출자자의 제2차납세의무

요지 원고는 제2차 납세의무자인 과점주주에 해당하여 법인이 체납한 부가가치세 등에 대하여 제2차 납세의무를 부담한다고 봄이 상당함 판결내용 판결 내용은 붙임과 같습니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 사 건 2025구합61009 제2차납세의무자지정처분취소 원 고 AAA 피 고 ○○세무서장 변 론 종 결 2026. 4. 22. 판 결 선 고 2026. 7. 8.   주 문   1. 원고의 청구를 기각한다.   2. 소송비용은 원고가 부담한다.   청 구 취 지   피고가 2023. XX. XX., 2023. XX. XX. 원고를 주식회사 BBBB의 제2차 납세의무자로 지정하여 한 별지 목록 기재 각 부과 처분을 모두 취소한다.   이 유   1. 처분의 경위   가. 주식회사 BBBB(이하 ‘이 사건 법인’라 한다)는 데이터센터 운영 및 위탁 운영 사업 등을 목적으로 2022. XX. XX. 설립된 회사이다.   나. 원고는 이 사건 법인의 설립 당시 이 사건 법인의 사내이사이자 대표이사로 취임한 것으로 등기되어 있고, 2023. XX. XX. 공동대표규정설정에 따라 공동대표이사가 된 것으로 등기되어 있다.   다. 이 사건 법인이 사업자등록 시 제출한 주주명부에는 원고가 이 사건 법인의 보통주 10,000주를 전부 보유한 것으로 등재되어 있고, 2022 사업연도 법인세 신고 시 제출한 주식변동상황명세서에도 원고가 단독 주주로 등재되어 있었다.   라. 이 사건 법인은 별지 목록 기재와 같이 국세 합계 XXX,XXX,XXX원을 납부하지 아니하였고, 이에 피고는 이 사건 법인이 납부하지 아니한 세액의 납세의무 성립일 기준으로 원고가 과점주주라고 판단하여, 2023. XX. XX. 및 2023. XX. XX. 원고를 제2차납세의무자로 지정하고 원고에게 별지 목록 기재와 같이 위 체납세액 전액을 납부할 것을 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).   마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. XX. XX. 이의신청을 거쳐 2024. XX. XX. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. XX. XX. 원고의 위 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 원고 주장의 요지   원고와 CCC, DDD, EEE, FFF은 주식회사 GGGG(이하 ‘기존 법인’이라 한다)의 경영 위기를 타개하고자 이 사건 법인을 공동으로 설립하여 운영하기로 합의하였는데, 이 과정에서 CCC은 개인사정으로 주주나 투자자로서의 지위는 갖지 않기로 하였고, 이 사건 법인의 지분 중 원고가 40%를, DDD, EEE, FFF이 각 20%를 갖는 것으로 최종 합의하였다. 따라서 원고는 실질 지분율이 40%로서 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하지 않으므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. 3. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단   가. 관계 규정 및 관련 법리     국세기본법 제39조 본문은 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다고 규정하고, 제2호에서 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 ‘과점주주’라 한다)을 규정하고 있다.     과점주주에 해당하는지 여부를 판단함에 있어, 과세관청은 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 주식의 소유사실을 증명할 수 있으나, 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없다. 다만, 위와 같이 주주명의와 실질이 일치하지 않는다는 사정은 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 증명하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결, 대법원 2008. 9. 11. 선고 2008두983 판결 등 참조).     한편, 국세기본법 제39조 제2호가 정하는 과점주주의 요건 중 ‘법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사‘한다는 것은 주주가 해당 법인의 경영에 관하여 사실상 구속력 있는 결정이나 지시를 할 수 있는 지배의 근거를 갖추고 그에 따른 지배적인 영향력을 계속적으로 행사하는 것을 의미한다(대법원 2021. 3. 25. 선고 2016도14165 판결의 취지 참조).   나. 구체적 판단     앞서 든 증거들 및 갑 제5 내지 7, 10, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실들 및 사정들을 종합하면, 원고는 이 사건 법인이 납부하지 아니한 별지 목록 기재 각 세액의 납세의무 성립일 기준으로 이 사건 법인의 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하는 주식을 소유하면서 그 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 과점주주에 해당한다고 봄이 타당하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.     