(쟁점1)중복세무조사로 위법하다는 청구주장의 당부 (쟁점2)양도 당시 청구인이 공부상 사업용 업무시설인 쟁점오피스텔을 주거용으로 사용하지 않았다는 청구주장의 당부 (쟁점3)처분청의 업무해태로 인하여 자료가 지연 처리되었음에도 청구인에게 가산세를 부과한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

요지 당초의 서면 검토는 국세기본법상 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 수 없고 그 이후에 이루어진 이 건 세무조사는 ‘재조사’ 내지 ‘중복조사’라 할 수 없음 결정내용 [주 문] 이 건 이의신청은 기각 합니다. [이 유] 붙임과 같습니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 이 유 1. 사실관계 및 처분내용 가. 청구인은 2020.12.22. 경기도 성남시 분당구 A건물 B호 (이하 “쟁점양도주택”이라 한다)를 양도하고 2020.12.29. 1세대1주택 비과세를 적용하여 양도소득세 23,006,600원을 신고·납부하였다. 나. 분당세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 청구인의 쟁점양도주택 신고와 관련하여 양도 당시 보유 중인 서울 송파구 C타워 D호(이하 “쟁점오피스텔”이라 한다)를 주거용 오피스텔로 보아 1세대2주택에 해당하므로 비과세 적용을 부인하고 2026.4.16. 양도소득세 927,456,660원을 고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2026.7.14. 이 건 이의신청을 제기하였다. 2. 청구주장  가. 재조사 금지 원칙의 위반 여부   1) 2021년 상반기에 ○○○세무서 직원은 쟁점양도주택의 양도소득세 신고 내용의 적정성을 판단하기 위해 청구인에게 전화로 질문하였고, 당시 청구인은 세무서 직원의 요청에 따라 쟁점오피스텔의 임대차계약서를 직접 팩스로 보냈다.   2) 세무서 직원은 당시 쟁점오피스텔의 관리소장이었던 E에게 2차례 전화로 청구인의 거주 사실에 대해 구체적으로 질문하였고, 당시 청구인의 입주자기록 카드를 요청하여 E이 청구인의 입주자기록 카드가 없어서 거주하지 않고 있다고 답변하는 등 국세기본법이 정하는 바에 따라 청구인을 상대로 세무조사를 실행하였다.   3) 당시 청구인의 양도소득세 탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 증거가 있었다면, 세무서 직원은 청구인을 상대로 양도소득세를 경정, 부과하는 등 필요한 조처를 하였을 것임에도 그러한 사실이 전혀 없었고, 청구인은 세무조사 결과, 양도소득세 자진 신고 및 납부가 적정하다고 신뢰하였다.   4) 즉, ○○○세무서는 청구인을 상대로 양도소득세 신고·납부가 적정한지 여부에 대하여 1차로 세무조사 하였고, 달리 양도소득세 탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 증거가 있었음을 제시한 사실도 없었는바, 청구인에 대한 이번 세무조사는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에만 특별하게 재조사를 허용하는 「국세기본법」제84조의4(세무조사권 남용 금지) 조항이 정하는 재조사 금지 원칙을 정면으로 위반한 것으로서 위법하다고 보아야 할 것이다.  나. 쟁점오피스텔이 주거용인지 여부   1) 쟁점오피스텔은 집합건축물대장 및 등기부상 업무시설(오피스텔)로 되어 있고, 주택이 아닌 건축물로 재산세가 부과되고 있으며, 전기요금, 상·하수도요금 등 역시 주거용이 아니라 사업용으로 부과되고 있다.   2) 청구인은 2004.4월경 쟁점양도주택을 거주할 목적으로 취득하고, 청구인의 남편이 당시 자녀들의 교육을 위하여 2011.3월경 미국으로 이민을 갈 당시까지 청구인과 청구인의 남편 및 자녀 2인 등 모든 가족이 쟁점양도주택에 약 7년간 거주하였다.   3) 청구인은 쟁점양도주택을 취득하고 남은 돈 약 5천만 원으로 쟁점오피스텔을 취득하여 회사에 사업용으로 임대하면, 임대료를 많이 받을 수 있다고 하여 비슷한 시기인 2004.4월경 쟁점오피스텔을 대출받아 취득하였다.   4) 따라서 청구인은 쟁점오피스텔을 취득한 때부터 당연히 쟁점오피스텔을 일반임대 사업자로 등록하였고, 부동산중개인에게 업무용으로 임대한다는 의뢰를 하였으며, 이 시기부터 실제로 거주가 아닌 사업 목적의 임차인을 상대로 쟁점오피스텔을 임대하였다.    