임의상계를 통한 가지급금 반제가 대표자 상여처분 대상인지 여부

요지 가지급금 임의상계를 통해 실질적으로 대표자의 가지급금을 감소시키는 효과가 발생한 경우 대표자의 상여로 처분하는 것이 타당함 결정내용 결정 내용은 붙임과 같습니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 주 문  B지방국세청장이 2026.6.25. 청구법인에게 한 2021~2024 사업연도 법인세에 대한 세무조사결과통지는, 1. C법인에 대한 설계용역 대금 부분은 사업연도별 실제 작업진행률 및 손익을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 다시 통지하고, 2. 가지급금 감소분에 관한 대표자 상여처분은 청구법인의 자산으로 계상된 대표자 계좌의 잔액 및 입금 금액에 해당하는 42,932,323원을 소득처분 대상금액에서 제외하는 것으로 “일부채택” 결정하고 3. 나머지 청구는 “불채택” 결정합니다. 이 유 1. 세무조사결과 통지 내용  가. 청구법인은 1995.11.25. 개업하여 부산광역시 A소재에서 건축물설계 및 감리 서비스업을 영위하고 있는 법인사업자이다.  나. B지방국세청장(조사2국, 이하 “조사청”이라 한다)은 2026.4.23.부터 2026.6.19.까지 청구법인에 대한 2021~2024 사업연도 법인통합조사를 실시한바   청구법인이 거래처 ㈜C법인(이하 “C법인”이라 한다)에게 설계용역을 제공하였으나 이에 대한 세금계산서를 발급하지 아니하고 수입금액을 신고누락한 것으로 보아 설계용역대금 417,000,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 익금산입 처분하고,   청구법인의 장부상 미지급금 등(부채)과 가지급금(자산)의 감소가 실제 채무 변제나 채권 회수 사실 없이 임의 상계된 것으로 보아 상계액 1,131,523,458원(이하 “임의상계금액”이라 한다)을 대표자 D(이하 “대표자”라 한다)에 대한 상여로 소득처분하였으며   이외 3가지 항목에 대해 <표1>·<표2>와 같이 2021~2024 사업연도 법인세 등을 과세한다는 내용의 세무조사 결과를 2026.6.25. 청구법인에게 통지하였다. <표1> 수입금액·과세표준 및 세액의 산출명세 <표2> 소득금액 변동 내역      다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.7.24. 이 건 과세전적부심사청구를 하였다. 2. 청구주장  가. (쟁점1) 조사청은 청구법인의 법인세 조사와 관련하여 ‘조사한 사실’ 및 이에 대한 ‘결정의 근거’를 제시하지 않았으며, 청구법인의 관련 자료 열람 및 복사 요청에 대해 거부, 불응하였으므로 본 건 세무조사결과통지는 「국세기본법」제16조의 근거과세원칙에 위배된다.   청구법인은 이 건 세무조사결과통지 이후 조사청에게 「국세기본법」제16조제4항에 따라 동법 제3항에 의한 조사 사실 및 결정 근거를 열람하게 해줄 것과 이를 복사하게 해줄 것을 수차례 요구하였으나 조사청은 끝내 이를 거부하고 청구법인의 요구에 응하지 않았다.   이 거부로 인해 청구법인이 조사청의 조사 사실 및 결정 근거를 모르는 상태에서 이 건 불복을 이행하는 것은 마치 장님이 코끼리를 만지듯 하고 과녁 없는 곳에 활을 당기듯 하여 청구법인의 입장에서 어떻게 대응해야 할지 알 수 없어 사실상 불가능하다.  이에 청구법인은 부득이 조사청이 제시하여 청구인이 보관 중인 확인서 3부(세무조사 당시 조사청이 청구인에게 서명할 것을 요구하였으나 기재된 내용이 사실과 달라 날인을 거부한 바 있음)를 토대로 하여 ‘조사 사실’을 해당 확인서를 전제로 하여 청구이유를 기술하고 이후 조사청의 ‘결정의 근거’에 대한 별도 제시가 있을 시 추가 청구이유를 제출할 수밖에 없다.   거듭 말하자면, 이 건 불복에 대한 청구이유는 조사청이 조사 당시 제시하였던 확인서 3부에 기재되었던 내용을 ‘조사 사실’로 전제하여 기술하고 ‘결정의 근거’는 이후 조사청이 제시하면 그때 추가적인 청구이유를 제출할 수밖에 없으며, 조사청이 이후 제시한 조사 사실이 확인서 내용과 다르다면 청구이유는 그때 추가로 제출할 것이다.  나. (쟁점2) 2022 사업연도 설계용역계약금 계산서 미발급분에 관한 조사청의 수입금액 누락 경정과 관련하여   1) 조사청이 세무조사 당시 서명날인을 요구하여 제시한 확인서(이하 “확인서①”이라 한다)는 다음과 같다. <조사청이 제시한 확인서① 그림 생략>   2) 청구이유   확인서①의 설계용역계약금 계산서 미발급분 수입금액 417,000,000원(계약금 20%)(쟁점금액)의 누락이     가) 당초 계약에 따른 계약금으로 인한 것인지?     나) 계약취소에 따른 위약금을 받을 권리에 의한 것인지?     다) 둘 중 하나에 해당한다고 한다면 이와 관련한 판결 확정은 2025년임에도 조사청이 유독 해당 수입금액의 귀속 연도를 2022 사업연도로 특정한 이유가 무엇인지?   3) 이와 관련한 일련의 사실관계는 다음과 같다. <일련의 사실관계 발생 사항> 표 생략  다. (쟁점3) 2023년 귀속 청구법인 대표자 상여처분금액 1,131,523,458원에 대하여  1) 조사청이 세무조사 당시 서명날인을 요구하여 제시한 확인서(이하 “확인서②”이라 한다)는 다음과 같다. <조사청이 제시한 확인서② 그림 생략>     2) 청구이유 가) 확인서②의 ‘(1)가지급금이 실제로 회수되지 않았음에도…’와 ‘(2)가지급금을 임의 상계처리하고…’라는 문장에서 (1),(2)의 가지급금은 각각 누구의 것인지?    나) 확인서②의 ‘대표자 개인통장으로 입금된 금액이나 계좌 입금내역 없는 내역…’이라는 문장에서 입금내역이 없는 내역이 조사청이 제시하였던 가지급금 임의 상계 내역 명세(※붙임)상 구체적으로 어느 부분에 해당하는지?   다) 확인서②의 ‘보통예금과 가지급금을 임의 상계한 사실이 있습니다.’라는 문장에 대하여 임의 상계한 사실이 무엇인지? 상계한 사실이 있다면 구체적으로 어느 부분을 의미하는 것인지?   3) 가지급금 증감내용과 관련한 사실관계는 다음과 같다. <2023년 대표자 가지급금 증가·감소분> (단위: 원) 코드 거래처명 전기이월 차변 대변 잔액   대표자 1,250,069,199 97,050,000 257,051,080 1,090,068,119 <2023년 대표자 외 가지급금 감소분> 표 생략 <2023년 대표자 외 가지급금 증가분> 표 생략   가) 대표자 외 가지급금 감소분과 대표자 외 가지급금 증가분에 대한 상세한 사항은 심리자료로 제출한 거래처원장과 대체전표와 같다.    나) 대표자 외 가지급금 감소분 중 15번, 18번, 19번 총 3건 합계 42,932,343원과 대표자 외 가지급금 증가분 중 13번, 14번 총 2건 합계 23,557,979원은 2023.5.10.부터 2023.6.2.까지 청구법인의 대표자 개인통장에서 청구법인의 미지급금과 당기비용 등의 지출에 사용한 것이다.     따라서 대표자 외 가지급금 감소분 1,131,523,458원에서 대표자 외 가지급금 증가분 462,277,909원을 차감한 실질적인 가지급금 감소분은 669,245,549원이다.   4) 대표자 상여처분과 관련한 추가 청구이유   가) 확인서 내용에 의하면 가지급금을 회수하고 임의 상계하였다고 하는데 2023 사업연도 말 청구법인의 대표자 가지급금 잔액은 1,090,068,119원임에도 조사청이 대표자에게 상여처분한 소득금액은 이보다 31,455,339원을 초과한 금액인 1,131,523,458원이다. 이와 같은 조사청의 소득처분 금액 산정에 대한 구체적인 산출 근거가 무엇인지?    나) 조사청이 대표자에게 상여처분한 소득금액 1,131,523,458원에 대하여, 대표자 외 가지급금 감소분에서 대표자 외 가지급금 증가분 462,277,909원을 차감 반영하지 않은 이유는 무엇인지?  라. (쟁점4) 2022 사업연도 경정 과세표준에 대하여   당초 청구법인의 2022 사업연도 신고 과세표준은 248,071,843원이었으며, 조사청의 세무조사결과통지에서 확인되는 조사항목별 세부내역은 인건비 43,320,000원, 수입누락 417,000,000원, 감가상각비 24,061,703원, 과다경비 27,763,350원, 인건비 22,080,000원 합계 534,225,053원이다.   