비정기 세무조사시 납세자의 동의를 받지 않은 경우 위법한 세무조사에 해당하는지에 대한 판단

요지 사업장 컴퓨터 회계프로그램 상 장부 파일과 사업용 계좌번호가 세무조사 관련 규정이 정하는 장부등에 해당하지 아니한다고 볼 수 없고, 처분청이 일시보관 안내 확인 및 동의서, 일시보관증, 일시보관 서류 등의 목록을 작성․교부하지 않았으므로 위법한 세무조사에 기초하여 이루어진 것임 결정내용 결정 내용은 붙임과 같습니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ?   주 문 SS세무서장이 2024.1.3. 청구인에게 경정․고지한 별첨 ‘경정고지목록’ 기재 2018년 제2기부터 2022년 제2기까지 과세기간 부가가치세 합계 9건, 63,510,689원, 2018년부터 2022년까지 과세연도 종합소득세 합계 5건 284,538,960원의 부과처분은 청구인의 사업장 컴퓨터에서 가져간 전자파일(매입장.xlsx, 매출장.xlsx)과 청구인 소유 DD은행 계좌 054****1233002 및 KK은행 계좌 615****4136352를 기초로 이루어진 부분은 위법하므로 과세표준 및 세액에서 제외하여 다시 계산하고 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정합니다. <별첨> 경정고지 목록 (표생략)   이 유 1. 사실관계 및 처분내용  가. 청구인은 DD 서구 **보상로 **(**동)에서 2013.5.6. SSS타이어(이하 “쟁점사업장”이라 한다)를 개업하여 현재까지 타이어 도소매업을 영위하는 개인사업자이다.  나. 처분청은 2023.6.27.부터 2023.9.15.까지 청구인에 대하여 2018년부터 2022년까지 과세기간에 대한 개인통합조사를 실시하였고,   1) 청구인이 2018년 제2기 과세기간부터 2022년 제2기 과세기간까지 부가가치세 신고시 1,033,513천원(공급가액)의 세금계산서를 과다발행하고 매출금액 1,276,477천원(공급가액)을 과소신고하고,   2) 청구인이 소비자를 대상으로 한 건당 10만원 이상의 매출 1,220,136천원에 대하여 현금영수증 미발급 또는 지연발급 하였다고 보아,   3) 2023.10.20. 종합소득세 5건 합계 284,538천원 부가가치세 9건 합계 63,510천원의 세무조사 결과통지를 하였고, 2023.10.20. 송달되었다.  다. 청구인은 2023.11.16. 과세전적부심사청구를 하였으나 불채택 결정되었고, 처분청은 2024.1.3. 청구인에게 2018년 제2기부터 2022년 제2기 과세기간까지 부가가치세 9건 합계 63,510천원과 2018년부터 2022년까지 과세연도 종합소득세 5건 합계 284,538천원을 경정·고지하였다(이하 “이 사건 처분”이라 한다). < 종합소득세 경정내역 > (생략) < 쟁점사업장 부가가치세 경정내역 >(생략)  라. 청구인은 2024.1.8. 및 2024.1.9. 고지서를 수령하고 이에 불복하여 2024.2.15. 이의신청을 거쳐 2024.5.20. 이 건 심사청구를 제기하였다.   - 이의신청은 2024.4.18. 2020년 과세연도 종합소득세 경정·고지와 관련 인건비 5,903천원(근로자 이DK)을 일부인용 결정하였다.   2. 청구인 주장  가. 처분청은 세무조사 과정에서 청구인에게 동의서 및 일시 보관증 교부 없이 전자문서, 계좌번호를 무단으로 가져가는 등「국세기본법」에서 정하는 중대한 조사절차를 위반하였으므로 이 사건 처분은 취소되어야 한다.   1)「국세기본법」제81조의10【장부 등의 보관금지】는 ‘납세자의 장부 등은 납세자의 동의를 얻은 경우에만 세무관서에 일시 보과할 수 있고, 세무공무원은 납세자의 장부 등을 세무관서에 보관하려는 경우에는 납세자로부터 동의서를 받아 일시 보관증을 교부하여야 한다’라고 규정하고 있다.   2) 조사과정에서 전자문서를 저장·전송하는 경우에도 장부와 같이 납세자에게 동의서를 받는 등 조사절차를 준수하여야 한다.    가) 청구인의 컴퓨터에 있는 경영박사 회계프로그램의 자료를 엑셀파일로 저장(이하 “쟁점전자파일”이라 한다)하여 국세청 웹메일로 전송하면서 동의서를 받거나 일시보관증을 교부하지 않은 사실에 대하여는 다툼이 없다.    나) 처분청은 쟁점전자파일은 사본에 해당하므로「국세기본법」상 장부 등에 해당하지 않는다고 주장한다.    다) 그러나,「전자문서 및 전자거래기본법」(이하 “전자문서법”이라 한다)에 따르면 전자적 형태로 송신·수신 또는 저장된 정보는 전자문서에 해당한다.      전자문서법 제2조 제1호에서는 "전자문서"란 정보처리시스템에 의하여 전자적 형태로 작성ㆍ변환되거나 송신ㆍ수신 또는 저장된 정보라고 정의하면서, 같은 법 제4조에서는 ‘전자문서는 전자적 형태로 되어 있다는 이유만으로 법적 효력이 부인되지 아니한다고 규정되어 있으므로 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 모든 전자문서 및 전자거래에 적용한다’고 규정하고 있다.    라) 법원에서도「국세기본법」등 각 세무조사 관련 규정에서 전자적 형태로 작성된 문서를 장부 등의 범위에서 특별히 제외하지 않고 있다.      (1) 대구지방법원(2019구합21025, 2020.6.11., 국패) 납세자의 동의 없이 상조계약관리프로그램의 자료를 저장․복사한 사건에 대하여 ‘전자적 형태로 작성된 장부의 경우에도 세무조사 관련 규정에서 정하는 장부에 해당하고, 일시 보관 시에는 적법 절차를 거쳐야 한다’고 설시하였다.      (2) 대구지방법원은 2016구단11624에서도(2019.2.19., 소취하, 판결없음) 납세자의 동의 없이 외장하드 자료를 복사하면서 일시 보관증 등을 교부하지 않은 것에 대해 위법으로 세금부과 취소를 조정 권고한 바 있다.      (3) 한편, 처분청이 조사절차를 위반하지 않았다는 근거로 제시하는 수원지방법원 판례(2018구합69775, 2019.5.16., 국승)는 ‘조사청이 납세자의 동의 등 적법절차를 준수하였음에도 청구인이 이를 지키지 않았다고 주장하는 것에 대하여 이유 없다’는 내용이다.       나아가, 해당 사건을 보면 조사공무원은 납세자의 전산자료를 저장․보관할 때 장부 등과 같이 조사절차를 준수한 사실이 확인되므로, 이는 조사현장에서 전산자료를 저장․보관하는 경우 조사공무원은 장부 등과 다를 바 없이 조사절차를 지켜야 한다는 것을 입증하는 사례이기도 하다.    마) 따라서, 처분청의 주장은 전자문서법과 판례에 비추어 비합리적이다. (표생략)   3) 청구인은 쟁점전자파일을 임의제출한 사실이 없으며, 조사공무원의 소명요구에 따라 제출하였을 뿐이다.    가) 임의제출이란, 자율성에 기초하여 외부의 강제나 제약 없이 스스로 결정한 의사에 따라 행위하는 것을 의미한다. 청구인과 세무대리인이 쟁점전자파일을 임의로 제출하였다는 처분청의 주장은 신빙성이 없다.    나) 처분청은 2023.6.28. 확보한 쟁점전자파일과 같은 파일을 2023.7.28. 세무대리인에게 제출 받기까지 약 한달의 기간 동안 각종 소명요구에도 불구하고 이미 확보한 쟁점전자파일은 손도 대지 않고 당초 조사기한(7.26.)이 지나서 조사공무원의 요구에 따라 세무대리인이 7.28. 제출한 화일을 근거로 조사한 것처럼 주장하고 있으나 상식적으로 납득이 되지 않는다.    