그에 따라 필요한 세금계산서를 발행하고, 부가가치세 신고를 하였으며, 임차인도 임차료를 매입세액에서 공제하고 법인세 신고 시에도 필요경비로 손금에 산입하는 등 사업용으로 인정받기에 충분한 임차관계를 유지하여 왔다.   5) 만일 쟁점오피스텔을 거주할 목적으로 취득하였다면, 쟁점양도주택을 당시 매수하여 취득하고 실제로 거주할 이유가 없었으며, 쟁점오피스텔을 거주용으로 임대할 이유도 없고 실제로 거주용으로 임대한 사실도 없다.   6) 청구인과 청구인의 남편은 앞서 본 바와 같이 2011.3월 당시 중학생, 고등학생이었던 두 아들의 교육을 위하여 미국으로 이민을 가기로 하였는바, 이를 위하여 당시 F라는 확실한 직업이 있었던 청구인은 한국에 남아 가족들의 생계를 유지하는 대신, 당시 잠시 직장을 쉬고 있던 청구인의 남편이 두 아들의 교육을 위해 두 아들을 데리고 미국으로 같이 가기로 결정한 후, 청구인의 남편과 두 아들이 미국으로 간 이후에도 청구인은 청구인이 미국으로 자녀를 돌보기 위해 1년간 휴직하여 미국으로 출국한 2012.4월경까지 여전히 쟁점양도주택에 거주하였다.   7) 그런데 당시 쟁점오피스텔을 임차한 G이 2013.12월경 갑자기 쟁점오피스텔 임차의 종료를 통지하여, 청구인이 쟁점오피스텔을 재임대하려 하였으나 여의찮아, 쟁점오피스텔을 공실로 두어 놀리기보다 당시 가족들의 미국 이민 때문에 필요 없어진 짐들을 둘 장소도 필요했고, 청구인이 어렸을 때부터 꿈꿔왔던 화가의 꿈을 이룰 화실도 필요했기 때문에 쟁점오피스텔을 화실로 활용하기로 하였다.   8) 따라서, 청구인은 쟁점오피스텔을 주거지로 사용할 의사도 없었고, 쟁점오피스텔이 거주하기에도 부적당하였으며, 무엇보다도 앞서 본 바와 같이 화실과 창고가 필요했기 때문에 2013.3월경, 실제 거주는 군포 언니 집에서 하면서 주민등록은 대구 어머니 주소지에 두기로 하였는데, 실제 군포 언니 집에 거주하면서, 청구인의 직장 주소가 군포보다는 쟁점오피스텔에 가까워 화실에서 그림 연습을 하다가 늦어지거나, 직장에서 회식 등으로 늦어지는 경우에는 쟁점오피스텔에 그냥 편하게 잠만 자는 경우가 발생하기도 하였다.   9) 청구인의 남편이 갑자기 한국에서 직장을 구하여 귀국하였던 2018.7월경 청구인과 청구인의 남편이 거주할 장소로 쟁점오피스텔을 고려하기도 하였으나, 주거용으로는 부적합하였고, 청구인은 쟁점오피스텔을 주거용으로 사용할 의사 자체가 없었을 뿐만 아니라 남편의 불안정적인 경제 상황을 고려하여 청구인이 그동안의 주거 형태를 그대로 유지하여 형식적으로 계속하여 청구인의 군포 언니 집에 그대로 거주하기로 하되, 청구인의 남편이 거주하기로 했던 서울시 관악구 H 소재 투나인 오피스텔 906호(이하 “봉천동 오피스텔”이라 한다)에 청구인의 남편과 함께 주로 거주하기로 하고, 마찬가지로 청구인이 화실로 필요하거나, 회식 등의 경우에는 여전히 쟁점오피스텔에서 잠만 자고 출근하는 생활을 계속하였다.   10) 만약, 쟁점오피스텔이 거주용이었고, 청구인이 실제로 거주하였다면, 청구인의 남편이 한국에 귀국하였을 때 추가로 임대료를 부담하면서까지 봉천동 오피스텔을 구하지는 않고 쟁점오피스텔에 청구인과 함께 거주하였을 것인바, 그렇지 아니하고, 청구인의 직장과도 멀고 남편의 오피스텔을 추가로 구하여 거주할 경우 생활이 복잡해질 것이 명백하였음에도 봉천동 오피스텔을 구하여 청구인과 청구인의 남편이 실질적으로 함께 거주하였다.   11) 쟁점오피스텔의 전기 사용량과 수도 사용량의 경우 쟁점양도주택이 양도된 2020.10월 전기료와 수도료 합계는 26,180원으로 평균 관리비의 13%에 불과하며, 가스요금 역시 월평균 15,029원으로 서울시 유사 평형 오피스텔 겨울철 평균 대비 약 19% 수준에 불과한바, 이러한 전기 사용량과 수도 사용량이 청구인의 이러한 주장과 그대로 부합한다.   12) 쟁점오피스텔의 시가는 현재 시세도 290백만 원에 불과하고, 쟁점양도주택의 당시 매매 가격은 1,590백만 원이었는데, 만약 청구인이 쟁점오피스텔을 주거용으로 인식하고 실제로 주거하였다면, 당연히 양도차익이 적은 쟁점오피스텔을 우선 양도한 후, 쟁점양도주택을 양도하는 방법으로 양도소득세를 대폭 줄일 수 있었을 것인데 그렇지 아니한 점에 비추어 청구인은 쟁점오피스텔을 주거용으로 인식하지 않았을 뿐만 아니라 그렇게 인식할 수도 없었다.  다. 가산세의 위법성 여부   1) 앞서 본 바와 같이 청구인은 쟁점오피스텔을 주거용으로 사용할 의도가 없었고, 실제로 사용한 사실도 없었기 때문에 ○○○세무서는 양도소득세 1차 세무조사를 마치고, 청구인의 자진 신고에 대해 아무런 조치가 없어서 당연히 청구인으로서는 해당 자진 신고 및 납부가 적법한 것으로 오신(誤信)하였다.   2) 따라서 당연히 청구인으로서는 현재 처분청이 청구인에게 부과한 이 건 양도소득세를 생각조차 하기 어려웠으므로 이를 납부하여 의무를 이행하는 것은 불가능하였다.   