그렇다면 2022 사업연도 법인세 과세표준은 당초 신고된 248,071,843원에서 534,225,053원이 증가한 782,296,896원으로 경정되어야 할 것이나, 세무조사결과통지에서 확인되는 경정 과세표준은 860,481,246원으로, 차액분 78,184,350원 만큼은 경정 과세표준에서 차감되어야 한다.  마. (쟁점5) 2022 사업연도 차량유지비에 대하여   청구법인은 당초 차량유지비 손금불산입 금액을 과다하게 계상하여 2022 사업연도 법인세를 신고한바 법인세 경정 시 이를 반영하여 당초 손금불산입 하였던 차량유지비 66,999,606원을 다시 손금산입하여야 한다. <2022 사업연도 법인세 신고시 제출한 소득금액조정합계표> 생략  바. 결어   납세자가 일정기간 세무조사로 조사종결통지서를 받고 추후 부담할 세금에 대하여 조사한 사실이 어떤 내용인지, 결정의 근거가 무엇인지 알고자 조사 세무공무원을 찾아가서 이를 열람하게 하고 복사하게 하는 것은 굳이 법률 규정을 따지기 전에 세무공무원으로서 이에 응하는 것이 당연한 상식이다.   이 사건에서 청구인이 「국세기본법」제16조 근거과세 규정을 조사 세무공무원에게 직접 제시하고 수차례 이를 요구하였음에도 조사세무공무원이 끝내 이를 거부하고 요구사항을 불응하고 있어 청구인은 현재 부과할 세액의 크기와 소득의 처분만 알고 있을 뿐 조사한 사실과 결정의 근거를 전혀 모른다.   따라서 행정기관의 장(B지방국세청장)은 조사청이 조속히 청구인의 요구에 응하도록 하여야 할 것이며, 조사한 사실과 결정의 근거가 없거나 부족할 경우에는 근거과세 위배로서 이 건 처분이 취소되어야 할 것이다.  사. 조사관서 의견에 대한 추가 청구이유서 제출   1) 조사한 사실과 결정의 근거 열람복사 불응에 대하여   청구법인의 주장은 조사과정에서 과세쟁점에 대한 설명을 듣지 못하였다는 것이 아니라, 조사결정의 근거가 된 장부 증거서류 등의 열람·복사를 「국세기본법」 제16조제4항에서 제3항의 결정서인 구체적인 근거자료를 열람·복사를 요구하였음에도 이를 제공받지 못하였다는 것이다.    조사관서가 과세쟁점을 설명하였다거나 확인서 및 세무조사 결과통지서를 교부하였다는 것은 제3항의 결정서인 구체적인 근거자료를 열람·복사·제공하는 것과는 별개의 문제이다.    구체적인 결정근거를 확인하지 못한 상태에서는 그 판단의 사실관계와 근거를 검토하여 실질적으로 반박하고 다투는데 상당한 제약이 있을 수밖에 없다. 따라서 조사청은 청구법인이 요구한 제3항의 결정서를 열람후 복사하게 하여야 한다.  2) 조사청 의견에 대한 추가의견(조사청 의견은 박스칸, 청구법인의 추가의견은 그 아래에 기재하는 것으로 함)   가) 조사한 사실과 결정의 근거 거부, 불응에 대하여   (1) 열람·복사 거부 시 청구인의 과세전적부심 대응이 사실상 불가 조사청 의견: 조사진행 시 과정을 청구인과 공유하였고 종결시 확인서를 수령하여 청구인이 과세사실을 인지하였으며 조사결과에 따른 세무조사결과 통지를 수령하였다. 청구법인 추가의견: 국세기본법 제16조제4항에 의하면 “행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.”라고 규정하고 있다. 나) 쟁점금액의 수입금액누락(2022년 귀속 417,000,000원)과 관련하여      (1) 당초계약으로 인한 계약금을 받을 권리인지?      (2) 계약취소로 인한 위약금을 받을 권리인지?      (3) 위 둘 중 하나라면 2022~2025 기간 중 2022 사업연도로 해당 수입금액의 귀속시기를 특정한 이유는 무엇인지? 조사청 의견 (1) 계약을 체결하고 용역을 제공한 사실이 있음에도 계약금에 대한 적격증빙을 미발행하고 법인세 신고 누락한 사실이 있다. (2) 중간지급조건부 용역공급의 경우 원칙적으로 당사자 약정에 의하여 대가의 각 부분을 분할 지급 받기로 한 때에 용역의 공급시기와 익금의 귀속시기가 도래하고 대가의 수령여부는 그 시기 확정에 영향을 미치지 아니한다. (3) 정상적 계약을 체결하고 설계용역을 제공한 것이 판결문으로 확인되며 계약금 지급이 정당한 것으로 판시된 사실이 있어 이 사건 법인세 과세통지는 적정하다. 청구법인 추가의견: 법인세법 제40조제2항 및 동법 시행령 제69조제1항에 의하면 동법시행규칙 제34조제1항 작업진행률로 익금과 손금을 각각 산입한다고 규정하고 있다. 다) 대표자 상여처분(2023 귀속) 관련하여 조사청 의견:　국세기본법제14조(실질과세원칙)에 따라 실제 채무소멸이나 자산회수가 객관적으로 증명되지 않는 장부상 임의상계를 인정하지 않음에도 청구인은 가지급금을 정당하게 회수하지 않은 거래에 대하여 임의로 부채와 자산을 감소처리 하였고 귀속자가 불분명한 임의상계에 대한 상여 처분은 적정하다. 청구법인 추가의견: 부채와 자산은 계정과목에서 회계기준 분류로 법인세법 제14조, 제15조, 제19조에 의한 익금 손금이 아니므로 소득처분 대상이 아니다.      (1) 귀속자가 불분명한 임의상계에서 가지급금이 실제로 회수되지 않았음에도 미지급금을 임의상계처리한 것에 대하여 이 가지급금은 각각 누구의 것인지? 조사청 의견: 당초 계상되어 있는 가지급금을 상계처리한 것이 아니다. 미지급금 등과 가지급금은 임의 상계처리하여 ~ 가지급금으로 회계처리 된 것이다. 청구법인 추가의견: ‘당초 계상되어 있는 가지급금을 상계처리 한 것이 아니다’라는 것은 의견서 6페이지 2023 가지급금 임의상계내역서(이하 “임의상계내역서”라 한다)의 가지급금 상계가 당초 계상되어 있는 가지급금이 전부 대표자로 이 상계부분은 대표자의 것이 아니다.      (2) 입금내역 없는 내역에서 없는 내역이 구체적으로 어느 부분에 해당하는지? 조사청 의견: 상기 명세 중 법인계좌로 입금된 내역은 없다. 청구법인의 추가의견: 임의 상계처리 내역서 1,131,523,458원 모두 법인계좌 입출금 내역이 없다.      (3) 보통예금과 가지급금을 임의 상계한 사실이 있다 해서 임의 상계한 사실이 무엇이며 있다면 구체적으로 어느 부분인지? 조사청 의견: <2023년 가지급금 임의상계 처리 내역>의 순번 1, 18, 19에 해당한다. 청구법인 추가의견: 보통예금 임의상계 내역은 <2023년 가지급금 임의상계 처리 내역>에서 1번 2,932,323원, 18번 20,000,000원, 19번 20,000,000원 합계 3건 42,932,323원이다.      (4) 초과분 31,455,339원 산출근거? 조사청 의견: 미지급금을 가지급금 회수처리로 감소된 금액 기준으로 합산한 금액이다. 청구법인 추가의견: (단순) 처리내역 합계이다.     (5) 대표자 외 가지급금 증가분 462,277,909원을 감소분에서 차감반영하지 않은 이유? 조사청 의견: 2022 귀속 가지급금 명세서에 신고되어 있는 대상자로, 단기대여금, 보통예금 처리내역은 법인계좌에서 출금이력이 확인되어 별도 차감하지 않았다. 청구법인 추가의견: (가) 보통예금이 법인계좌에서 그 출금이력이 확인된다 하여 차감하지 않은 이유?   (나) 단기대여금은 보통예금 출금이력이 확인되지 않음에도 확인된다는 이유?   (다) 단기대여금과 보통예금을 제외한 10번 미수수익 9,058,806원, 21번 예수금 73,717,574원, 22번 미지급세금 32,385,750원 합계 115,162,130원을 단기대여금 보통예금에서 제외한 이유? 라) 차량유지비 과다 손금불산입 66,999,606원 손금산입 조사청 의견: 과다신고 주장에 근거를 제시 않고 있다. 2022년 귀속 업무용차량 사용명세가 제출되어 이에 대한 정당한 근거 없이는 신고내용 경정은 불가하다. 청구법인 의견: 계정별원장 잔액이 27,673,960원으로 신고 시 손금불산입이 66,999,606원이다. 원장에서 손금불산입 사항이 없으므로 손금 산입 되어야 한다. 마) 결어     (1) 설계용역에 대하여       조사청은 이 사건 쟁점금액을 중간지급조건부 설계용역의 대가로 보아 2022년 귀속 수입금액이라고 판단하였다. 그러나 해당 판결은 원고(청구법인)가 계약에 따른 설계업무를 정상적으로 이행하고 있던 중 피고(C법인)가 계약 해지를 통보한 사실을 인정하고 당초 계약 시 지급하기로 한 계약금 417,600,000원의 지급의무를 인정한 것이다. 