다) 세무조사 과정에서 처분청이 요구하지도 않은 청구인에게 불리한 자료를 제출하는 일은 없고, 처분청이 자료를 요구하는 경우 그 요구를 거부하면 안 좋은 결과로 이어진다는 심리적 압박으로 청구인이 따르는 것일 뿐이므로 쟁점전자파일을 처분청의 요구 없이 임의로 제출하였다는 처분청의 주장은 성립할 수 없다.   4) 계좌번호를 청구인 동의 없이 가져가고, 조사목적에 사용하였으므로 조사절차 위반에 해당한다.    가) 2023.6.28. 조사착수 시 조사공무원은 쟁점사업장에서 쟁점전자파일과 계좌번호(이하 “쟁점계좌번호”라 한다)를 청구인의 동의 없이 가져갔다(p12 청구인 제출 조사당일 상황 참조).    나) 조사공무원은 일주일이 지난 2023.7.5. 쟁점계좌번호의 거래내역자료 제출을 청구인의 휴대폰으로 요구하였다(P13 2023.7.5. 휴대전화 통화 기록 및 내용 참조).      일주일이 지났으나 쟁점계좌번호의 앞번호를 명확하게 제시한 점, 2023.7.6. 국세청 전산자료로 계좌를 조회하고도 당초 조사기한(2023.7.26.)이 지난 2023.8.8. 이후 금융기관정보를 제공 받은 사실, 금융정보를 제공받기 전에 계좌내역 소명을 요구하여 2023.7.28. 파일로 제출받은 점 등 쟁점계좌번호를 가져가고 이를 조사목적에 사용하였음이 분명하다(P13 금융거래정보 제공사실 통보서 참조).    다)「관세법」제114조의2에서 장부 등의 범위를 장부․서류 또는 그 밖의 물건으로 규정하는 바와 같이「국세기본법」제81조의10에서 장부 등은 장부에만 국한되지 않고 조사목적을 위하여 일시 보관하는 서류, 물건 등도 포함된다고 보아야 한다.  나. 국세청장 지정번호로 현금영수증을 발급하고 부가가치세 자신신고한 금액은 매출누락 및 현금영수증 미발행 가산세 대상에서 제외하여야 한다.   1) 처분청은 2018년 제2기 과세기간부터 2022년 제2기 과세기간까지 계좌입금내역에서 현금영수증 발급일자, 금액 등이 중첩되는 51,963천원(공급대가)과 기타 매출로 신고한 175,787천원(공급가액)을 계좌입금 매출금액에서 차감하여 매출누락 금액을 확정하였다.   2) 처분청은 실거래처 등 구체적 증빙이 없다는 이유로 국세청장 지정번호(010-000-1234) 발급분 208,370천원(이하 “쟁점발급액”이라 한다)을 계좌입금 매출누락액에서 차감하지 않고 있다.    가) 처분청은 쟁점발급액에 대하여 있지 않은, 있을 수도 없는 증빙을 요구하기에 앞서, 쟁점발급액과 관련된 현금매출 또는 이에 상응하는 매출누락 금액을 입증한 뒤 과세하여야 근거과세 원칙에 부합한다.    나) 더군다나, 쟁점발급액은 처분청이 계좌입금 매출에서 차감한 기타매출과 소비자 인식수단이 없거나 불분명하여 계좌입금액과의 중첩 여부 등을 대사하거나 입증할 방법이 없다는 점에서 그 성격이 동일하다.    다) 그럼에도 계좌입금 매출금액에서 기타매출은 조건 없이 차감하고, 쟁점발급액만 중첩여부를 기준으로 제외하지 않는 것은 모순적이다.   3) 쟁점발급액이 계좌입금 매출금액에 포함되었다는 것은 소규모사업자의 실태와 연계하여 국세청장 지정번호 현금영수증 1일 평균 발급금액 등 객관적 자료에 따라 충분히 설명된다.    가) 청구인과 같은 소규모 사업자의 경우 현금 판매하는 소비자의 대부분은 그 대금을 계좌로 이체하고 있으며, 청구인은 소비자가 현금영수증을 요청하면 바로 발급하고, 그 외에는 매월 일정시기에 국세청장 지정번호로 현금영수증을 일괄 발급해 왔다.    나) 현금영수증 발급일자의 실제 매출과 무관하게 쟁점발급액을 일괄 발급하였다는 사실은 1일 평균 발급금액과 함께 특정일의 비정상적 발급금액에서 뚜렷하게 증명된다.      쟁점발급액의 하루 평균 발급금액은 3,275천원으로 처분청의 계좌입금 하루평균 매출금액 890천원의 약 4배인데, 이것은 청구인이 일정 기간의 현금매출을 계산하여 매월 특정일에 일괄 발급하지 않고서는 나올 수 없는 수치이다.    다) 또한, 국세청장 지정번호 현금영수증 발급건수와 계좌입금 건수를 비교해도 쟁점발급액은 특정일에 한꺼번에 발급하였음이 반증된다.      아래 표와 같이 쟁점발급액의 현금영수증 1일 평균 발급건수는 6.9건으로 하루 평균 계좌입금 3건에 비해 2.3배나 되며, 국세청장 지정번호 현금영수증을 10건 이상 발급한 날도 15일이나 된다.(표생략)    라) 하루 평균 발급금액 및 발급건수와 같은 수치에서 확인된 것처럼 쟁점발급액은 실제 매출과는 관련 없이 특정일에 일괄 발급(엄밀히 말하면 가공매출)한 바, 처분청의 주장처럼 계좌입금액과 대사하여 매출누락 여부를 확정하거나 존재하지 않는 실거래처 등 구체적 증빙을 제시하라고 요구하는 것은 타당하지 않다.   4) 이와 더불어 쟁점발급액에 대하여는 현금영수증을 발급하지 아니한 경우에 해당하지 않으므로 이에 대한 가산세를 차감하거나 재산정하여야 한다.   5) 결론적으로, 쟁점발급액은 계좌입금 매출금액에서 차감하는 한편, 현금영수증 미발급 가산세 대상금액에서 제외하거나 재산정하는 것이 근거과세원칙과 실질과세 원칙에도 부합한다.  다. 종업원에게 실제 지급한 부외 인건비는 필요경비에 산입하여야 한다.   1) 처분청은 계좌이체 등 증빙자료에 의하여 확인되는 경우에 한하여 부외 인건비를 필요경비로 추인하였다.   2) 그러나, 조세심판례에 따르면 금융거래로 확인되지 않는 부외 인건비도 보편적 사실에 의거 지급 사실을 판단할 수 있는 경우에는 필요경비로 인정한 바 있다.    가) 조심 2018소2882(2019.1.7.)에서는 ‘청구인이 혼자서 영업하기 어려운 점, 다른 직원이 확인서를 통하여 확인한 점 등을 이유로 부외 인건비를 필요경비로 인정하였다.    나) 조심 2020서2090(2021.3.17.)에서도 청구인의 사업장 현황 등으로 볼때 일정부분 인건비가 발생하고 있고, 매월 1인당 지급액이 사회통념상 합리적인 수준으로 볼 수 있는 점 등으로 부외 인건비를 필요경비로 인정하였다.   3) 청구인이 주장하는 부외 인건비는 아래 표와 같다. (표생략)    가) 이DK과 이DH은 쌍둥이 형제로 입사 시기가 비슷하여 매월 같은 급여를 지급하였지만, 이DH의 요구로 2018년에서 2019년 9월까지 급여를 신고하지 못한것 뿐이다.      청구인은 연간 10억원 내외의 소규모 사업자로 2016년에는 신장장애 2급이었으나, 2018년 신장이식 수술 후 건강이 호전되어 2021년에는 경증장애로 재판정 받은 바 있는 등 건강상태로 인하여 정상영업을 위해 항시 2～3명의 근로자를 고용하고 있으며, 사람 구하기가 쉽지 않아 종업원의 요구를 최대한 수용해왔다.      이DK과 이DH은 쌍둥이 형제로 이DK은 2015년 10월, 이DH은 2015년 12월에 입사하였고, 건강보험료 등의 부담을 줄이려는 그들의 요구로 이DK은 실제 급여보다 낮게, 이DH은 2018년부터 2019년 9월까지 신고 없이 급여를 지급하였다.      이러한 사실은 2018년 10월 야유회 사진 및 2019년 6월 야구장 관람 사진에서 여실히 확인되며, 단 한번이나 2019.6.10. 급여 2,400천원을 이DH의 계좌에 이체한 내역으로도 입증된다(p14 이DH과 찍은 사진 참조).      아울러, 청구인과 같은 지번에서 사업을 영위하는 스피드검사장비 황동연이 작성한 확인서로도 뒷받침된다(별첨 붙임3 참조).    나) 쌍둥이 형제에다 입사일이 비슷하여 두사람의 급여액이 같아야 정상이나, 처분청의 주장은 두사람의 급여액의 차이가 큰 등 합리적이지 않다.      2015년부터 근무한 이DH은 2021년 5월, 이DK은 2021년 7월에 퇴사하였으므로 이DK과 이DH은 입사일이 비슷하여 실제 급여액은 차이가 나지 않아야 정상이다.      