3) 이러한 과정에서 ○○○세무서는 5년 동안 아무런 조치를 하지 않고 있다가 소멸시효 5년이 거의 완성된 시점에 이르러서야 처분청이 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과하였는바, 이러한 사실은 이 건 양도소득세의 납부에 과실이 있는 쪽은 청구인에게 잘못된 신고가 인정된다고 하더라도 오히려 이러한 잘못된 신고를 바로잡을 기회를 5년 동안이나 해태한 ○○○세무서에 있다고 봄이 상당하다.   4) 만약, ○○○세무서가 5년 전 1차 세무조사 시에 쟁점양도주택의 양도소득세 자진 신고 납부가 부당한 것으로 판단하였다면, 청구인으로서는 당연히 5년 동안의 가산세를 물지 않았을 뿐만 아니라, 당시에는 쟁점오피스텔이 주거용이었는지 여부와 관련하여 많은 증거가 산일(散佚) 되기 전이어서 쟁점오피스텔이 주거용이 아니라 사업용이었음을 입증할 훨씬 많은 증거를 찾을 수 있었을 것이다.   5) 그러므로 가산세 부과에 있어서는 「국세기본법」제1항제2호가 정하는 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우”에 해당하여 부당하므로 당연히 취소되어야 한다. <처분청 의견에 대한 청구인의 항변> 가. 재조사 금지 원칙 위반 관련하여   1) 처분청은 지난 2021년 ○○○세무서 직원이 청구인을 상대로 당시 양도소득세 신고에 대하여 전화 질문과 임대차계약서 등 서류 요청과 수급, 나아가 제3자로서 쟁점오피스텔의 관리소장인 E에게 2차례에 걸친 전화 질문과 입주자기록카드를 요청하였다는 청구인의 주장에 대하여 전혀 다투지 않고 있으나 위와 같은 사실이 있었다는 점은 명백하다.   2) 당시 처분청의 입장에서는 단순히 질문과 서류 요청을 하였다고 주장할지 모르나, 일반 납세자에 불과한 청구인은 세무서 직원의 전화를 받고, 세무조사라는 엄청난 압박을 받고 중과세라는 정신적 스트레스를 받으면서, 일상생활을 제대로 영위하지도 못한 상태에서 직원의 질문과 서류 제출 명령에 성실히 응하였고, 실제로 확정신고기간이 경과할 때까지 당시 ○○○세무서가 경정처분을 하지 아니하여 당시 세무조사에 의하여 청구인은 비과세임을 인정받았다고 신뢰하였다.   3) 처분청은 위와 같은 행위가 ‘비과세 신고 시인한 결정을 받은 것에 불과’하다고 주장하나, 앞서 본 국세기본법의 “세무조사”의 정의에 의하면, “국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동”을 의미하고,    대법원 판례의 해석에 의하면, “납세자 등을 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문검사권을 행사하여 과세요건 사실을 조사·확인하고 일정한 기간 과세에 필요한 직접·간접의 자료를 검사·조사하고 수집하는 일련의 행위를 한 경우” 세무조사에 해당한다고 하는바, 이 사건의 경우 처분청이 상당한 기간 동안 납세자인 청구인뿐만 아니라 제3자인 현장관리인 E에게까지 질문하여 양도소득세의 요건사실을 확인하고 임대차계약서 등 자료를 요구하는 등 일련의 활동을 한 경우에 해당되므로 처분청의 주장은 이유 없다.   4) 또한, ○○○세무서의 1차 세무조사 이후에도 2021.10월경의 부산지방국세청의 종합감사, 부산지방국세청 감사관실의 비과세부인 등 처분지시, 2024.1.4. 대구지방국세청의 종합감사결과 처분지시 통보 등 수차례에 걸쳐 세무조사를 반복하였다.   5) 일정 시기의 사실 확인은 추후 제출할 것을 예측하고 해당 사실이 발생할 당시에 따로 작성해 둘 수 없어서 일정 시기 이후에 작성할 수밖에 없고, 그와 같이 해당 시기 이후에 작성된 사실확인서 라고 하더라도 달리 그 사실확인서가 사실에 반한다는 특별한 증거가 없는 이상 그 증명력이 인정되는 것이 상식이므로, 이러한 이유로 E의 사실확인서를 신뢰할 수 없다는 처분청의 주장은 오히려 상식에 반한다. 나. 쟁점오피스텔이 주거용인지 여부 관련하여   1) 의정부지방법원 2024구단5832 판결에 의하면, “그 특성상 주거에 적합한 형태를 갖추고 있어 언제든지 용도나 구조변경 없이 주거용으로 사용할 수도 있지만, 반대로 용도나 구조의 변경 없이 언제든지 업무용으로도 사용할 수 있는 것, 정부의 주택공급정책상 필요에 따라 주거용으로도 사용”이라고 판시하였는바, 이 판결에 의하면, 쟁점오피스텔이 세대별 별도 출입문, 화장실, 취사 시설이 설치되어 있다고 하여 당연히 사실상 주거용으로 사용한다고 보기는 어렵다.   2) 취사 시설과 관련하여 전자렌지, 휴대용 가스렌지 등에 의하여 단순히 취사가 가능하다고 하여 주거용으로 볼 것이 아니라 해당 취사 시설이 장기적이고 안정적으로 주거의 효용과 동일시할 정도의 취사 시설인지 확인되어야 할 것이나, 쟁점오피스텔의 경우 업무가 주된 용도인 공간에서 보조적이고 예외적으로 취사만 가능한 시설이 존재하였는바, 이러한 간단한 취사 시설의 존재는 위 판례에서와 같이 법과 국가 정책에 의해서 당연히 가능하였다. 다. 