따라서 위 판결만을 근거로 2022년 계약체결 당시 위 계약금에 관한 수입할 권리는 발생되었다 하더라도 법인세법에서 규정하는 작업진행률에 의하여 익금과 손금이 각각 계산되어야 할 것이다(투입원가가 거의 전기료 임대료 등 고정비 지출만으로 작업진행률이 사실상 어려워서 완성 시 익금 손금 계산하여야 할 것임).     (2) 가지급금 상여처분에 대하여      임의상계내역서에서 가지급금의 감소는 기존의 대표자 가지급금이 회수되거나 감소된 사실이 없으며 또한 조사청도 인정한 바와 같이 현금이동이 없고 법인계좌로 이 가지급금 회수액이 입출금된 사실도 없다. 따라서 이는 법인세법에서 순자산의 증감을 수반하는 익금, 손금 대상이 아니므로 「법인세법 시행령」 제106조에 의한 소득처분 대상이 아니다.      위 가지급금 감소분은 가지급금 회수로 보아 상여처분 하면서 동일 사업연도의 증가분은 어떤 이유로 그 회수액과 대등하게 상계되지 않는 것으로 판단하였는지 거래별 근거를 밝혀야 한다.     (3) 차량유지비 손금산입에 대하여     당초 법인세 신고 시 차량유지비를 과다하게 손금불산입하여 과세소득이 신고된 사실이 있다. 따라서 세무조사 경정 시 과다 손금불산입액을 손금산입하여 정확한 과세표준 및 세액을 산정하여 주기를 바란다. 3. 조사관서 의견 가. (쟁점1) 조사청은 조사 결정 근거와 관련한 정보를 충실히 제공하였다.   1) 청구법인은 조사 결정의 근거를 조사청으로부터 제공 받지 못하여 조사내용을 인지하지 못하였다 주장하나, 조사청은 조사 착수날부터 조사가 진행되는 기간 동안 과세쟁점에 대해 성실히 설명하였고 청구법인은 조사청의 소명요청에 회신하는 등 조사 과정을 공유한 바 있으며, 조사종결 과정에서 청구법인은 확인서를 열람 및 사본 수령하여 충분히 과세 사실을 인지하고 조사결과에 따른 과세예고 서류를 정상수령 하였다.   2) 청구법인의 세무대리인이 요청하는 조사서라는 양식은 존재하지 않는 서류로 납세자에게 제공할 수 없으며, 정보공개 청구 등 제도를 통해 제공 및 서류의 존재여부 등을 확인 가능하다는 사실을 수차례 유선전화 및 면담을 통해 성실히 안내한 바 있다. 도리어 납세자의 알 권리 보장을 위한 정보공개 청구 등 법적 제도가 있음에도 부당하게 서류를 요구하며 조사청의 근무 공간에서 고성으로 업무를 방해하는 등 조사청에게 과도한 요구를 한 사실이 있다.   3) 또한 청구법인이 수령한 세무조사 결과통지서를 살펴보면 세무조사 결과 조사대상 세목 및 소득금액변동에 대한 소득금액을 포함하여 조사항목별 조사결과 및 세무조사 결과 사후관리할 사항에 대해 세목, 연도, 항목, 결정·경정 대상금액, 결정(경정)사유, 소득처분, 근거법령, 사후관리할 사항, 가산세 등 세부 내역이 구분되어 기재되어 있어, 조사사실과 결정근거가 모두 확인이 가능하므로 조사청이 과세근거 없이 조사를 종결하고 청구법인에게 과세내용을 알려주지 않았다는 청구법인의 주장은 사실과 다르다.  나. (쟁점2) 2022년 청구법인이 제공한 설계용역에 대한 대가를 과세한 조사청의 조사내용은 적정하다.   1) 청구법인은 2022년 ㈜C법인과 설계용역 계약을 체결하고 용역을 제공한 사실이 있음에도 계약금에 대한 적격증빙을 미발행하고 법인세 신고 누락한 사실이 있다.    「법인세법」제40조 및 같은 법 시행령 제68조에서는 거래의 유형 내지 대금의 지급방법 등에 따라 익금과 손금의 구체적인 귀속시기에 대해 구체적, 개별적으로 규정하고 있으며, 해당 조문에 따르면 내국법인의 익금의 귀속시기는 원칙적으로 그 수입할 금액과 그 수입할 권리가 확정된 때, 즉 법률상 그 권리를 행사할 수 있게 된 시기를 의미한다.  2) 중간지급 조건부 용역의 공급의 경우 원칙적으로 당사자 간 약정에 의하여 대가의 각 부분을 분할 지급받기로 한 때에 용역의 공급시기와 익금의 귀속시기가 도래하고, 실제로 대가를 받았는지 여부는 그 시기의 확정에 영향을 미치지 않는다.  3) 청구법인은 C법인과 정상적인 계약을 체결하고 설계용역을 제공한 것이 판결문으로 확인이 되며, 판결 내용 또한 계약금의 지급이 정당한 것으로 판시된 사실이 확인되는바 청구법인의 용역에 대한 법인세 과세 내용은 적정하다. 다. (쟁점3) 귀속자가 불분명한 가지급금의 임의 상계 금액을 대표자 인정상여로 소득처분한 것은 적정하다. <2023년 가지급금 임의상계 처리 내역> 순번 월일 차변항목 차변금액(원) 대변항목 대변금액(원)  거래처  내용 1 01-01 보통예금 2,932,323  가지급금 2,932,323   미등록거래처 대표자개인통장 잔액기재 2 01-01 미지급금 3,281,870  가지급금 3,281,870  지방소득세 지방소득세 3 01-01 미지급금 7,296,100  가지급금 7,296,100  고용보험 고용보험 4 01-01 미지급금 16,500,000  가지급금 16,500,000  M M 5 01-01 미지급금 18,757,400  가지급금 18,757,400  I I 6 01-01 미지급금 22,000,000  가지급금 22,000,000   ㈜H ㈜H 7 01-01 선수금 25,500,000  가지급금 25,500,000  미등록거래처  - 8 01-01 미지급금 26,444,840  가지급금 26,444,840  갑근세  갑근세 9 01-01 미지급금 29,548,960  가지급금 29,548,960  국민연금 관리공단 국민연금 관리공단 10 01-01 미지급금 41,580,000  가지급금 41,580,000   K K 11 01-01 미지급금 42,657,710  가지급금 42,657,710  국민건강 보험공단  국민건강 보험공단 12 01-01 미지급비용 60,557,300  가지급금 60,557,300   미등록거래처 - 13 01-01 미지급금 67,275,510  가지급금 67,275,510  J 부산광역시본부   J 부산광역시본부  14 01-01 미지급금 99,543,486  가지급금 99,543,486  N N 15 01-01 미지급금 133,997,360  가지급금 133,997,360  G G 16 01-01 미지급금 157,521,120  가지급금 157,521,120  L L 17 01-01 미지급금 313,444,079  가지급금 313,444,079  급여 급여 18 05-10 보통예금 20,000,000  가지급금 20,000,000  미등록거래처  단기대여금입금 (개인통장) 19 05-26 보통예금 20,000,000  가지급금 20,000,000  미등록거래처  단기대여금입금 (개인통장) 20 06-30 외상매출금 22,685,400  가지급금 22,685,400  미등록거래처  -   합계 1,131,523,458 합계 1,131,523,458        1) 2023년 귀속 대표자 상여처분 금액 1,131,523,458원은 당초 2023 사업연도 법인세 신고 시, 미지급, 미지급비용 등의 부채를 가지급금과 상계 처리한 현금이동이 없는 대체분개 거래로서, 조사청은 조사기간 동안 청구법인에게 부채감소·자산감소(가지급금 회수) 거래와 관련하여 적격증빙 외 상기 거래를 입증할 근거서류를 수차례 요청하였으나, 청구법인은 입증자료를 제출하지 못하였다.    「국세기본법」제14조 【실질과세 원칙】에 따라 실제 채무소멸이나 자산회수가 객관적으로 증명되지 않은 장부상 임의 상계 인정하지 않음에도, 청구법인은 가지급금을 정당하게 회수하지 않은 거래에 대하여 임의로 부채와 자산을 감소시키는 회계처리를 하였고, 이와 같은 귀속자가 불분명한 임의상계액에 대하여 상여 처분할 것을 결과통지한 것은 적정하다.   2) 청구이유에 대한 상세    가) 청구이유 “가지급금이 누구의 것인지”에 대하여      당초 계상되어 있는 가지급금을 상계처리한 것이 아니라, 미지급금, 미지급비용 등과 가지급금을 임의 상계처리하여 (-)가지급금 회계처리 된 것이다.    나) 청구이유 “입금내역 없는 내역이 어느 부분에 해당하는지”에 대하여      상기 <2023년 가지급금 임의상계 처리 내역> 명세 전체에 해당하며, 법인계좌로 입금된 내역은 없다.    