그러나, 처분청이 필요경비로 추인한 금액을 포함한 두사람의 급여 차이가 67,634천원인 반면 청구인의 주장은 2021년의 4,150천원에 불과하며 이는 쌍둥이 형제의 퇴사시기 차이에 기인한다.      처분청의 주장에서 쌍둥이 형제의 급여차이가 많은 것은 계좌이체한 금액만 부외 인건비로 인정한 결과로 합리적이지 않다. (월평균 급여 표생략)      그리고 처분청의 월평균 급여를 보면 이DK은 입사 3년차임에도 2018년 1,470천원, 2019년 1,958천원(전년대비 133% 인상)에 불과하여 급여액과 인상률이 현실과 맞지 않으며, 특히 2020년 월평균 급여는 2,941천원으로 전년대비 150% 상승하여 비정상적이다.      이와 달리 청구인은 이DK의 급여를 2019년 18%, 2020년과 2021년은 5% 수준으로 일정하게 인상하여 주었고, 부정기 상여를 제외한 기본급여는 2018년 기준 2,200천원으로 매년 200천원을 인상하여 지급하였다.      2019년 쌍둥이 형제에게 송금한 금액과 월평균 급여를 비교해 보더라도 근로소득세, 4대 보험료 등을 감안하면 청구인 주장 급여와 다를 바 없다.(계좌이체 내역 표 생략)    다) 아울러, 처분청은 쌍둥이 형제와 같이 근무했거나, 그들이 퇴사 후 입사한 종업원들의 부외 인건비 46,473천원은 계좌이체 등으로 지급 사실이 확인됨에도 인정하지 않았다.    라) 당사자의 확인서를 사실조사도 없이 부인하는 것은 부당하다.      청구인의 배우자는 종업원에게 지급한 부외 인건비 내역을 본인 휴대폰에 기록하여 관리하였고 불복과정에서 부외 인건비 지급 관련 휴대폰 기록내용을 증빙자료로 제출하고자 하였으나, 기기고장으로 휴대폰의 저장내용이 모두 날아갔고 서비스센터 등 여러곳에서 휴대폰을 복구해 보았으나 허사였다.      부득불 청구인은 조사과정에서 휴대폰 기록내용을 정리하여 소명한 자료를 근거로 부외 인건비를 지급한 종업원을 찾아 확인서를 받아 증빙서류로 제출하였다.      이에 대하여 처분청은 당사자를 통하여 확인서의 사실 여부를 제대로 확인할 수 있음에도 하지 않고, 소상공인이 갖추지 않는 증빙서류만을 요구하는 등 입증 노력을 다하지 않았다.   4) 결론적으로 객관적 자료와 증빙에도 불구하고 계좌로 송급한 부외 인건비만을 필요경비로 인정하는 것은 근거과세 원칙에 배치된다.   3. 처분청 의견  가. 세무조사 과정에서 조사공무원의 위법․부당한 행위는 없었다.   1) 청구인의 ‘세무조사시 처분청이 「국세기본법」 제81조의10에서 정하는 장부등의 보관 금지 규정을 위반하였다’는 주장에 대하여    가)「국세기본법」제81조의10【장부등의 보관금지】규정은 복사본에 대하여 동의를 받는 규정이 없고 세무공무원이 납세자 동의가 있는 경우에 한하여 장부 등의 원본을 보관할 수 있도록 규율하고 있을 뿐, 그 원본을 복사하거나, 그 복사한 사본을 보관하는 경우에까지 납세자의 동의를 받도록 규율하고 있는 것은 아니다(수원지방법원 2018구합69975호, 2019.5.16. 참조).    나) 청구인이 위법을 주장하는 심판례(조심 2017중1140, 2018.6.26.)는 수원지방법원 2018구합69975호 사건의 전심 심판사건으로 청구인의 주장과 상반된 뜻으로 ‘조세법은 강행규정이므로 세법이 정한 과세요건을 충족하면 과세관청은 세법에 정하는 바에 의하여 징수하여야 하고 조세의 탈루사실이 확인되도 이를 과세하지 않는다면 세법에 규정된 과세소득에 대하여 임의로 과세하지 아니하는 결과가 초래되어 이는 합법성의 원칙을 저해하고 공평과세의 원칙을 위반하는 결과가 되는 것이므로 설령 세무조사 과정에서 위법사실 등이 실제 있더라고 그와 같은 사유만으로 이 건 과세처분이 무효가 되거나 당해 처분을 취소하기 어려운점(조심 2018구930 2018.4.30., 조심 2017구2541 2017.7.20. 외 다수 같은 뜻)등에 비추어 조사청이 청구인으로부터 일시 보관 동의를 받지 않고 쟁점엑셀파일을 보관하였다는 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다’라고 하였다.    다) 영장주의는 사법당국 관계자들이 자의적이거나 과도한 행사를 하지 않도록하여 사생활의 권리보장과 재산권침해 방지목적에 있으나 영장주의라는 개념으로 영장를 요구하지 않은 경우도 있다.      2013년 CJ그룹 임원들의 탈세 의혹으로 불거진 ‘CJ그룹’ 사건을 보면 검찰은 영장 없이 압수수색을 벌였지만 법원은 사생활에 기대치가 낮은 사업적인 환경에서 이뤄진 것이어서 적법하다고 판단하였고 이는 공공의 안전을 보호하거나 증거를 보존하기 위하여 영장이 필요하지 않는 특정한 상황이 있을 수 있다는 것이다(참고문헌 법률지식 인포메이션).    라) 청구인에게 제출받은 쟁점전자파일은 사생활에 기대치가 낮은 사업적환경에서 작성된 개인의 사생활보호나 재산권침해 우려가 없는 장부로 조세 탈루사실이 확인됨에도 이를 과세하지 않는다면 세법에 규정된 과세소득에 대하여 임의로 과세하지 않는 합법성의 원칙을 저해하고, 공평과세의 원칙을 위반하는 결과가 초래되는 것이다.   2) “납세자의 동의 없이 자료를 제출 받았다”라는 주장에 대하여    가) 처분청은「소득세법」제170조【질문·조사】에 근거한 질문.조사권의 행사로 납세자에게 질문을 하거나, 해당 장부 및 서류 또는 그 밖의 물건를 조사하거나 그 제출를 명하였고, 납세자가 “전산장부로 매출과 매입 등을 관리한다”고 진술함에 따라 납세자 동의하에 전산장부인 회계프로그램만 열람하고 쟁점전자문서를 제출 받았을 뿐이다.    나) 쟁점전자문서의 열람 및 제출은 장부 및 컴퓨터를 실제로 관리하는 청구인의 배우자 동의를 받고 이루어 졌다.      청구인은 “경영박사”라는 회계프로그램으로 매출.매입 등 세무와 관련된 장부를 작성하였고, 이에 조사공무원 양○○이 장부 및 컴퓨터를 실제로 관리하고 장부를 작성하는 실질적 권한 있는 청구인 배우자에게 전산장부 제출을 요청하였고 청구인 배우자는 전산장부 내용을 메일로 제출하기로 하였는데, 조사팀장이 외장하드로 받기를 원해 이후 조사공무원 양○○은 청구인 배우자에게 “외장하드로 가져가도 된다”는 동의를 받고 그 중 일부분인 당해 조사대상기간의 매출·매입 관련 장부를 컴퓨터 바탕화면에 “매출장·매입장”이란 파일명으로 2개의 엑셀 파일을 저장하였고 그 복사본을 국세청 개인 웹메일로 가지고 왔다.      이러한 내용은 당시 양○○과 청구인의 배우자와 같이 있었던 박○○ 조사관도 같이 들었다.    다) 청구인은 동의 없이 자료를 가지고 왔다고 주장하나, 조사팀장도 청구인에게 “자료를 가져가도 되지요?”라고 동의를 구하였으며, 청구인은 “네”라고 대답하였다.    라) 청구인 및 그의 배우자는 조사 착수와 관련하여 어떠한 이의도 없었으며, 조사공무원도 조사 비협조(제출거부) 등으로 인한 과태료 부과나 예고 등을 한 사실도 없다.    마) 뿐만 아니라, 2023.7.28. 청구인의 조사수임법인 무림세무법인의 실무책임자 김○○세무사가 양○○ 조사관에게 메일로 계좌내용, SSS메이트 종소세 신고, 매입장, 매출장, SSS타이어 소명자료를 포함한 압축파일 “SSS메이트.ZIP”을 임의 제출하였다.      메일(2023.7.28.)로 제출한 매입·매출장과 당초 조사 착수 시(2023.6.28.) 