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법원 판결판결법인세

분식회계로 인한 경정청구시 즉시환급 여부

대법원-2022-두-33811선고일 2026.10.30

AI 분석

참고자료 · 전문가 검토 전

핵심 요약

원고는 분식회계로 인한 경정청구를 하였고, 이에 대해 금융당국의 제재조치가 필요하다는 판단이 내려졌다. 원고의 상고는 기각되었으며, 상고비용은 원고가 부담하게 되었다.

사실관계

원고는 조선업체로, 외부감사인에 의해 영업손실이 확인되었고, 이에 따라 재무제표를 정정공시하였다. 원고는 피고 B세무서장에게 법인세 감액경정을 청구하였으나, 피고는 이를 거부하였다.

주요 쟁점

  • 분식회계로 인한 경정청구의 적법 여부는 무엇인가?
  • 금융당국의 제재조치가 경정결정에 미치는 영향은 무엇인가?
  • 상고이유의 적법성 여부는 어떻게 판단해야 하는가?

원고 주장

원고는 경정청구가 적법하다고 주장하며, 금융당국의 제재조치가 경정결정에 영향을 미쳐야 한다고 주장하였다.

피고 주장

법원은 원고의 주장을 받아들이지 않고, 금융당국의 제재가 경정결정 시점까지 존재하면 충분하다고 판단하였다.

판단 요지

  • 상고를 모두 기각하며, 원고가 상고비용을 부담한다.
  • 피고 B세무서장 및 C세무서장이 각각 상고비용을 부담한다.
  • 원고의 경정청구는 적법하나, 금융당국의 제재가 필요하다.

판단 근거

법원은 원고의 경정청구가 적법하다고 보았으나, 금융당국의 제재조치가 경정결정에 필수적이라는 원고의 주장을 기각하였다.

주문

상고를 모두 기각한다.

본 요약은 AI를 활용하여 생성된 참고자료입니다. 정확한 법적 판단을 위해서는 원문과 관련 법령을 확인해야 합니다.

