2개 이상의 과세연도에 걸쳐 투자가 이루어지는 경우 통합투자세액공제의 적용방법

요지 쟁점부칙 제4조제2항에 따라 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도에 모든 투자가 이루어진 것으로 보아 통투공제를 적용받았으나, 해당 납세자는 경정청구를 통해 통투공제 도입 전 투자분에 대해 종전 세액공제를 적용받고 그 이후 투자분에 대해서는 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 통투공제를 적용받을 수 있는 것임 회신 귀 과세기준자문 신청의 경우, 아래의 기획재정부 해석(조세특례제도과-423, 2025.5.22.)을 참고하시기 바랍니다. 「조세특례제한법」(법률 제17759호, 2020.12.29. 개정)부칙 제4조제2항에 따라 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도에 모든 투자가 이루어진 것으로 보아 「조세특례제한법」 제24조에 따른 통합투자세액공제를 적용받았으나, 해당 납세자는 경정청구를 통해 통합투자세액공제 도입 전 투자분에 대해 구「조세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것) 제25조에 따른 특정 시설 투자 등에 대한 세액공제를 적용받고 그 이후 투자분에 대해서는 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 「조세특례제한법」 제24조에 따른 통합투자세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1. 사실관계  ○ A법인은 생투･통투공제 대상 자산에 2019~2022년에 걸쳐 투자를 하였으며, 2019과세연도에 생시공제 미적용으로 쟁점부칙에 따라 완료기준(예외)으로 통투공제를 적용  ○ 이후, ① 2019 과세연도는 종전 생시공제를 적용하고   - ② 2020~2022 과세연도는 쟁점부칙요건 미충족에 따라 통투공제를 진행기준(원칙)으로 적용받게 해달라는 내용으로 경정청구 제기   2. 질의요지  ○ 쟁점부칙에 따라 완료기준으로 통합투자세액공제(‘통투공제’) 적용 후 경정청구를 통해 ’19과세연도에 생산성향상시설세액공제(‘생시공제’)를 적용받아 다시 진행기준으로 통투공제를 적용받을 수 있는지 3. 관련 법령 ○ 조세특례제한법 제24조【통합투자세액공제】   * 2020.12.29. 법률 제17759호로 개정된 것, 이하 ‘개정 후 조특법’ ① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.  1. 공제대상 자산   가. 기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.   나. 가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산  2. 공제금액   가. 기본공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 3, 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 신성장·원천기술의 사업화를 위한 시설(이하 이 조에서 "신성장사업화시설"이라 한다)에 투자하는 경우에는 100분의 3(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액으로 한다.   나. 추가공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연 평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 3에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다. ② 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용한다. 부칙 <제17759호, 2020.12.29.> 제4조(통합투자세액공제에 관한 적용례 등) ① 제24조의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다. ② 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 제24조제1항의 개정규정에 따른 내국인이 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 투자하는 경우에는 제24조제2항의 개정규정에도 불구하고 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도에 모든 투자가 이루어진 것으로 본다.  1. 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도 전에 투자를 개시하였을 것  2. 종전의 제5조, 제25조, 제25조의4 및 제25조의7에 따른 공제를 받지 아니하였을 것 제36조(특정시설투자 세액공제 등에 관한 특례 등) ① 제24조제1항의 개정규정에 따른 내국인이 2021년 12월 31일까지(종전의 제25조의7에 따른 투자는 2020년 12월 31일까지) 투자를 완료하는 경우에는 종전의 제5조, 제25조, 제25조의4, 제25조의5 및 제25조의7(이하 이 조에서 "종전세액공제규정"이라 한다)을 적용받을 수 있다. 이 경우 종전세액공제규정을 적용받는 제24조제1항의 개정규정에 따른 내국인은 다른 공제대상 자산에 대하여 제24조의 개정규정을 적용받을 수 없다. ② 제1항에 따라 종전세액공제규정을 적용받는 경우에는 제72조제2항, 제127조제1항부터 제4항까지, 제128조제1항, 제130조제1항ㆍ제2항, 제132조제1항제3호, 같은 조 제2항제3호 및 제146조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. ○ 조세특례제한법 제25조【특정 시설 투자 등에 대한 세액공제】   * 2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 조특법’ ① 내국인이 제1호부터 제3호까지, 제5호 및 제6호에 해당하는 시설에 2021년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하거나 제4호에 해당하는 시설을 2021년 12월 31일까지 취득(신축, 증축, 개축 또는 구입을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 상당하는 세액을 투자를 완료한 날 또는 취득일이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.  6. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 생산성향상시설   가. 대통령령으로 정하는 공정(工程) 개선 및 자동화 시설   나. 대통령령으로 정하는 첨단기술시설   다. 자재조달·생산계획·재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신시설, 그 밖의 유형·무형의 시설로서 감가상각기간이 2년 이상인 시설 ③ 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다. ○ 국세기본법 제24조【수정신고】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(｢소득세법｣ 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.  1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때  2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때  3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다) ○ 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.  1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때  2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.  1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, ｢감사원법｣에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때  2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때  3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때  4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때  5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때