제출한 상기 매입·매출장의 내용은 동일하다.   3) 청구인의 “전산장부 제출에 동의 하지 않았다”라는 주장은 신빙성이 떨어진다.    가) 청구인에 대한 세무조사는 증거 인멸의 우려 등이 있어 사전통지를 하지 않는 비정기 일반통합조사로 조사착수시 납세자의 권익보호를 위해 “장부·서류는 탈루혐의가 있는 경우로서 납세자의 동의가 있어야 세무관서에 일시 보관될 수 있음”을 포함한 납세자권리 헌장의 교부 및 낭독을 실시하였다.      아울러, 납세자보호담당관과 보호위원회를 통해 정당한 권익을 보호받을 수 있음을 설명”하였는데 청구인은 이러한 사실을 부인하고 있다.    나) 청구인은 쟁점계좌번호를 위법 취득한 자료라고 주장하고 있으나, 조사착수 약 1주일 후 2023.7.6. 국세청 NTIS(국세청통합전산) 금융자산 인별통합조회에서(**15)에서 계좌를 확인하였다.      청구인은 청구인의 KK은행계좌와 DD은행계좌를 동의 없이 적어 갔다고 주장하나, 조사공무원은 전체계좌를 적어온 사실이 없고 노출된 계좌의 일부분을 기억한 것으로 KK은행계좌번호는 시작번호 6155가 아니라 시작번호는 6158이며, 이후 매출누락 등 금융거래현장확인 하였다.    다) 청구인은 2023.7.17. 2018년 제1기 과세기간 현금매출 신고 누락분에 대하여 부가가치세를 수정신고․납부하였고, 2023.7.20. 추가자료 소명 및 서류준비를 위해 1차 세무조사연장을 신청하여 당초 조사기간 2023.6.27.∼2023.7.26.에서 2023.7.27.∼2023.8.25.로 조사기한이 연장되었다.      청구인의 조사수임 세무사가 제출한 소명서에는 현금매출누락 1,470백만원, 세금계산서 과다발행 1,167백만원 등으로 소명하였으며, 청구인은 부가가치세를 자진수정신고 납부하였다.    라) 청구인은 조사착수에 아무런 이의제기 없이 장시간이 지난 조사기한 10일을 남겨두고 조사 시작일로부터 72일이 지난 시점에 이르러 “동의 없이 장부를 가져갔다”라는 이유로 권리보호를 신청하였다      청구인의 “전산장부의 열람은 동의하였는데 장부의 제출에는 동의하지 아니하였다”라는 주장은 상식적이지 않다.    마) 청구인의 조사 수임대리인 이△△세무사는 조사수임 직후 세무서에 방문하였는데 조사팀장이 “제출받은 매출장 중 특정업체 1곳의 매출장 일부를 보여주며 세금계산서를 과다하게 발행한 혐의가 있고, 현금 매출혐의가 있다”라고 설명하면서 수임대리인에게 소명을 요구하였는데, 2023.7.14. 이전에 소속법인의 실무세무사와 동행으로 방문하여 “전산장부상 매출금액이 “0”원으로 표시된 부분이 8, 9천건 정도로 너무 많아서 일일이 대사하기 어려우니 입금된 계좌로 매출누락금액 확인하여 소명하겠다“라고 하였으며 조사수임대리인 스스로 2023.7.14. 계좌입금액을 기준으로 매출누락 금액 및 세금계산서 과다발행금액에 대해 소명한 사실이 있다(p12 SSS타이어 소명자료 참조).      아마도 청구인 조사수임 대리인도 “조사공무원이 조사업체 컴퓨터 바탕화면에 저장해둔 매출·매입장 엑셀파일을 청구인 배우자에게 받아서” 확인한 것으로 추측된다    바) 청구인은 2023.9.1. 전산장부상 매출누락(도매) 등에 대해 확인서 요구시 날인을 거부하였는데, 조사공무원 3명이 있는 자리에서 “세금계산서 과다발행업체에 대하여 자료통보만 하지 아니하면 지금 당장 날인을 할 수 있다”라고 말하였다.    사) 더욱이 청구인은 2023.9.16. “국세기본법 제81조의 10(장부등의 보관 금지)를 위반하였다”라는 사유로 서대구세무서에 납세자권리보호요청을 하여 위원회 심의결과 2023.9.22. 시정불가결정에 불복 해, 그 후 2023.10.4. 국세청에 재심의 요청하였으나 2023.10.5. 본인이 스스로 “취하” 하였다.    아) 이러한 사정으로 “청구인 등이 전산장부 제출에 동의를 하지 않았다”라는 주장은 신빙성이 떨어진다.  나. 처분청은 이미 계좌입금 매출누락액에서 현금영수증 발행분을 제외하였고, 제외하지 않은 금액은 기신고를 입증하지 못한 부분이다.   1) 처분청은 매출누락금액 산정시 계좌입금액 중 소비자요청분 51,963천원에 대하여는 매출누락 및 현금영수증 미발행 대상금액에서 제외하였다.   2) 청구인은 예금계좌로 확인된 매출누락금액 중 “국세청지정번호(010-000-1234)로 발급한 229,537천원 대하여 기신고하여 매출에서 제외되어야 한다”고 주장한다.   3) 그러나, 처분청은 2023.8.21. 계좌입금액 중 현금영수증 미발행 제외 사유 등에 대해 소명할 것을 요구하였음에도 청구인은 국세청지정번호로 발행한 부분이 기신고되었음을 입증할 장부, 실 매출처 등 증빙서류를 제시하지 아니하였다.  다. 쟁점인건비는 실제 지급여부를 확인할 수 있는 증빙이 부족하여 인정하기 어렵다.   1) 청구인은 처분청에서 인정한 72,655,291원외 과소계상한 부외 인건비를 추가로 필요경비로 산입하여야 한다”라고 주장한다.   2) 그러나, 청구인은 처분청이 2023.8.1. 인건비 등 장부에 반영하지 못한 부외원가 증빙자료 등에 대하여 소명할 것을 공문으로 청구인에게 요구하였음에도 조사기간 중 증빙서류를 제출하지 아니하였다.   3) 아울러, 청구인의 주장은 객관적 사실을 확인할 수 있는 근로계약서, 인건비 지급 대장, 지급시 작성된 현금수령증 등의 증빙이 없어 실제 지급여부를 확인할 수 없다.   4. 심리 및 판단  가. 쟁점   1) 쟁점① 납세자 동의 없이 전자문서 등을 일시보관하여 위법한 세무조사에 해당한다는 주장의 당부   2) 쟁점② (쟁점① 기각시) 현금영수증 자진발급액을 수입금액 누락과 현금영수증 미발행 대상 금액에서 제외하여야 한다는 주장의 당부   3) 쟁점③ (쟁점① 기각시) 부외 인건비를 필요경비에 반영하여야 한다는 주장의 당부  나. 관련 법령   1) 국세기본법 제2조【정의】(2022.12.31. 법률 제19189호로 일부 개정된 것)    이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.      21. "세무조사"란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 "장부등"이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.   2) 국세기본법 제16조【근거과세】    ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. <개정 2020.6.9>    ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.    ③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.   3) 국세기본법 제81조의10【장부등의 보관 금지】    ① 세무공무원은 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 목적으로 납세자의 장부등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없다. <개정 2018.12.31>    ② 제1항에도 불구하고 세무공무원은 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나의 사유에 해당하는 경우에는 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부등을 납세자의 동의를 받아 세무관서에 일시 보관할 수 있다.    ③ 세무공무원은 제2항에 따라 납세자의 장부등을 세무관서에 일시 보관하려는 경우 납세자로부터 일시 보관 동의서를 받아야 하며, 일시 보관증을 교부하여야 한다.    ⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 장부등의 일시 보관 방법 및 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.   3-1) 국세기본법 시행령 제63조의11【장부등의 일시 보관 방법 및 절차】(2023.2.28. 대통령령 제33276호로 일부 개정된 것)    ① 세무공무원은 법 제81조의10제2항에 따라 법 제81조의2제2항제1호에 따른 장부등(이하 "장부등"이라 한다)을 일시 보관하려는 경우 장부등의 일시 보관 전에 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자(이하 이 조에서 "납세자등"이라 한다)에게 다음 각 호의 사항을 고지하여야 한다.      1. 법 제81조의6제3항 각 호의 사유 중 장부등을 일시 보관하는 사유      2. 납세자등이 동의하지 아니하는 경우에는 장부등을 일시 보관할 수 없다는 내용      3. 납세자등이 임의로 제출한 장부등에 대해서만 일시 보관할 수 있다는 내용      4. 납세자등이 요청하는 경우 일시 보관 중인 장부등을 반환받을 수 있다는 내용    ② 납세자등은 조사목적이나 조사범위와 관련이 없는 등의 사유로 일시 보관에 동의하지 아니하는 장부등에 대해서는 세무공무원에게 일시 보관할 장부등에서 제외할 것을 요청할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 정당한 사유 없이 해당 장부등을 일시 보관할 수 없다.   3-2) 국세기본법 제81조의6【세무조사 관할 및 대상자 선정】    ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.      4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우   3-3) 조사사무처리규정 제3조【정의】    이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.      1. "세무조사"란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 근거하여 조사공무원이 납세자의 국세에 관한 정확한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 조사계획에 의해 세무조사 사전통지 또는 세무조사 통지를 실시한 후 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 말한다.(이하 이 규정에서는 조세범칙조사와 구분되는 개념으로 "일반세무조사"라 한다.)      14. "일시보관"이란 「국세기본법」 제81조의10에 따라 세무조사 시 납세자의 동의가 있는 경우 장부ㆍ서류 등을 세무조사 기간 동안 일시적으로 조사관서에 보관하는 것을 말한다.   3-4) 조사사무처리규정 제30조【조사권의 남용금지】    ② 조사공무원은 조사편의 등의 목적으로 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 해서는 아니된다.      1. 세무조사를 실시하면서 관련 법령 및 규정에서 정한 절차에 의하지 아니하고 임의로 관련 장부ㆍ서류 등을 압수ㆍ수색하거나 일시보관하는 행위   3-5) 조사사무처리규정 제40조【장부․서류 등의 일시보관】    ① 조사공무원은「국세기본법」제81조의6제3항 각 호의 어느 하나의 사유에 해당하고 납세자의 증거인멸 우려 등으로 세무조사의 목적을 달성할 수 없다고 판단되는 경우 조사관할 지방국세청장의 승인을 받아 장부ㆍ서류 등의 일시보관 방법에 의한 조사 계획을 수립할 수 있으며, 조사 시작 시 각 세법의 질문조사권에 따라 장부ㆍ서류ㆍ증빙 등의 제출을 요구하고,「국세기본법」제81조의10제2항에 따라 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자의 동의를 받아 세무조사 기간동안 관련 장부ㆍ서류ㆍ증빙 등을 조사관서에 일시보관 할 수 있다.    ② 조사진행 중「국세기본법」제81조의6제3항 각호의 어느 하나의 사유에 해당하고 납세자의 증거인멸 우려 등으로 세무조사의 목적을 달성할 수 없다고 판단되는 경우, 조사관할 지방국세청장의 승인을 받아 납세자 등의 동의하에 장부ㆍ서류ㆍ증빙 등을 조사관서에 일시보관할 수 있다.    ③ 제1항 또는 제2항에 따라 납세자의 장부ㆍ서류ㆍ증빙 등을 조사관서에 일시보관하고자 하는 경우에는 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자에게 일시보관 내용이 포함된 장부 등 일시보관에 따른 안내(별지 제16호 서식)를 교부하고,「국세기본법 시행령」제63조의11제1항에 규정된 사항을 설명한 후 장부 등 일시보관 안내 확인 및 동의서(별지 제17호 서식)를 받아야 하며, 일시보관증(별지 제21호 서식), 일시보관 서류 등의 목록(별지 제21-1호 서식) 및 장부ㆍ서류 등 반환요청서(별지 제21-2호 서식)를 교부하여야 한다.      1. "세무조사"란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 근거하여 조사공무원이 납세자의 국세에 관한 정확한 과세표준과 세액   3-6) 관세법 제114조의2【장부․서류 등의 보관금지】     ① 세관공무원은 관세조사의 목적으로 납세자의 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 이 조에서 "장부등"이라 한다)을 세관관서에 임의로 보관할 수 없다.     ② 제1항에도 불구하고 세관공무원은 제110조의3제2항 각 호의 어느 하나의 사유에 해당하는 경우에는 조사목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부등을 납세자의 동의를 받아 세관관서에 일시 보관할 수 있다.   4) 소득세법 제170조【질문․조사】(2022.12.31. 법률 제19196호로 일부 개정된 것)    ① 소득세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무 수행을 위하여 필요한 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다. 다만, 제21조제1항제26호에 따른 종교인소득(제21조제4항에 해당하는 경우를 포함한다)에 대해서는 종교단체의 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건 중에서 종교인소득과 관련된 부분에 한정하여 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다.      1. 납세의무자 또는 납세의무가 있다고 인정되는 자   5) 소득세법 제81조의9【신용카드 및 현금영수증 발급 불성실 가산세】    ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산세로 해당 과세기간의 종합소득 결정세액에 더하여 납부하여야 한다.      2. 제162조의3제3항을 위반하여 현금영수증 발급을 거부하거나 사실과 다르게 발급하여 같은 조 제6항 후단에 따라 납세지 관할 세무서장으로부터 신고금액을 통보받은 경우(현금영수증의 발급대상 금액이 건당 5천원 이상인 경우만 해당하며, 제3호에 해당하는 경우는 제외한다): 통보받은 건별 발급 거부 금액 또는 사실과 다르게 발급한 금액(건별로 발급하여야 할 금액과의 차액을 말한다)의 100분의 5(건별로 계산한 금액이 5천원 미만이면 5천원으로 한다)      3. 