원문

원문 전문 보기14,696자
요지 분식회계로 인한 경정청구시 금융당국의 제재조치 요건은 과세관청이 경정결정을 하는 시점까지 있으면 족한 것으로 세액공제 적용 적법함 판결내용 판결 내용은 붙임과 같습니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 사 건 2022두33811 법인세 경정청구 거부처분 취소소송 등 원 고 A주식회사 피 고 B세무서장 외 2명 원 심 판 결 2022. 1. 14. 판 결 선 고 2026. 10. 30.   주 문   상고를 모두 기각한다. 상고비용 중 원고의 상고로 생긴 부분은 원고가 부담하고, 피고 겸 주위적 피고 B세무서장 및 예비적 피고 C세무서장의 상고로 생긴 부분은 위 피고들이 각각 부담한다.     이 유   상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.   1. 사안의 개요 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 가. 원고는 각종 선박과 해양플랜트 등을 설계, 제작 및 판매하는 조선업체이다. 원고의 본점은 당초 ○○ ○구 ○동에 있다가 2016. 8. 26. ○○시로 이전하였다. 나. 원고의 외부감사인은 2015 사업연도에 관한 회계감사를 수행하다가 *조 *,***억원의 영업손실을 확인하고, 그중 *조 *,***억 원은 2013, 2014 사업연도로 귀속되어야 한다고 보아 원고에게 관련 재무제표의 정정공시를 요구하였다. 이에 따라 원고는 2016. 4. 14. 2013, 2014 사업연도 재무제표를 정정공시하였다. 다. 원고는 2016. 6. 7. 피고 겸 주위적 피고 B세무서장(이하 ‘피고 B세무서장’이라고만 한다)에게 ‘공사진행률 오류로 공사수익이 과다 계상되었고, 그 결과 관련 사업연도 법인세 과세표준 및 세액이 과다하게 신고․납부되었다’는 이유로, 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항에 따라 정정공시 내용에 근거하여 2013, 2014 사업연도의 법인세 및 농어촌특별세에 대한 감액경정 및 그에 따른 환급을 청구하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라고 한다). 구체적으로 원고는 재무제표 정정공시 내용을 반영하여 각 해당 사업연도 매출액을 사업연도별로 다시 계산하였고, 나아가 위와 같은 과세표준의 감액에 따라 발생하는 접대비 한도초과 등을 반영하여 이 사건 경정청구를 하였다. 라. 원고는 피고 B세무서장이 이 사건 경정청구를 받은 날부터 2개월 이내에 아무런 통지를 하지 않자, 2016. 8. 8. 구 국세기본법 제45조의2 제3항 단서에 따라 이 사건 경정청구를 거부한 것으로 보아(이하 ‘이 사건 간주 거부처분’이라고 한다) 2016. 12. 20. 조세심판원에 그 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2018. 4. 26. 이를 기각하였다. 마. 증권선물위원회는 2017. 3. 8. 원고가 재무제표를 작성․공시함에 있어 매출을 과대계상하는 등 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」을 위반하였다는 이유로 원고에게 재무담당임원 해임권고, 지적사항의 회계장부 및 재무제표 반영 등을 내용으로 하는 제재조치를 하였다. 바. D지방국세청장은 원고에 대하여 2013 사업연도부터 2015 사업연도까지의 법인세 통합조사를 실시하였고(이하 ‘이 사건 세무조사’라고 한다), 이후 2017년 5월경 원고가 분식회계로 과다신고한 매출액을 익금불산입하고, 임원 성과급 지급분 등에 관한 부분을 익금산입하도록 하는 내용의 관련 과세자료를 당시 관할청인 예비적 피고 C세무서장(이하 ‘피고 C세무서장’이라고만 한다)에게 통보하였다. 사. 위 과세자료 통보에 따라 피고 C세무서장은 2017. 12. 15. 원고의 2013, 2014 사업연도 법인세 과세표준 및 총 결정세액 일부를 감액경정하는 한편(이하 ‘이 사건 감액경정’이라고 한다), 이 사건 경정청구 중 일부를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라고 한다). 피고 C세무서장이 이 사건 경정청구 중 일부를 거부한 이유는, 과다 익금으로 계상한 금액을 당초 원고가 신고했던 금액과 달리 판단하였기 때문으로, 피고 C세무서장이 통보된 과세자료에 따라 원고의 2013, 2014 사업연도에 추가로 익금에 산입하거나 손금에 불산입한 주요 내용에는, ① 임직원 성과상여금, ② 상환유예 매출채권의 미수이자, ③ 아랍에미리트 소재 회사인 E(이하 ‘E’라고 한다)에 대한 컨설팅 자문료, ④ 자회사인 주식회사 F에 지급한 설계용역비, ⑤ 퇴직 임원 등 고문들에게 지급한 고문료 등이 포함되었다. 