조특법§99의2 감면주택과 일반주택 보유 중 일반주택 양도시 비과세 여부

요지 조특법§99의2 감면주택과 일반주택 보유 중 일반주택 양도시 1세대1주택으로 보아 소득령§154① 적용 답변내용 귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, ｢조세특례제한법｣제99조의2제1항을 적용받은 주택(A주택)과 ｢주택법｣제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역으로 지정되기 전에 취득한 B주택을 소유하는 1세대가 B주택을 2년 이상 보유하고 양도하는 경우 이를 1세대1주택으로 보아 ｢소득세법 시행령｣제154조제1항을 적용하는 것입니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 법규과-1582 (2025.07.16. 시행) 1. 사실관계  ○’13.12월 甲, A주택* 분양계약 체결      *조특법§99의2 특례대상 요건 충족함을 전제함  ○’16.9월 甲, A주택 완공되어 취득  ○’17.10월 甲과乙은 부부, B주택* 공동 취득      *(조정대상지역) ’18.12.31.지정, ’22.11.13. 해제  ○’25.07월 甲과乙 B주택* 양도(양도가액 12억원 이하)      *거주이력이 없는 것으로 전제함     2. 질의내용  ○조특법§99의2 감면주택(A주택), 일반주택(B주택)을 보유하는 1세대가 거주이력이 없는 일반주택(B주택) 양도시 1세대1주택 비과세 가능 여부     3. 관련법령 □소득세법 제89조【비과세 양도소득】  ①다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.   3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득    가.1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택    나.1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택   □소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】  ①법 제89조제1항제3호가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 ｢주택법｣ 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. <후략>   □조세특례제한법 제99조의2【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】  ①거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 ｢주택법｣ 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.  ②｢소득세법｣ 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.  ④제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.