주식 평가와 관련하여 상속일 이후 개정된 사무처리규정 훈령이 적용 되었다고 하여 소급과세금지 원칙이 위배되었는지 여부

요지 상속개시 당시 사무처리규정에서 쟁점부동산이 감정평가 대상으로 명시되어 있지 않았다는 사정만으로 이를 장부가액으로 평가하여야 한다고 보기 어렵고, 조사청이 상속개시일 이후 개정된 사무처리규정을 소급 적용하였다고 보기도 어려우므로, 쟁점감정가액을 쟁점부동산의 시가로 보아 쟁점주식 및 가업상속공제액을 산정하고 이에 따라 상속세를 고지한 처분은 달리 잘못이 없음 결정내용 이 건 이의신청은【기각】합니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 이 유     청구인 A(2025중이142), B(2025중이157)(이하 “청구인들”이라 한다)이 20**.7.28., 20**.8.18. C에 제기한 이의신청은 그 청구이유가 동일하여 병합하여 심리한다. 1. 사실관계 및 처분내용  가. 청구인들은 20**.1.13. 사망한 D(’57년생, 부친)의 자녀들로 20**.7.31.상속세 신고 시 상속재산가액을 총 32,709백만원으로 하여 상속세 7,424백만원을 신고·납부하였다.  나. 청구인들은 상속재산 중 피상속인이 100% 지분을 보유한 ㈜E(이하 “쟁점법인”이라 한다) 비상장주식 20,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 22,462백만원(@1,123,120원)으로 평가하여 신고하고 청구인 중 B이 상속한 18,000주(90%)에 대하여 15,219백만원을 가업상속공제액으로 신청하였다. 청구인들은 쟁점주식 평가 시 쟁점법인이 보유한 F G 소재 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 장부가액 6,260백만원으로 평가하고 사업무관자산으로 가업상속공제액을 산정하였다.  다. C(이하 “조사청”이라 한다)은 20**.11.21.부터 20**.1.29.까지 피상속인에 대한 상속세 조사를 실시하였고, 청구인들은 쟁점부동산에 대하여 감정평가를 의뢰하여 2개 감정평가법인의 감정평가서를 조사청에 제출하였다.  라. 조사청은 청구인들이 제출한 감정가액에 대해 재산평가심의위원회의 심의를 거쳐 그 평균액인 13,672백만원(이하 “쟁점감정가액”이라 한다)을 쟁점부동산 시가로 인정받아 쟁점주식 가액과 가업상속공제액을 재계산하고 그 밖의 과소평가된 자산 등을 반영하여 20**.5.1. 상속세 2,288백만원을 고지하였다.  마. 청구인들은 이에 불복하여 과세전적부심사청구를 경유하여 20**.7.28. 이 건 이의신청을 제기하였다. 2. 청구주장  가. 청구취지   H세무서장이 20**.5.1. 청구인들에게 한 20**년 귀속 상속세 2,288백만원은 쟁점부동산의 평가액을 감정평가액인 13,672백만원이 아닌 당초 신고한 장부가액 6,260백만원으로 평가하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.  나. 사실관계   1) 청구인들의 부친 D(이하 “피상속인”이라 한다)는 20**.1.13. 사망하였고 청구인들은 20**.7.31. 7,424,백만원을 상속세로 신고·납부하였다.   2) 상속재산 중 쟁점주식은 청구인 B이 18,000주(90%), 청구인 A이 2,000주(10%)를 상속받았으며 상속세 신고 시 쟁점주식 평가액은 22,462백만원(주당 1,123,120원×20,000주)으로 신고하였으며 B이 상속받은 쟁점주식 90%는 가업상속공제 요건에 해당하여 15,219백만원 가업상속공제를 신청하였다.   3) 쟁점법인의 주식평가(순자산가액산정)시 쟁점법인이 소유하고 있는 ○○시 ○○구 G 토지 3,868㎡ 및 건물 1,337.65㎡(쟁점부동산)는 타인에게 임대 중인 부동산으로「상속세 및 증여세법 시행령」(이하 “상증령”이라 한다) 제15조 제5항 가업상속공제시 사업무관자산에 해당하여 쟁점법인의 주식평가가액에서 쟁점법인 총 자산가액 중 쟁점부동산이 차지하는 비율만큼을 제외하고 가업상속공제를 신청하였다.  【 청구인 가업상속공제액 계산 내역 】 (표 생략)  4) 또한 쟁점법인의 상속개시일 현재 주식평가(순자산가액산정)시 상증령 제55조에서 규정한 쟁점부동산 장부가액(취득가액) 6,260백만원과 상속개시일 현재 기준시가 5,572백만원 중 큰 금액인 6,260백만원을 주식평가(순자산가액산정)액에 반영하여 상속세 신고를 하였다.   5) 이후 조사청에서 20**.11.21. 상속세 조사를 실시하였으며, 조사청은 20**.6.11. 개정된 상속세 및 증여세 사무처리규정(이하 “상증세 사무처리규정”이라 한다) 제72조【감정평가대상 및 절차】제1항인 주식 평가 시 순자산가치를 산출하기 위해 시가평가가 필요한 부동산은 감정평가법인에 의뢰하여 평가할 수 있다는 규정에 따라 납세자가 소급감정평가서를 제출하지 않으면 조사청에서 직접 쟁점부동산의 소급감정평가를 의뢰하여 평가심의위원회의 심의 등 제반 절차를 거쳐 쟁점주식가액 및 가업상속공제액을 재산정하여 과세할 수밖에 없다고 하였다.   ※ 해당 상증세 사무처리규정은 20**.6.11. 개정된 것으로 개전 전 규정에 따르면 부동산과다보유법인이 보유한 부동산만 감정평가 할 수 있다고 규정됨   6) 청구인들은 쟁점부동산의 소급감정평가액을 조금이라도 낮추는 것이 유리할 것 같다는 판단하에 청구인들이 직접 감정평가법인 2곳에 의뢰한 소급감정평가서를 조사청에 제출하였다.   7) 청구인들이 조사청에 제출한 쟁점부동산의 소급감정평가서 평균액(감정평가서 기준시점 20**.1.13. 감정평가서 작성일 20**.11.14.)은 13,672백만원으로 조사청은 상속인이 제출한 소급감정평가서를 평가심의위원회에 회부 후 쟁점부동산의 소급감정평가금액에 따라 쟁점주식평가액을 증액 및 가업상속공제 감소액 등에 대한 상속세 2,288백만원을 고지하였다.  다. 청구주장   1) 「국세기본법」제18조 규정에 따르면 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 하며 또한 국세 납부 의무가 성립한 것에 대하여는 그 성립 후 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다고 규정되어 있다.   2) 상속개시일인 20**.1.13. 현재 상증세 사무처리규정 제72조 제1항에는 법인 주식 평가 시 부동산과다보유법인이 보유한 부동산만 소급감정평가 대상으로 규정되어 있었으나 20**.6.11. 개정 및 시행된 상증세 사무처리규정 제72조 제1항은 일반법인이 보유한 부동산도 시가평가가 필요한 경우 소급감정평가하여 주식 가치를 산정할 수 있다고 확대 변경되었다.   3) 상기와 같이 상속개시일 현재는 쟁점법인이 “부동산과다보유법인”이 아님에도 불구하고 상속이 개시된 지 5개월 후 개정된 사무처리규정을 근거로 쟁점부동산의 소급감정평가금액으로 과세예고통지를 한 것은「국세기본법」제18조에서 규정한 소급과세 금지규정을 위반한 행위이다.   4) 또한 국세청의 사무처리규정은 국세청 내부지침일 뿐 상위법인 상속세 및 증여세법을 넘어서 납세자에게 새로운 의무를 부과하거나 불리한 처분을 하는 근거가 될 수 없다.   5) 따라서 상속개시일인 20**.1.13. 당시 상증세 사무처리규정 제72조에 따라 쟁점부동산의 가액을 소급감정가액 13,672백만원이 아닌 6,260백만원으로 적용하여 상속세를 결정하여야 함이 타당하다. 3. 조사청 의견  가. 사실관계   1) 청구인들은 20**.1.13. 사망한 피상속인 D의 상속재산 중 쟁점주식을 평가하면서, 법인이 보유한 쟁점부동산을 장부가액 6,260백만원으로 하여 순자산가액에 반영하고, 쟁점주식을 20,000주를 22,462백만원(@ 1,123,121원)으로 평가하여 신고하였다.   2) 청구인들은 상속세 조사통지서 수령 후 쟁점부동산을 2개의 감정평가법인에 의뢰하여 받은 감정평가서를 조사청에 제출하였고 조사청은 해당 감정가액을 중부청 재산평가심의위원회에 시가 인정 심의 의뢰하였다.  【 청구인이 제출한 감정평가 내역 】 (표 생략)   3) C 평가심의위원회는 20**.12.23. 감정평가법인 2곳의 감정가액 평균액 13,672백만원에 대하여 상증세법 시행령 제49조 제1항 제2호에 따른 감정가액에 포함시킬 수 있다고 결정하였다.   4) 조사청은 20**.11.21.∼20**.1.29.까지 피상속인에 대한 상속세 조사를 실시한 결과 쟁점부동산에 대한 감정가액 및 이외 과소평가 자산 가액을 반영하여 쟁점주식 과소평가액 3,145백만원과 기타 적출사항 등을 포함한 조사 결과에 따라 20**.5.1. 청구인들에게 상속세 2,288백만원을 고지하였다.  나. 조사청 의견   1) 법령에 따른 처분    「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제60조 제1항 본문은 “상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 ‘평가기준일’이라 함) 현재의 시가에 따른다.”라고 규정하고, 제2항은 “제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.”라고 규정하고 있다.    그 위임에 따라 상증령 제49조 1항 단서는 평가 기간 경과 후부터 법정결정기한까지의 기간 중에 발생한 매매‧수용‧경매‧감정가액 등이 있는 경우에도 평가심의위원회를 거쳐 시가로 인정될 수 있도록 절차를 두어 실제 가치에 근접한 평가가 가능하게 되었고, 시가에 부합하는 감정가액이 있다면 그 가액을 우선으로 적용해야 한다.   