피고 C세무서장은 최종적으로 이 사건 경정청구에 대하여 2013 사업연도 과세표준 약 *,***억 원, 2014 사업연도 결손금 약 *,***억 원에 대한 경정을 거부하였다. 아. 원고가 이 사건 거부처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하자, 피고 C세무서장은 어드레스 커미션, G 등에 지급한 업무무관 비용, 업무무관 대여금에 관한 과세조치를 직권취소한 데 이어, 조세심판원이 손망실에 관한 과세조치 역시 위법하다고 판단함에 따라(다만 위 ①부터 ⑤까지에 관한 과세조치는 적법하다고 판단하였다) 2019. 7. 12. 원고에게 추가로 2013, 2014 사업연도 법인세 및 농어촌특별세에 대한 감액경정을 하였다. 피고 C세무서장은 위와 같이 감액경정을 하면서 감액된 세액을 즉시 환급하는 대신 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되고 2017. 10. 31. 법률 제15022호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 후 법인세법’이라고 한다) 제58조의3에 규정된 ‘사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제’ 방식(경정일이 속하는 사업연도부터 각 사업연도의 법인세액에서 과다 납부한 세액을 공제하는 방식)을 적용하였다. 피고 C세무서장의 이 사건 거부처분 관련 직권 취소 및 감액경정에 따라 원고에게 환급해 주어야 할 국세환급금 합계액 중 이 사건 소에서 원고가 구하고 있는 금액은 ***,***,***,***원(이하 ‘이 사건 국세환급금’이라고 한다)이다. 자. 한편 D지방국세청장은 이 사건 세무조사 결과 2012년 1기부터 2015년 2기까지의 과세기간에 이루어진 매입세액 공제항목과 관련하여, 원고가 2013년부터 2015년까지 사내협력사들에게 지급한 생산장려금, 경영위기극복격려금, 특별지원금 및 부가지원금(이하 통틀어 ‘이 사건 지원금’이라고 한다)의 경우, 사내협력사들로부터 원고가 제공받은 용역과 직접적인 대가관계가 있다고 보기 어렵고, 원고 소속 직원인 H가 2012년부터 2015년까지 횡령한 **,***,***,***원(이하 ‘이 사건 횡령금’이라고 한다) 상당의 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 내용의 과세자료를 피고 B세무서장에게 통보하였다. 이에 피고 B세무서장은 2017. 12. 14. 이 사건 지원금 및 횡령금 관련 매입세액을 불공제하고, 이 사건 횡령금 부분에 대해서는 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 14382호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호에 따른 10년의 부과제척기간과 같은 법 제47조의3 제2항에 따른 부당과소신고가산세의 세율(40%)을 적용하여, 원고에게 2012년 1기부터 2025년 2기까지의 각 부가가치세(가산세 포함)를 부과하였다(이하 위 각 부과처분 중 직권취소된 부분을 제외한 나머지 부분을 통틀어 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라고 한다). 2. 이 사건 소 중 피고 B세무서장을 주위적 피고로 한 청구 부분의 적법 여부 (원고의 제4 상고이유 관련) 가. 관련 규정 및 법리 1) 위법한 행정처분의 취소를 구하는 소는 위법한 처분에 의하여 발생한 위법상태를 배제하여 원상으로 회복시키고, 그 처분으로 침해되거나 방해받은 권리와 이익을 보호ㆍ구제하고자 하는 소송이므로, 처분 후의 사정에 의하여 권리와 이익의 침해 등이 해소된 경우에는 그 처분의 취소를 구할 소의 이익이 없다(대법원 2005. 5. 13. 선고 2004두4369 판결 등 참조). 2) 행정소송법 제13조 제1항은 “취소소송은 다른 법률에 특별한 규정이 없는 한 그 처분 등을 행한 행정청을 피고로 한다. 다만, 처분 등이 있은 뒤에 그 처분 등에 관계되는 권한이 다른 행정청에 승계된 때에는 이를 승계한 행정청을 피고로 한다.”라고 규정하고 있다. 