위기지역 창업기업에 대한 감면 사후관리

서면-2025-소득-3100
기본 정보
108조세특례사후관리위기지역창업감면법인세소득세폐업세액감면

위기지역 창업기업에 대한 감면 사후관리

서면-2025-소득-3100

2026. 6. 18.

질의
조특

없음
판례·예규 요약(AI)

조세특례제한법 시행령 제99조의8 제6항에 따른 사후관리 규정은 2022년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도에 감면받은 세액부터 적용된다. 사업자가 폐업한 날은 영업활동을 영구적으로 종료한 날로 정의되며, 이는 사업자의 의사와 사업장 상태를 종합적으로 고려하여 판단해야 한다.

판례·예규 내용

사실관계

질의인은 2019년에 창업하여 위기지역 창업감면을 적용받고 있다. 질의 내용은 위기지역 창업기업에 대한 사후관리 규정의 적용 여부와 폐업의 의미에 대한 것이다.

판결 이유

사후관리 규정은 법령에 명시된 바와 같이 특정 과세연도에 감면받은 세액에 대해 적용되며, 폐업일의 정의는 사업자의 영업활동 종료 의사에 따라 판단된다.

기관 입장

조세특례제한법 시행령에 따르면 사후관리 규정은 특정 시점 이후에 적용되며, 폐업의 정의는 사업자의 의사에 따라 달라질 수 있다.

납세자 주장

질의인은 사후관리 규정이 창업 시점에 따라 다르게 적용될 수 있는지에 대해 질문하였다.

원문
요지 조세특례제한법 시행령 제99조의8 제6항[(시행령 제36127호, 2026.02.27.) 일부개정 전의 것]에서 규정한 사후관리 규정은 조세특례제한법 시행령 부칙 제32413호(2022.2.15.) 제4조에 따라 2022년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도에 감면받은 세액부터 적용하는 것임 회신 귀 질의의 경우, 조세특례제한법 시행령 제99조의8 제6항[(시행령 제36127호, 2026.02.27.) 일부개정 전의 것]에서 규정한 사후관리 규정은 조세특례제한법 시행령 부칙 제32413호(2022.2.15.) 제4조에 따라 2022년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도에 감면받은 세액부터 적용하는 것이며, 폐업이란 사업자가 당해 영업을 계속할 의사가 없어 영업활동을 영구적으로 종료하는 것으로써 기존 해석사례를 보내드리니 참조하시기 바랍니다. ○ 서면-2022-부가-3601(2022.08.18.) 사업을 폐업한 날이라 함은 사업자가 당해 영업을 계속할 의사가 없어 영업활동을 영구적으로 종료한 날을 의미하는 것으로, 사업자의 영업활동 재개의사 유무, 임대사업장 직원 퇴사 및 임차인 퇴거 여부 등 사업장의 유지・관리상태 기타 구체적인 사실을 종합적으로 고려하여 사실판단 할 사항임 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1. 사실관계  ○질의인은 ’19년 창업하여 위기지역 창업감면을 적용 받고 있음 2. 질의내용  ○ 위기지역 창업기업에 대한 사후관리 신설 전 창업한 기업의 경우 사후관리 규정이 적용되는지 여부 및 폐업의 의미 3. 관련법령  ○ 조세특례제한법 제99조의9 【위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면】  ① 위기지역에 2028년 12월 31일까지 제6조제3항 각 호에 따른 업종(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)으로 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외하며, 위기지역으로 지정 또는 선포된 기간에 창업하거나 사업장을 신설하는 경우로 한정한다)하는 기업 중 투자금액 및 고용인원이 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업에 대해서는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 법인세 또는 소득세를 감면한다.  ⑧ 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 제12조의2제8항의 이자상당가산액 등에 관한 규정을 준용한다. <신설 2021.12.28>   1. 감면대상사업장의 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 법인의 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다.   2. 감면대상사업장을 위기지역 외의 지역으로 이전한 경우  ○ 조세특례제한법 시행령 제99조의8 【위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면】 ([시행령 제36127호,2026.02.27.] 일부개정 전의 것)  ⑥ 법 제99조의9제8항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 세액을 말한다. <신설 2022.2.15.>   1. 법 제99조의9제8항제1호에 해당하는 경우: 폐업일 또는 법인해산일부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액   2. 법 제99조의9제8항제2호에 해당하는 경우: 이전일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액  ○ 조세특례제한법 시행령 부칙 <제32413호, 2022.2.15>  제4조(지역특구 등 세액감면 사후관리에 따른 납부세액 계산에 관한 적용례) 제11조의2제8항, 제61조제7항, 제99조의8제6항, 제116조의14제7항, 제116조의25제7항, 제116조의26제10항 및 제116조의27제7항의 개정규정에 따라 납부대상이 되는 세액은 2022년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도에 감면받은 세액부터 적용한다. 4. 관련 사례 ○ 서면-2022-부가-3601(2022.08.18.)  사업을 폐업한 날이라 함은 사업자가 당해 영업을 계속할 의사가 없어 영업활동을 영구적으로 종료한 날을 의미하는 것으로, 사업자의 영업활동 재개의사 유무, 임대사업장 직원 퇴사 및 임차인 퇴거 여부 등 사업장의 유지・관리상태 기타 구체적인 사실을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항으로, 기존 해석사례를 보내드리니 참조하시기 바랍니다.
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판시사항 및 쟁점

판시사항

  • •조세특례제한법 시행령 제99조의8 제6항에 따라 사후관리 규정은 2022년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도에 감면받은 세액부터 적용된다.
  • •사업자가 영업활동을 영구적으로 종료한 날이 폐업일로 간주된다.
  • •사후관리 규정은 폐업일 또는 법인 해산일부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액을 포함한다.

쟁점사항

  • •위기지역 창업기업에 대한 사후관리 규정이 적용되는지 여부
  • •사업자가 폐업한 날의 의미 여부
  • •감면받은 세액의 적용 시점 여부
관련 법령 및 판례·예규

관련 법령

관련 판례·예규

  • 서면-2022-부가-3601 2022.08.18.