비상장주식의 보충적 평가방법은 상증세법 시행령 제54조 제1항에 따라 1주당 순손익가치와 순자산가치를 각각 3:2의 비율로 가중평균하는 방법을 원칙으로 하고(상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제1항), 이때 순자산가치는 "평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 상증세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액"으로 산정한다(상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제2항).    핵심은 상증세법 시행령 제54조 제2항이 순자산가치 산출 시 자산을 상증세법 제60조 내지 제66조에 따라 평가하도록 명시하고 있다는 점이다. 상증세법 제60조 제2항은 시가로 인정되는 가액에 감정평가법인의 감정가액을 포함하고 있으므로, 법인 보유 부동산에 대한 감정평가는 상증세법 시행령 제49조 제1항 제2호에 따라 시가로 인정될 수 있다.   2) 부과과세 세목    상속세 및 증여세는 납세자가 신고한 과세표준과 세액이 그대로 결정되는 것이 아니라, 이를 과세관청이 결정하는 때에 납세의무가 확정되는 부과과세 세목으로서 시가 확인 및 적용에 관한 최종적인 결정 권한은 과세관청에 있다. 상속인들이 일단 보충적 평가 방법을 적용하여 상속재산의 과세표준 및 세액을 신고하였다고 하더라도, 그 후에 감정평가를 통해 시가가 확인된다면 과세관청으로서는 그 시가를 기준으로 과세표준과 세액을 결정할 수 있는 것이다.    상속세는 처분청의 결정에 의하여 납부한 세액이 확정되는 결정 세목이므로 납세자로서도 법정결정기한 이전에 부동산의 시가가 확인되는 경우 해당 가액으로 과세될 수 있다는 사실은 충분히 예상할 수 있으며(2023.10.5. 선고 서울행정법원 2022구합3650 판결),    납세자가 제출한 2개 감정평가법인이 감정한 평균값을 평가심의위원회를 거쳐 시가로 인정받은 후에 해당 감정가액으로 상속재산을 평가하는 것은 법률에 따라 타당한 것이다.   3) 사무처리 규정의 법적 효력    구 상속세 및 증여세 사무처리규정(2025.6.11. 국세청훈령 제2681호로 개정되기 전의 것) 제72조의 제1항에서는 부동산 감정평가 사업의 대상은 부동산 등(「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 부동산과다보유법인이 보유한 부동산 포함)으로 규정하고 있기는 하나, 이는 법령의 위임 없이 행정기관이 내부적으로 정한 법규범의 해석과 적용에 관하여 정한 행정규칙에 불과하므로 국민이나 법원을 구속하는 법적 효력이 없고 법령에서 행정기관에 부여한 재량권을 제한하는 것으로 볼 수도 없으며,    사무처리규정은 행정기관 내부 사무처리 준칙에 불과할 뿐 대외적인 구속력이 있는 법규명령으로 보기 어려우므로 위 규정 절차를 위반하였다고 하더라도 그러한 사유만으로 과세처분이 위법하다고 볼 수 없다.(서울고등법원 2018.6.14. 선고 2017누66338, 같은 뜻임).     따라서 설령 구 상증세 사무처리규정 제72조 제1항이 부동산과다보유법인의 주식에 한하여 감정평가를 허용하는 취지로 규정되어 있었다 하더라도, 이는 상위 법령인 상증세법 시행령 제54조 제2항의 범위를 제한하는 효력을 가질 수 없고 상위 법령에서 순자산가치 산출 시 자산을 상증세법 제60조 내지 제66조에 따라 평가하도록 명시하고 있는 이상, 하위 행정규칙이 이를 제한하는 것은 상위 법령에 반하여 효력이 없다.   4) 소급과세금지원칙 위반여부    본 사안에서 조사청은 20**. 6. 11. 개정된 상증세 사무처리규정을 소급 적용하여 과세한 것이 아니다. 조사청은 상증세법 시행령 제54조 제2항 및 제49조 제1항 제2호라는 상위 법령에 직접 근거하여 쟁점법인 소유 부동산을 감정평가하고 순자산가치를 산출한 것이다.    20**. 6. 11. 개정된 상증세 사무처리규정 제72조 제1항은 종전에 부동산과다보유법인에 한정되어 있던 내부 사무처리 기준을 확대한 것으로, 이는 상위 법령이 이미 허용하고 있던 사항을 내부지침에서 명확히 한 것에 불과하다. 따라서 개정 전 거래에 대하여 상위 법령에 근거하여 부동산 감정평가를 실시한 것은 국세기본법 제18조 제3항에서 정한 소급과세금지 원칙과 무관하다.    소급과세금지 원칙은 세법(상위 법령)의 소급적용을 금지하는 것이지, 행정규칙의 개정 전 거래에 대하여 상위 법령에 근거한 과세처분을 금지하는 것이 아니다(대법원 1989. 9. 29. 선고 88누11957 판결 참조).   5) 비과세 관행 또는 신뢰보호 원칙 위반 여부    국세기본법 제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다고 규정하고 있다.    