가산세의 위법성 관련하여   1) 2021년 부산지방국세청 감사에서 이미 쟁점 사항이 지적되어 처분청에 처분지시가 내려졌음에도, 처분청은 위 지시를 이행하지 아니한 채 신고시인으로 종결처리하였고,    2024년 동일한 사안이 재지적되어 처분청에 재차 명시적으로 과세통보가 이루어졌음에도 처분청은 이 통보를 받고도 약 2년간 아무런 조치 없이 방치하다가 제척기간 만료(2026.5.31.)를 불과 2개월여 앞둔 2026.3월경에야 조사에 착수하고 4월에 고지하였다.    이는 과세자료의 존재 자체를 몰랐거나 처리에 통상적인 시간이 소요된 경우가 아니라, 과세할 사유와 필요성을 이미 확정적으로 인식하고 있었음에도 정당한 이유 없이 처리를 지연시킨 것으로써, (과세자료를 장기간 방치하다 제척기간 임박하여 처리한 사안 등) 조세심판원이 종래 인용 결정한 사례들에서 문제 삼은 과세관청의 해태보다 그 정도가 훨씬 중하다.   2) 청구인은 2021년 처분지시에도 불구하고 신고시인 처리된 사정을 알지 못한 채, 해당 사안이 이미 검토·종결되었다고 신뢰할 수 밖에 없었다. 과세관청 내부에서 처분지시가 있었음에도 이를 이행하지 않은 것은 전적으로 과세관청의 사정이고 청구인으로서는 이를 인지하거나 통제할 수 있는 지위에 있지 않다. 그럼에도 그 방치 기간 전체에 대한 납부지연가산세 부담을 청구인에게 전가하는 것은 가산세 제도의 본질(의무 해태에 대한 제제)에 반한다.   3) 납부지연가산세는 법정납부기한 다음날부터 고지일까지의 기간에 비례하여 기계적으로 산정되는 구조다. 그런데 본건의 경우 그 산정 기간의 상당부분(2021년 처분지시 시점부터 2026년 실제 고지 시점까지 약 5년)이 오로지 과세관청 내부의 처리 지연에서 비롯된 기간이다. 이러한 기간까지 청구인에게 이자상당액 성격의 가산세로 부담시키는 것은 가산세 제도가 예정한 형평에 반하고 신의성실의 원칙에도 부합하지 않는다. 3. 처분청 의견  가. 이 건 양도소득세 부과처분이 재조사 금지 원칙을 위반하였는지 여부   1) 부산지방국세청에서 2021.10.19.∼2021.11.5. ○○○세무서 종합감사를 실시하여, ①장기임대주택 요건을 불충족하는 오피스텔에 대한 주택 사용여부 확인 및 ②전기 및 수도사용 내역 등 첨부하여 즉시 관할 세무서로 과세자료 생성 및 파생할 것을 처분지시 하였다.    2) 2021년 청구인은 당시 관할서였던 ○○○세무서로부터 1차 세무조사를 받은 것이 아니며, 쟁점양도주택을 양도하면서 장기임대주택 요건을 충족하지 못한 쟁점오피스텔을 보유하고 있음에도 1세대1주택 비과세 신고시인한 결정을 받은 것에 불과하다.    3) 부산지방국세청 감사관실에서는 쟁점오피스텔에 대한 주택사용여부를 확인하여, 주택으로 사용한 사실이 확인될 경우 비과세부인 및 다주택 중과세율을 적용하여 경정할 것을 권고사항으로 처분지시 하였다.    4) 청구인이 주소지를 성남시로 이전함(2021.8.10.)에 따라 ○○○세무서는 처분청으로 과세자료 생성 및 파생을 하게 된 것으로 해당 건은 재조사한 것이 아니다.    5) 청구인은 쟁점양도주택 양도 당시 서울 잠실 종합운동장사거리 인근의 쟁점오피스텔에서 거주하며 서울지하철 2호선 선릉역 인근 포스코센터 직장으로 출‧퇴근하며 쟁점오피스텔이 주거용으로 주택임을 인지하고 본인이 조세탈루를 하였음을 알고(악의) 있었다.    그럼에도 “조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에만 세무조사를 하여야 하는데 세무조사권을 남용하였다는 궤변을 늘어놓고 있다.    6) “관리소장 E의 비거주 사실확인서”를 보면 비거주 확인기간은 2020년이지만 확인서 작성일자는 2026.3.27.로 세무조사 당시 작성한 것으로 확인서를 신뢰할 수 없다. 나. 공부상 업무용 오피스텔이라도 주거용으로 사용하였다면 재산세가 어떻게 부과되든 간에 주택으로 본다.   1) 「소득세법」제88조7항에서 "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도 구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.   2) 쟁점오피스텔은 세대별 별도 출입문, 화장실, 취사시설이 설치되어 있어 주거용으로 사용하고 있다.    청구인은 쟁점오피스텔을 양도 당시 I 사용하고 있다고 주장하였으나 현재 주택으로 사용하고 있고, 쟁점오피스텔을 사업용에서 주택으로 변경한 내부 인테리어공사 등 내역은 없다.   3) 청구인이 쟁점오피스텔을 업무용으로 보아 사업자등록을 하고 부가가치세 등을 신고·납부하였거나 쟁점오피스텔의 임대차계약서 특약사항에 ‘쟁점오피스텔은 업무용으로 전입신고는 불가하다’는 내용을 넣었다는 사정이 있다고 하여 이를 달리 보기는 어렵다(조심-2019-서-2012). 