여기서 ‘그 처분 등에 관계되는 권한이 다른 행정청에 승계된 때’라고 함은 처분 등이 있은 뒤에 행정기구의 개혁, 행정주체의 합병ㆍ분리 등에 의하여 처분청의 해당 권한이 타 행정청에 승계된 경우뿐만 아니라 처분 등의 상대방인 사인의 지위나 주소의 변경 등에 의하여 변경 전의 처분 등에 관한 행정청의 관할이 이전된 경우 등을 말한다(대법원 2000. 11. 14. 선고 99두5481 판결 참조). 법인세법 제9조 제1항, 제11조 제1항에서는, 내국법인의 법인세 납세지는 그 법인의 등기부에 따른 본점 또는 주사무소의 소재지이고, 법인은 납세지가 변경된 경우에는 그 변경된 날부터 15일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 변경 후의 납세지 관할세무서장에게 이를 신고하여야 한다고 규정하고 있다. 국세기본법 제43조 제1항, 제44조, 국세기본법 시행령 제24조에서는, 과세표준신고서는 신고 당시 해당 국세의 납세지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 하고, 국세의 과세표준과 세액의 결정 또는 경정결정은 그 처분 당시 해당 국세의 납세지를 관할하는 세무서장이 하되, 관할 세무서장 외의 세무서장에게 제출되는 과세표준신고서에 대해서는 관할 세무서를 밝혀 그 세무서장에게 제출하도록 하여야 하며, 이 경우 해당 과세표준신고서를 접수한 후 소관이 아님을 알게 되었을 때에는 그 신고서를 관할 세무서장에게 지체 없이 송부하고, 그 뜻을 적은 문서로 해당 납세자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있다. 나. 판단 원심은, 원고가 피고 B세무서장을 상대로 이 사건 간주 거부처분에 대해 불복을 제기한 이후 피고 C세무서장이 이 사건 거부처분을 명시적으로 한 이상, 그 후로 원고가 이 사건 간주 거부처분에 대해 다투는 것은 더는 권리보호의 이익이 없을 뿐만 아니라, 원고의 본점 이전으로 이 사건 경정청구에 대한 경정 권한이 피고 B세무서장에서 피고 C세무서장으로 변경됨에 따라 행정소송법 제13조 제1항 단서에 의해 피고 B세무서장은 피고적격이 없게 되었다는 등의 판시와 같은 이유로, 이 사건 소 중 원고가 피고 B세무서장을 주위적 피고로 하여 이 사건 간주 거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다고 판단하였다. 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 법리 및 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 권리보호이익과 피고적격에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다. 3. 이 사건 국세환급금의 환급에 적용되는 규정의 해석에 대하여(원고의 제1, 2, 3 상고이유 관련) 가. 관련 규정의 개정 연혁 법인이 분식회계로 법인세를 과다하게 신고ㆍ납부하였다가 사후에 즉시 환급을 구하는 경우 이를 제한할 수 있는지에 관하여는 과거 별도의 규정이 없었다. 그러다가 법인세법이 2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되면서, 기업이 사실과 다른 회계처리로 우량기업을 가장함으로써 주주ㆍ채권자 및 사회에 적지 않은 피해를 초래하고도 분식회계 후 세금을 그대로 환급받는 것을 제한하기 위한 조문이 신설되었다. 즉, 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 법인세법’이라고 한다) 제58조의3, 제66조 제2항 제4호, 제72조의2(이하 통칭하여 ‘개정 전 세액공제환급 규정’이라고 한다)는, 일정한 요건이 충족되는 경우, 분식회계로 과다납부한 세액은 경정일이 속하는 사업연도의 개시일부터 5년 동안 각 사업연도의 법인세액에서 공제하고, 공제 후 남은 금액이 있으면 해당 환급금과 환급가산금을 즉시 지급하도록 규정하였다. 이후 분식회계에 대한 제재를 더욱 강화하기 위해 개정 전 세액공제환급 규정의 내용이 개정 후 법인세법 제58조의3(이하 ‘개정 후 세액공제환급 규정’이라고 하고, 개정전 세액공제환급 규정과 통틀어 ‘개정 전후의 세액공제환급 규정’이라고 한다)으로 통합되면서(위 제66조 제2항 제4호, 제72조의2는 삭제됨), 개정 후 세액공제환급 규정이 정한 요건이 충족된 경우, 과다 납부한 세액은 그 100분의 20을 한도로 각 사업연도의 법인세액에서 공제되고, 남은 금액은 이후 사업연도에 이월하여 공제되도록 하였다. 법인세법 부칙(2016. 12. 20.) 제1조 본문은 “이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다.”