사내이사인 법인 대표이사의 배우자에게 지급한 급여의 손금 여부

요지 대표이사의 배우자가 사내이사로 등기되었으나 임원으로서 역할을 실제 수행하지 아니하였으므로 관련 인건비는 손금불산입하고 소득처분함 판결내용 판결 내용은 붙임과 같습니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 사 건 2026누3059 법인세등부과처분취소 원 고 주식회사 파AA 피 고 ○○세무서장 변 론 종 결   판 결 선 고 2026. 8. 28.   주 문   1. 원고의 항소를 기각한다. 2. 항소비용은 원고가 부담한다.   청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. 9. 25. 원고에 대하여 한 소득자 □□에 관한 2020년 귀속 소득금액변동통지 *원, 2021년 귀속 소득금액변동통지 □□원 및 2022년 귀속 소득금액변동통지 □□*원을 모두 취소한다.   이 유   1. 처분의 경위 가. 원고는 전자부품 도․소매업을 영위하는 법인으로 ○○는 2008. 3. 21. 대표이사로 취임하여 2024. 10. 28. 사임하였고, ○○의 배우자 □□은 2008. 3. 21.부터 2014. 3. 21.까지는 감사로, 2014. 3. 21.부터 2024. 10. 28.까지는 사내이사로 등기되어 있었다. 나. 원고는 2019 내지 2021 사업연도에 □□에게 급여로 지급한 합계 **원의 급여(이하 ‘이 사건 급여’라고 한다)를 손금으로 계상하여 법인세를 신고하였다. 다. 서울지방국세청장은 2023. 6. 부터 2023. 8. 까지 원고의 2019 내지 2021 사업연도에 대한 법인세 통합세무조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시하였고, 이 사건 급여가 가공인건비라는 조사결과를 피고에게 통보하였다. 라. 피고는, 원고에게 근로를 제공하지 아니하였음에도 □□에게 지급된 이 사건 급여는 원고의 사업과 관련하여 지출된 것이 아니라는 이유로 이를 손금불산입하고, 2023. 9. □□이 원고의 발행주식 3,000주(15%)를 취득하여 보유하였던 2019 사업연도 *원, 2020 사업연도 *원을 각 배당으로, □□이 위 발행주식을 ○○에게 모두 증여한 이후인 2021 사업연도 *원을 기타소득으로 각 소득처분하고, 원고에게 소득처분에 따라 청구취지 기재와 같은 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).   2. 관계 법령 별지 기재와 같다.   3. 원고의 주장 가. □□은 2019 내지 2021 사업연도에 원고의 주요 의사결정에 참여하고, 영업부의 계약을 검토하였으며, 대표이사였던 ○○를 위해 운전을 담당하는 등의 방법으로 원고의 비상근이사로서 근무하였다. 따라서 이 사건 급여는 손금에 산입되어야 할 것이므로, 소득처분의 대상이 되지 아니한다. 나. 이 사건 급여가 소득처분의 대상이 된다고 하더라도, □□은 등기된 사내이사로서 원고의 ‘임원’에 해당하므로 배당이나 기타소득이 아니라 상여로 소득처분되어야 한다.   4. 이 사건 처분의 위법 여부에 관한 판단 가. □□이 원고에게 근로를 제공하였는지 여부 1) 관련 법리 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청인 피고가 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자인 원고에게 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가는 것이므로 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있고, 다만 구체적 비용항목에 관한 입증의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자측에 그 입증책임을 돌리는 경우가 있다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결 등 참조). 