조세특례제한법 제16조의3[벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례] 관련 질의

요지 ｢벤처기업유성에 관한 특별조치법｣에 따라 벤처기업으로부터 주식매수선택권을 부여받았으나, 합병을 이유로 그 주식매수선택권을 부여한 법인이 더 이상 벤처기업에 해당하지 않게 되었더라도 조세특례제한법 상 비과세특례(§16의2), 납부특례(§16의3), 과세특례(§16의4) 규정을 적용받을 수 있음 회신 (질의1) ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣에 따라 벤처기업으로부터 주식매수선택권을 부여받았으나, 합병을 이유로 그 주식매수선택권을 부여한 법인이 더 이상 벤처기업에 해당하지 않게 되었더라도 조세특례제한법 상 비과세특례(§16의2), 납부특례(§16의3), 과세특례(§16의4) 규정을 적용받을 수 있습니다. (질의2) “세법”에 관한 사항이 아니므로 미회신합니다. 귀 질의는 아래 해석사례를 참고하시기 바랍니다. ○서면-2021-법령해석소득-3480(2021.08.31.) 상세내용 PDF로 보기 상세내용 안에 있는 표나 도형 등이 제대로 표시가 되지 않을 경우... ? 1.사실관계 ○’21.10.29. 주식회사 플라이셔(이하 “벤처기업” 또는 “소멸회사”라고 함)임직원 안병환 외 13명에 대하여 주식매수선택권을 아래와 같은 조건으로 부여하였음    - 주식매수선택권 부여 근거: 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3    - 주식매수선택권 부여 기준일: ’21.10.29.    - 주식매수선택권 행사 가격 1주당 금 275,330원    - 주식매수선택권 부여 당시 1주당 가치평가액: 금 266,253원(이하 “부여당시 시가”라고 함)    - 부여방법: 신주발행    - 주식매수선택권 행사기간: ’23.11.1.~’27.10.31.    - 부여대상: 안병환 외 13명    - 총 부여주식: 2,680주(보통주식) ○’22.5.27. 주식회사 플레이링스(이하 “존속회사”라 함)가 “소멸회사”를 흡수합병하였고, 존속회사는 합병신주 1주당 1.613주의 비율로 보통주식을 교부하였고, 소멸회사가 기 부여한 주식매수선택권은 존속회사가 이를 승계하여 동일 비율(합병 비율)을 적용하기로 하였음    - 행사가격 1주당 금 275,330원    - 합병신주 비율 1:1.613으로 조정    - 총 조정 금액: 금 170,650원  ○벤처기업 임직원 및 적격주식매수선택권 요건 충족    - 그 밖에 소멸회사로부터 주식매수선택권을 지급받은 임직원들은 지배주주이거나 초과주식 보유주주 등 특수관계인에 해당하지 아니하고,    - 상법상 주주총회 절차 등의 요건에 따라 적격주식매수선택권(조특령 §16의3①)의 요건을 충족하였다는 것을 전제로 함   - 벤처기업의 주식매수선택권의 행사가격은 벤처기업법 제16조의3 제4항 제2호에 따라 부여일을 기준으로 한 주식의 시가보다 높아야 하며, 이 때 동시에 행사가격의 설정은 부여 후 행사가격을 조정하는 경우를 포함하는 것임    - 부여일을 기준으로 한 주식의 시가란, 주식매수선택권을 부여한 날의 기준 시가(이하, “부여당시 기준시가”라고 함)를 말함    - 주식매수선택권 부여 당시 기준 시가: 금 266,253원    - 이 때, 소멸회사 흡수 합병시 합병 비율에 따라 행사수량은 증가시키고, 행사가액은 감소시키는 방법으로 행사가격이 조정되었음(이하, “조정 시가”라고 함)    - 조정된 주식매수선택권 행사가격: 금 170,650원 2.질의내용 ○(질의1) 벤처기업의 임직원이 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의①에 따른 벤처기업으로부터 부여받은 주식을 행사할 때, 그 주식매수선택권의 부여 법인이 합병을 이유로 벤처기업에 해당하지 않게 된 경우에 조세특례제한법의 적격주식매수선택권(조특법 §16의3)을 행사함으로 인하여 발생하는 행사이익에 대하여   - 조세특례제한법상의 비과세특례(§16의2), 납부특례(§16의3), 과세특례(§16의4) 규정이 적용되는지 여부? ○(질의2) 합병으로 인하여 주식매수선택권 행사가격의 조정으로 인하여, 주식매수선택권의 행사가격(조정된 가격)이 부여일을 기준으로 한 주식의 시가보다 낮아지는 경우라고 할지라도 여전히 벤처기업법 제16조의3을 적용할 수 있는지 여부 3.관련법령 ○조세특례제한법 제16조의2【벤처기업 주식매수선태권 행사이익 비과세 특례】   ①벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 "벤처기업 주식매수선택권 행사이익"이라 한다) 중 연간 2억원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. 다만, 소득세를 과세하지 아니하는 벤처기업 주식매수선택권 행사이익의 벤처기업별 총 누적 금액은 5억원을 초과하지 못한다.   ②제1항이 적용되는 주식매수선택권은 ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣ 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 ｢상법｣ 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)으로 한정한다. ○조세특례제한법 제16조의3【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】   ①벤처기업 임원 등이 2027년 12월 31일 이전에 ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣ 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 ｢상법｣ 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다. ○조세특례제한법 제16조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】   ①벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 2027년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 ｢소득세법｣ 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다.   ⑨제1항은 벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권을 행사하는 시점에 그 주식매수선택권을 부여한 기업이 더 이상 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 적용한다. 4.관련예규  ○서면-2021-법령해석소득-3480(2021.08.31.)    ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제2조제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업")으로부터 주식매수선택권을 부여받았으나, 이를 행사할 때 그 주식매수선택권의 부여법인이 벤처기업에 해당하지 않게 되었다 하더라도「조세특례제한법」제16조의2, 제16조의3, 제16조의4에 규정된 각각의 요건을 충족한 경우라면 해당 특례를 적용받을 수 있는 것습니다.