1) 이 사건 법인이 사업자등록 시 제출한 주주명부 및 2022 사업연도 법인세 신고시 제출한 주식변동상황명세서에는 원고가 이 사건 법인의 지분 100%를 보유한 단독 주주로 등재되어 있다. 주주명부에 적법하게 주주로 기재되어 있는 자는 특별한 사정이 없는 한 회사에 대한 관계에서 주식에 관한 의결권 등 주주권을 행사할 수 있고(대법원 2017. 3. 23. 선고 2015다248342 판결 등 참조). 이러한 지위에 있는 원고는 이 사건 처분의 전 과세기간 동안 그가 소유한 주식에 기초하여 실질적으로 권리를 행사할 수 있었다고 보인다. 이에 더하여, 법인등기부등본에 원고가 이 사건 법인의 설립 당시부터 계속하여 이 사건 회사의 사내이사이자 대표이사 또는 공동대표이사로 등재되어 있고, 제출된 증거들 중 이 사건 법인의 명의로 된 서면에는 전부 원고가 대표이사 또는 공동대표이사로 기명날인한 점 등에 비추어 볼 때, 원고는 이 사건 법인의 경영에 관하여 사실상 구속력 있는 결정이나 지시를 할 수 있는 지배의 근거를 갖추고 그 의사결정에 관여하여 왔다고 볼 수 있다.     2) 이 사건 법인의 자본금 XX,XXX,XXX원은 전액 원고 명의로 지급되었다. 이에 대하여 원고는 이 사건 법인의 자본금의 실질적 출처는 공동 투자금으로서 기존 법인이 2022. XX. XX. 원고의 계좌로 반환한 XX,XXX,XXX원 중 일부가 이 사건 법인의 자본금으로 납입된 것이라 주장하나, 기존 법인에서 2022. XX. XX. 원고의 계좌로 이체된 금액과 이 사건 법인의 자본금이 차이나는 이유, 기존 법인의 계좌에 이체한 금액이 원고 X,XXX,XXX원, DDD XX,XXX,XXX원, EEE XX,XXX,XXX원, FFF XX,XXX,XXX원으로서 원고가 주장하는 이 사건 법인의 각 지분율과 동일하지 않은 이유, CCC이 원고나 FFF보다 많은 XX,XXX,XXX원을 기존 법인의 계좌에 이체하였으면서도 공동투자에 참여하지 않은 이유 등에 관하여 원고가 납득할 만한 설명이나 증거 제출을 하지 못하고 있는 점에 비추어 볼 때, 원고의 위 주장은 그대로 믿기 어렵다.     3) 원고는 조세심판원의 심판 과정 및 이 사건 소장에서는 자신이 실질적으로 보유한 이 사건 법인 지분이 20%라고 주장하면서 CCC, DDD, EEE, FFF과의 2022. XX. XX.자 공동투자계약서(갑 제5호증, 제2조에 의하면 원고, CCC, DDD, EEE, FFF 5인이 각각 20%의 지분으로 이 사건 법인의 자본금을 X천만 원으로 하여 설립하되, 신속한 법인 설립을 위하여 우선 공동투자자 대표인 원고에게 보통주 10,000주를 전부 배정하고, 법인설립 후 원고에게 배정된 주식을 CCC, DDD, EEE, FFF에게 각각 2,000주씩 이전하기로 되어 있다)를 제출하였다. 그러나 위 공동투자계약서에는 CCC의 서명 또는 날인이 되어 있지 않았고, 피고가 이를 지적하자 원고는 CCC을 제외한 나머지 4인이 위 계약서에 서명한 이상 이들 4인이 각 20% 지분씩 갖기로 합의한 사실이 증명된다는 취지로 주장을 변경하였다. 이에 피고가 나머지 지분 20%의 행방을 알 수 없고 기존 법인의 자금 반환을 통한 공동투자에 참여하지 않았다는 CCC이 기존 법인의 계좌에 XX,XXX,XXX원을 이체하였다고 지적하자, 원고는 CCC이 개인적인 사정으로 주주나 투자자로서의 지위는 갖지 않기로 하고 원고가 지분 40%를 갖기로 합의하였다는 취지로 주장을 재차 변경하였다. 원고 주장과 같이 공동투자계약의 핵심적 사항인 당사자와 지분율에 변경이 있었다면 변경된 내용으로 처분문서를 다시 작성하는 것이 통상적이라 할 것임에도 원고는 변경된 합의가 구두로 이루어졌다고 주장하면서 그 처분문서를 제출하지 못하고 있다. 이러한 사정들을 고려할 때 위 공동투자계약서나 원고의 위 구두 변경 합의 주장은 모두 믿기 어렵다.     4) 원고는 DDD, FFF, EEE에게 이 사건 법인의 주식 각 2,000주씩 양도하는 형식으로 명의개서 절차를 이행하였다고 주장하면서 2023. XX. XX.자 주식매매계약서를 제출하였으나, 원고가 2022 사업연도 법인세 신고 시 제출한 주식변동상황명세서에 원고가 단독 주주로 등재되어 있었던 점, 원고가 위 주식매매계약서에 첨부한 원고의 인감증명서 발급일자(2023. XX. XX.) 및 국세청에 증권거래세 신고를 한 시점(2023. XX. XX.)은 모두 이 사건 처분이 이루어진 이후인 점을 앞서 본 사정들과 함께 고려할 때, 위 주식매매계약서나 원고의 위 명의개서 관련 주장도 믿기 어렵다.     5) 원고는 조세심판 과정에서 이 사건 법인이 여러 사람의 투자를 받아 2023. XX. XX. 유상증자(증가주식주 X,XXX주, 증가자본금 XX,XXX,XXX원)를 하였는데 그때도 원고 단독 명의로 주주신고가 된 사정이 있다고 주장하면서 증자대금 납입내역 등을 제출하였으나, 원고가 주장하는 증자대금의 납입 시기가 유상증자 2~3개월 전이고 그 납입액수 합계가 X,XXX,XXX,XXX원으로 위 증가자본금과 상당한 차이가 있는 점을 앞서 본 사정들과 함께 고려할 때, 원고의 위 주장 역시 그대로 믿기 어렵다 설령 위 유상증자에 따라 증가된 주식수 X,XXX주가 원고 소유가 아니라고 보고 이를 더하여 보더라도 원고의 지분율은 XX.X%(= 10,0000주 ÷ XX,XXX주)로서 50%를 초과한다.   다. 소결론   따라서 이 사건 처분은 적법하다. 4. 결론   그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.