흡수합병시 피합병법인의 주식 취득가액에서 합병으로 승계한 피합병법인의 순자산가액을 차감한 금액이 손금에 해당하는지

요지 모회사가 완전자회사를 흡수합병하면서 모회사가 보유하는 완전자회사의 주식에 대하여 합병신주를 배정하지 않는 것은, 합병으로 인하여 취득한 자기주식을 소각한 경우와 실질적으로 같고, 이 사건 합병은 결손금이 누적된 피합병법인을 인수하여 잔존사업을 폐지하는 것으로 자본거래에 불과하여 법인세법 제19조의 손금으로 인정할 수 없음 판결내용 판결 내용은 붙임과 같습니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ?   사 건 2025누9133 법인세 경정거부처분 취소청구 원 고 ○○ 주식회사 피 고 ○○세무서장 변 론 종 결 2026. 06. 17. 판 결 선 고 2026. 08. 19.   주 문   1. 원고의 항소를 모두 기각한다.   2. 항소비용은 원고가 부담한다.       청구취지 및 항소취지   제1심판결을 취소한다. 피고가 2024. 4. 6. 원고에게 한 2018 사업연도 법인세***,***,***,***원 및 농어촌특별세 ***,***,***원, 2019 사업연도 법인세*,***,***,***원 및 농어촌특별세 *,***,***원, 2020 사업연도 법인세 **,***,***,***원의 경정거부처분을 모두 취소한다.     이 유   1. 제1심판결의 인용   원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심 및 당심에 제출된증거를 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는, 원고가 이 법원에서 강조하거나 추가하는 주장에 관하여 아래제2항 기재 판단을 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 인용한다.   2. 추가 판단   가. 이 사건 합병의 법적 성격 합병은 합병법인이 피합병법인의 주주들에게 보유 주식에 대한 대가로 합병법인의 주식을 지급하고 피합병법인의 자산을 포괄승계하면서 기업조직을 변경하는 자본거래를 주된 내용으로 한다. 갑 제4 내지 8호증, 을 제3, 4호증의 각 기재에 의하면 원고는 @@@@을 합병한 것은 합병을 통해 계열회사간의 지배구조를 단순화하여 경영 효율성을 제고하고자 하는 목적임을 밝히고 있고, 원고가 이 사건 합병을 통하여 승계한@@@@의 순자산 21,796,846,436원 중 @@@@이 보유하고 있던 &&&&해운의 주식이 21,658,900,441원 상당으로 승계한 순자산의 대부분을 차지하고 있는 사실, 이 사건 합병 전에는 모회사인 원고가 @@@@을 자회사로, &&&&해운을 손자회사로 하는 지배구조였던 것이, 이 사건 합병을 통하여 원고가 모회사로서 &&&&해운을 자회사로 하는 지배구조로 변경된 사실을 인정할 수 있다.   이러한 점에 비추어 볼 때, 법인세법이 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되면서 피합병법인에 대한 과세와 관련하여 제44조 제1항에서 피합병법인이 합병법인에 자산을 양도한 것으로 보아 양도손익에 대하여 과세하는 것으로 변경됨에 따라 법인세법상 합병이 피합병법인의 자산을 감소시키는 손익거래의 성격을 가지는 면이 있게 된다고하더라도, 이로 인하여 자본거래를 주된 내용으로 하는 합병의 법적성격이 손익거래로변경된 것이라거나 법인세법이 합병으로 인한 합병법인의 투자손실을 손익거래로 규율하는 입장으로 변경된 것으로 볼 수는 없다.   나. 