한편, 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 과세요건 사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 서명·날인되었다거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수는 없다(대법원 1998. 5. 22. 선고 98두2928 판결, 대법원 2008. 9. 25. 선고 2006두8068 판결 등 참조).   2) 구체적 판단 앞서 든 증거, 갑 제7, 8호증, 을 제2, 3, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정을 위 법리에 비추어보면, □□이 2019 내지 2021 사업연도에 원고에게 실제로 근로를 제공하였다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 급여는 손금에 산입될 수 없고, 법인세법 제67조에 따른 소득처분의 대상이 된다고 봄이 타당하다. 가) 원고의 대표이사였던 ○○는 이 사건 조사 당시 “본인은 원고의 대표이사로서 … 자유로운 상태에서 임의로 아래의 사실을 확인합니다.”, “당사는 ‘19년 ~ ’22년 업무내용이 확인되지 않는 주주 및 임원 □□에게 급여를 지급한 사실이 있으며, 그 내용은 아래와 같습니다”라는 기재와 함께 이 사건 급여 지급 내역이 구체적으로 기재된 확인서에 서명 및 날인하였다. 원고는, ○○가 극심한 압박 속에서 조사를 조속히 종결시킬 목적에서 위 확인서에 서명하였을 뿐만 아니라, “업무내용이 확인되지 않는”이라는 문구를 ‘□□이 근로를 제공하기는 하였으나, 어떠한 업무를 담당하였는지는 잘 모른다’는 의미 정도로 이해한 상태에서 서명하였으므로, 위 확인서의 내용에 신빙성을 인정할 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 “업무내용이 확인되지 않는다”는 문언은 그 자체로 근로제공 사실이 없다는 의미로 해석할 수 있는 점, ○○가 당시 □□이 ○○의 출퇴근 및 업무 이동 시 운전을 담당하고, 회사의 주요 의사결정에도 참여하였다고 주장하고 있는 점에 비추어 □□의 담당 업무를 잘 알지 못하였다는 ○○의 해명은 설득력이 없어 보이는 점, 원고 스스로 인정하는 바와 같이 ○○는 세무대리인의 조력을 받는 상태에서 이 사건 확인서를 작성하였고, 이와 달리 이 사건 확인서가 ○○의 의사에 반하여 강제로 작성되었다고 볼 만한 사정이 없는 점 등에 비추어 원고의 위 주장은 이유 없다. 나) 아울러 당시 원고의 사무실 내 □□의 업무 공간은 마련되어 있지 아니하였고, □□의 지휘·감독을 받는 직원이 누구인지도 불분명하다. 또한 원고의 조직도상으로 □□의 담당업무는 ‘영업지원, 관리’로 되어 있는데, 같은 조직도상 □□과 동일한 업무를 담당하는 이사(△△)가 별도로 있었다. 다) 원고는, □□이 회사 관리 노하우를 활용하여 영업부의 각종 계약에 관하여 검토하였다고 주장하나, 원고의 주장에 의하더라도 □□이 담당하였다는 업무의 내용이 지나치게 추상적이고, 그 주장을 뒷받침할 업무 관련 이메일, 문서, 차량 운행 일지 등의 객관적 자료가 전혀 제출된 바 없다. 또한 원고는, □□이 ○○의 출퇴근과 업무 이동 시 차량을 운전함으로써 원고 회사의 운전기사로 종사하였다는 취지로도 주장하나, 원고가 주장하는 위 업무(운전기사)가 회사 조직도상 □□의 담당업무(영업지원, 관리)와 부합하지 아니하며, 운행일지, 배차일지, 주유내역 등 운전기사로서의 근무내역과 관련된 자료가 전혀 구비되어 있지도 아니하다(다만, □□과 ○○가 부부이므로 운전면허가 없는 배우자를 위하여 출퇴근 등 운전을 대신해 줄 수 있는 정도로 보일 뿐이다). 따라서 □□이 원고가 주장하는 바와 같은 근로를 제공하였다고 보기 어렵다. 라) 원고는 □□의 근로 제공 사실을 입증할 자료로 □□의 인장이 날인된 품의서와 □□의 인장이 날인된 원고의 2020. 12.자 및 2023. 7.자 이사회 의사록을 제출하였다. 그러나 위 품의서는 이 사건 처분과 관련된 사업연도 이전인 2017년, 2018년에 작성된 점, 위 품의서와 이사회 의사록 등에 날인된 도장의 인영이 다른 점, 비록 위 이사회 의사록에 □□의 인장이 날인되어 있기는 하나, 앞서 본 제반 사정에 비추어 □□이 그 이사회에 출석하여 의견을 제시하는 등 이사로서의 업무를 실제로 수행하였다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 위 자료들만으로는 □□이 원고에게 근로를 제공하였다고 인정하기 부족하다.   