농업회사법인 감면시 농업경영정보 등록 및 등록확인서 제출이 감면요건에 해당하는지 여부

요지 2023년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지는 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣(이하 ‘농어업경영체법’이라 한다)에 따른 농업회사법인이 농어업경영체법 제4조에 따라 농업경영정보 등록을 하지 않는 경우에도 해당 감면을 적용받을 수 있는 것임 회신 ｢조세특례제한법｣ 제68조 제1항에 따른 농업회사법인에 대한 법인세 면제 및 감면을 적용함에 있어서 2023년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지는 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣(이하 ‘농어업경영체법’이라 한다)에 따른 농업회사법인이 농어업경영체법 제4조에 따라 농업경영정보 등록을 하지 않는 경우에도 해당 감면을 적용받을 수 있는 것입니다. 아울러, 이 질의회신은 기존 회신내용(서면2016법령해석법인-6035, 2019.2.28., 농업회사법인이 법인세 감면을 적용받기 위해서는 농업경영체 등록을 하여야 함)에 대하여 국세청 법령해석심의위원회 심의 결과(2023.12.15.)에 따라 해석정비(기존 질의회신 삭제)한 이후 최초로 회신하는 내용입니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1. 사실관계   ○ 질의법인은 농산물 가공·제조·도매업을 영위하는 농업회사법인으로,   - ’15년에 설립하였으나 ’22.1.13. 농어업경영정보를 등록함  ○ 조특령§65⑤에 따라 농업회사법인에 대한 세액감면을 받기 위해서는 농어업경영체 등록확인서를 제출해야 하나,   - 질의법인은 ’19, ’20사업연도 말 현재 농어업경영정보 등록을 하지 아니하여 해당 사업연도 감면에 대하여 수정신고 후 납부하였음   2. 질의내용  ○농업회사법인 감면시 농업경영정보 등록 및 등록확인서 제출이 감면의 필수 요건인지 여부(아래 대법원 판결을 인용하여 질의)   - (1안) 필수 요건이 아님 - (2안) 필수 요건임   대법원2019두55972, ’23.3.30.   조특령§63⑦이 농업경영체 등록확인서의 제출을 해당 법인세의 면제 요건으로 정한 것이라고 본다면, 법인세 면제 신청의 절차만을 위임한 모법의 위임범위를 벗어나는 것임 그런데도 원심은 농어업경영체법에 따른 영농조합법인이 식량작물재배업소득 등에 대하여 법인세를 면제받기 위해서는 농업경영체 등록확인서를 반드시 제출하여야 한다는 잘못된 전제에서 처분이 적법하다고 판단 ⇒ 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리 · 판단하도록 원심법원에 환송   3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】 ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2023년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.  ⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】  ① 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 범위"란 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하를 말한다.  ② 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령,기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령,기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다.  1. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득  2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 같은 법 시행령 제20조의5제1항제6호가목부터 마목까지의 사업에서 발생한 소득  3. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득  ⑤ 법 제68조제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제63조【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】  ⑦ 법 제66조제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣ 제4조에 따른 농어업경영체 등록(변경등록) 확인서(이하 "농어업경영체 등록확인서"라 한다)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다. ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조【정의】  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.  2. "농업법인"이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.  3. "농업경영체"란 농업인과 농업법인을 말한다.  5. "어업법인"이란 제16조에 따른 영어조합법인과 제19조에 따른 어업회사법인을 말한다.  6. "어업경영체"란 어업인과 어업법인을 말한다.  7. "농어업경영체"란 농업경영체와 어업경영체를 말한다. ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조【농어업경영정보의 등록】  ① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 "농어업경영정보"라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.  1. 농업경영체: ｢농업·농촌 및 식품산업 기본법」제40조에 따른 농지·축사·임야·원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 "농업경영정보"라 한다)  2. 어업경영체: ｢수산업·어촌 발전 기본법」제27조에 따른 어선·양식시설 등 생산수단, 생산수산물, 생산방법 및 어업생산규모 등 어업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조【영농조합법인 및 영어조합법인의 설립신고 등】  ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 ｢농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법｣ 제3조제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 "농업생산자단체"라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다. ○ 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조【정의】  4. "생산자단체"란 농업 생산력의 증진과 농업인의 권익보호를 위한 농업인의 자주적인 조직으로서 대통령령으로 정하는 단체를 말한다. ○ 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제4조【생산자단체의 범위】 법 제3조제4호에서 "대통령령으로 정하는 단체"란 다음 각 호의 단체를 말한다.  1. 「농업협동조합법」에 따른 조합 및 그 중앙회  2. 「산림조합법」에 따른 산림조합 및 그 중앙회  3. 「엽연초생산협동조합법」에 따른 엽연초생산협동조합 및 그 중앙회  4. 삭제 <2015.12.22>  5. 농산물을 공동으로 생산하거나 농산물을 생산하여 공동으로 판매·가공 또는 수출하기 위하여 농업인 5명 이상이 모여 결성한 법인격이 있는 전문생산자 조직으로서 농림축산식품부장관이 정하는 요건을 갖춘 단체 ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등】  ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.  ② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.  ⑤ 농업회사법인 및 어업회사법인을 설립하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 신고한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경되는 경우 또는 해산하는 경우에도 같은 방법으로 변경신고 또는 해산신고를 하여야 한다.  ⑧ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제5항에 따라 농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고를 받은 때에는 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관에게 그 사실을 통보하여야 한다.  ⑪ 농업회사법인 및 어업회사법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 「상법」 중 회사에 관한 규정을 준용한다.