다) 청구이유 “보통예금과 가지급금 임의상계 사실이 무엇인지”에 대하여      보통예금과 가지급금 임의 상계 부분은 상기 <2023년 가지급금 임의상계 처리 내역>의 순번 1, 18, 19에 해당한다.    라) 청구이유 “대표자 가지급금 잔액은 1,090,068,119원이나 상여처분 한 금액은 1,131,523,458원으로 초과분 31,4554,339원 산출근거가 무엇인지”에 대하여      대표자에게 상여처분한 금액 1,131,523,458원은 갑근세, 지방세 등 각 거래처 미지급금, 미지급비용을 가지급금으로 회수처리하여 가지급금 계정을 감소처리한 금액을 기준으로 합산한 금액이다.    마) 청구이유 “대표자 상여처분 금액 산정 시 대표자 외 가지급금 증가분 462,277,909원을 대표자 외 가지급금 감소분 1,131,523,458원에서 차감반영 하지 않은 이유가 무엇인지”에 대하여      ‘가지급금/단기대여금’ 회계처리 발생내역은 2022년 귀속 가지급금 명세서에 신고되어 있는 대상자로, 2023년 신고 시 ‘가지급금/단기대여금’으로 조정, ‘가지급금/보통예금’ 회계처리 발생내역은 법인계좌에서 출금이력이 확인되어 별도로 차감하지 않았다. 라. (쟁점4) 청구법인이 주장하는 바와 달리 조사청이 통지한 2022 사업연도 법인세 경정은 적정하다.    청구법인의 2022 사업연도에 대한 법인세 경정은 2021 사업연도에 대한 조사결과 법인세 소득금액이 경정되어 당초 청구법인이 신고하였던 결손금이 감소하였으며, 감소한 결손금 78,184,350원이 반영된 결과이다.    따라서 조사청의 2022 사업연도 법인세 경정내용은 적정하며 청구법인 주장에는 이유가 없다.  마. (쟁점5) 차량유지비 신고 시 손금불산입 과다하게 계상하였다는 청구법인의 주장은 이유 없다.    청구법인은 2022 사업연도 법인세 신고 시 차량유지비 66,999,606원을 과다하게 손금불산입하여 신고하였다고 주장하나 이를 뒷받침 할 수 있는 근거를 제시하지 않고 있다.    청구법인은 2022년 사업연도 법인세 신고 당시 업무용차량 사용 비율, 유류비 등 명세를 과세 관청에 제출한 바 있으며, 이를 부인할만한 정당한 근거 없이 단순 주장만으로 당초 신고내용을 정정할 수 없다. 바. (쟁점3) 관련 청구법인의 추가 주장에 대한 추가의견   가지급금 상여처분에 대하여 임의상계 내역상 가지급금의 감소는 기존의 대표자 가지급금이 회수되거나 감소된 사실이 없으며 현금이동이 없고 법인계좌로 가지급금 회수액이 입출금된 사실이 없으므로 이는 법인세법에서 순자산의 증감을 수반하는 익금, 손금의 대상이 아니므로 「법인세법 시행령」 제106조에 의한 소득처분 대상이 아니라는 청구주장에 대한 조사청의 추가의견은 다음과 같다.   청구법인의 2023년도 가지급금 거래처원장내역에 의하면 대표자 가지급금와 그 외 가지급금으로 나뉘어져 있으며, 청구법인은 대표자의 가지급금이 회수되거나 감소된 사실이 없으므로 조사청의 상여처분이 부당하다고 주장하나,   세법상 거래의 실질은 장부상 어떠한 계정과목으로 분개처리 했는지라는 외형이 아니라 결과적으로 법인의 자산, 부채 및 채권 상태에 따라 어떠한 실질적 변화가 유발되었는지에 따라 판단하여야 하며    청구법인은 대표자 가지급금의 특정 잔액을 유지하여 착시효과를 노렸으나, 회계 분개를 통하여 결과적으로 총 가지급금 잔액을 감소시켰고, 실제 자금의 유입 없이 법인의 자산이 줄어들었다면, 이는 회수되어야 할 법인 자금이 외부에 유출되어 차감된 것과 실질이 완전히 동일한 것이다.   1) 청구법인의 2023년도 가지급금 계정별 원장에 의하면 전기이월된 1,250,069,199원 중 임의로 가지급금 반제 처리하여 2023년도 기말 기준 가지급금 잔액은 95,317,570원이 남은 사실을 알 수 있다.   2) 이는 대표자 가지급금 1,250,069,199원에서 증가·감소 처리되어 대표자 기말가지급금 잔액이 1,090,068,119원으로 정상적인 회계처리가 되었음을 청구법인이 주장할지라도, 최종적으로 청구법인의 총 가지급금 잔액을 감소시키는 효과가 발생하는 것으로서 회계 분개상 계정과목을 어떻게 구성했든 간에 증빙 없는 부채소멸을 이유로 가지급금 채권을 회수없이 장부상 감소시켰으며    이는 법인 채권을 포기하거나 대표자에게 실질 이익을 유출시킨 것에 해당하며 입증되지 않는 과거의 채무변제를 구실로 가지급금을 감소시킨 것은 채권의 무상 포기 및 사외유출이므로 실제 자금 회수 증빙이 없는 가지급금 감소액은 귀속자인 대표자에게 상여로 소득처분함이 적법하다.     가) 청구인은 미지급비용 등이 과거에 실제 변제되었다는 객관적 금융 증빙을 전혀 제출하지 못하고 있는바,     차변의 미지급비용 소멸은 세법상 인정되지 않는 가공의 소멸이므로     본 건 외형상 순자산 변동이 없는 것처럼 보이나 실질은 법인의 순자산인 가지급금 채권이 감소한 것으로, 거래의 실질은 부채의 정당한 변제가 아닌 가지급금 채권의 무상 포기·소멸이며     이는 법인의 자산을 실질적으로 감소(사외유출)시킨 행위임이 분명하다.     나) 가지급금 채권을 증빙 없이 소멸시켜 법인 자산을 유출시켰다면, 장부상 부채감소를 상대계정으로 삼아 외형상 순자산 변동이 없는것처럼 회계처리 하였다 하더라도, 실질과세원칙에 따라 법인의 자산 유출액은 귀속자인 대표자에게 귀속된 근로소득으로 보아 상여처분 하는 것이 과세형평에 부합한다.   3) 또한 청구법인은 상기 <2023년 가지급금 임의상계 처리 내역> 중 2023.1.1. 처리한 17건의 가지급금 반제 내역 외에, 법인계좌로 자금이 회수된 내역이 없음에도 기중 각 2023.5.10., 2023.5.26., 2023.6.30. ‘보통예금/가지급금’, ‘외상매출금/가지급금’의 형태로 가지급금을 반제처리하여, 2023 사업연도 동안 총 1,131,523,458원의 가지급금을 임의 상계처리하였다. 4) 한편, 청구법인은 2023 사업연도 법인세 신고 시 가지급금 인정이자에 대한 이자수익을 미계상하였으며 별도의 익금산입 세무조정 회계처리도 하지 않았다.   5) 또한 청구법인은 2023년도 재무상태표 및 손익계상서상 주주·임원·직원의 단기대여금 0원, 이자수익 13,590원으로 신고한 사실이 확인된다. <청구법인의 재무상태표 일부>생략 <손익계산서 일부>생략   6) 이와 같이 청구인은 거래에 대한 적격증빙 없이 가지급금을 임의로 장부에서 소멸시켰으며, 상기 거래에 대해 조사청이 대표자 상여 처분한 것은 정당하다. 4. 심리 및 판단  가. 쟁점   1) 조사청이 청구법인의 조사결정 근거 및 관련 자료의 열람·복사 요청에 불응하여 본 건 세무조사 결과통지가 근거과세원칙에 위배된다는 청구주장의 당부   2) 청구법인이 설계용역을 제공하고 이에 대한 수입금액 417,000,000원을 신고누락 하였다고 보아 2022 사업연도 익금산입 대상으로 본 통지의 당부   3) 가지급금 감소분 1,131,523,458원이 미지급금 등의 부채와 임의 상계된 것으로 보아 동 금액을 익금산입 및 대표자에게 상여 처분한 통지의 당부   4) 2022 사업연도 경정 과세표준 금액이 부당하다는 청구주장의 당부   5) 당초 차량유지비 신고 시 과다 손금불산입 된 금액을 다시 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부  나. 관련법령   1) 국세기본법 제14조 【실질과세】 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.   2) 국세기본법 제16조 【근거과세】 ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. ③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. ④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본(「전자문서 및 전자거래 기본법」제5조제2항에 따른 전자화문서로 보관하고 있는 경우에는 그 전자화문서를 포함한다)과 일치함을 확인하여야 한다. ⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다.   3) 국세기본법 제81조의14 【납세자의 권리 행사에 필요한 정보의 제공】 ① 납세자 본인의 권리 행사에 필요한 정보를 납세자(세무사 등 납세자로부터 세무업무를 위임받은 자를 포함한다)가 요구하는 경우 세무공무원은 신속하게 정보를 제공하여야 한다. ② 제1항에 따라 제공하는 정보의 범위와 수임대상자 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.   