합병과 관련한 구 법인세법령의 규정 1) 구 법인세법은 이 사건 합병과 같이 모회사가 100% 주식을 보유하고 있는 자회사를 합병하는 경우의 피합병법인에 대한 과세와 관련하여, 제44조 제3항 제1호에서‘내국법인이 발행주식 총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우’에는 적격합병으로 보아 합병에 따른 양도손익이 없는 것으로 할 수 있도록 규정함으로써 피합병법인이 합병에 따른 과세이연을 할 수 있도록 규정하고 있고, 위와 같은 적격합병 시 합병법인에 대한 과세와 관련하여서도 제44조의3, 같은 법 시행령 제80조의4 제1항에서, 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하고, 이 경우 장부가액과 합병등기일 현재의 시가와의 차액을 자산조정계정으로 계상하도록 하여 적격합병시 발생한 자산 양도차익에 대하여 합병 시점에서 즉시 과세하지 않고 자산을 처분하는 때로 과세이연을 할 수 있도록 규정하였다. 구 법인세법은 적격합병에 따른 합병법인 및 피합병법인의 양도손익을 합병등기일 사업연도의 손금이나 익금으로 산입하지 않도록 규정하고 있는 것이다.   2) 또한 구 법인세법 시행령 제80조의4 제1항 제2호는 적격합병 시 합병법인에 대한 과세와 관련하여, 합병법인이 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 않고 소멸한다고 규정하고 있다. 즉 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식을 전부 보유하다가 합병을 하면서 합병비율에 따라 보유하던 피합병법인 주식에 대체되는 합병법인의 주식을 취득하여 소각하는 경우, 이를 손금에 산입할 수 없도록 규정한 것이다. 위와 같이 합병법인이 보유하던 피합병법인 주식에 대하여 합병법인 신주를 할당한 후에 소각하는 것은 합병법인이 합병하면서 이미 보유한 피합병법인 주식을 소각하는 경우와 실질적으로 동일하므로 합병법인이 합병을 통하여 보유하던 피합병법인의 주식이 소멸하여 발생하는 차손익은 이를 손금에 산입할 수 없다고 봄이 타당하다.   3) 구 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(2018. 3. 27. 법률 제15549호로 개정되기전의 것, 이하 ‘구 자본시장법’이라 한다) 제165조의4 제2항에 의하면, 주권상장법인은 다른 법인과 합병 등을 하는 경우 투자자보호 및 건전한 거래질서를 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 외부평가기관으로부터 합병 등의 가액 등에 관한 평가를 받아야 하나, 구 자본시장법 시행령(2018. 10. 30. 대통령령 제29269호로 개정되기 전의것) 제176조의5 제7항 제2호 나목 단서에 의하면, 다른 회사의 발행주식 총수를 소유하고 있는 회사가 그 다른 회사를 합병하면서 신주를 발행하지 아니하는 경우에는 합병가액의 적정성에 대한 외부평가기관의 평가를 요구하지 않는 것으로 규정하고 있다. 이 사건 합병은 위 시행령 제176조의5 제7항 제2호 나목 단서에 따라 @@@@ 발행주식의 총수를 소유하고 있는 원고가 신주 발행 없이 @@@@을 합병함으로써 외부평가기관의 평가를 거치지 않은 채 합병비율을 1:0으로 정한 것이다. 따라서 모회사가 자회사 주식의 100%를 보유하지 않고 모회사 이외에 피합병법인의 주식을 일부라도 소유하는 다른 주주가 있는 경우라면, 모회사가 자회사를 합병하는 경우라도 외부평가기관의 평가에 따라 합병회사와 피합병회사의 합병비율이 정해지고 이에 따라 모회사가 보유한 자회사 주식에 대하여 합병비율에 따른 모회사 주식을 발행한 후 이를 소각하게 되고 이는 손금으로 산입할 수 없는바, 이러한 경우와 비교하여 보더라도 모회사가 자회사 주식의 100%를 보유하였다가 무증자합병으로 위 자회사 주식이 소멸함에 따른 손실을 손금으로 처리하는 것은 법인세법이 상정하고 있는 경우라고 볼 수 없다.   다. 