즉, 업무시설로 표기되었더라도 주거용으로 사용하였다면 주택이다.   4) 조사 당시 쟁점오피스텔은 임차인 J에게 임대를 주고 있었으며 해당 임대차계약서에는 업무시설로 임차인은 전입신고를 할 수 없다고 되어 있으나 특약사항을 살펴보면 주택에 해당하는 특약사항(실내흡연 및 애완동물 사육을 금함, 화장실 및 주방수전교체 등)이 있으며,    임차인 J은 쟁점오피스텔을 다시 단기임대주택으로 임대를 하고 있었으며 “시설물 단기 사용계약서”내용을 살펴보면 퇴실 청소비에 침구 세탁비와 TV/인터넷/와이파이까지 포함한 풀옵션 원룸으로 전대를 주고 있어 현재 주택으로 확인된다.   5) 임차인 큐피엠 주식회사 대표자 K과의 계약서 상 특약사항에는 “임차인은 주민등록전입신고를 할 수 없음”을 명시하고 있어, 큐피엠 주식회사 대표자 K에게 문의한바, 쟁점오피스텔을 “숙소”로 사용하였으며 사무실로 사용하지 않았다는 답변을 받았다.    청구인은 큐피엠 주식회사가 쟁점오피스텔에 전입하여 사업을 하였다고 주장하였으나, 쟁점오피스텔 계약기간은 2021.8.6.∼2022.8.5.로 계약대로라면 큐피엠 주식회사가 2021.8월경에는 전입을 하여야 하나 큐피엠 주식회사는 서울 송파 방이동 180-27번지 해대그린피아빌라트 401호 3-12호에서 사업을 계속하였으며 2022.5.2. 쟁점오피스텔에 전입하고 그 이후 회사의 실적이 없었는바, 이는 쟁점오피스텔을 사업장으로 사용하지 않았다는 방증이 된다.    청구인은 세금계산서를 발행하였다고 항변하나, 이는 쟁점양도주택 양도일 이후의 상황이며, ○○○세무서 재산세과에서 쟁점양도주택의 신고서 검토를 하며 쟁점오피스텔의 사용 경위에 대한 연락을 받은 후이기도 하며 세금계산서를 발행하기는 하였으나 오피스텔 월세계약서상 특약사항 “실내흡연 및 애완동물 사육을 금함” 등의 내용을 미루어 주택임을 인지하고 있었다.   6) 청구인은 2013.3월경부터 쟁점양도주택 양도 당시(2020.12.22.)까지 대부분의 주거 생활을 군포 언니 집에서 생활하였다며 거주 사실확인서(L)를 제출하였으며,    양도 당시 쟁점오피스텔을 짐을 보관하는 창고로 사용하였으며 군포에 있는 언니 집에서 삼성역에 있는 F로 출·퇴근 하였다고 주장하였으나, 운전을 하지 못한다는 청구인이 언니 집 군포금강펜테리움센트럴파크1차아파트 101동 1001호(84.45㎡)(2020.04월∼2021.06월)와 군포당동 무지개마을대림아파트 111동 604호(84.87㎡)(거주기간 2013.03월~2018.05월)에서 삼성역까지 출·퇴근을 하였다는 어떠한 증빙도 제출하지 못하였으며,    군포 언니 집에서 생활방식 및 생활비 부담에 대한 어떠한 자료도 제출하지 못하였다. 특히나 군포당동 무지개마을대림아파트 111동 604호(84.87㎡)는 방 3개로 언니 내외(방1), M(언니 딸 94년생, 방2), N(언니 아들 96년생, 방3)로 거주할 방이 없어 보인다.    청구인의 2020년10월∼2020년12월의 교통카드 사용내역을 확보한바 쟁점오피스텔에서 삼성역의 F로 출근하고 F에서 쟁점오피스텔로 퇴근한 사실을 확인하였다.   7) 청구인은 쟁점오피스텔을 청구인 가족들의 필요 없어진 짐들을 둘 장소가 필요하며, 청구인의 화실로 활용하기로 했다고 주장하나, 이민을 간 가족들의 필요 없어진 짐을 보관하고 화실로 활용한다는 것은 상식적으로 납득하기 어렵다.   8) 청구인의 교통카드 출‧퇴근내역을 살펴보면 거의 매일 아침 7시 전후 출근하여 오후 6시 전후 퇴근하는 루틴이 확인되고 있다. 다. 청구인은 양도 당시 쟁점오피스텔에서 생활하며 직장까지 출퇴근하였음에도 책임을 ○○○세무서에 전가하는 것은 납득할 수 없다.    청구인은 양도 당시 쟁점오피스텔에서 직장인 포스코빌딩까지 출‧퇴근한 사실을 확인하고 해당 내역을 청구인에게 확인하여 청구인이 쟁점오피스텔에서 거주한 사실을 확인하였으며 이에 쟁점오피스텔을 주택으로 보아 양도소득세를 과세하게 되었다. 4. 심리 및 판단  가. 쟁점    (쟁점1)중복세무조사로 위법하다는 청구주장의 당부    (쟁점2)양도 당시 청구인이 공부상 사업용 업무시설인 쟁점오피스텔을 주거용으로 사용하지 않았다는 청구주장의 당부    (쟁점3)처분청의 업무해태로 인하여 자료가 지연 처리되었음에도 청구인에게 가산세를 부과한 것은 부당하다는 청구주장의 당부  나. 관련법령  1) 국세기본법 [시행 2020.1.1.][제16841호, 2019.12.31.]    제2조【정의】     21. "세무조사"란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 "장부등"이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.    제14조【실질과세】    ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.    