4) 법인세법 제13조 【과세표준】 ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 80[「조세특례제한법」제6조제1항에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다. 1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액 가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것 나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 「국세기본법」제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것 2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득 3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액   5) 법인세법 제15조 【익금의 범위】 ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.   5-1) 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다. 6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액(법 제17조제1항제1호 단서의 규정에 따른 금액을 포함한다) 9. 법 제28조제1항제4호나목에 따른 가지급금 및 그 이자(이하 이 조에서 "가지급금등"이라 한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 채권ㆍ채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우 등 재정경제부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다. 가. 제2조제8항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금등(나목에 따라 익금에 산입한 이자는 제외한다) 나. 제2조제8항의 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 법 제28조제1항제4호나목에 따른 가지급금의 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우 그 이자   6) 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】 ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. ② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.   6-1) 법인세법 시행령 제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】 ① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 재정경제부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다. 1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우 2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우 ② 제1항을 적용할 때 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령으로 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. ③ 제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.   6-2) 법인세법 시행규칙 제34조 【작업진행률의 계산등】 ①영 제69조제1항 본문에서 "건설등을 완료한 정도"란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다. 1. 건설의 경우 : 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간ㆍ작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 "작업시간등"이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다. 2. 제1호 외의 경우 : 제1호를 준용하여 계산한 비율 ②제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다. ③영 제69조제1항 본문에 따라 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다. 1. 익금 2. 손금 당해사업연도에 발생된 총비용 ④영 제69조제2항제1호에서 "재정경제부령으로 정하는 경우"란 법인이 비치ㆍ기장한 장부가 없거나 비치ㆍ기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간등을 확인할 수 없는 경우를 말한다.   7) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】 ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. 1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우   8) 법인세법 제67조 【소득처분】 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. 1. 제60조에 따른 신고 2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정 3. 「국세기본법」제45조에 따른 수정신고   8-1) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】 ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다. 1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.    9) 민법 제492조 【상계의 요건】 ① 쌍방이 서로 같은 종류를 목적으로 한 채무를 부담한 경우에 그 쌍방의 채무의 이행기가 도래한 때에는 각 채무자는 대등액에 관하여 상계할 수 있다. 그러나 채무의 성질이 상계를 허용하지 아니할 때에는 그러하지 아니하다. ② 전항의 규정은 당사자가 다른 의사를 표시한 경우에는 적용하지 아니한다. 그러나 그 의사표시로써 선의의 제삼자에게 대항하지 못한다.    10) 민법 제493조 【상계의 방법, 효과】 ① 상계는 상대방에 대한 의사표시로 한다. 이 의사표시에는 조건 또는 기한을 붙이지 못한다. ② 상계의 의사표시는 각 채무가 상계할 수 있는 때에 대등액에 관하여 소멸한 것으로 본다.  다. 사실관계  국세통합전산망, 청구법인, 조사청에서 제시한 심리자료 등에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.   1) 청구법인의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다. <표 생략>   2) (쟁점1) 관련 사실관계는 다음과 같다.    가) 청구법인은 조사청이 법인통합조사 과정에서 다음과 같은 확인서를 제시하였으나 청구법인은 확인서에 날인을 거부하였다고 주장하며 조사청이 제시한 확인서를 심리자료로 제출하였다.   <표4> 조사청이 청구법인에게 제시한 확인서      나) 조사청은 청구법인의 2021~2024 사업연도에 대하여 법인통합조사를 실시하고 2026.6.25. 청구법인에게 조사대상 세목, 과세기간, 과세표준, 산출세액, 경정사유, 가산세의 종류, 금액 및 그 산출근거, 과세전적부심사 관련 고지사항 등이 포함된 세무조사결과 통지를 하였으며, 청구법인은 <그림1>과 같은 세무조사 결과통지서를 2026.6.29. 