「조제특례제한법」 제98조의2 적용시 취득당시 법률에 따라 장기보유특별공제율을 산정하는 것인지

요지 「조제특례제한법」 제98조의2 제1항에 따른 지방 미분양주택의 보유기간 중에 「소득세법」제95조제2항 표2가 개정되어 양도하는 경우에는 개정된 법령에 따른 보유기간별 공제율을 적용하여 장기보유특별공제액을 산정하는 것 것임 답변내용 거주자가 「조세특례제한법」 제98조의2제1항에 따른 지방 미분양주택(이하 “지방 미분양주택)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제2항 각 표 외의 부분 본문에도 불구하고 장기보유특별공제액은 양도차익에 「소득세법」 제95조제2항 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액으로 하는 것입니다. 이 때 지방 미분양주택의 보유기간 중에 「소득세법」제95조제2항 표2가 개정되어 양도하는 경우에는 개정된 법령에 따른 보유기간별 공제율을 적용하여 장기보유특별공제액을 산정하는 것입니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ?                                                                       [문서번호] 사전-2025-법규재산-0161(2025.03.27.) [세목] 양도 [납세자회신번호] 법규과-625 [제 목] 「조제특례제한법」 제98조의2 적용시 취득당시 법률에 따라 장기보유특별공제율을 산정하는 것인지 [요 지] 「조제특례제한법」 제98조의2 제1항에 따른 지방 미분양주택의 보유기간 중에 「소득세법」제95조제2항 표2가 개정되어 양도하는 경우에는 개정된 법령에 따른 보유기간별 공제율을 적용하여 장기보유특별공제액을 산정하는 것 것임 [답변내용] 거주자가 「조세특례제한법」 제98조의2제1항에 따른 지방 미분양주택(이하 “지방 미분양주택)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제2항 각 표 외의 부분 본문에도 불구하고 장기보유특별공제액은 양도차익에 「소득세법」 제95조제2항 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액으로 하는 것입니다. 이 때 지방 미분양주택의 보유기간 중에 「소득세법」제95조제2항 표2가 개정되어 양도하는 경우에는 개정된 법령에 따른 보유기간별 공제율을 적용하여 장기보유특별공제액을 산정하는 것입니다. [관련법령] 조세특례제한법 제98조의2【지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 등 과세특례】 조세특례제한법 시행령 제98조의2【지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 과세특례】                                                                           1. 사실관계  ○ ’09.10.10. 지방미분양주택(A주택) 분양계약 및 계약금 납부    * 관할 지자체로부터 미분양주택 확인필  ○ ’21.01.01. 1세대1주택자에 대한 장기보유특별공제율 산정방식 변경    * 보유기간 1년 8%에서 보유‧거주기간 1년 각 4%로 변경  ○ ’25.01.17. A주택 양도 2. 질의내용  ○ 소득법§95② 표2의 개정으로 조특법§98의2 적용주택의 취득당시와 양도당시의 장기보유특별공제율 산정방법이 달라진 경우,   - 취득당시의 법령을 적용하여 장기보유특별공제율을 산정할 수 있는지 여부 3. 관련법령 및 관련사례 □ 조세특례제한법 제98조의2【지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 등 과세특례】  ① 거주자가 2008년 11월 3일부터 2010년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(2010년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)한 수도권 밖에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "지방 미분양주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제2항 각 표 외의 부분 본문과 같은 법 제104조제1항제3호에도 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다.   1. 장기보유특별공제액: 양도차익에 「소득세법」 제95조제2항 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액   2. 세율: 「소득세법」 제104조제1항제1호에 따른 세율  ② 법인이 지방 미분양주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「법인세법」 제55조의2제1항제2호 및 제95조의2를 적용하지 아니한다. 다만, 미등기양도의 경우에는 그러하지 아니하다.  ③ 부동산매매업을 경영하는 거주자가 지방 미분양주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 종합소득산출세액은 「소득세법」 제64조제1항에도 불구하고 같은 법 제55조제1항에 따른 종합소득산출세액으로 한다.  ④ 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 지방 미분양주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.  ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 과세표준확정신고와 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. □ 조세특례제한법 시행령 제98조의2【지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 과세특례】  ① 법 제98조의2제1항 각 호 외의 부분 중 "대통령령으로 정하는 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 말한다. <개정 2016.8.11>   1. 