나. 이 사건 급여를 배당 또는 기타소득으로 처분하는 것이 타당한지 여부 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호는 법인세법 제67조에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자가 ‘주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)’인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당으로(가목), 귀속자가 ’임원 또는 직원‘인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로(나목), 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득으로(라목) 각 처분한다고 규정하고 있다. 한편, 구 법인세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33265호로 개정되기 전의 것) 제40조 제1항은 “임원”을 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 직무에 종사하는 자’라고 정의하면서, 제1호에서 ‘법인의 회장, 사장, 부사장, 이사장, 대표이사, 전무이사 및 상무이사 등 이사회의 구성원 전원과 청산인’을, 제2호에서 ‘합명회사, 합자회사 및 유한회사의 업무집행사원 또는 이사’를, 제3호에서 ‘유한책임회사의 업무집행자’를, 제4호에서 ‘감사’를, 제5호에서 ‘그 밖에 제1호부터 제4호까지의 규정에 준하는 직무에 종사하는 자’를 열거하고 있다. 위 시행령 제40조 제1항이 “임원”의 정의를 해당 조항에 한정하지 않고 그 이하의 조항에도 적용되는 것으로 규정하였으므로, 소득처분에 관하여 규정한 위 시행령 제106조 제1항 제1호 가목, 나목에 규정된 “임원”도 마찬가지로 제40조 제1항 각호에 해당하는 직무에 종사하는 자를 가리킨다고 보아야 할 것이다[이와 달리 원고는 법인세법 기본통칙 67-106…1, 과세관청의 유권해석 중 서이46012-10891(2003. 4. 30. 자)을 근거로 임원이 실질적으로 법인의 업무에 종사하지 아니한 경우에도 위 시행령 제106조 제1항 제1호 가목, 나목에 규정된 “임원”에 해당한다고 주장하나, 위 법인세법 기본통칙은 “출자임원에 귀속된 소득에 대하여는 그 소득금액이 출자의 비례에 의한 경우에도 그 임원에 대한 상여로 처분한다.”는 내용이고, 위 과세관청 유권해석은 비상근 출자임원에게 지급한 급여의 소득처분 가능 여부와 소득의 귀속시기에 관련된 것이므로, 임원이 실질적으로 법인의 업무에 종사하지 아니한 경우에도 위 시행령 제106조 제1항 제1호 가목, 나목에 규정된 “임원”에 해당하는지 여부에 관하여 명시적으로 규정하거나 해석한 내용이 아니고, 나아가 법령의 해석·적용기준에 관한 행정청 내부의 유권해석은 대외적으로 국민이나 법원을 구속하는 효력이 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다]. 그렇다면 앞서 본 바와 같이 □□이 원고 회사의 법인등기부상 그 임원(사내이사)으로 등기되어 있었다 하더라도 이 사건 처분의 해당 과세연도에 실질적으로 임원으로서의 직무에 종사하지 아니한 이상 □□을 위 시행령 제106조 제1항 제1호 가목, 나목에서 규정한 “임원”에 해당하는 것으로 볼 수 없다. 따라서 피고가 위와 같이 손금에 산입하지 아니한 이 사건 급여 상당액을 그 귀속자인 □□에게 상여가 아닌 배당(□□이 주주 또는 출자자의 지위에서 수령한 부분) 또는 기타소득(□□이 주주 또는 출자자의 지위를 상실한 이후에 수령한 부분)으로 각 소득처분한 것은 정당하다고 할 것이다.   5. 결론 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론이 같아 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.