등기우편으로 수령 하였다. 청구법인이 수령한 세무조사 결과통지서를 살펴보면 <표5>와 같이 본건 이의신청 쟁점과 관련된 조사항목별 세부내역이 기재된 사실이 나타난다. <그림1> 청구법인이 수령한 세무조사 결과통지서 일부 발췌 <표5> 청구법인의 세무조사 결과통지서상 조사항목별 세부 내역 일부 발췌    다) 청구법인이 조사청의 세무조사 결과통지 이후 별도의 정보공개 청구를 한 사실은 확인되지 않는다.   3) (쟁점2) 관련 사실관계는 다음과 같다.    가) 청구법인과 조사청은 2022년 8월경 청구법인과 C법인 간에 체결된 「경상남도 양산시 F신축공사 설계용역 계약서」를 심리자료로 제출하였으며 해당 계약 내용을 살펴보면 C법인이 청구법인에게 총 계약금액 2,088,000,000원(부가가치세 별도) 중 20%에 해당하는 금액(417,600,000원)을 ‘계약 시’에 지급하는 것으로 약정된 사실이 나타난다. <표6> 청구법인·㈜C법인 간 설계용역 계약서 일부 발췌 <표7> 청구법인·C법인 간 설계용역 계약서 상세내용 일부발췌    나) 청구법인과 조사청이 제출한 심리자료에 따르면 청구법인은 <표6>·<표7>의 계약과 관련하여 C법인을 상대로 설계용역 대금 청구 소송(W지방법원 0000가단000000)을 제기하였으며, 2025.2.12. 선고된 판결 내용을 살펴보면 C법인이 청구법인에게 청구법인이 수행한 설계용역의 대금 417,600,000원을 지급할 의무가 있는 것으로 나타난다. <표8> W지방법원 0000가단000000 판결문 일부 발췌    다) 청구법인은 C법인에 대한 설계용역 대금 청구 소송에서 승소한 이후, 채무자 C법인 재산에 관한 재산명시신청(0000카명0000)을 하였으나 무재산으로 판명되었음을 주장하며 아래와 같은 심리자료를 제출하였다. <표9> C법인 재산목록 제출사항(청구법인 제출)    라) 국세통합전산망 조회내역에 따르면, 청구법인이 C법인에게 설계용역대금과 관련하여 (세금)계산서를 발행한 사실은 없는 것으로 나타난다.    마) 조사청은 청구법인이 C법인과의 거래에서 발생한 설계용역 대금 관련 수입금액을 누락한 것으로 보아, 2022 사업연도에 417,600,000원을 익금산입(유보)하는 내용으로 청구법인에게 세무조사 결과통지 하였다.   4) (쟁점3) 관련 사실관계는 다음과 같다.    가) 청구법인의 2023 사업연도 가지급금 계정의 거래처원장(잔액)은 다음과 같으며, 해당내용을 살펴보면 전기(월)이월 금액은 1,250,069,199원, 기말잔액은 95,317,570원인 것으로 나타난다. <표11> 가지급금 거래처원장(잔액)      나) 청구법인이 제출한 2023 사업연도 가지급금 계정의 거래처원장(내용)[거래처명: 미등록거래처]은 다음과 같다. <표12> 가지급금 거래처원장(내용) [거래처명: 미등록거래처]    다) 청구법인이 제출한 2023 사업연도 가지급금 계정의 거래처원장(내용)[거래처명: 대표자]은 다음과 같으며, 해당 내용을 살펴보면 대표자 가지급금의 기말잔액은 1,090,068,119원인 것으로 나타난다. <표13> 가지급금 거래처원장(내용) [거래처명: 대표자]   라) 청구법인은 <그림2>과 같이 <표11>·<표12>의 ①~⑳ 가지급금 감소분과 관련한 (대체)전표를 제출하였으며, 해당 내용을 정리하면 <표14>과 같다. <표14> ①~⑳표시와 관련된 (대체)전표 정리내역    마) 청구법인은 아래와 같이 <표11>·<표12>의 ❶~22 가지급금 증가분과 관련한 (대체)전표를 <그림3>과 같이 제출하였으며 이를 정리하면 <표15>과 같고, 해당 전표 내역을 살펴보면 이와 같은 가지급금 증가의 대부분은 당초 단기대여금, 미지급금, 보통예금으로 계상되어있던 금액이 가지급금으로 대체분개되면서 발생한 것으로 나타난다. <표15> ❶~22 표시와 관련된 (대체)전표 정리 내역   바) 청구법인은 <표12>의 미등록거래처 가지급금 거래처원장에서 ⑮·⑱·⑲ 합계 42,932,343원, ⓭·⓮ 합계 23,557,979원에 해당하는 금액은 2023.5.10.부터 2023.6.2.까지 청구법인의 대표자 명의의 우리은행 개인계좌(이하 “대표자 계좌”라 한다)에서 청구법인의 미지급금과 당기비용 등의 지출에 사용한 것이라고 주장하며 아래와 같은 심리자료를 제출하였다.     (1) 청구법인이 제출한 2023 사업연도 보통예금 계정의 거래처원장(잔액)은 다음과 같다. <표16> 보통예금 거래처원장(잔액)     (2) 청구법인의 2023 사업연도 보통예금 계정의 거래처원장(내용)[거래처명: 우리은행(개인)계좌][대표자 계좌]은 다음과 같다. <표17> [대표자계좌]보통예금 거래처원장(내용) [거래처명: 우리은행(개인)계좌]     (3) 청구법인은 <표17>의 보통예금 거래처원장과 관련된 청구법인 대표자 계좌 거래내역을 아래와 같이 심리자료로 제출하였다. <표18> 대표자 계좌 거래내역 일부 발췌   사) 조사청은 아래와 같은 청구법인의 2023년 가지급금 감소분에 대해 익금산입 대표자 상여 처분하고 같은 금액을 손금산입(기타)하여 2023 사업연도 법인세 과세표준과 세액을 결정·경정할 것을 청구법인에게 세무조사 결과통지 하였으며, 동 금액은 <표11>·<표12>의 ①~⑳에 해당하는 금액의 합계인 것으로 나타난다. <표20> 조사청이 대표자에게 상여 처분한 가지급금 감소분 내역    아) 청구법인의 2021~2024년 재무상태표에서 확인되는 자산총계는 <표22>와 같고, 이를 살펴보면 2022년 청구법인의 주주·임원·직원의 단기대여금은 1,250,069,199원이었으나 2023년에는 0원으로 감소한 사실이 나타난다. <표22> 청구법인의 2021~2024 사업연도 재무상태표상 자산총계    자) 청구법인이 2021~2024년 손익계산서를 요약하면 <표23>과 같고, 해당 내용을 살펴보면 2023년에 발생한 이자수익은 13,590원인 사실이 나타난다. <표23> 2021~2024 사업연도 손익계산서 요약   차) 국세통합전산망에 청구법인이 제출한 2023~2024 사업연도 법인세 당초 신고서를 확인해본바 “가지급금 등의 인정이자 조정명세서”가 첨부되어있지 아니하며, “소득금액조정합계표”상 가지급금 인정이자 관련 익금산입 내역은 없는 것으로 나타난다. <표24> 청구법인의 2023 사업연도 익금산입 당초 신고 현황   5) (쟁점4) 관련 사실관계는 다음과 같다.   가) 청구법인이 당초 2021 사업연도 법인세 신고 시 제출한 자본금과적립금조정명세서(갑)를 살펴보면 2021 사업연도에 발생한 결손금은 163,082,313원이며 전액 공제되지 아니하고 잔액으로 남아 차기 이월된 것으로 나타난다.    나) 청구법인의 2021 사업연도 법인세 과세표준에 대한 조사청의 경정내역은 다음과 같다. <표26> 조사청의 청구법인에 대한 2021 사업연도 소득조정 사항 <표27> 청구법인의 2021 사업연도 과세표준 경정내역    다) 청구법인의 2022 사업연도 법인세 과세표준에 대한 조사청의 경정사항은 다음과 같다. <표26> 조사청의 청구법인에 대한 2022 사업연도 소득조정 사항 <표28> 청구법인의 2022 사업연도 과세표준 경정내역                                                    6) (쟁점5) 관련 사실관계는 다음과 같다.    청구법인이 2023.3.30. 2022 사업연도 법인세 신고 시 제출한 과목별소득금액조정명세서(1)를 살펴보면, 업무용승용차 한도초과액 66,999,606원에 대해 손금불산입하여 기타사외유출로 처분·신고한 사실이 나타난다. <표30> 2022 사업연도 소득금액조정명세서   7) 청구법인이 제출한 심리자료 목록은 다음과 같다. <표31> 청구법인 제출 심리자료 목록   8) 사전열람 이후, 청구법인 측은 본건 이의신청서의 청구이유에서 (쟁점②)의 설계용역대금 417,000,000원과 관련하여 조사청에게 해당 금액을 계약금의 성격으로 보고 과세한 것인지, 위약금을 성격으로 보고 과세한 것인지 명확히 할 것을 요청하였으나, 조사청은 이에 대한 답변을 누락하였다고 추가 주장하였다.   9) 사전열람 이후 조사청의 추가의견은 없다.  라. 