제48조【가산세 감면 등】    ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.     2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우    제81조의4【세무조사권 남용 금지】    ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.     1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우   2) 소득세법 [시행 2020.1.1.][제16834호, 2019.12.31.]    제88조 【정의】     7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.    제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】    ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.    ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.  다. 사실관계   1) 청구인에 대한 이 건 양도소득세 과세처분 경과 내역은 다음과 같다.   가) 청구인은 2020.12.22. 분당구 정자동 소재의 쟁점양도주택을 1,580,000,000원에 양도하고 2020.12.29. 1세대1주택(고가주택) 비과세를 적용하여 양도소득세를 신고하였다. 당시 청구인의 관할서인 ○○○세무서는 쟁점양도주택 양도 당시 청구인이 소유하던 송파구 잠실동 소재의 쟁점오피스텔을 장기임대주택으로 보아 청구인의 1세대 1주택 비과세 신고를 신고시인 결정하였으나,   나) 2021.10.19.부터 2021.11.15.까지 부산지방국세청의 ○○○세무서에 대한 종합감사 결과, ‘고가주택 양도 시 양도주택 외 주거용 오피스텔을 소유하여 2주택자이나 1세대 1주택 비과세를 적용하여 신고’한 혐의가 있는 것으로 확인되어, ○○○세무서는 당시 청구인의 관할서인 처분청에 2021.12.28. ‘종합감사 결과 권고사항 통보에 따른 양도소득세 자료통보’를 하였다.   다) 이에 처분청은 2023.10.12. 위 자료에 대해 “과세하지 않음”으로 처리하였으나, 2023.10.10.부터 2023.10.27.까지 대구지방국세청의 ○○○세무서에 대한 종합감사 결과, 위법·부당한 업무처리에 대하여 2024.1.4. 처분지시서를 통보하였다.   라) 대구지방국세청의 처분지시 통보에 따라, 2024.1.18. ○○○세무서는 처분청에 과세자료를 생성하여 파생하였고, 처분청은 2026.3.25. 조사착수 하여 2026.4.13. 세무조사결과 통지하였으며, 2026.4.14. 청구인은 조기결정신청서를 제출하여 처분청은 2024.4.16. 이 건 양도소득세를 고지하였다.   2) 청구인은 2004.4.1. 쟁점오피스텔을 취득하고 2004.4.13. 일반 임대사업자 등록을 하였다.   가) 쟁점오피스텔은 공부상 업무시설 및 근린생활시설로 되어있다.     나) 청구인의 쟁점오피스텔 취득 당시부터 현재까지의 임대 내역은 다음과 같다   2) 청구인은 쟁점오피스텔을 주거용으로 사용하지 않았다고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제출하였다.   가) 청구인은 쟁점양도주택 양도 후, 주소지를 대구로 옮기고 실제는 군포 소재 언니 집에서 거주했다고 주장하고 있다.   나) 청구인은 청구인의 남편과 자녀들이 2011년 이민을 가게 되어, 청구인은 쟁점오피스텔을 필요 없는 짐을 보관하고, 청구인이 그림을 그리는 화실로 사용하였다고 주장하면서 관련 사진을 제출하였다. ※ 주택별 거주 이력 상, 2011.9.7.부터 양도시까지 쟁점양도주택에서 청구인의 거주 이력은 없으며, 2012.4.7.∼2013.3.11. 출국 상태였던 것으로 확인됨   다) 이민을 갔던 청구인의 남편이 2018년 귀국하게 되면서 봉천동 오피스텔에서 같이 거주했다고 주장하면서 당시 관리사무소장의 사실확인서를 제출하였다. ※ 청구인이 제출한 봉천동 오피스텔 임대차계약서상 임대기간은 2018.7.10.∼2019.7.10.로 기재되어 있고, 전입신고 되어 있지 않아 실제 거주기간을 확인 할 수 없음    4) 처분청은 청구인이 쟁점양도주택 양도 당시 쟁점오피스텔을 주거용으로 사용했다고 주장하고 있다.    가) 처분청은 쟁점오피스텔이 공부상 업무용이기는 하나, 화장실, 취사시설이 설치되어 있어 실제 주거용으로 사용되었다고 주장하면서 내부 사진을 제출하였다.   