그러나 이 원칙이 적용되려면 ① 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재하고, ② 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, ③ 그러한 공적 견해나 의사가 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 한다.    본 사안은 과세관청이 부동산과다보유법인이 아닌 법인의 주식 평가 시 부동산 감정평가를 실시하지 않겠다는 공적 견해를 표명한 바 없고, 상증세 사무처리규정이라는 내부 행정규칙의 규정 내용 자체는 과세관청의 공적 견해 표명에 해당하지 않으므로 신뢰보호 원칙 위반도 성립하지 않는다(대법원 1989. 11. 28. 선고 88누8937 판결 참조).   6) 사례 제시    특히 청구인들의 주장과 유사한 사안에서, 증여 당시 사무처리규정상 감정평가 대상으로 명시되어 있지 않았던 부동산과다보유법인의 비주거용 부동산이 증여일 이후 개정으로 감정평가 대상에 포함되자 원고들은 개정된 사무처리규정을 소급하여 적용할 수 없다고 주장하였으나, 법원은 ‘소득세법상 부동산과다보유법인이 발행한 비상장주식에 관한 증여에 대해 증여세를 부과함에 있어 해당 법인이 보유한 부동산에 관해 공시가격으로만 그 가액을 평가하고, 감정 등을 통해 객관적인 교환가치를 조사·확인하여 과세하지는 않겠다는 과세관청의 의사가 있었다고 인정하기 어려울 뿐만 아니라, 과세관청이 그와 같은 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 볼 만한 자료 역시 찾아볼 수 없으므로, 원고들 주장과 같은 비과세 관행이 있었다고 인정하기 어렵다’고 판시한 바 있다(서울고등법원 2025. 2. 5. 선고 2024누59697 판결).    위 판결의 취지에 비추어 볼 때, 설령 과거 사무처리규정이 부동산과다보유법인을 특정하여 감정평가 대상으로 명시하였다 하더라도, 이는 실질과세 및 시가 주의 원칙을 구현하기 위한 예시적·강조적 규정에 불과할 뿐, 이를 근거로 부동산과다보유법인이 아닌 법인의 부동산에 대해서는 시가 조사를 포기하겠다는 비과세 관행이 성립되었다고 볼 수 없으며, 청구인들의 신뢰를 보호해야 할 어떠한 공적인 견해 표명이 있었다고 볼 수 없다.   7) 시가의 적정성    상증령 제49조의 규정에 따라 평가 기간 내에 적법한 감정평가가 있었는지에 관하여는 가격산정 기준일 및 감정가액평가서 작성일을 기준으로 판단하는데, 양 기준일 모두 평가 기간 이내에 해당하여야 한다. 다만 평가 기간이 경과한 후부터 상증령 제78조 제1항에 따른 기한, 즉 법정 결정기한까지의 기간 중 감정이 있는 경우에도, 평가기준일부터 가격산정 기준일까지의 기간중에 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 지방국세청장이 신청하는 때에는 평가심의위원회의 심의를 거쳐 감정가액을 시가에 포함시킬 수 있는 것이다.    기획재정부 또한 “납세자 또는 과세관청이 상증세법 제60조 제1항에 따른 평가기준일을 가격산정기준일로 하여 상증령 제78조 제1항에 따른 법정결정기한 전까지로 하여 감정평가한 가액이 있는 경우 그 감정가액은 평가심의위원회의 심의대상에 해당하는 것”이라고 설명하였다.    쟁점감정가액의 경우 ①가격산정기준일과 상속개시일이 20**.1.13.로 동일하여 평가기간(평가기준일 전후 6개월, 이 사건의 경우 20**.7.13.부터 20**.7.13.까지)이내에 해당함이 명백하고, ②감정평가서 작성일은 20**.11.14., 20**.11.17.로 평가 기간 이후이나, 법정 결정기한[상속세 과세표준 신고기한(상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내)부터 9개월]인 20**.4.30.이 경과되기 이전의 것이고, ③평가심의위원회의 심의를 거쳤으므로 상증령 제49조 제1항 단서에 의하여 시가로 인정될 수 있는 것이다.   8) 결론    청구인들은 조사청이 20**.6.11. 개정 시행된 상증세 사무처리규정 제72조를 적용하여 쟁점감정가액을 시가로 보아 이 건 상속세를 과세한 것은 소급과세원칙을 위반한 것이라 주장하나,    조사청은 상증세법 제60조 제1항 시가평가 원칙 및 같은 법 시행령 제49조 제1항 단서에 따라 평가심의위원회의 심의를 거쳐 인정된 쟁점감정가액을 시가로 보아 상속세를 과세한 것이다.    또한, 상증세 사무처리규정은 과세관청 내부의 사무처리규정인 행정규칙으로서 상위 법령에서 정한 시가평가의 범위를 제한할 수 없고, 이 건은 개정된 사무처리규정을 소급 적용한 것이 아니라 상속개시 당시 시행 중인 상위 법령에 따라 과세한 것이므로 소급과세 금지원칙에 위배되지 않는다. 아울러 과세관청이 쟁점부동산에 대하여 감정평가를 실시하지 않겠다는 공적인 견해를 표명한 사실도 없으므로 신뢰보호원칙에 위배된다고 볼 수 없다.    