판단   먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.    「국세기본법」 제16조제3항에서는 “정부는 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다”라고 규정하고 있으며 동조 제4항에서는 “행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다”라고 명시하고 있다.   한편, 청구법인이 조사복명서 등의 조사내역에 관한 서류를 등초 요구한 데 대하여 아무런 서류를 받지 못하였다 하더라도 「국세기본법」 제16조제4항에서 ‘납세자에게 열람 또는 등초하게 하는 문서’는 그 결정서에 한하는 것인바 결정서가 아닌 조사복명서 등의 서류를 처분청에서 제시하지 않더라도 처분청에서 달리 잘못한 것으로 보기는 어렵다 할 것이다(국심 2007서2367, 2007.11.22. 같은 뜻임). 이상의 사실관계 및 관련 법리 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 조사청으로부터 과세 근거와 관련된 서류 일체를 받지 아니하여 본 건 세무조사 결과통지가 근거과세에 위배된다고 주장하나,   청구법인이 열람·복사를 요구하는 과세관청의 내부 조사서 및 관련 근거 서류 일체는 「국세기본법」제16조제3항 및 제4항에서 명시하고 있는 대상(결정서)에 포함되지 아니하며, 필요시 「공공기관의 정보공개에 관한 법률」에 따른 정보공개청구를 통해 청구법인 요청서류의 공개여부를 판단 받는 것이 가능할 것으로 보인다.   이러한 사정을 별론으로 하더라도, 청구법인이 2026.6.29. 수령한 세무조사 결과통지 내용을 살펴보면 조사대상 세목, 과세기간, 과세표준, 산출세액, 경정사유, 가산세의 종류, 금액, 및 그 산출근거, 과세전적부심사 관련 고지사항 등 필요적 기재사항이 빠짐없이 명시되어 있고   동 통지서에 첨부된 「조사항목별 조사 결과 및 세무조사 결과 사후 관리할 사항(붙임2)」에는 2022 사업연도 설계용역 관련 수입금액 누락 417백만원(유보), 2023 사업연도 가지급금 임의 상계 처리 1,131,523,458원(상여) 등 구체적인 과세원인과 소득처분 내용이 기재되어 있는 점,   청구법인이 날인을 거부하였으나 조사청이 조사 과정에서 제시하였던 확인서상에도 ‘실제 용역을 수행하였으나 세금계산서를 미발급하여 수입금액을 계상한 사실이 없다’는 내용(확인서①) 및 ‘가지급금이 실제로 회수되지 않았음에도 미지급금과 임의 상계처리하거나, 계좌 입금내역이 없음에도 보통예금과 임의 상계한 사실이 있다’는 내용(확인서②)이 구체적으로 나타나는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 세무조사 결과통지서 및 확인서를 통해 조사청의 조사 사실과 법적 근거를 충분히 인식하기에 무리가 없었을 것으로 판단되며,   더욱이 청구법인이 이를 바탕으로 본 건 과세전적부심사를 청구하여 청구이유를 개진하고 있는 사실에 비추어 볼 때, 조사청이 과세근거 서류의 열람·복사 요청에 불응한 것이 납세자로 하여금 과세근거를 알 수 없게 하여 불복청구권을 침해하는 중대하고 위법한 조치에 해당한다고 보기는 어렵다.    따라서 근거과세원칙을 위배하였음을 사유로 본건 세무조사 결과통지가 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어려울 것으로 판단된다.   다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.   「법인세법」제40조제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”라고 규정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두1245 판결 참조). 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으로 하여 그 때 소득이 있는 것으로 보고 당해 연도의 소득을 산정하는 방식이다. 이는 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지하고자 하는 데 그 의의가 있는 것이며, 이와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되어야 한다. 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없다. 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙·확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상·사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 하며, 법인세 납부의무의 성립시기인 ‘과세기간이 끝나는 때’를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2004. 11. 25. 선고 2003두14802 판결 참조). 한편 소득의 지급자와 수급자 사이에 채권의 존부 및 범위에 관하여 다툼이 있어 소송으로 나아간 경우에 그와 같은 분쟁의 경위 및 사안의 성질 등에 비추어 명백히 부당하다고 할 수 없는 경우라면 소득이 발생할 권리가 확정되었다고 할 수 없고, 판결이 확정된 때에 그 권리가 확정된다고 보아야 할 것이다(대법원 2018. 9. 13. 선고 2017두56575 판결, 대법원 1997. 4. 8. 선고 96누2200 판결 등 참조).   이상의 사실관계 및 관련 법리등을 종합하여 살피건대, 법인세법상 용역제공에 따른 손익의 귀속시기는 부가가치세법상 공급 시기와 달리 「법인세법 시행령」 제69조제1항에 따른 작업진행률(진행기준)을 적용함이 원칙이므로 청구법인이 C법인에게 제공한 설계용역에 따른 손익 또한 작업진행률을 기준으로 인식하여야 한다는 청구주장에는 일응 타당한 측면이 있으나, 계약 당사자 간의 민사판결문(W지방법원 0000가단00000)을 통해 본 계약이 2023년 1월 해지된 사실이 확인되는바 원칙적으로 용역계약이 중도 해지되었더라도 해지 전까지 실제로 수행된 과업 비율이 존재하는 경우에는 각 사업연도 말 현재의 진행률 상당액을 익금으로 인식함이 타당하므로 용역의 완성기준에 따라 익금을 산입하여야 한다는 청구주장까지 그대로 수용하기에는 무리가 있다.   비록 작업진행률이 객관적으로 입증이 불가능하거나 당사자간 다툼으로 채권의 권리가 미확정된 경우에는 민사소송 확정판결일이 속하는 사업연도를 익금의 시기로 볼 여지도 존재하나 그러한 사정을 별론으로 하더라도 법인세법상 용역과 관련한 익금산입 시기에 대해서는 작업진행률을 적용하는 것이 적절하다.   그러나 본건 용역 작업진행률 산정과 관련하여 청구법인과 조사청으로부터 제시된 투입원가 내역서, 성과물 제출 내역 등 객관적 검토서류가 확인되지 아니하는바, 관련 자료를 검토하여 계약을 체결한 후 계약 해지 전까지 실제로 수행한 설계용역의 객관적인 진행률에 대한 추가적인 확인이 필요할 것으로 판단된다. 따라서 조사청은 사업연도별 실제 작업진행률 및 손익을 재조사하여, 확인되는 손익의 귀속시기에 따라 2022 사업연도 과세표준 및 세액을 재계산하여야 할 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점③에 대하여 살펴본다.   실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 이는 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적 안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 그 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적인 관계에 있다고 할 것이다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결 참조). 한편, 가지급금은 본래 회수를 전제로 한 것이므로, 가지급금이 지급된 때에 그 수령자 또는 주식회사와 특수관계에 있는 자에게 확정적으로 귀속되는 것이 아니라, 주식회사가 특수관계자로부터 그 가지급금을 회수하지 않는 등으로 인하여 사실상 회수를 포기하거나 회수가 불가능한 상황으로 놓이게 되는 때에 비로소 위 가지급금이 그 수령자 또는 특수관계에 있는 자에게 확정적으로 귀속되는 것으로 보아야 할 것이며(서울고등법원 2012. 