나) 청구인은 양도 당시 언니 L의 군포 자택에서 거주하였다고 주장하나, 처분청은 당시 언니 집(군포금강펜테리움센트럴파크)에서 청구인의 직장인 삼성동 포스코센터까지 대중교통으로 약 1시간 20분 정도 W(청구인은 운전을 못함),   다) 처분청은 청구인의 교통카드 사용내역 확인한바, 양도 당시 쟁점오피스텔에서(잠실새내역)에서 직장(선릉역)으로 출퇴근한 내역이 확인되므로 청구인은 군포의 언니 집이 아닌 잠실의 쟁점오피스텔에서 거주했다고 주장한다.  라. 판단   1) 쟁점1에 대하여    「소득세법」제114조제2항에 의하면, 납세지 관할세무서장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정하고, 같은 조 제3항에 의하면, 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다고 규정하고 있다. 이는 신고납세 방식인 양도소득세의 특성상 과세관청에게 신고 내용을 사후적으로 시정할 수 있도록 한 것으로 해석 할 수 있다.    한편 「국세기본법」제81조의4는 세무공무원이 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서만 세무조사를 하여야 하고(제1항), 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여는 원칙적으로 재조사를 할 수 없되(제2항), 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등 각 호의 사유에 해당하는 때에는 예외적으로 재조사가 허용됨을 규정하고 있다.    처분청이 신고내용에 대하여 내부적으로 서면 검토를 거쳐 잠정적으로 처리하였을 뿐 납세자에게 세무조사 사전통지 등 정식 절차를 거치지 아니한 경우에는 이를 세무조사로 볼 수 없고, 그 후 감독기관의 감사지적에 따라 당초 처리의 오류를 시정한 것은 세무조사에 의한 처분에 해당하지 않는바(조심 2016서0085, 2016.5.2. 참조),    세무조사에 해당하는지 여부는 ① 세무조사 사전통지 등 국세기본법이 정한 절차를 거쳤는지, ② 조사의 대상과 범위가 신고 내용 전반에 걸친 것인지 아니면 특정 항목에 국한된 단순 서면 확인에 그친 것인지, ③ 상당한 기간에 걸쳐 질문·조사권이 행사되었는지, ④ 그 결과가 세무조사 결과통지의 형태로 납세자에게 고지되었는지 등을 종합하여 실질적으로 판단하여야 한다.    청구인은 이 건 양도소득세 부과 처분이 중복 조사에 따른 과세처분으로 위법하다고 주장하나,    2021년 관할세무서가 청구인의 신고 내용(비과세 적용의 적정 여부) 서면 검토 과정에서 청구인에게 자료 제출을 요구한 사실은 인정되나, 청구인에게 국세기본법이 정한 세무조사 사전통지가 이루어진 사실이 없고, 상당 기간에 걸쳐 질문·조사권이 실질적으로 행사되었다거나 현장조사 등이 수반되었다고 볼 수 없으며, 그 처리 결과 또한 정식 세무조사 결과 통지가 아닌 내부적으로 신고시인 처리로 그쳤다.    이러한 사정을 종합하면 당초의 서면 검토는 국세기본법상 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 수 없고 그 이후에 이루어진 이 건 세무조사는 ‘재조사’ 내지 ‘중복조사’라 할 수 없다.    설령 당초 서면 검토의 실질을 세무조사에 준하는 것으로 본다 하더라도, 이 건 세무조사는 업무감사 결과 당초 검토상의 착오 또는 오류가 지적됨에 따라 이를 시정하기 위하여 이루어진 것으로서, 「국세기본법」제81조의4 제2항이 정한 재조사 예외사유(조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 확인된 경우 등)에 해당할 수 있다.    따라서 이 건 처분이 중복조사금지 원칙에 위배되어 위법하다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구인에게 한 이 건 양도소득세 부과 처분은 잘못이 없다고 판단된다.   2) 쟁점2에 대하여    「소득세법」제89조제1항제3호는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족한 때에는 이를 비과세 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제154조제1항은 그 보유기간 등 세부 요건을 정하고 있다. 한편, 같은 법 제88조제7호는 ‘주택’이란 허가 여부나 공부상의 용도 구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다고 정의하고 있다.    주택을 양도한 자가 다른 건물을 소유하고 있는 경우 그 건물이 소득세법상 ‘주택’에 해당하는지 여부는 공부상 용도 구분과 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 설령 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다 하더라도 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로 적합한 상태에 있고 주거 기능이 그대로 유지·관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물이라면 이를 주택으로 보아야 한다(대법원 2005.4.28. 