라고 규정하고, 부칙 제2조는 일반적 적용례에 관하여 “이 법은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.”라고 규정하고 있다. 부칙 제5조는 “제58조의3의 개정규정은 이 법 시행 이후 경정하는 분부터 적용한다.”라고 규정하고 있다(이하 ‘이 사건 부칙규정’이라고 한다). 나. 이 사건 부칙규정 및 개정 후 세액공제환급 규정의 해석 이 사건 부칙규정은 앞서 본 바와 같이 ‘사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제에 관한 적용례’로서, 2017. 1. 1. 이후 과세관청이 경정하는 분부터 개정 후 세액공제환급 규정을 적용하도록 정하고 있다. 그리고 여기서의 ‘경정’은 납세자의 ‘경정청구’와는 구별되는 용어로서, 과세관청이 납세자의 경정청구를 받아 직권으로 행하는 ‘경정결정’이라는 점 역시 그 문언으로부터 도출된다. 이에 따라 분식회계로 법인세를 과다하게 신고ㆍ납부한 납세자인 법인이 개정 후 법인세법의 시행일인 2017. 1. 1. 이전에 개정 전 세액공제환급 규정에 따라 경정청구를 하였을지라도, 과세관청이 2017. 1. 1.이 도과한 이후에 경정결정을 하게 된 경우에는 과세관청이 정당한 이유 없이 처리를 지연하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 개정 후 세액공제환급 규정이 적용된다고 보아야 한다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다. 1) 행정처분은 그 근거 법령이 개정된 경우에도 경과규정에서 달리 정함이 없는 한 처분 당시 시행되는 개정 법령과 그에 정한 기준에 의하는 것이 원칙이다. 그 개정 법령이 기존의 사실 또는 법률관계를 적용대상으로 하면서 국민의 재산권과 관련하여 종전보다 불리한 법률효과를 규정하고 있는 경우에도, 그러한 사실 또는 법률관계가 개정 법령이 시행되기 이전에 이미 완성 또는 종결된 것이 아니라면 이를 헌법상 금지되는 소급입법에 의한 재산권 침해라고 할 수는 없다. 다만, 그러한 개정 법령의 적용과 관련하여서는 개정 전 법령의 존속에 대한 국민의 신뢰가 개정 법령의 적용에 관한 공익상의 요구보다 더 보호가치가 있다고 인정되는 경우에 그러한 국민의 신뢰를 보호하기 위하여 그 적용이 제한될 여지가 있을 따름이다. 그리고 이러한 신뢰보호의 원칙위배 여부를 판단하기 위해서는 한편으로는 침해받은 이익의 보호가치, 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다른 한편으로는 개정 법령을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교ㆍ형량하여야 한다(대법원 2006. 11. 16. 선고 2003두12899 전원합의체 판결, 대법원 2009. 9. 10. 선고 2008두9324 판결 등 참조). 2) 개정 후 세액공제환급 규정은 분식회계에 대한 제재를 한층 강화하기 위해 도입되었다. 이 사건 부칙규정은 개정 후 법인세법의 시행 전에 과세관청이 경정청구를 인용하는 감액경정을 함으로써 이미 성립한 납세자의 환급청구권에 대해 소급하여 개정 후 세액공제환급 규정을 적용하도록 한 것이 아니라, 개정 후 법인세법의 시행 후에 이루어진 과세관청의 감액경정에 따른 환급청구권에 한하여 개정 후 세액공제환급 규정을 적용하도록 하고 있다. 따라서 경정청구가 개정 전 법인세법이 시행될 당시에 있었더라도 과세관청의 경정결정 당시의 개정 후 세액공제환급 규정을 적용한다고 하여 이를 소급입법이라 할 수는 없다. 3) 기업의 재무상태에 관한 정보를 허위로 제공함으로써 거래상대방의 의사결정을 왜곡시키고 더 나아가 투자자와 채권자 등을 기망하여 시장의 신뢰기반을 훼손하는 행위인 분식회계의 경우, 이를 저지른 납세자가 통상의 경정청구와 마찬가지로 아무런 제약 없이 분식회계 후 세금을 돌려받는 것은 사회적으로 쉽게 용인되기 어렵다. 개정 전 세액공제환급 규정 역시 분식회계에 대해 세제상 불이익을 주기 위한 조항으로서 위 규정이 이미 도입된 것 자체만으로 분식회계를 저지른 자에 대해 조세법적 측면에서 모종의 제약이 따르리라는 점이 납세자에게 일반적으로 받아들여진 것으로 볼 수 있기도 하다. 