8. 24. 선고 2012누890 판결, 대법원 2012.11.23.    2012두21123 상고기각 확정 참조), 「법인세법」 제67조 및 같은법 시행령 제106조에 따르면 익금에 산입한 금액이 사외로 유출된 것이 명백한 경우 그 귀속자에 따라 소득처분하고, 귀속이 불분명하거나 대표자에게 귀속된 것으로 보는 경우 대표자에 대한 상여로 처분하도록 규정하고 있다.   이상의 사실관계 및 관련 법리 등으로 종합하여 살피건대, 조사청은 청구법인이 2023.5.9. 대표자 계좌의 잔액을 보통예금 자산으로 계상하며 가지급금 반제한 금액 2,932,323원과 2023.5.10., 2023.5.26. 대표자 계좌로 입금된 40,000,000원이 청구법인의 계좌로 회수된 사실이 없다는 이유로 대표자 상여처분 소득금액에 포함하여 본건 세무조사 결과통지를 하였다.   그러나 대표자 계좌의 입출금 거래내역이 청구법인의 장부상 보통예금 계정에 계상되어 기입·관리되어 왔으며, 2023.5.9. 해당 계좌의 잔액 2,932,323원과 2023.5.10., 2023.5.26. 입금된 40,000,000원이 법인의 자산(보통예금)으로 계상되어 법인 장부상 유동자산으로 반영되어 관리된 사실이 나타난다. 아울러 대표자 계좌 거래내역에서 확인되는 거래내용 및 대표자 개인계좌 보통예금 계정별원장 내용에 따르면 이후 해당 금액(42,932,323원)이 법인의 이자비용이나 임직원의 급여(미지급금) 등 법인의 경영 활동을 위해 출금·사용되었음이 인정된다.   따라서 대표자 계좌의 잔액의 자산 계상 및 입금 금액에 해당하는 42,932,323원 상당의 가지급금 감소분은 대표자 개인에게 실질적으로 사외유출된 것이 아니라 청구법인의 자산으로 귀속·사용된 것으로 봄이 타당하다.   반면, 위 42,932,323원을 제외한 나머지 임의상계금액에 대하여 살펴보건대, 가지급금의 소멸은 정당한 자금 유입이 수반되어야 하므로 객관적인 변제 재원이 없는 임의 상계 내역은 세법상 정당한 채권의 회수나 소멸로 인정할 수 없다. 그럼에도 청구법인의 가지급금 계정별원장(잔액)과 대체전표에 따르면, 청구법인은 2023 사업연도에 당초 장부에 계상된 바 없던 가지급금을 부채와 임의 상계하는 방식으로 청구법인의 총 가지급금 잔액을 감소시킨 사실이 나타난다. 또한 재무상태표상 2022 사업연도 말 1,250,069,199원이던 주주·임원·직원에 대한 단기대여금(가지급금)이 2023 사업연도 말 0원으로 계상되어 있는바, 이는 임의 상계라는 변칙적인 회계처리를 통해 재무제표상 대표자 가지급금 채권을 소멸시킴으로써 실질적으로 대표자의 가지급금을 감소시키는 효과를 발생시킨 것으로 보인다.   한편, 청구법인은 장부상 대표자의 잔액이 확인되므로 해당 상계처리가 대표자 가지급금의 변동을 가져오지 않았다고 주장하기도 하나, 청구주장대로 대표자의 가지급금이 유효하게 계상되어 있었다면 이에 대한 적정이자를 계산·계상하였어야 함이 타당함에도 임의 상계 이후 2023~2024 사업연도 손익계산서상 이자수익은 13,590원 및 14,337원에 불과하며 법인세 신고 시 가지급금 등의 인정이자 조정명세서 또한 제출된 바 없어 청구법인 스스로도 임의상계 이후 대표자의 가지급금을 인식하지 아니한 것으로 보인다.   따라서 「법인세법」제67조 및 실질과세의 원칙에 따라 42,932,323원을 제외한 나머지 회수 입증 없는 임의상계금액은 대표자의 가지급금을 줄이려는 의도하에 2023 사업연도에 사외유출되어 대표자에게 귀속된 것으로 봄이 타당하고 판단되며,   이외 조사청이 대표자에 대한 상여처분 금액을 임의 상계 금액으로 산정함에 있어 대표자 계좌의 잔액의 자산 계상 및 입금금액 42,932,323원을 포함한 부분에는 잘못이 있다고 판단된다.   다음으로 쟁점④에 대하여 살펴본다.   「법인세법」 제13조제1항제1호는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 계산 시 공제하는 이월결손금으로 “제14조제3항의 이월결손금 중 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금”을 규정하고 있고, 같은법 제14조제3항은 이월결손금을 “각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액”으로 정의하고 있다.   청구법인은 당초 2022 사업연도의 신고과세표준(248,017,843원)에서 본건 세무조사에 따른 해당연도 익금산입액(534,225,053원)을 가산하면 경정과세표준이 782,296,896원이 되어야 한다는 주장이나,   본건 세무조사에 따른 2021 사업연도의 익금산입 조치로 인하여 당초 청구법인이 신고하였던 결손금 163,082,313원 중 78,184,350원이 감소하였으며, 차기(2022년) 이월결손금이 84,897,963원으로 재계산 된 사실이 확인되는바 당초 신고 과세표준에서 해당연도의 익금산입액만을 단순합산한 금액으로 산정되어야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려우며,   이월결손금 변동금액을 반영한 2022 사업연도 과세표준의 경정에 관한 조사결과통지에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.   마지막으로 쟁점⑤에 대하여 살펴본다.   납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고누락한 매출액 등의 수입이 발견되면 과세관청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입할 수 있고, 만약 납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 위와 같이 익금에 산입할 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 그에 대응하는 손금에 산입할 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같은 비용을 신고누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자가 입증을 하여야 할 것인바, 이는 납세의무자가 그 수입 중 일부의 신고를 누락하여 과소신고하는 경우에도 비용만큼은 누락 없이 전부 신고하는 것이 통상적이라는 경험칙을 바탕으로 그와 다른 이례적 사정 즉 납세의무자가 손금에 산입할 비용 중 일부를 스스로 누락하여 과소신고하였다는 특별한 사정에 관하여는 납세의무자인 원고로 하여금 입증케 함이 입증의 난이와 형평면에서도 타당하다는 입증책임 일반의 원칙에 부합하는 것이기도 하다(대법원 1999. 3. 27. 선고 91누12912 판결 참조).   이상의 사실관계 및 관련법리 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 당초 2023 사업연도 법인세 신고 시 손금불산입한 차량유지비 66,999,606원이 과다하게 계상되었으므로 손금산입하여야 한다고 주장하나, 과세표준 차감 요소인 손금에 대한 입증책임은 이를 주장하는 납세자에게 있으며, 청구법인은 당초 세무조정이 착오로 이루어졌음을 입증할 수 있는 객관적인 정규증빙이나 업무용승용차 관련 비용 명세서 등 구체적인 증빙자료를 제출한 사실이 없으므로 그 손금산입에 관한 입증책임을 다하였다고 보기 어려우므로   단순히 청구법인이 임의로 작성한 계정별원장의 금액만으로는 당초 세무조정에 착오가 있었다고 인정하기에는 무리가 있는바 차량유지비 손금산입에 대한 청구주장은 이유 없다고 판단된다. 5. 결론   이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되고 청구법인이 C법인에게 제공한 설계용역에 관한 사업연도별 실제 작업진행률 및 손익을 확인하기 위한 재조사가 필요하므로, 국세기본법 제81조의15제5항제1호(불채택) 제2호(일부채택·재조사)의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.