따라서 쟁점부동산을 쟁점감정가액으로 평가하여 쟁점주식의 가액을 산정하고 이에 따라 상속세를 과세한 이 건 처분은 정당하다. 4. 심리 및 판단  가. 쟁점    주식 평가와 관련하여 상속일 이후 개정된 사무처리규정 훈령이 적용 되었다고 하여 소급과세금지 원칙이 위배되었는지 여부  나. 관련 법령   1) 상속세 및 증여세법 제60조【평가의 원칙 등】    ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다.    ② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.    ③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.    ⑤ 제2항에 따른 감정가격을 결정할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 둘 이상의 감정기관(대통령령으로 정하는 금액 이하의 부동산의 경우에는 하나 이상의 감정기관)에 감정을 의뢰하여야 한다. 이 경우 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 감정기관이 평가한 감정가액이 다른 감정기관이 평가한 감정가액의 100분의 80에 미달하는 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 대통령령으로 정하는 절차를 거쳐 1년의 범위에서 기간을 정하여 해당 감정기관을 시가불인정 감정기관으로 지정할 수 있으며, 시가불인정 감정기관으로 지정된 기간 동안 해당 시가불인정 감정기관이 평가하는 감정가액은 시가로 보지 아니한다.   2) 상속세 및 증여세법 제61조【부동산 등의 평가】    ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.     1. 토지 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.     2. 건물 건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액   3) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조【평가의 원칙 등】    ① 법 제60조제2항에서 "수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"이란 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다)이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 않는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매등이 있거나 평가기간이 경과한 후부터 제78조 제1항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조 및 제54조에서 "납세자"라 한다), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.     1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.     2. 해당 재산(법 제63조 제1항 제1호에 따른 재산을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 기획재정부령으로 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 "감정기관"이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외하며, 해당 감정가액이 법 제61조·제62조·제64조 및 제65조에 따라 평가한 가액과 제4항에 따른 시가의 100분의 90에 해당하는 가액 중 적은 금액(이하 이 호에서 "기준금액"이라 한다)에 미달하는 경우(기준금액 이상인 경우에도 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 감정평가목적 등을 고려하여 해당 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 "세무서장등"이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 납세자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그렇지 않다.       가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액       나. 