따라서 분식회계를 저지른 납세자로서는 경정청구 당시 자신에게 상대적으로 유리한 내용의 개정 전 세액공제환급 규정이 과세관청의 향후 경정결정 시점까지 그대로 존속되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없고, 그러한 기대나 신뢰가 개정 후 세액공제환급 규정의 적용에 관한 공익상 요구보다 더 보호가치가 있다고 하기도 어렵다. 4) 나아가 개정 후 세액공제환급 규정이 적용되기 위해서는 ‘과세표준 및 세액을 과다하게 계상한 것에 대하여 납세자가 경정을 청구하여 경정을 받은 경우’로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하게 된 이유가 ‘수익 또는 자산을 과다 계상하거나 손비 또는 부채를 과소 계상한 것, 즉 분식회계에 기인하고(개정 후 법인세법 제58조의3 제1항 제1호), 이러한 분식회계에 관하여 금융당국의 제재조치를 받을 것(같은 항 제2호)의 두 가지 요건이 모두 충족되어야 한다. 이는 조문 위치 등이 달라졌을 뿐 개정 전 세액공제환급 규정에서도 마찬가지이다. 이처럼 개정 전후의 세액공제환급 규정에서, 환급의 원인이 된 감액경정이 분식회계로 인해 이루어질 것을 요하면서, 더 나아가 금융당국의 제재조치를 받을 것을 명시적인 요건으로 정한 것은, 과세관청이 경정결정을 하는 시점에 이르러 금융당국의 제재조치를 분식회계 유무의 판단 기준으로 삼기 위해서라고 봄이 타당하다. 즉, ‘금융당국의 제재조치’라는 요건은 ‘납세자의 경정청구’를 금융당국의 제재조치가 있은 뒤의 것으로 시간적으로 한정함으로써 개정 전후의 세액공제환급 규정이 적용될 수 있는 범위를 제한하기 위한 취지라고 볼 수 없다. 따라서 금융당국의 제재조치는 과세관청이 경정결정을 하는 시점까지 있으면 족한 것이지, 개정 전후의 세액공제환급 규정이 적용되기 위해 금융당국의 제재조치가 납세자가 경정청구를 하기 이전에 이루어질 것을 요하는 것은 아니다. 5) 개정 전후의 세액공제환급 규정은 물론 이 사건 부칙규정에서의 각 ’경정‘은 과세관청이 경정청구에 따라 실제 행하는 경정결정을 의미한다. 구 국세기본법 제45조의2 제3항 단서는 경정청구를 한 자가 경정청구 이후 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청, 심사청구, 심판청구 등을 할 수 있도록 규정하고 있는데, 위 단서 규정에 따라 간주되는 과세관청의 거부처분은 여기서의 ‘경정’에 해당하지 않는다. 개정 전후의 세액공제환급 규정 및 이 사건 부칙규정에서의 각 ‘경정’이 경정청구 이후 2개월이 경과하기 전에 이루어진 것으로 제한된다고도 볼 수 없다. 다. 판단 원심은, 이 사건 부칙규정이 소급입법금지의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 등 헌법에 위배되지 아니하여 헌법에 합치된다고 보고, 나아가 피고 측에서 임의로 이 사건 감액경정 시점을 늦춘 것으로는 보기 어렵다는 전제하에, 이 사건 부칙조항에 따라 개정후 세액공제환급 규정을 적용하여 이 사건 거부처분의 위법 여부를 판단하였다. 이러한 원심의 판단은 앞서 본 법리에 기초한 것으로서, 거기에 상고이유 주장과 같이 이사건 부칙규정 및 개정 후 세액공제환급 규정의 위헌성 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다고 할 수 없다. 4. 원고가 분식회계에 따른 결과로 직원들에게 지급한 상여금의 손금불산입 여부(원고의 제5 상고이유 관련) 가. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조는 제1항에서 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.”라고 규정하면서, 제2항에서 “제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”라고 규정하고 있다. 여기에서 말하는 ‘일반적으로 인정되는 통상적인 비용’이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미한다. 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것인데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외되며, 수익과 직접 관련된 비용에 해당한다고 볼 수도 없다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두51310 판결 등 참조). 