제162조의3제4항을 위반하여 현금영수증을 발급하지 아니한 경우(「국민건강보험법」에 따른 보험급여의 대상인 경우 등 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다): 미발급금액의 100분의 20(착오나 누락으로 인하여 거래대금을 받은 날부터 10일 이내에 관할 세무서에 자진 신고하거나 현금영수증을 자진 발급한 경우에는 100분의 10으로 한다)    ③ 제1항 및 제2항에 따른 가산세는 종합소득산출세액이 없는 경우에도 적용한다.   6) 소득세법 제162조의3【현금영수증가맹점 가입ㆍ발급의무 등】    ① 주로 사업자가 아닌 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업자로서 업종ㆍ규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 사업자는 그 요건에 해당하는 날부터 60일(수입금액 등 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 사업자의 경우 그 요건에 해당하는 날이 속하는 달의 말일부터 3개월) 이내에 신용카드단말기 등에 현금영수증 발급장치를 설치함으로써 현금영수증가맹점으로 가입하여야 한다.    ③ 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자는 사업과 관련하여 재화 또는 용역을 공급하고 그 상대방이 대금을 현금으로 지급한 후 현금영수증의 발급을 요청하는 경우에는 그 발급을 거부하거나 사실과 다르게 발급해서는 아니 된다.    ④ 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입하여야 하는 사업자 중 대통령령으로 정하는 업종을 영위하는 사업자는 건당 거래금액(부가가치세액을 포함한다)이 10만원 이상인 재화 또는 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우에는 제3항에도 불구하고 상대방이 현금영수증 발급을 요청하지 아니하더라도 대통령령으로 정하는 바에 따라 현금영수증을 발급하여야 한다. 다만, 제168조, 「법인세법」 제111조 또는 「부가가치세법」 제8조에 따라 사업자등록을 한 자에게 재화 또는 용역을 공급하고 제163조, 「법인세법」 제121조 또는 「부가가치세법」 제32조에 따라 계산서 또는 세금계산서를 교부한 경우에는 현금영수증을 발급하지 아니할 수 있다.    ⑦ 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자는 그로부터 재화 또는 용역을 공급받은 상대방이 현금영수증의 발급을 요청하지 아니하는 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 현금영수증을 발급할 수 있다. <신설 2012.1.1>   6-1) 소득세법 시행령 제210조의3【현금영수증가맹점의 가입 등】(2023.2.28. 대통령령 제33267호로 일부 개정된 것)    ⑫ 법 제162조의3제4항 본문 또는 같은 조 제7항에 따라 현금영수증을 발급하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 날부터 5일 이내에 무기명으로 발급할 수 있다.   6-2) 조세특례제한법 집행기준 126의3-121의3-1【현금영수증 자진발급】    ① 현금영수증가맹점은 재화 또는 용역을 공급하고 소비자의 신분인식수단이 확인되지 않는 경우 소비자의 요구 여부에 관계없이 자발적으로 국세청장 지정번호(010-000-1234)로 현금영수증을 발급할 수 있다.    ② 현금영수증가맹점이 현금영수증을 자진발급한 경우 세금계산서의 발급의무가 면제되며, 현금영수증 발급 거부에 따른 불이익을 받지 아니한다.    ③ 현금영수증을 자진발급한 개인사업자는 현금영수증 발행에 따른 부가가치세 세액공제를 받을 수 있다.   7) 소득세법 제27조【사업소득의 필요경비의 계산】    ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다. <개정 2010.12.27>    ② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.    ③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.   7-1) 소득세법 시행령 제55조【사업소득의 필요경비의 계산】(2023.2.28. 대통령령 제33267호로 일부 개정된 것)    ①사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.      1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.      6. 종업원의 급여 (이 면 이하 여백)  다. 사실관계   1) 다툼이 없는 사실관계    가) 사건 진행이력 (표 생략)    나) 청구인의 총사업 내역      청구인은 1999년부터 타이어 도매업종 개인사업자 2개를 운영한 이력이 있고, 2013.5.6. 타이어 도소매업을 영위하는 쟁점사업장을 개업하여 현재까지 운영하고 있다. < 청구인의 총사업내역 >(표 생략)    다) 청구인의 부가가치세 및 종합소득세 신고내역      (1) 국세청 전산시스템 쟁점사업장 부가가치세 신고내역에 따르면, 2018.1기부터 2022.2기까지 과세기간 합계 매출액 4,944백만원, 매입액 4,535백만원, 납부세액 40,974천원으로 합계 부가율은 9.03%로 확인된다. < 쟁점사업장 부가가치세 신고 내역 >(표 생략)      (2) 국세청 전산시스템에 따르면 청구인은 쟁점사업장 사업소득만 존재하고 사업소득에 대하여는 복식부기의무자로 외부조정하여 종합소득세를 신고하였고 합계 소득률은 5.6%로 확인된다.   < 청구인의 종합소득세 확정신고 내역 >(표 생략)    라) 청구인에 대한 개인통합조사 실시      (1) 처분청은 2023.6.27.부터 2023.10.19.까지 청구인에 대하여 2018년부터 2022년 과세기간의 개인통합조사를 실시하였다.      (2) 처분청의 조사복명서에 따르면 처분청은 쟁점사업장의 매출누락액 1,460백만원(계좌현금입금 1,246백만원 + 장부(쟁점전자파일)상 과소신고 214백만원)을 확인하여, 기신고액 184백만원, 세금계산서 과다발행액 1,034백만원을 제외한 243백만원을 수입금액 신고누락액으로 최종확정 하였음이 확인된다.(표 생략)      (3) 처분청은 차명계좌1)와 쟁점계좌번호 조사를 통해 2018년～2022년 현금매출누락 1,371백만원(공급대가) 중 건당 10만원 이상 1,313백만원에 대하여, 2018.11월～12월분은 현금영수증미발급과태료(19,197천원의 50%), 2019년～2022년분은 현금영수증미발급 가산세(1,200백만원의 20%)를 부과하였음이 확인된다.(표 생략)      (4) 아울러, 처분청은 매출누락액 243백만원에 대응하는 필요경비로 매입세금계산서 과소수취 68백만원, 이DK외 2인 인건비 72백만원, 폐타이어 손금인정 14백만원 합계 154백만원을 인정한 사실이 확인된다.(표 생략)      (5) 처분청이 쟁점사업장에 대하여 조사한 주요 내용 중 243백만원 매출누락에 대한 상세내역은 다음과 같다.