평가기준일 현재 당해 재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액    ② 제1항을 적용할 때 제1항 각 호의 어느 하나에 따른 가액이 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내에 해당하는지는 다음 각 호의 구분에 따른 날을 기준으로 하여 판단하며, 제1항에 따라 시가로 보는 가액이 둘 이상인 경우에는 평가기준일을 전후하여 가장 가까운 날에 해당하는 가액(그 가액이 둘 이상인 경우에는 그 평균액을 말한다)을 적용한다. 다만, 해당 재산의 매매등의 가액이 있는 경우에는 제4항에 따른 가액을 적용하지 아니한다.     1. 제1항 제1호의 경우에는 매매계약일     2. 제1항 제2호의 경우에는 가격산정기준일과 감정가액평가서 작성일     3. 제1항 제3호의 경우에는 보상가액ㆍ경매가액 또는 공매가액이 결정된 날   3-1) 상속세 및 증여세법 시행령 제78조【결정ㆍ경정】    ① 법 제76조제3항의 규정에 의한 법정결정기한은 다음 각호의 1에 의한다.     1. 상속세법 제67조의 규정에 의한 상속세과세표준 신고기한부터 9개월   3-2) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조의2【평가심의위원회의 구성 등】    ① 다음 각 호의 심의를 위하여 국세청과 지방국세청에 각각 평가심의위원회를 둔다.     1. 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 매매등의 가액의 시가인정   4) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 【비상장주식등의 평가】    ① 법 제63조제1항제1호나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」 제94조제1항제4호다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.    ② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.        1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)   5) 상속세 및 증여세법 시행령 제55조【순자산가액의 계산방법】    ① 제54조제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.   6) 상속세 및 증여세 사무처리규정 제72조【감정평가 대상 및 절차】    ① 지방국세청장 또는 세무서장은 상속세 및 증여세가 부과되는 재산에 대해 시행령 제49조 제1항에 따라 감정기관에 의뢰하여 평가할 수 있다. 다만, 부동산 감정평가 사업의 대상은 부동산등(법 제63조 제1항 제1호 나목에 따라 주식을 평가하는 경우로서 시행령 제54조 제2항 및 제55조 제1항의 순자산가치를 산출하기 위해 시가 평가가 필요한 부동산등 포함)으로 한다.   6-1) 상속세 및 증여세 사무처리규정 제72조【감정평가 대상 및 절차】    ① 지방국세청장 또는 세무서장은 상속세 및 증여세가 부과되는 재산에 대해 시행령 제49조 제1항에 따라 감정기관에 의뢰하여 평가할 수 있다. 다만, 부동산 감정평가 사업의 대상은 부동산등(「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 부동산과다보유법인이 보유한 부동산 포함)으로 한다.   7) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】    ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.    ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.    ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.    ④ 삭제    ⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다.  다. 사실관계   1) 청구인들의 상속세 신고내용 및 조사청의 상속세 결정내용은 아래와 같다. (표 생략)   2) 조사청의 상속세 조사 종결보고서 주요 내용(일부발췌) (표 생략)   3) 청구인들은 쟁점부동산에 대해 상속개시일인 20**.1.13.을 가격산정 기준일로 하여 감정평가법인 ①I(주)과 ②㈜K을 통해 감정평가를 받았고, 조사청은 두 곳의 감정평가 평균액인 13,672백만원을 C 평가심의위원회의 심의를 거쳐 상속재산가액으로 확정하였다. (표 생략)    가) 감정평가법인의 감정평가표 (그림 생략)    나) 평가심의위원회의 평가 결정서     - 조사청은 20**.11.28. 평가심의위원회에 심의 신청하였고, 20**.12.23. 