선고 2004두14960 판결, 대법원 2014.3.27. 선고 2013두24945 판결 등 참조).    특히 양도 당시 공실 상태인 오피스텔의 경우, 내부 시설 및 구조 등을 주거용으로 변경하지 아니하고 업무용으로 사용승인된 형태를 그대로 유지하고 있다면 주택으로 보지 아니하나, 상시 거주가 가능한 화장실·샤워시설·싱크대 등을 갖추어 주거용으로 사용 가능한 상태를 유지하고 있다면 이를 주택으로 본다(조심 2018서1973, 2018.10.2.).    이 사건에서, 처분청이 제시한 쟁점오피스텔의 내부 사진을 보면, 화장실, 샤워실 및 취사시설을 갖추고 있어 그 구조·시설 자체로 상시 거주가 가능한 형태를 이루고 있으며, 쟁점양도주택 양도 당시 쟁점오피스텔은 공실 상태였던바, 이는 위 판단 기준상 주거용으로 사용 가능한 상태가 유지된 경우에 해당한다고 볼 수 있다.    나아가 처분청의 조사내용에 따르면, 쟁점양도주택 양도 당시 청구인의 교통카드 사용 내역상 쟁점오피스텔 소재지에서 근무지까지 통근한 내역이 다수 확인되는데, 이는 청구인이 쟁점오피스텔에서 일상적으로 기거하였음을 뒷받침하는 객관적이고 신빙성 있는 자료에 해당한다고 할 것이다.    청구인은 쟁점오피스텔을 화실로 사용하면서 간헐적으로만 취침하였을 뿐 실제 거주지는 군포의 언니 집이었다고 주장하나, 이를 뒷받침할 구체적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있고,    청구인이 실제 거주하였다고 주장하는 언니 집에서 근무지까지는 대중교통으로 약 1시간 20분이 소요되어 통상적인 출퇴근 경로로 보기 어려운 반면 쟁점오피스텔에서 직장까지는 대중교통으로 약 25분이 소요되어 청구인이 당시 공실이었던 쟁점오피스텔에서 실제 상시 거주하여 통근하였을 개연성이 훨씬 크다고 하겠다.    비과세 요건에 해당하는 사실에 대한 증명 책임은 원칙적으로 그 적용을 주장하는 청구인에게 있다 할 것인데 청구인은 위와 같은 정황을 해소할 만한 구체적 증빙을 제시하지 못하고 있으므로,    처분청이 쟁점오피스텔을 사실상 주거용으로 사용된 건물로 보아 청구인의 1세대1주택 비과세 적용을 배제하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.   3) 쟁점3에 대하여    청구인은 처분청이 소멸시효 5년이 거의 완성된 시점에 이르러서야 이 건 양도소득세를 부과하였는바, 청구인에게 잘못된 신고가 인정된다고 하더라도 이러한 잘못된 신고를 바로잡을 기회를 5년 동안이나 해태한 과세관청에 책임이 있으므로 이 건 가산세 부과는 취소되어야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다.    쟁점오피스텔의 실제 사용 현황이 주거용임이 조사 결과 확인되고, 청구인이 이를 업무용으로 신고할 수밖에 없었던 불가피성이 인정되지 아니하는 이상, 신고 내용의 하자에 대한 제재인 신고불성실가산세 부과는 정당하다.    또한 납부지연가산세는 미납부 세액에 대하여 법정납부기한 다음 날부터 납부일(또는 고지일)까지의 기간에 비례하여 부과되는 것으로서, 그 성격상 지연이자 상당액을 확보하기 위한 것이다. 이는 과세관청의 시정조치 시점과 무관하게 국가가 정당한 세액을 그 법정기한까지 지급 받지 못한 데 따른 손실을 보전하기 위한 것이므로 부과제척기간 내에서 언제 그 시정조치가 이루어졌는지는 원칙적으로 납부지연가산세의 정당성 유무에 영향을 미치지 아니한다 할 것이다.    국세기본법이 정한 부과제척기간은 과세관청에게 그 기간 내에서는 언제든지 세무조사 및 시정조치를 할 수 있는 재량을 부여한 것이므로, 처분청 내부에서 처분지시가 조기에 이행되지 아니하고 수년이 경과한 후 처리되었다는 사정만으로는 이를 통상적으로 예정된 과세관청의 사무 처리 범위를 벗어난 것이라거나 청구인에 대한 신의칙 위반에 해당한다고 보기 어렵다.    따라서 신고시인 처리가 이루어졌다는 사정만으로 청구인에게 향후 과세되지 아니할 것이라는 신뢰가 부여되었다거나 그러한 신뢰가 보호가치 있는 공적 견해표명에 해당한다고 볼 수도 없으므로, 처분청이 가산세를 포함하여 이 건 양도소득세 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 5. 결 론    이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 같은 법 제66조 제6항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.