특별한 사정이 없는 한 매매계약서에 기재된 대로 매매대금이 인정되어야 함

요지 매매는 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 효력이 생기는바, 매매대금은 매매계약에서 핵심적인 요소에 해당하고 특별한 사정이 없는 한 처분문서인 매매계약서에 기재된대로 인정되어야 한다. 판결내용 판결 내용은 붙임과 같습니다. 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 사 건 2024구단58329 양도소득세 경정 등 부과처분 취소 등 청구 원 고 AAA  피 고 aa세무서장 변 론 종 결 2025. 3. 14. 판 결 선 고 2025. 4. 11.   주 문   1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다.   청 구 취 지        피고가 2023. 5. 23. 원고에 대하여 한 양도소득세 xxx원 부과처분을 취소한다.     이 유       1. 이 사건 처분의 경과   가. 원고는 2011. 12. 27. **시 **읍 **동 ***-*** 주유소용지 1,579㎡ 및 그 지상 주유소 건물(위 토지를 “이 사건 토지”라고 하고 해당 토지와 그 지상 건물을 모두 통틀어 “이 사건 부동산”이라고 한다)의 소유권을 취득하였고, ㈜BBB(이하 “이 사건 회사”라고 한다)는 이 사건 부동산을 원고로부터 임차하여 주유소 영업을 하였다.   나. 이 사건 토지에 관하여는 2019. 12. 10. 토양오염도검사가 실시되었고 그 결과 토양오염우려기준을 초과한 것으로 확인되었는데, 그 무렵인 2020. 1. 16.에 이르러 원고는 이 사건 회사에게 이 사건 부동산을 매도하는 계약을 체결하였고(이하 이를 “이 사건 매매계약”이라고 한다) 그 주된 내용은 아래와 같다.   부동산 매매계약서 소재지: **도 **시 **로***(**동 ***-***) 상호: BBB주유소 토지: 지목 주유소용지 면적 1,579㎡ 건물: 구조용도 철근콘크리트 및 철골조 면적 319.49㎡ 매매대금: 금xxx원정(₩xxx) 계약금: 금xxx원(₩xxx)은 계약시에 지불하고 영수함 잔금: 금xxx원정(₩xxx)은 2020년 2월 25일에 지불한다. 특약사항 1. 매매대금중 토지대금 xxx원이고, 건물대금 xxx원(부가세별도)임 2. 매매잔금중에서 매도인이 토양오염의 정화비용으로 xxx원을 부담하는 조건이며,공제하고 받기로 함 3. 매수인이 현재주유소의 임차인인관계로 임차보증금 및 기타비용으로 xxx원을 매매계약금으로 인정함 4. 토양오염에 대하여는 매매후에도 매수인은 매도인에게 어떠한 책임도 요구하지 않고 전적으로 책임지기로 함     다. 원고는 2020. 2. 21. 이 사건 부동산에 관하여 이 사건 회사에 소유권이전등기를 마친 다음, 2020. 4. 29. 이 사건 부동산의 양도가액을 xxx원으로 하고 위 토양오염 정화비용 xxx원을 자본적지출액으로 처리하여 양도가액에서 공제하는 내용으로 양도소득세를 신고·납부하였다.   라. 피고는 2023. 2. 9.부터 2023. 2. 28.까지 원고의 2020년도분 양도소득세에 대한 세무조사를 실시한 다음 위 정화비용 xxx원을 포함한 몇몇 필요경비를 부인한 후 2023. 5. 23. 원고에게 양도소득세 xxx원 부과처분을 하였다(이하 “이 사건처분”이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재   2. 판단   가. 원고의 주장     1) 원고는 이 사건 부동산을 매도하는 과정에서 토양오염정화비용 xxx원 만큼 매매대금을 감액하여 매매대금을 xxx원으로 정한 것이고 실제로 매수인으로부터 그 금액만을 수령하였으므로, 이 사건 부동산의 양도가액은 xxx원으로 평가되어야 한다.     2) 설령 이 사건 부동산의 양도가액이 xxx원으로 평가된다고 하더라도, 원고가 지출한 위 xxx원은 자본적지출액에 해당하므로 필요경비로서 양도가액에서 공제되어야 한다.     3) 이를 반영하면 원고가 납부해야 할 양도소득세 정당세액은 xxx원이므로, 이 사건 처분 중 xxx원 부분(= 최초 신고․납부금액 xxx원 + 부과금액 xxx원 –정당세액 xxx원)은 취소되어야 한다.   나. 판단     1) 이 사건 매매계약에 따른 양도가액       위의 각 증거 및 을 제6 내지 9호증의 각 기재를 통해 인정되는 다음의 사실 및 사정을 종합하면, 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 부동산의 양도가액은 xxx원이라고 봄이 상당하다.       ① 이 사건 매매계약서에는 매매대금이 xxx원으로 기재되어 있다. 매매는 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 효력이 생기는바, 매매대금은 매매계약에서 핵심적인 요소에 해당하고 특별한 사정이 없는 한 처분문서인 매매계약서에 기재된대로 인정되어야 한다. 이 사건 회사는 위 매매계약서에 기재된대로 이 사건 부동산의 취득가액을 xxx원으로 하여 취득세를 신고·납부하였고, 이 사건 부동산의 등기부등본에도 거래가액이 xxx원으로 기재되었다.       ② 이 사건 매매계약 당시 매수인인 이 사건 회사는 이 사건 부동산을 이전받는 대가로 원고에게 xxx원을 지급하는 것으로 정하고, 이 사건 토지의 정화비용 중 xxx원은 원고가 부담하되 이 사건 회사가 CCC㈜에 직접 위 정화비용 xxx원을 지급하는 방식으로 매매대금의 지급에 갈음하려던 의사였던 것으로 보인다. 매도인인 원고 역시 최초 양도소득세 신고·납부 과정에서 이 사건 부동산의 양도가액을 xxx원으로 신고하였는바, 이 사건 매매계약의 당사자인 원고와 이 사건 회사는 계약 당시 매매대금을 xxx원으로 정할 의사를 가지고 있었다고 봄이 상당하다.       ③ 토양오염 정화비용의 분담문제는 이 사건 매매계약의 체결 단계에서부터 주된 교섭대상이 되었고, 이 사건 매매계약 이후 원고와 이 사건 회사가 매매대금 등 계약조건을 수정한 사실이 확인되지 않는다.     2) 원고가 부담하기로 한 xxx원이 자본적지출액에 해당하는지 여부       토양환경보전법은 토양이 오염되었을 경우 토양오염을 발생시킨 자, 토양오염 당시 토양오염시설의 소유자·점유자·운영자, 토지의 소유자·점유자에게 토양정밀조사 및 오염토양의 정화 등 책임을 부여하고 있는바(토양환경보전법 제10조의4), 토양오염정화를 위하여 지출된 xxx원은 위 토양환경보전법에 따라 윈고에게 부과된 의무를 이행하는 비용에 해당하고, 이러한 비용지출을 통해 이 사건 토지의 형질이 변경되거나 그 형상이 달라지는 등 토지가 개량되었다거나 그 이용편의가 높아졌다고 평가하기는 어렵다.       이것이 소득세법 시행령 제163조 제3항 각호에 규정된 자본적지출액에 해당하는지를 살피건대, 이는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비(제1호)1), 자산의 소유권을 확보하기 위하여 지출한 소송비용 등(제2호), 보상금 증액을 위한 소송비용 등(제2의2호), 자산의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(제3호), 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(제3의2호), 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(제3의3호), 사업구역 내 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등, 토지이용 편의를 위하여 지출한 장애철거비용, 토지이용 편의를 위하여 신설한 도로시설비, 토지이용 편의를 위하여 신설하여 무상공여한 도로부지의 취득가액, 사방사업 소요비(제4호, 소득세법 시행규칙 제79조 제1항) 중 그 어느 것에도 해당하지 않으므로 양도가액에서 공제되어야 하는 자본적지출액으로 인정할 수 없다.   다. 소결     이 사건 부동산의 양도가액이 xxx원이고 토양오염 정화비용 xxx원이 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 않음을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.   3. 결론   이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.   1) 원고는 토양오염 정화비용이 소득세법 시행령 제163조 제3항 제1호에 의하여 준용되는 시행령 제67조 제2항 제4호에 규정된 ‘재해 등으로 인하여 건물․기계․설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구’를 위한 지출에 해당한다고 주장하나, 이 사건 토양오염 정화비용은 토양환경보전법에 따라 소유자에게 부과된 정화책임을 이행하기 위한 비용에 불과할 뿐 감가상각자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비에 해당한다고 볼 수 없다.