법인의 대표자나 해당 법인을 실질적으로 경영하면서 사실상 대표하고 있는 자가 분식회계를 통해 해당 법인의 경영성과를 부풀린 다음 이를 토대로 일정 수준의 목표달성을 전제로 하는 성과급을 임직원 등에게 지급하는 경우, 이러한 성과급은 그 지급이 배임적인 것으로 평가되는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용으로서 구 법인세법 제19조 제2항에서 말하는 ‘일반적으로 인정되는 통상적인 비용이나 수익과 직접 관련된 비용’에 해당한다고 볼 수 없고, 따라서 손금에 산입할 수 없다고 봄이 타당하다(대법원 2026. 8. 12. 선고 2022두42020 판결 참조). 나. 원심은, 원고가 노동조합과의 협약에 근거하여 2013년부터 2015년까지 원고 소속 직원들에게 지급한 상여금은 원고의 대표자 등이 저지른 분식회계의 결과 나타난 가공의 당기순이익 및 영업이익을 토대로 한 것으로, 이러한 분식회계가 없었더라면 애초에 그 지급이 이루어지지 않았을 것이라는 등의 판시와 같은 이유로, 위 상여금은 사회질서를 위반하여 지출된 것으로서 구 법인세법 제19조 제1항에서 정한 손금에 해당하지 않는다고 판단하였다. 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 법리 및 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 직원 상여금의 손금성 판단 및 증명책임 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 5. 원고의 선주사들에 대한 매출채권 미수이자의 익금산입 여부(원고의 제6 상고이유 관련) 가. 법인세법 제40조 제1항은, 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있다. 이때 익금 확정이란 과세대상 소득이 실현될 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되었음을 의미한다. 법인세법에서는 소득세법상 이자소득과는 달리 채무자의 무자력으로 인한 회수불능의 채권을 법인의 각 사업연도 소득을 계산할 때 대손금으로 익금에서 공제되는 손금에 산입하게 되어 있다. 이를 고려하면, 법인세법상 이자채권으로 인한 소득의 확정은 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되었는지의 여부에 따르는 것이 타당하고, 채무자의 자산 부족으로 이자채권이 현실적으로 변제될 가능성이 없다는 사정은, 회수불능으로 확정된 때에 대손금으로 처리할 수 있는 사유가 될 뿐이다(대법원 2005.5. 26. 선고 2003두797 판결 등 참조). 나. 원심은, 원고가 선주사 4곳과 매출채권에 대한 상환유예약정을 체결하고 선박건조대금 지급을 유예한 기간 그에 대한 이자를 지급받기로 약정한 이상, 그 이자는 약정에서 정한 이자지급일이 속하는 사업연도에 이자수익이 실현될 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙․확정되었다고 볼 수 있고, 선주사의 경영악화는 해당 이자채권이 회수불능으로 확정된 때에 대손금으로 처리할 수 있는 사유가 될 뿐이지 그로 인하여 이자수익의 귀속시기를 달리 볼 수 없다는 이유로, 위 상환유예약정에 따른 해당 이자수익은 그 이자지급기일이 속한 2013, 2014 사업연도 익금으로 귀속되어야 한다고 판단하였다. 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 이자수익의 성숙․확정 시점 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 6. 원고가 외부 고문들에게 지급한 고문료를 손금불산입한 과세조치의 절차상․실체상 하자 여부(원고의 제7 상고이유 관련) 가. 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제81조의12 본문은, 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사 결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있고, 구 국세기본법 시행규칙(2018. 3. 19. 기획재정부령 제665호로 개정되기 전의 것) 제37조는, 법 제81조의12에 따른 세무조사의 결과 통지는 별지 제56호 서식의 세무조사 결과 통지서에 따른다고 규정하고 있다. 위 서식에서는 ‘소득금액 변동 명세(법인세법에 따른 소득처분)’란에 소득종류를 기재하도록 하고 있다. 나. 원심은, 피고 C세무서장이 이 사건 거부처분 과정에서 업무무관비용으로 보아 2013, 2014 사업연도에 손금불산입한 고문료와 관련하여, D지방국세청장이 그 소득처분을 ‘상여’로 기재한 세무조사 결과 통지를 하였다가 이후 피고 C세무서장이 소득처분을 ‘기타소득’으로 하는 내용의 소득금액변동통지를 하였더라도, 이로 인해 원고가 과세전적부심사의 기회를 박탈당하였다고 보기 어렵다는 이유로, 이 사건 거부처분에 절차적 하자가 존재한다는 원고 주장을 배척하였다. 