(표 생략)      (6) 처분청은 2023.10.20. 2018년부터 2022년까지 과세연도 종합소득세 합계 5건 284,538천원(가산세 249,720천원 포함), 2018년 제2기부터 2022년 제2기까지 과세기간 부가가치세 합계 9건 63,510천원(가산세 38,947천원포함)의 세무조사결과 통지를 하였음이 확인된다(p1〜p2참조).   2) 쟁점①관련 주장 및 사실관계 검토    가) 쟁점전산파일 관련      (1) 청구인은 2023.9.6. SS세무서 납세자보호위원회에 세무조사절차 위반(납세자 동의 없이 증빙 일시보관)에 대한 권리보호요청을 하여 2023.9.22. 시정불가 결정되었고, 2023.10.4. 국세청에 재심의 요청하였으나 2023.10.6. 착오신청으로 인한 취하 신청을 한 사실이 확인된다.(표 생략)      (2) 조사착수일인 2023.6.28. 쟁점사업장 컴퓨터에서 처분청이 쟁점전자파일을 복사하여 국세청 망간자료전송 시스템을 이용하여 국세청내부망으로 전송하였고, 처분청이「조사사무처리규정」제40조에 따른 장부 등 일시보관 안내 확인 및 동의서, 일시보관증, 일시보관 서류 등의 목록을 청구인에게 작성․교부하지 않았다는 사실에 대하여 양당사자간 이견이 없다. < 2023.6.28. 국세청 망간자료 전송내역 >(표 생략)      (3) 쟁점전산파일은 엑셀파일로 일짜별로 거래처, 품명, 공급가액 등 매출 및 매입 내역 등이 수록되어 있으며 형식은 아래와 같다.(표 생략)      (4) 2023.7.28. 청구인의 조사수임 세무대리인이 쟁점전자파일과 내용이 동일한 매입․매출장, 계좌내역, 소명자료(SSS메이트.ZIP)을 조사팀에 메일로 제출한 사실이 확인된다. < 2023.7.28. 국세청 망간자료 전송내역 >(표 생략) < 2023.7.28. 세무대리인 제출 전산파일 상세내역 >(표 생략)      (5) 처분청이 제출한 자료에 따르면 쟁점전자파일을 기초로 세금계산서합계표 등과 대사하여 매출세금계산서 과다발행 1,034백만원(OO박스(서대구)등 9개 업체), 매출과소신고 213백만원(타이어프라자 등 7개 업체)을 확정한 사실이 확인된다. < 매출세금계산서 과다발행액 >(표 생략) < 매출세금계산서 과소신고액 >(표 생략)      (6) 청구인은 2023.6.28. 조사착수 당시 ‘처분청이 회계프로그램(경영박사)이 설치된 컴퓨터를 보는 것은 허락했지만 자료를 가지고 가는 것에는 동의하지 않았다’고 주장하면서 조사당일 상황을 제출하였다. < 청구인 제출 조사당일 상황 >(표 생략)      (7) 처분청은 2023.6.28. 조사착수 당시 ‘청구인의 배우자가 쟁점전산파일의 일시보관에 동의하였다’라고 주장하면서, 일시보관 동의서가 아닌 ‘납세자권리헌장 등 수령 및 낭독 확인서(별첨 붙임1)’를 제출하였다.      (8) 처분청은 조사수임대리인 스스로 계좌입금액을 기준으로 매출누락 금액 및 세금계산서 과다발행금액을 소명하였다고 주장하면서 세무대리인의 소명자료를 제출하였다. < SSS타이어 소명자료 >(표 생략)    나) 쟁점계좌번호 관련      (1) 청구인은 2023.6.28. 조사착수 당시 ‘처분청이 쟁점계좌번호를 청구인의 동의 없이 가져갔다’고 주장하면서 ‘청구인 제출 조사당일 상황(p12 참조)’을 제출하였다.      (2) 청구인이 제출한 2023.7.5. 09:45 청구인과 처분청 공무원의 통화내용과 녹음파일에 따르면 ‘조사공무원이 차명계좌와 쟁점계좌번호에 대한 거래내역을 보내달라’는 내용이 확인된다. < 2023.7.5. 휴대전화 통화 기록 및 통화내용 >(표 생략)       처분청은 통화내용이 ‘KK은행 6155’로 쟁점계좌번호를 적어오지 않았고 일부를 기억한 것이라는 주장이나, 실제 통화내용을 확인하 바 ‘6155’인지 ‘615’인지 명확하지 않다.      (3) 처분청이 제출한 국세청 전산시스템 결재화면 카피자료에 따르면 처분청은 2023.7.6. 청구인 명의 금융자산인별통합조회를 한 사실이 확인되고, 심리담당이 확인한 조회결과에는 쟁점계좌번호 2개 모두 확인된다.(표 생략)      (4) 청구인이 제출한 ‘금융거래정보 제공사실 통보서’에 따르면 처분청은 2023.8.8. 및 2023.8.10. KK은행, 2023.8.14. DD은행에 계좌정보를 조회한 사실이 확인된다. < 금융거래정보 제공사실 통보서 >(표 생략)      (5) 처분청이 제출한 엑셀자료에 따르면 처분청은 차명계좌, 쟁점계좌번호, 사업용계좌의 2018년부터 2022년까지 거래내역 중 입금자료 12,363건 7,078백만원에 대하여 기신고 등 5,665백만원을 제외하고 1,371백만원(공급대가)를 현금매출누락으로 확정하였음이 확인된다. < 통합계좌 거래내역 검토요약 >(표 생략)      (6) 청구인은 2023.7.13. 및 2023.7.17. 2018년 제1기 과세기간 부가가치세를 수정신고하였음이 확인된다.   3) 쟁점②관련 주장 및 사실관계 검토    가) 국세청 전산시스템 등에 따르면 처분청은 쟁점계좌번호 등 조사를 통해 계좌입금 현금매출 1,423백만원 중 현금영수증 기신고분 52백만원 및 기타매출신고분 184백만원(공급가액)을 차감하여 현금매출누락을 1,063백만원(공급가액)으로 계산하였음이 확인된다.      처분청은 현금매출누락액에 장부상 매출누락금액[(도매분 매출누락 - 세금계산서 과다발행)/1.1]을 더하여 기타매출누락 243백만원으로 계산하여 제척기간이 임박한 2018.1기 부가가치세는 수정신고 하도록하고, 2018.2기부터 2022.2기까지 과세기간 부가가치세를 경정․고지 하였음이 확인된다. < 현금영수증 신고 및 지정번호 발급내역 >(표 생략)    나) 청구인은 2018.2기부터 2022.2기까지 과세기간 계좌입금매출누락액(1,129 백만원)에서 현금영수증 신고금액(285백만원) 중 현금영수증 발급일자, 금액 등이 중첩되는 47백만원만 공제한 것은 부당하고, 소비자가 특정할 수 없는 국세청 지정번호(010-000-1234) 발급액 중 미차감된 200백만원(공급가액)은 차감하여야 한다고 주장하였고,       국세청 전산시스템에 따르면 처분청은 부가가치세 신고시 현금영수증 발행금액 319백만원(현금영수증발금 325백만원) 중 계좌 현금매출누락액 중 52백만원만 기신고로 차감한 사실이 확인된다. < 현금영수증발급 및 현금매출누락 차감 내역 >(표 생략)    다) 심리담당자가 직권으로 국세청 지정번호 현금영수증발행내역을 기준으로 처분청이 제출한 현금매출누락명세서를 비교한 결과,      (1) 2022.4.29. 국세청 지정번호로 현금영수증 발급한 총 15건 6,038천원 중 기차감(1건 600천원)을 포함 계좌입금 매출누락명세에서 12건 5,571천원의 공제가능한 금액이 있는 것으로 판단된다.      (2) 처분청은 계좌입금자에 대하여 거래사실 확인을 하지 아니하여 건별로 상대방, 거래금액을 특정한 사실이 없고, 「소득세법」제81조의9제2항제3호에는 거래대금을 받은 날로부터 10일 이내(2021.12.31.까지는 7일 이내) 현금영수증을 자진발급하면 가산세 10%만 적용한다고 규정되어 있다. < 현금영수증발급 및 현금매출명세 내역 비교 >(표 생략)      (3) 아울러, 2022.4.29. 자진발급금액 중 미차감액 5,438천원에 대하여는 10일을 역산한 2022.4.19.〜2022.4.29. 