과세이연신청서를 확정신고시 제출한 경우 조특법§46의7 특례 적용 가능 여부

요지 주식교환등을 한 날이 속한 분기의 말일부터 2개월 이내(예정신고기한) 과세이연신청서를 제출하지 않은 경우에도 조특법§46의7 특례 적용 가능함 회신 귀 서면질의 사실관계의 경우, ｢舊조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정된 것)｣ 제46조의7을 적용받으려는 주주가 주식 교환등을 한 날이 속하는 과세기간의 ｢소득세법｣ 제110조에 따른 확정신고 기간에 ｢舊조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것)｣제43조의7제10항의 과세이연신청서를 제출한 경우 ｢舊조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정된 것)｣ 제46조의7에서 정한 과세특례가 적용되는 것입니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1. 사실관계  ○’22.12.23.비상장 벤처기업 A법인의 대주주인 甲이 보유하는 A주식과 비상장법인 B이 보유한 자기주식과 교환*      *조특법§46의7①의 과세이연 요건을 충족한 것으로 전제함  ○’23.02.28.甲, A주식 양도소득에 대한 과세이연 신청 없이* 예정신고      *중소벤처기업부에서 발행하는 주식교환확인서 발행 지연  ○’23.05월 甲, A주식 양도소득세 확정신고시 과세이연신청서 제출   2. 질의내용  ○확정신고시 과세이연신청서를 제출한 경우에 조특법§46의7(전략적 제휴를 위한 비상장주식교환 등에 대한 과세특례) 적용 여부   3. 관련법령 □조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정된 것) 제46조의7 【전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환등에 대한 과세특례】  ①｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 주권상장법인(코넥스상장기업이 아닌 경우만 해당한다)을 제외한 벤처기업(대통령령으로 정하는 매출액 대비 연구ㆍ인력개발비 투자 비중이 5퍼센트 이상인 중소기업 및 대통령령으로 정하는 기술우수 중소기업을 포함하며, 이하 이 조에서 “벤처기업등”이라 한다)의 주주(그 법인의 발행주식 총수의 100분의 10이상을 보유한 주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 소유하는 벤처기업등의 주식을 다음 각 호의 요건을 갖추어 2024년 12월 31일 이전에 주식회사인 법인(이하 이 조에서 “제휴법인”이라 한다)이 보유한 자기주식 또는 제휴법인의 주주(발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 주식과 교환하거나 제휴법인에 현물출자하고 그 제휴법인으로부터 출자가액에 상당하는 주식을 새로 받음으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 주식교환 또는 현물출자(이하 이 조에서 “주식교환등”이라 한다)로 인하여 취득한 제휴법인의 주식을 처분할 때까지 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다. <개정 2015.12.15, 2018.12.24, 2019.12.31, 2021.12.28>   1.대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업등과 제휴법인 간의 전략적 제휴계획을 추진하고 그 계획에 따라 주식교환등이 이루어질 것   2.벤처기업등의 주주 1인과 대통령령으로 정하는 특수관계인이 제휴법인의 대통령령으로 정하는 최대주주와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있지 않을 것   3.벤처기업등의 주주가 주식교환등으로 인하여 취득한 주식과 제휴법인 또는 제휴법인의 주주가 주식교환등으로 취득한 주식을 각각 1년 이상 보유하도록 하는 계약을 벤처기업등과 제휴법인 간에 체결할 것  ②제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받은 벤처기업등의 주주는 제1항제3호의 계약을 위반하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다.  ③제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다.   □조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것) 제43조의7 【전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환 등에 대한 과세특례】  ⑩법 제46조의7제3항에 따라 양도소득세의 과세이연 신청을 하려는 자는 주식교환등을 한 날이 속하는 분기의 말일부터 2개월 이내에 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 벤처기업등 주식교환ㆍ현물출자 주식양도차익 과세이연신청서에 전략적 제휴계획, 주식교환계약서와 세제지원대상 여부를 확인할 수 있는 서류로서 기획재정부령으로 정하는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다. <개정 2020.2.11, 2022.2.15>   □조세특례제한법 시행규칙(2022.3.18. 기획재정부령 제904호로 개정된 것) 제19조 【벤처기업 주식교환 등에 대한 세제지원대상임을 확인한 서류】   영 제43조의2제9항에서 “기획재정부령이 정하는 서류로서 세제지원대상임이 확인가능한 서류”라 함은 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣제14조제3항의 규정에 따라 중소벤처기업부장관이 세제지원대상임을 확인한 서류를 말한다. <개정 2005.3.11, 2008.4.29, 2021.3.16>