당심에서 추가된 원고의 주장에 대한 판단 1) 원고는, 완전자회사의 주식에 대하여 합병신주를 배정하지 않은 것을 합병으로 인하여 취득한 자기주식을 소각한 경우와 실질적으로 다르지 않다고 보는 것은 대법원2017두66244 판결에 의하여 명시적으로 배척된 법리라고 주장한다. 살피건대, 위 대법원 판결은 합병회사가 합병과정에서 합병회사의 주식을 시가보다 높게 평가하고 피합병회사의 주식을 시가보다 낮게 평가하여 피합병회사 주식에 대한 합병신주를 적게 배정함으로써 피합병회사의 주주들이 특수관계에 있는 합병회사주주들에게 이익을 분여한 것으로 보아 증여세를 부과한 것이 적법하다고 판단한 사안으로, 위 판결 이유에 “합병회사가 보유하던 피합병회사의 주식에 대하여 합병신주를배정받아 이를 자기주식으로 상당한 기간 보유한 이상 이에 대하여 합병신주를 배정받지 않거나 합병신주를 배정받아 합병과 동시에 이를 소각한 경우와 동일하게 취급할 수 없다”는 내용이 들어가 있는바, 위 판결 이유 부분은 합병회사가 보유하던 피합병회사 주식에 대하여 합병신주를 배정받지 않거나(즉 피합병회사의 주식이 소멸하는 경우)와 합병신주를 배정받아 합병과 동시에 소멸한 경우는 동일한 경우로 보면서, 위 경우는 모두 합병신주를 배정받아 상당한 기간 보유한 경우와는 다르다고 판시한 것으로 위 대법원 판결이 완전자회사의 주식에 대하여 합병신주를 배정하지 않은 경우와 합병으로 인하여 취득한 자기주식을 바로 소각한 경우를 달리 보아야 한다고 판시한 것으로 볼 수는 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다. 2) 원고는, 조세심판원 2026. 4. 9. 자 조심 2024구546 결정에서, 완전자회사간 무증자합병과 관련하여 피합병법인의 주식이 합병신주로 대체됨이 없이 소멸한 경우에 모회사는 피합병법인의 주주로서 무증자합병으로 인하여 주식을 교부받지 못하고 보유하던 피합병법인 주식이 소멸하게 되는데, 이 경우 모회사가 합병법인의 주주라는 이유로 당해 피합병법인 주식가액을 합병법인 주식가액에 가산할 법령상 근거가 없으므로, 손금에 대한 일반 규정인 법인세법 제19조에 따라 판단되어야 하고, 따라서 무증자합병을 함에 따라 합병신주로 대체됨 없이 피합병법인의 주식이 소멸함으로써, 모회사의 입장에서 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하여 손익이 확정되는 것으로 볼 수 있어 이는 손금에 산입하여야 한다고 판단하였는바, 위와 같은 판단에 비추어 보더라도 이 사건 투자손실은 손금에 산입하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 위 사안은 2017. 10.경 이루어진 완전자회사간 무증자합병과 관련한 경우로 위 사안에서 모회사는 합병의 당사자가 아닌 합병법인과 피합병법인의 주주로서의 지위만을 갖는바, 모회사가 피합병법인의 주주이자 합병 당사자로서 피합병법인을 합병하는 이 사건과는 사실관계를 달리 하므로, 위 사안에 비추어 이 사건 투자손실이 손금에 산입되어야 한다고 볼 수는 없으므로 원고의 위 주장도 이유 없다(법인세법 시행령이 2024. 2. 29. 대통령령 제34266호로 개정되면서 제72조 제5항 제1의3호가 신설되어, 완전자회사간 무증자합병의 경우 소멸한 피합병법인 주식의 취득가액(장부가액)을 합병법인 주식의 장부가액에 가산하도록 명시함으로써, 위 시행령 적용 이후에는 완전자회사간의 무증자합병에서도 피합병법인 주식의 장부가액은 합병 당해 연도의 손금으로 처리되는 것이 아니라 합병법인 주식의 장부가액에 가산되어 해당 주식을 향후 처분하는 시점에 손익으로 반영하도록 규정하였다).   3. 결론 그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.