심의 결과 「상속세 및 증여세법」시행령 제49조 제1항 단서 규정에 따라 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정되는 때에 해당하여 심의대상 재산의 감정가액을 평가기준일 현재 평가대상 재산의 시가로 볼 수 있다는 결정서를 회신 받은 것으로 확인된다. (그림 생략)     4) 조사청은 평가심의위원회의 심의를 거친 쟁점감정가액을 쟁점법인의 순자산가액에 반영하여 쟁점주식을 재평가하고, 쟁점부동산의 가액 증가분을 사업무관자산 가액에도 반영하여 가업상속공제액을 재산정하였다.    가) 쟁점주식 평가액 증가 내역 (표 생략)    가-1) 쟁점법인의 주식평가대상자산 증가 내역 (표 생략)     - 청구인들은 쟁점부동산 외에도 쟁점법인이 보유한 ○○시 ○○○동 소재 부동산 역시 감정평가를 받아 조사청에 제출하고 조사청은 해당 감정가액에 대해서도 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정하여 쟁점주식 평가 등에 반영하였으나 청구인들은 이 건 이의신청에서 성남시 소재 부동산에 대하여는 주장하지 않았다.    나) 가업상속공제액 감소내역 (표 생략)    나-1) 법인자산 중 사업무관자산액 증가 내역 (표 생략)   5) 청구인들은 상속개시일 이후 개정된「상속세 및 증여세 사무처리규정」제72조를 이 건에 소급하여 적용할 수 없다고 주장하고 있는바 사무처리규정 개정내용은 다음과 같다.    가) 상속개시 당시 및 2025.6.11. 개정 사무처리규정의 내용 상속세 및 증여세 사무처리규정 [시행 2025.6.11.][국세청훈령 제2681호, 2025.6.11.,일부개정] 【개정이유】  ○ 감정평가 대상 명확화 및 확대 (§72)     감정평가 대상을 기존「소득세법」제94조제1항제4호다목에 해당하는 부동산과다법인이 보유한 부동산에서 법 제63조제1항제1호나목에 따라 주식을 평가하는 경우로서 시행령 제54조제2항 및 제55조제1항의 순자산가치를 산출하기 위해 시가 평가가 필요한 부동산등으로 개정하여 상속∙증여세 과세형평성을 제고하고, 감정평가 대상을 명확히 함 【개정내용】 종 전 개 정 제72조(감정평가 대상 및 절차) ① 지방국세청장 또는 세무서장은 상속세 및 증여세가 부과되는 재산에 대해 시행령 제49조제1항에 따라 감정기관에 의뢰하여 평가할 수 있다. 다만, 부동산 감정평가 사업의 대상은 부동산등(「소득세법」제94조제1항제4호다목에 해당하는 부동산과다보유법인이 보유한 부동산 포함)으로 한다.   제72조(감정평가 대상 및 절차) ① 지방국세청장 또는 세무서장은 상속세 및 증여세가 부과되는 재산에 대해 시행령 제49조제1항에 따라 감정기관에 의뢰하여 평가할 수 있다. 다만, 부동산 감정평가 사업의 대상은 부동산등(법 제63조제1항제1호나목에 따라 주식을 평가하는 경우로서 시행령 제54조제2항 및 제55조제1항의 순자산가치를 산출하기 위해 시가 평가가 필요한 부동산등 포함)으로 한다.    나) 상속개시 당시 부동산과다보유법인 관련 단서 규정의 신설 경위     - 상속개시 당시 사무처리규정에 규정되어 있던 “부동산과다보유법인이 보유한 부동산 등을 포함한다”는 단서는 2020년부터 시행된 비주거용 부동산 감정평가사업의 대상물건을 명확히 하기 위하여 2021.10.12. 신설된 것으로 확인된다. 시행 및 개정일  개정내용 개정 이유 [시행 2021. 10. 12] [국세청 제2473호] 제68조(감정평가 대상 및 절차) ① 지방국세청장 또는 세무서장은 상속세 및 증여세가 부과되는 재산에 대해 시행령 제49조제1항에 따라 감정기관에 의뢰하여 평가할 수 있다. 다만, 비주거용 부동산 감정평가 사업의 대상은 비주거용부동산등(「소득세법」제94조제1항제4호다목에 해당하는 부동산과다보유법인이 보유한 부동산 포함)으로 한다.<단서 신설> ◇ 제ㆍ개정 이유 - 업무를 처리하는 과정에서 나타나는 불명확하거나 불합리한 규정 보완 및 새로 바뀐 법규내용을 반영 ○ 비주거용 부동산 감정평가 사업 대상 명확화 (§68)   「비주거용 부동산 감정평가 사업」 정의규정을 신설하고, 부동산과다보유법인이 보유한 부동산 포함 등 대상물건의 명확화 [시행 2020. 7. 20] [국세청 제2382호] 제68조(감정평가 대상 및 절차) ① 지방국세청장 또는 세무서장은 상속세 및 증여세가 부과되는 재산 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해 시행령 제49조제1항에 따라 둘 이상의 감정기관에 의뢰하여 평가할 수 있다.   1.「부동산 가격공시에 관한 법률」제2조에 따른 비주거용 부동산 (법 제61조제1항제3호에 따라 국세청장이 고시한 오피스텔 및 상업용 건물은 제외한다)   2. 나대지(裸垈地) ◇ 제·개정 이유 - 비주거용 부동산 감정평가제도가 시행됨에 따라 감정평가대상 및 절차 등을 사무처리규정에 명시하여 납세자 이해 제고 ○ 비거주용 부동산에 대한 감정평가대상 및 절차 신설(§68)   감정평가대상 부동산 선정 및 절차에 대한 처리 규정 및 감정평가 등에 필요한 협조 안내 별지서식 신설(별지 제34호)    라. 