조특법상 농어촌주택 취득시에도 거주자 및 그 배우자가 구성하는 1세대 요건이 적용되는지 여부

요지 비거주자 상태에서 농어촌주택등을 취득하고 거주자 상태에서 일반주택을 양도하는 경우 「조세특례제한법」 제99조의4제1항이 적용되지 않는 것임 회신 귀 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이, 「조세특례제한법」 제99조의4제1항의 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대 요건은 농어촌주택등을 취득하는 경우에도 적용되는 것입니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1. 사실관계 ○ 1999.11.10. 甲이 서울 노원구 상계동 A주택 취득 ○ 2008.12.18. 甲 및 그 세대원 해외출국하여 비거주자로 전환 ○ 2012.04.20. 甲의 배우자가 상속으로 B, C주택 취득   - C주택은 농어촌주택 특례의 요건을 갖춘 것으로 전제함 ○ 2017.07.03. B주택 양도 ○ 2021.04.02. 甲 및 배우자 거주자로 전환 ○ 2024.05.30. 甲이 A주택 양도   * 쟁점 외 농어촌주택 특례의 다른 요건은 모두 충족하는 것으로 전제함 2. 질의내용 ○ 「조세특례제한법」 제99조의4에 해당하는 농어촌주택 취득시에도 거주자 및 그 배우자가 구성하는 1세대 요건이 적용되는지 여부   - 구체적으로는 비거주자 상태에서 농어촌주택을 취득한 후 거주자 상태에서 일반주택 양도시 「조세특례제한법」 제99조의4에 따른 농어촌주택 특례가 적용되는지 여부 3. 관련법령 및 관련사례 〔1〕 「조세특례제한법」 □ 조세특례제한법 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】 ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2028년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」제89조제1항제3호를 적용한다.  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택”이라 한다)   가. 취득 당시 「지방자치분권 및 균형성장에 관한 특별법」제2조제13호에 따른 기회발전특구(인구감소지역 및 「접경지역 지원 특별법」제2조제1호에 따른 접경지역이 아닌 수도권과밀억제권역 안의 기회발전특구는 제외한다. 이하 이 조 및 제5장의11에서 "기회발전특구”라 한다)에 소재하거나 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것    1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.    2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조에 따른 도시지역. 다만, 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.    3) 「주택법」제63조의2에 따른 조정대상지역    4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제10조에 따른 허가구역    5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역   나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것 2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "고향주택”이라 한다)   가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것   나. 취득 당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역 (다음의 지역은 제외한다)에 소재할 것    1) 수도권지역    2) 「주택법」제63조의2에 따른 조정대상지역    3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역   다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것 □ 조세특례제한법시행령 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】 ① 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대”란 「소득세법」제88조제6호에 따른 1세대를 말한다. ⑬ 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간은 다음 각 호에 따라 계산한다.  1. 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에 따른 농어촌주택등취득기간 이내의 취득 또는 같은 항 제1호가목 및 제2호가목ㆍ나목에 따른 지역에 해당하는지 여부의 판정은 당초 농어촌주택등의 취득일을 기준으로 한다. 2. 농어촌주택등에서의 거주기간은 주민등록표상의 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다. 3. 농어촌주택등에서 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다. 〔2〕 「소득세법」 □ 소득세법 제88조【정의】 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.  6. "1세대”란 거주자 및 그 배우자(법률상 이혼을 하였으나 생계를 같이 하는 등 사실상 이혼한 것으로 보기 어려운 관계에 있는 사람을 포함한다. 이하 이 호에서 같다)가 그들과 같은 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 자[거주자 및 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학, 질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소에서 일시 퇴거한 사람을 포함한다]와 함께 구성하는 가족단위를 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 배우자가 없어도 1세대로 본다. □ 소득세법 제121조【비거주자에 대한 과세방법】 ② 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조제3호에 따른 국내원천 부동산소득이 있는 비거주자에 대해서는 제119조제1호부터제7호까지, 제8호의2및제10호부터제12호까지의 소득(제156조제1항 및 제156조의3부터 제156조의6까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득은 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조제8호에 따른 국내원천 퇴직소득 및 같은 조 제9호에 따른 국내원천 부동산등양도소득이 있는 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 분류하여 과세한다. 다만, 제119조제9호에 따른 국내원천 부동산등양도소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조제1항제3호ㆍ제4호 및 제95조제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다.