「주택법」 제54조에 따른 사업주체(이하 이 조에서 "사업주체"라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 11월 2일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2008년 11월 3일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택   2. 2008년 11월 3일까지 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인(건축법 제11조에 따른 건축허가를 포함하며, 이하 이 조에서 같다)을 얻었거나 사업계획승인신청을 한 사업주체가 해당 사업계획승인과 「주택법」 제54조에 따라 공급하는 주택(2008년 11월 3일 현재 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지나지 아니한 주택에 한정한다)으로서 해당 사업주체와 최초로 매매계약을 체결하고 취득하는 주택  ② 법 제98조의2에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고(법인세 과세표준신고를 포함한다) 또는 과세표준예정신고와 함께 시장ㆍ군수ㆍ구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)으로부터 기획재정부령으로 정하는 미분양주택임을 확인하는 날인을 받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 서류를 제출하는 경우에는 그러하지 아니하다.   1. 제1항제1호의 주택 : 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 확인한 미분양주택 확인서 및 매매계약서 사본   2. 제1항제2호의 주택 : 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 확인한 사업계획승인 사실ㆍ사업계획승인신청 사실을 확인할 수 있는 서류 및 매매계약서 사본  ③ 주택 소재지 관할세무서장이 제6항에 따라 해당주택이 미분양주택임을 확인할 수 있는 경우에는 제2항에 따른 부속 서류의 제출을 생략할 수 있다.  ④ 사업주체는 제1항에 따른 미분양주택의 매매계약을 체결한 즉시 2부의 매매계약서에 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 미분양주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 한다.  ⑤ 제6항에 따라 매매계약서에 미분양주택임을 확인하는 날인을 요청받은 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 미분양주택확인서와 사업계획승인신청서류 등에 따라 미분양주택임을 확인하고, 매매계약서에 그 사실을 증명하는 날인을 하여야 하며, 기획재정부령으로 정하는 미분양주택확인대장에 그 내용을 작성하여 보관하여야 한다.  ⑥ 시장ㆍ군수ㆍ구청장과 사업주체는 각각 기획재정부령으로 정하는 미분양주택확인대장을 매매계약일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말까지 정보처리장치ㆍ전산테이프 또는 디스켓ㆍ디스크 등의 전자적 형태(이하 이 조에서 "전자매체"라 한다)로 주택 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 최초로 신고한 연도의 다음 연도부터 그 신고한 내용 중 변동이 없는 경우에는 제출하지 아니할 수 있다.  ⑦ 제6항에 따른 전자매체 자료를 제출받은 주택 소재지 관할세무서장은 해당 자료를 기록ㆍ보관 하여야 한다.  ⑧ 미분양주택 확인 절차 등 그 밖에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. □ 소득세법(2020.8.18. 법률 제17477호로 개정된 것) 제95조【양도소득금액과 장기보유특별공제액】  ① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.  ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.  ③ ~ ⑦ 생략 부칙 <제17477호, 2020.8.18>  제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제104조제1항제1호 부터 제4호까지 및 같은 조 제7항 각 호 외의 부분의 개정규정은 2021년 6월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다. 제3조(양도소득세의 세율에 관한 적용례) 제104조제1항제1호부터 제4호까지 및 같은 조 제7항 각 호 외의 부분의 개정규정은 2021년 6월 1일 이후 양도하는 분부터 적용한다. □ 소득세법(2020.8.18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것) 제95조【양도소득금액과 장기보유특별공제액】  ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.  ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.   □ 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】  ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다. □ 국세기본법 제21조【납세의무의 성립시기】 ① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다. ② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.   1. 소득세ㆍ법인세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때를 말한다.   2.~11. 생략  ③ 다음 각 호의 국세를 납부할 의무의 성립시기는 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른다.   1. 원천징수하는 소득세ㆍ법인세: 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때   2. 납세조합이 징수하는 소득세 또는 예정신고납부하는 소득세: 과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일   3. 중간예납하는 소득세ㆍ법인세 또는 예정신고기간ㆍ예정부과기간에 대한 부가가치세: 중간예납기간 또는 예정신고기간ㆍ예정부과기간이 끝나는 때   4. 수시부과(隨時賦課)하여 징수하는 국세: 수시부과할 사유가 발생한 때