사업의 계속성 요건 판단 시 가동중단한 중복자산을 승계한 고정자산에서 제외 가능한지 여부

요지 사업재편계획에 따라 합병하는 경우 사업의 계속성 요건 판단시 가동중단한 중복자산은 승계한 고정자산에서 제외됨 답변내용 귀 세법해석 사전답변 신청의 경우, 재정경제부 해석사례(재정경제부 법인세제과-667, 2026.10.19.)를 참조하시기 바랍니다. ○ 재정경제부 법인세제과-667, 2026.10.19. ｢조세특례제한법｣ 제121조의31제1항에 따른 사업재편계획에 따라 내국법인 간에 합병하는 경우, 합병당사법인의 사업에 직접 사용되던 자산으로서 그 용도가 동일하거나 유사한 사업용유형고정자산은 같은 법 시행령 제116조의35제2항에 따른 중복자산에 해당하는 것이며, 해당 중복자산은 같은 조 제3항에 따라 「법인세법 시행령」 제80조의2 제7항 및 제80조의4제8항을 적용할 때 피합병법인으로부터 승계한 고정자산에서 제외되는 것임 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1. 사실관계 ○ 질의법인과 □□주식회사는 통합법인 설립을 위하여   - □□주식회사는 □□주식회사 소유의 **공장을 물적분할하고 질의법인은 분할신설법인을 흡수합병하는 방안을 추진 예정임(이하 ‘본건 사업재편계획’)  ○ 한편, 본건 사업재편계획에 의한 실행방안 중 하나로 □□주식회사가 소유한 **공장의 가동을 중단하는 계획안이 예정되어 있는데,   - 이는 질의법인이 피합병법인으로부터 승계한 **공장에는 합병 전 질의법인이 이미 보유하고 있던 설비와 용도가 동일하거나 유사한 자산이 상당수 존재하는바   - 석유화학업계를 둘러싼 시장환경의 변화에 맞춰 중복되는 자산에 대해 즉시 가동을 중단함으로써 생산의 효율성을 제고하는데 그 목적이 있음 2. 질의내용 ○ 사업재편계획에 따른 합병 시 발생한 중복자산의 가동을 중단하는 경우   - ｢조세특례제한법 시행령｣ 제116조의35제3항에 따라 해당 중복자산을 피합병법인으로부터 승계한 고정자산에서 제외 가능한지 3. 관련법령 조세특례제한법 제121조의31 【합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례】  ① 대통령령으로 정하는 사업재편계획(이하 이 조에서 "사업재편계획"이라 한다)에 따라 내국법인 간에 2026년 12월 31일까지 합병(분할합병을 포함하며, 같은 업종 간의 합병으로 한정한다)함에 따라 중복자산이 발생한 경우로서 합병법인이 합병등기일부터 1년 이내에 그 중복자산을 양도하는 경우 그 중복자산을 양도함에 따라 발생하는 양도차익(그 중복자산에 대한 합병평가차익 및 분할평가차익을 포함한다)에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도의 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.  ② 제1항을 적용받은 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 법인세에 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은 「법인세법」제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.   1. 삭제 <2016.12.20>   2. 합병등기일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우   3. 대통령령으로 정하는 사유에 해당하여 사업재편계획의 승인이 취소된 경우  ③ 사업재편계획을 이행하는 내국법인은 사업재편계획의 내용 및 그 이행실적을 매년 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.  ④ 제1항을 적용하는 경우 중복자산의 범위, 양도차익명세서의 제출 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2016.12.20> ○ 조세특례제한법 시행령 제116조의35 【합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례】  ① 법 제121조의31제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 사업재편계획"이란 「기업 활력 제고를 위한 특별법」제9조제2항 각 호에 이 조 제2항의 합병당사법인 간의 합병계획이 포함되어 있는 것으로서 같은 법 제10조에 따라 주무부처의 장(이하 이 조에서 "사업재편계획승인권자"라 한다)이 승인한 계획(이하 이 조에서 "사업재편계획"이라 한다)을 말한다.  ② 법 제121조의31제1항 전단에 따른 중복자산의 범위는 합병당사법인(분할합병의 경우를 포함한다)의 사업에 직접 사용되던 자산으로서 그 용도가 동일하거나 유사한 사업용유형고정자산으로 한다.  ③ 제2항에 따른 중복자산은 「법인세법 시행령」제80조의2제7항 및 제80조의4제8항을 적용할 때 피합병법인으로부터 승계한 고정자산에서 제외한다. <개정 2017.2.7., 2020.2.11.>  ④ 법 제121조의31제1항 전단에 따라 익금에 산입하지 아니하는 금액은 제1호 및 제2호에 따른 금액을 합한 금액으로 한다. <개정 2017.2.7, 2019.2.12>   1. 중복자산의 양도가액에서 장부가액과 중복자산의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따른 결손금(이하 이 조에서 "이월결손금"이라 한다)의 합계액을 차감한 금액. 이 경우 해당 내국법인이 무상으로 받은 자산의 가액이나 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액으로 먼저 이월결손금을 보전하는 경우에는 이월결손금에서 그 보전액을 뺀 금액으로 한다.   2. 