판단    청구인들은 상속개시일 이후 개정된 「상속세 및 증여세 사무처리규정」 제72조를 적용하여 쟁점부동산의 감정가액을 시가로 보아 쟁점주식을 평가하는 것은 부당하다고 주장하는바 이에 대하여 살펴본다.    「상속세 및 증여세법 시행령」제54조에서는 비상장주식을 순손익가치와 순자산가치를 가중평균하는 방법으로 평가하도록 하면서, 순자산가액은 평가기준일 현재 해당 법인의 자산을「상속세 및 증여세법」제60조부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액에서 부채를 차감하여 산정하도록 규정하고 있고,    「상속세 및 증여세법」제60조에서는 상속재산의 가액을 상속개시일 현재의 시가에 따르도록 하면서 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 가액을 시가에 포함하도록 규정하고 있다.    그 위임에 따라 같은 법 시행령 제49조 제1항은 상속재산의 경우 평가기준일 전후 6개월 이내의 감정가액을 시가로 인정하도록 하고, 평가기간이 경과한 후에도 같은 영 제78조 제1항에 따른 법정 결정기한까지의 기간 중 감정이 이루어진 경우 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정되는 때에는 평가심의위원회의 심의를 거쳐 그 감정가액을 시가에 포함할 수 있도록 규정하고 있다.    아울러 가업상속공제 대상 주식의 가액을 산정할 때에도 해당 법인의 총자산가액 및 사업무관자산의 가액은 상속개시일 현재「상속세 및 증여세법」제60조부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액을 기준으로 하도록 규정하고 있다.    한편, 상급행정기관이 소속 공무원이나 하급행정기관에 대하여 업무처리지침이나 법령의 해석·적용 기준을 정해 주는 '행정규칙'은 일반적으로 행정조직 내부에서만 효력을 가질 뿐 대외적으로 국민이나 법원을 구속하는 효력이 없다. 따라서 어떤 행정처분이 행정규칙을 위반하였다고 해서 그러한 사정만으로 곧바로 위법하게 되는 것은 아니고, 또 행정규칙을 따른 것이라고 해서 적법성이 보장되는 것도 아니다. 이 경우 처분이 적법한지는 행정규칙이 정한 요건에 합치하는지 여부가 아니라 일반 국민에 대하여 구속력을 가지는 법률 등 법규성이 있는 관계 법령의 규정을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2013.9.12. 선고 2011두10584 판결, 대법원 2019.7.11. 선고 2017두38874 판결 등 참조).    이러한 법리에 비추어 보면, 「상속세 및 증여세 사무처리규정」은 과세관청 내부의 업무처리기준을 정한 행정규칙으로서 그 자체로 상위 법령에서 정한 시가평가의 범위를 제한하는 대외적 구속력이 있다고 보기 어렵다. 따라서 상속개시 당시 사무처리규정상 쟁점부동산이 감정평가 대상으로 명시되어 있지 않았다는 사정만으로 쟁점부동산에 대한 감정평가가 배제된다고 보기 어렵고, 이 건 과세의 적법 여부는 상위 법령에서 정한 시가평가 요건의 충족 여부에 따라 판단하여야 한다.    이에 따라 살펴보면, 이 건 상속개시일 및 쟁점부동산의 감정평가 기준일은 20**.1.13.이고, 감정평가서 작성일은 각각 20**.11.14. 및 20**.11.17.로 「상속세 및 증여세법 시행령」 제49조 제1항에 따른 평가기간은 경과하였으나, 같은 항 단서에서 정한 법정결정기한인 상속세 과세표준 신고기한부터 9개월 이내에 해당하는 점, 조사청은 그 기한 내 청구인들이 제출한 감정평가서를 평가심의위원회에 심의 요청하여 그 감정가액의 평균액인 13,672백만원을 쟁점부동산의 시가로 인정받아 평가한 점, 쟁점주식의 순자산가치 및 가업상속공제액을 산정함에 있어서도 쟁점부동산은 상속개시일 현재「상속세 및 증여세법」에 따라 평가한 가액을 적용하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 감정가액을 시가로 보아 쟁점부동산을 평가한 것은 상속개시 당시「상속세 및 증여세법」및 같은 법 시행령에 따른 것으로 봄이 타당하다.    따라서 상속개시 당시 사무처리규정에서 쟁점부동산이 감정평가 대상으로 명시되어 있지 않았다는 사정만으로 이를 장부가액으로 평가하여야 한다고 보기 어렵고, 조사청이 상속개시일 이후 개정된 사무처리규정을 소급 적용하였다고 보기도 어려우므로,    쟁점감정가액을 쟁점부동산의 시가로 보아 쟁점주식 및 가업상속공제액을 산정하고 이에 따라 상속세를 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 5. 결 론    이 건 이의신청은 심리결과 청구주장을 받아들일 수 없으므로「국세기본법」제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.