나아가 원심은, 원고가 고문 등 위촉 및 운영에 관한 근거 규정을 제대로 마련하지 않은 채 별다른 검증 없이 대표이사 임의로 고문들을 위촉하여 왔고, 일부 고문의 경우 위촉 경위도 제대로 확인되지 않는 점, 원고가 구체적인 보수기준에 따르지 않고 고문들에게 정기적으로 거액의 고문료를 지급하여 온 반면, 고문들이 구체적으로 수행한 업무 활동 내용은 제대로 확인되지 않는 점 등을 근거로, 이 사건 고문료는 원고의 사업상 필요에 따라 통상적인 범위 내에서 지출된 돈으로서 손금의 요건을 갖추었다고 볼 합리적인 근거 및 사정을 찾기 어려우므로, 피고가 이 사건 고문료를 2013, 2014 사업연도 손금에서 제외한 것은 적법하다고 판단하였다. 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 고문료에 관한 세무조사 결과 통지의 절차적 하자 및 손금 요건 충족 여부에 관한 실체적 하자 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다. 7. 피고 C세무서장의 상고이유에 대하여 가. 원고가 선박 수주 과정에서 컨설팅계약에 따라 지급한 자문료의 손금산입 여부 원심은 판시와 같은 이유로, 원고가 2013, 2014 사업연도에 E에 지급한 금원은 자문용역의 대가이자, 선박 수주 과정에서 사업상 필요에 따라 지출한 것으로서, 사업관련성과 통상성 및 수익관련성을 모두 갖추었으므로, 위 각 사업연도의 손금으로 인정되어야 한다고 판단하였다. 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 자문료의 손금 요건 충족 여부에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다. 나. 설계용역비에 대한 부당행위계산 부인 규정의 적용 여부 원심은 판시와 같은 이유로, 원고가 2013년부터 2015년까지 자회사인 주식회사 F에 설계용역비를 지급한 행위는 부당행위계산 부인의 대상으로 볼 수 없고, 나아가 피고 C세무서장이 비교 대상으로 삼은 사외협력사에 대한 거래단가 역시 원고와 위 회사 간 거래의 ‘시가’로 볼 수 없다고 판단하였다. 원심판결 이유를 관련 규정과 앞서 본 법리 및 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 부당행위계산 부인의 판단 기준에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다. 8. 피고 B세무서장의 상고이유에 대하여 가. 원고가 사내협력사들에게 지급한 지원금의 매입세액 공제 여부 원심은 판시와 같은 이유로, 원고가 사내협력사들로부터 제공받은 용역과 이 사건 지원금 사이에 대가관계가 인정된다고 판단하였다. 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 매입세액공제 대상 여부에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다. 나. 이 사건 횡령금 관련 장기부과제척기간의 적용 및 부당과소신고가산세의 적법 여부 원심은 판시와 같은 이유로, 원고가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 것으로 볼 수 없고, 따라서 이 사건 횡령금과 관련된 이 사건 부가가치세 부과처분의 경우 10년의 장기부과제척기간 및 부당과소신고가산세가 적용될 수 없다고 판단하였다. 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 장기부과제척기간과 부당과소신고가산세에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다. 9. 결론 상고를 모두 기각하고 상고비용 중 원고의 상고로 생긴 부분은 원고가, 피고 B세무서장 및 피고 C세무서장의 상고로 생긴 부분은 위 피고들이 각각 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

출처: 국세법령정보시스템 원문

인용 판례

원문에서 인용된 판례입니다. CTA-UNITY에 수록된 자료는 링크로 연결됩니다.

  • 대법원 2005.05.13. 선고 2004두4369
  • 대법원 2006.11.16. 선고 2003두12899 전원합의체
  • 대법원 2017.10.26. 선고 2017두51310