피합병법인으로부터 승계받은 중복자산의 경우 해당 자산에 대한 합병평가차익상당액 및 분할평가차익상당액   3. 삭제 <2017.2.7>  ⑤ 삭제 <2017.2.7>  ⑥ 법 제121조의31제2항 각 호 외의 부분 전단에 따라 익금에 산입하는 금액은 법 제121조의31제1항 전단에 따라 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액을 말한다. <개정 2017.2.7>   1. 삭제 <2017.2.7>   2. 삭제 <2017.2.7>  ⑦ 법 제121조의31제2항 각 호 외의 부분 후단에 따라 법인세에 가산하여 납부하여야 하는 이자상당가산액은 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 사업연도에 제6항에 따른 금액을 익금에 산입하지 아니함에 따라 발생한 법인세액의 차액에 제1호에 따른 기간과 제2호에 따른 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. <개정 2017.2.7, 2019.2.12, 2022.2.15, 2026.2.27>   1. 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 사업연도 종료일의 다음 날부터 제6항에 따른 금액을 익금에 산입하는 사업연도의 종료일까지의 기간   2. 제11조의2제10항제2호에 따른 율  ⑧ 법 제121조의31제2항제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 「기업 활력 제고를 위한 특별법」 제13조제1항에 따라 사업재편계획의 승인이 취소된 경우를 말한다.  ⑨ 사업재편계획을 승인받은 내국법인(이하 이 조에서 "사업재편계획 승인내국법인"이라 한다)은 사업재편계획승인권자의 확인을 받아 재정경제부령으로 정하는 사업재편계획서 및 사업재편계획이행보고서를 다음 각 호의 구분에 따른 기한까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.   1. 사업재편계획서: 사업재편계획 승인내국법인의 사업재편계획 승인일이 속하는 사업연도 종료일   2. 사업재편계획이행보고서: 다음 각 목에 해당하는 사업연도의 과세표준 신고기한 종료일    가. 합병등기일이 속하는 사업연도    나. 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 3개 사업연도  ⑩ 법 제121조의31제1항을 적용받으려는 내국법인은 중복자산 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 재정경제부령으로 정하는 양도차익명세 및 분할익금산입조정명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2017.2.7, 2025.12.30> ○ 법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】  ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.   3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다. ○ 법인세법 제44조의3 【적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례】  ③ 적격합병(제44조제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다)을 한 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.   1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우   2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우   3. 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 "근로자"라 한다) 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우 ○ 법인세법 시행령 제80조의2 【적격합병의 요건 등】  ⑦ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 자산가액(유형자산, 무형자산 및 투자자산의 가액을 말한다. 이하 이 관 및 제156조제2항에서 같다)의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조제2항제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 다만, (생략) ○ 법인세법 시행령 제80조의4 【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】  ⑧ 합병법인이 제3항에 따른 기간 중 피합병법인으로부터 승계한 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다. 다만, (생략) ○ 기업 활력 제고를 위한 특별법 제9조 【사업재편계획의 승인신청】  ② 이 법에 따른 지원을 받기 위하여 사업재편계획을 신청하고자 하는 기업(이하 "신청기업"이라 한다)은 다음 각 호의 사항을 포함한 사업재편계획을 주무부처의 장에게 제출하여야 한다.   1. 사업재편의 필요성   2. 사업재편을 통하여 사업재편계획기간 중 달성하고자 하는 생산성, 매출액 및 재무건전성 향상 등의 목표로서 대통령령으로 정하는 사항. 다만, 제2조제5호다목에서 규정하는 탄소중립활동의 경우에는 온실가스 감축 등 대통령령으로 정하는 사항   3. ∼ 11. (생략)