 수 있는 내용은 전혀 찾을 수 없다. ⑤ 한편, 원고는, 원고가 관련 중도금을 모두 지급하였음에도 이에 대한 매입세액을 공제받지 못하는 것은 부당하다는 취지로도 주장하나, 앞서 본 관련 규정 및 법리에 따라 이 사건 상가 관련 건물분 중도금의 경우 중간지급조건부 계약에 따라 각각의 대금을 받기로 한때 세금계산서가 발급되어야 관련 매입세액 공제가 가능하다. 결국 원고가 들고 있는 사정만을 근거로, 피고의 이 사건 처분이 부가가치세 법령 등에 위배되어 위법·부당하다거나 관련된 가산세 부과가 원고의 의무해태를 탓할 수 없을 정도로 지나치게 가혹한 행정상 제재라고 평가할 수도 없다.   4. 결론 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.