임대기간 중 기준시가 차이가 전체 보유기간 중 기준시가 차이 보다 큰 경우 조특법§97의3 특례 적용 방법

요지 ‘임대기간 종료일의 기준시가에서 임대기간 개시일의 기준시가’를 차감한 금액(분자)이 ‘양도일의 기준시가에서 취득일의 기준시가’를 차감한 금액(분모)보다 크거나 같은 경우 양도차익 전액에 대해 조특법§97의3에 따른 장기보유특별공제율을 적용하는 것임 답변내용 귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, ｢조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것)｣제97조의3제1항이 적용되는 장기일반민간임대주택을 양도하는 경우로서 ｢조세특례제한법 시행령｣제97조의3제5항 계산식의 분자(B-C)가 분모(D-E) 보다 크거나 같은 경우 양도차익 전체를 ‘임대기간 중에 발생한 양도차익’으로 보아 같은 법 제97조의3제1항에 따른 공제율을 적용하는 것입니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1. 사실관계  ○2009.12.31. 경기도 남양주시 소재 A아파트 취득  ○2018.03.17. 단기민간임대주택으로 등록 및 임대개시  ○2020.06월 장기일반민간임대주택으로 변경등록 신청  ○2020.07월 장기일반민간임대주택으로 변경등록 완료  ○2026.03.19. 민간임대주택법에 따라 임대주택 자동말소    *｢민간임대주택에 관한 특별법｣제6조제5항에 따라 말소된 것으로 전제  ○2026.06.11. A아파트 양도    *｢舊조세특례제한법｣제97조의3에 따른 장기일반민간임대주택 요건을 갖춘 것으로 전제     2. 질의요지  ○舊조특법§97의3의 요건을 충족한 장기일반민간임대주택을 양도하는 경우로서,   -‘임대기간 마지막 날의 기준시가에서 임대기간 개시일의 기준시가를 차감’한 금액(분자)이 ‘양도일의 기준시가에서 취득일의 기준시가를 차감’한 금액(분모)보다 큰 경우   -舊조특법§97의3에 따른 공제율 적용대상이 되는 ‘임대기간 중에 발생한 양도차익’의 범위   3. 관련 법령 □ 소득세법 제95조 【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】  ①양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. <개정 2023.12.31>  ②제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.   □조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정된 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】  ①대통령령으로 정하는 거주자가 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2024년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 ｢소득세법｣제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다. <개정 2022.12.31>   1.10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우   2.대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우  부칙 <제19199호, 2022.12.31.> 제1조(시행일) 이 법은 2023년 1월 1일부터 시행한다. (이하 생략) 제38조(장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 등록을 한 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택에 대한 양도소득세 과세특례에 관하여는 제97조의3제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.   □조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】  ①대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)을 양도하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는 ｢소득세법｣제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.   1.8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우   2.대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우  ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2018.12.24>   □조세특례제한법 시행령(2026.2.27. 대통령령 제36127호로 개정된 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】  ⑤｢소득세법｣제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항에 따라 100분의 70의 공제율을 적용하는 경우에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 다음 계산식에 따라 산정한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 제1항에 따른 임대기간의 마지막 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용하여 계산한다. <개정 2026.2.27.> A × B - C D - E    A : ｢소득세법｣제92조제2항제1호에 따른 양도차익    B : 제2항에 따른 실제 임대기간의 마지막 날의 기준시가    C : 제2항에 따른 실제 임대기간의 개시일의 기준시가    D : 양도일의 기준시가    E : 취득일의 기준시가   □조세특례제한법 시행령(2023.02.28. 대통령령 제33264호로 개정되기 전의 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】  ②법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제4호의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 등록 및 임대한 기간을 계산한다.   1.｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣에 따른 소규모주택정비사업 또는 ｢주택법｣에 따른 리모델링으로 임대할 수 없는 경우: 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다.  ④장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 ｢소득세법｣제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다. <개정 2015.2.3, 2015.12.28, 2016.2.5, 2018.7.16, 2019.2.12>  ⑤｢소득세법｣제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항 본문에 따른 100분의 50의 공제율 또는 같은 항 단서에 따른 100분의 70의 공제율을 적용할 때에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 산정한다. <신설 2021.2.17.>   □조세특례제한법 시행령 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】  ⑤법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 “주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31., 2008.2.29>   1.주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것   5.제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것