계좌입금현금 매출누락명세 중 현금영수증 기신고로 차감한 금액을 제외한 33건, 10,798천원의 기신고 가능성을 배제하기 어려운 것으로 검토된다.(표 생략)    라) 국세청 전산시스템에 따르면 처분청은 계좌입금 현금매출누락액 중 현금영수증 의무발행대상 금액(1,220백만원)에 대하여 2018년 귀속(11월〜12월)은 미발급금액의 50% 과태료를 부과하고, 2019년부터 2022년까지 과세연도 분은 현금영수증미발급가산세 20%를 적용한 것으로 확인된다.(표 생략)    마) 청구인은 현금영수증미발급 가산세 대상금액에서 쟁점발급액을 제외하여야 한다고 주장하였고, 심리담당자가 확인한 결과 상기 3)의 검토내용과 같이 가산세대상이 아니거나 가산세율이 잘못 적용된 사례들이 확인된다.   4) 쟁점③관련 주장 및 사실관계 검토    가) 국세청 전산시스템에 따르면 처분청은 2024.1.3. 2018년부터 2022년까지 과세연도 종합소득세를 경정․하면서 직접금융계좌에 이체한 인건비 72,654천원을 추인한 사실이 확인되고, 2024.5.2. 이의신청 결정에 따라 2020년 과세연도 종합소득세를 이DK의 인건비 5,903천원을 추가로 추인하여 재경정한 사실이 확인된다. < 종합소득세 수입금액 및 필요경비(인건비) 경정내역 >(표 생략)    나) 처분청 제출자료를 국세청 전산시스템상 자료와 비교한 결과 근로소득지급조서 합계 39,960천원의 차이가 확인되고, 인건비로 추인한 금액도 소득세결의서와 합계 236천원 차이(연도별 차이가 큼)가 있는 것으로 확인된다. < 종업원별 필요경비(인건비) 인정내역 >(표 생략)    다) 처분청은 실제 추인할 금액이 42,025천원임에도 78,556천원으로 인건비가 36,491천원 과다추인 되었다는 오류수정자료를 제출하였다. < 처분청 수정 종업원별 필요경비(인건비) 계산내역 >(표 생략)    라) 청구인은 근로소득 지급조서로 제출한 234,182천원이외에 부외 인건비 215,613천원을 추가로 지급하여 총 인건비 지급액은 449,795천원이라고 주장하면서, 종업원들의 인건비 수령 확인서 8매(별첨 붙임2)를 제출하였는데, 그 중 이성원의 확인서에는 서명이 없는 것으로 확인된다. < 종업원별 인건비 지급명세(청구인) >(표 생략)    마) 청구인은 이DH의 근무사실을 입증하기 위하여 쟁점사업장 동일번지 스피트1급검사정비 사장 황동연의 ‘이DH의 근무사실 확인서’(별첨 붙임3)와 이DH과 2018.10.14. 및 2019.6.16. 찍은 사진 2매를 제출하였다. < 이DH과 같이 찍은 사진(청구인) >(표 생략)   5) 사전열람 결과    가) 처분청은 사전열람 후 이의신청 결과 2020년 과세연도 인건비 추가 추인한 5,903천원을 포함하여 실제 추인한 금액이 78,556천원이라는 자료를 제출하였으나, 여전히 기타 종업원 인건비 추인액 33,082천원이 어떻게 계산되었는지 확인되지 않는다. < 처분청 수정 종업원별 필요경비(인건비) 계산내역 >(표 생략)    나) 청구인은 사전열람 후 추가자료를 제출하지 아니하였다.  라. 판단   1) 쟁점①에 대하여    가) 관련 법리 및 규정      ○ 헌법 제12조 제1항에서 정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용된다(헌법재판소 1992. 2012.24. 선고 92헌가8 전원재판부 결정). 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위하여 필요불가결하며, 종국적으로는 조세의 탈루를 막고 납세자의 성실한 신고를 담보하는 중요한 기능을 수행하지만 이러한 세무공무원의 세무조사권의 행사에서도 적법절차의 원칙은 마땅히 준수되어야 한다(대법원 2014.6.26. 선고 2012두911 판결 등 참조).      ○ 「국세기본법」에 따르면, 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 되고(제81조의4 제3항), 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부등을 납세자의 동의를 받아 세무관서에 일시 보관할 수 있으며(제81조의10 제2항), 이와 같이 납세자의 장부등을 세무관서에 일시 보관하려는 경우 납세자로부터 일시 보관 동의서를 받아야 하고, 일시 보관증을 교부하여야 한다(제81조의10 제3항).    나) 위법한 세무조사에 해당하는지 여부      (1) 앞서 본 법리와 사실관계를 종합하여 인정되는 아래의 사실과 사정에 따르면, 처분청이 쟁점전자파일 및 쟁점계좌번호를 일시보관하면서 청구인의 동의를 받지 않아 조사절차를 위반한 것으로 봄이 타당하다.       (가) 처분청이 쟁점전자파일을 2023.6.28. 일시보관한 사실은 양 당사자간 이견이 없으며, 처분청은 일시보관과 관련하여 청구인의 배우자의 구두 동의가 있었다고 주장하나 「국세기본법」및「조사사무처리규정」에 따른 일시보관 안내 확인 및 동의서, 일시보관증, 일시보관 서류 등의 목록을 작성․교부하지 않았다는 것은 앞에서 살펴본 바와 같다.       (나) 아울러, 처분청이 2023.7.5. 청구인에게 쟁점계좌번호 거래내역을 요구하는 전화통화를 한 사실이 있는데, 처분청이 전산시스템에서 확인한 것은 2023.7.6.이고 청구인의 대리인이 계좌내역을 임의제출한 날은 2023.7.28.이므로 청구인의 주장과 같이 처분청이 2023.6.28. 세무조사 착수시 쟁점계좌번호를 쟁점사업장에서 확보하지 않았다면 달리 쟁점계좌번호에 대해 소명을 요구할 수는 없었을 것으로 보인다.       (다) 처분청은 쟁점전자파일 및 쟁점계좌번호가 세무조사 관련 규정이 정하는 장부등에 해당하지 아니한다는 주장이나, 전자문서 및 전자거래 기본법 제2조 제1호, 제4조 제1항에 의하면, 전자문서란 정보처리시스템에 의하여 전자적 형태로 작성, 송신ㆍ수신 또는 저장된 정보를 말하고, 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 전자적 형태로 되어 있다는 이유로 문서로서의 효력이 부인되지 아니한다고 규정되어 있는 점, 세무조사 관련 규정은 장부등에서 전자적 형태로 작성된 문서를 특별히 제외하고 있지 아니한 점, 정보처리기술의 발전에 따라 기업의 회계업무 등 업무의 전반적인 부분이 정보처리시스템에 의하여 전자적 형태로 이루어지고 있으므로, 전자적 형태로 작성된 장부등의 경우에도 위 세무조사 관련 규정들에 의하여 납세자의 권리를 보호할 필요성이 높은 점 등을 종합하여 보면, 쟁점전자파일 및 쟁점계좌번호가 위 각 세무조사 관련 규정이 정하는 장부등에 해당하지 아니한다고 볼 수 없다.       (라) 처분청이 제출한 조사자료에 따르면, 쟁점전자파일을 기초로 매출세금계산서 과다발행 1,034백만원, 매출과소신고 213백만원을 확정하였고, 쟁점계좌번호를 포함한 4개의 계좌내역 조사를 통해 현금매출누락 1,371백만원(공급대가)를 확정하였음을 부인하기 어렵다.      (2) 이에 따라 처분청이 이 사건 처분을 하면서 쟁점전자파일 및 쟁점계좌번호와 관련된 부분은 위법한 세무조사에 기초하여 이루어진 것이므로 잘못이 있는 것으로 판단된다.   2) 이에 따라 쟁점②, 쟁점③에 대하여는 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다. 5. 결론    이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 붙임 1, 2, 3 (생략)